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结构生物学--χ-芋螺毒素AoIA在去甲肾上腺素转运蛋白上抗伤害作用的结构和功能基础
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结构生物学--χ-芋螺毒素AoIA在去甲肾上腺素转运蛋白上抗伤害作用的结构和功能基础
结构生物学--χ-芋螺毒素AoIA在去甲肾上腺素转运蛋白上抗伤害作用的结构和功能基础
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修改于 2026-08-14 09:13:43
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作者,Evil Genius
接下来要为我们的生化小课,分子对接/分子动力学做好准备,那是那句话,我们先把事情做好,再说其他的事情。
学就好好学,学会,不学就算了,好好玩两个月,放松心情,养好心态,两边起码沾一边,千万不要半学不学,两边都不沾,浪费时间精力金钱,最后还是去找公司掏钱做了,一点意义没有。
今日参考文献
知识积累
χ-AoIA是一种源自蛇毒的肽类毒素,能高选择性地抑制去甲肾上腺素转运蛋白(NET),其体外活性强于已知的类似物MrIA。冷冻电镜结构显示,它以独特方式同时结合NET的中央位点和外部前庭。在小鼠炎症疼痛模型中,皮下注射χ-AoIA表现出明显的抗伤害(镇痛)效果。研究表明,χ-AoIA是一种高选择性NET配体,具有开发为非阿片类镇痛药的潜力。
芋螺与芋螺毒素概述
芋螺是生活在热带水域的海洋腹足动物,已知超过1000种,其毒液含有多达200种生物活性成分。
毒液中的主要活性物质为肽类,称为“芋螺肽”或“芋螺毒素”,用于防御和捕食,可引发靶动物兴奋毒性休克、麻痹或镇静。
芋螺毒素的分类与应用
多数芋螺毒素作用于神经系统的离子通道、受体和转运蛋白,按药理靶点分类。
部分已被开发为高选择性药理学探针(如α-芋螺毒素用于烟碱型乙酰胆碱受体),或作为镇痛药物(如ω-芋螺毒素MVIIA已上市为齐考诺肽)。
发现与鉴定瓶颈
转录组和蛋白质组学加速了芋螺毒素序列的鉴定,但高通量生物筛选进展缓慢。
已知约8000种芋螺毒素序列中,超过98%缺乏三维结构和功能活性数据。
NET与χ-芋螺毒素
NET是SLC6单胺转运蛋白家族成员,负责清除突触间隙的去甲肾上腺素。
2001年首次发现χ-芋螺毒素(MrIA、MrIB)能特异性抑制NET,并在小鼠中表现出抗伤害活性。
基于MrIA开发的合成类似物Xen2174曾在动物和I期临床试验中显示潜力,但在II期试验中未达显著疗效。
χ-芋螺毒素家族的新成员
二十多年来,MrIA/MrIB一直是该家族唯一确认的NET活性成员。
近期新发现两种χ-芋螺毒素(PnID、AuID),序列与MrIA相似,提示该家族可能扩展。
近期还解析了MrIA合成类似物与NET的冷冻电镜结构。
疼痛与去甲肾上腺素能信号通路
慢性疼痛是全球致残主因,阿片类药物有效但副作用和成瘾风险大,亟需非阿片类镇痛药。
去甲肾上腺素在脊髓通过激活α2-肾上腺素受体抑制伤害性信号传导;NET通过回收NE调控该通路,因此NET抑制剂具有镇痛潜力。
本研究的主要内容
基于序列相似性,从Conus araneosus中鉴定出一种芋螺肽(序列RCCGYKMCHOC,O为羟脯氨酸),具有与已知χ-芋螺毒素相同的二硫键连接方式。
报道了该肽的核磁共振结构,确认其NET抑制活性,并命名为χ-AoIA(简称AoIA)。
通过人NET:AoIA复合物的冷冻电镜结构,揭示AoIA占据转运蛋白外部前庭及部分中央底物结合位点(S1)。
在小鼠炎症性疼痛模型中,AoIA皮下给药显示出抗伤害效果,证明其作为非阿片类镇痛药的潜力。
研究支持进一步探索χ-芋螺毒素作为镇痛药物先导物,并提示外周NET抑制具有治疗意义。
结果1、化学合成、结构及体外药理学表征
合成方法:采用自动化固相肽合成法合成AoIA。
四种半胱氨酸的三种二硫键连接方式:
球状构象(I–III;II–IV)
带状构象(I–IV;II–III)
珠状构象(I–II;III–IV)
氧化折叠结果:DMSO辅助氧化折叠得到两种主要异构体(峰A和峰B),二者质量几乎相同但HPLC保留时间不同。
异构体鉴定:
峰A:球状构象(C2–C8,C3–C11),命名为AoIAglob。
峰B:带状构象(C2–C11,C3–C8),为天然AoIA(与文献报道一致)。
NMR结构特征:
天然AoIA(带状)呈发夹形状,含反向平行β-折叠片,由C3–C8二硫键稳定。
可细分为N端发夹臂(R1–G4)、发夹弯曲(Y5–K6)和C端发夹臂(M7–C11)。
球状异构体因二硫键几何约束无法形成类似二级结构。
与MrIA对比:天然AoIA带状异构体的骨架与MrIA近乎完全重叠;球状异构体仅部分保留χ-芋螺毒素药效团。
后续合成策略:后续研究改用正交半胱氨酸脱保护策略,定向合成所需带状构象(C2–C11,C3–C8)。
NET抑制活性验证:在表达人NET的HEK293细胞中,AoIA和球状异构体AoIAglob均可抑制NET对[³H]-MPP⁺的摄取。
抑制效力对比:
AoIA的IC₅₀ = 1.06 µM。
AoIAglob的IC₅₀ = 23.7 µM(效力远低于AoIA)。
AoIA对NET的抑制效力约为MrIA(IC₅₀ = 10.9 µM)的十倍。
结合亲和力:放射性配体竞争结合实验证实AoIA与NET有高亲和力,Ki = 1.30 µM。
抑制机制:AoIA对NET的抑制表现为混合型竞争/非竞争性抑制——低浓度时Km基本不变、Vmax下降;高浓度时Km也升高。
选择性:AoIA对NET具有高度选择性,在最高浓度100 µM下对SERT(血清素转运蛋白)和DAT(多巴胺转运蛋白)均无抑制活性。
对阿片受体无作用:AoIA(10 µM)对μ、δ、κ阿片受体均无亲和力。
对α2A-肾上腺素受体无作用:AoIA对α2A-AR既无激动也无拮抗效应(与可乐定和育亨宾对照)。
对TRP通道无作用:AoIA不影响TRPA1和TRPV1通道的活性(分别由香芹酚和辣椒素激活)。
对电压门控钙通道无作用:钾离子诱导钙内流的实验显示,AoIA不调节感觉神经元中低电压和高电压敏感钙通道的电压敏感性。
对SERCA无作用:甲醛诱导的钙变化实验排除了SERCA作为AoIA的靶点。
对电压门控钠通道无作用:AoIA既不抑制NaV1.7介导的净钠电流,也不抑制NaV1.8介导的慢失活钠电流(NaV1.8抑制剂suzetrigine作为阳性对照有效)。
结论:AoIA的潜在镇痛作用并非通过阿片受体、肾上腺素能受体、TRP通道或电压门控钠/钙通道等常见疼痛相关靶点介导,而是主要依赖于其对NET的选择性抑制。
结果2、基于冷冻电镜的AoIA在NET上作用机制的结构基础
结构解析概况
采用脂质纳米盘和单颗粒冷冻电镜技术,解析NET:AoIA复合物结构,分辨率达2.77 Å,可明确指认侧链。
复合物形成由胆固醇和脂质(LPG 18:2)介导的同源二聚体,每个原聚体呈向外开放构象。
2. 总体结合特征
AoIA垂直于膜平面结合,电荷分布与NET静电势互补。
结合位点占据整个外部前庭并延伸至S1口袋;水分子通过氢键网络介导相互作用。
AoIA的NMR溶液构象类似预结合状态,结合时能量损失小。
3. 关键相互作用残基
R81TM1和D473TM10从两侧通过盐桥稳定AoIA发夹弯曲处(Y5AoIA和K6AoIA)的骨架。
K6AoIA(正电荷)伸入S1位点,与D75TM1和Y152TM3形成盐桥和极性相互作用;与V148TM3、F317TM6、F323TM6发生疏水相互作用。
N端发夹臂(R1–G4):R1AoIA与E382EL4形成多个盐桥。
C端发夹臂(M7–C11):通过水分子介导与Y214EL2、T470TM10、Y545EL6、D473TM10、T474TM10、L469TM10等形成氢键/疏水网络。
4. 与χ-MrIAEM对比
两种肽结合位点相同,关键残基(R81TM1、D473TM10、K6/赖氨酸、D75TM1等)相互作用模式高度相似。
5. 突变验证
E382A、T544H突变使AoIA抑制活性下降约2倍;L469F突变下降约20倍(IC₅₀ = 7.73 µM),验证了这些残基对结合的重要性。
T474H突变不影响活性。
6. 与NE的竞争性结合
结构叠加显示K6AoIA的正电荷与NE的氨基正电荷占据S1位点同一空间,均与D75TM1相互作用。
分子动力学模拟:若NE和AoIA同时结合,会导致NE被挤出结合口袋,K6AoIA重新定位,关键电荷相互作用被破坏,形成高能不稳定构象——证实二者为空间竞争性结合。
比较目的:通过比较NET、DAT和SERT的结构,解释AoIA为何特异性抑制NET,而不影响DAT和SERT(尽管序列同源性较高)。
整体构象:AoIA将NET稳定在向外开放构象,与DAT和SERT的构象非常相似;仅EL4a、EL6和TM12处有微小差异(AoIA结合结构比DAT和SERT开放约1 Å)。
选择性决定因素:主要差异集中在EL4a区域,其与TM10和EL6形成夹钳结构稳定AoIA。
关键差异——EL4a–EL4b连接环:
NET中为A384,DAT和SERT中为脯氨酸(P387/P403)。
脯氨酸体积更大且限制骨架构象,含脯氨酸的环延伸约2–3 Å进入前庭,与AoIA的M7和C8发生空间重叠。
关键差异——EL6位点:
NET的T544小于DAT的H547和SERT的R564,使AoIA能完美契合于NET前庭,充当EL4环与EL6之间的“楔子”。
DAT和SERT无法结合的原因:
EL4和EL6上较大的氨基酸,加上EL4环构象差异,阻止AoIA以相同姿态结合或充分闭塞DAT/SERT。
AoIA可能无法与DAT/SERT中相应盐桥残基或S1天冬氨酸形成有效相互作用。
盐桥差异:
NET和DAT的外部栅栏盐桥为天冬氨酸(D473/D476),SERT中为谷氨酸(E493)(多一个亚甲基),影响盐桥长度和羧酸基团位置。
静电排斥:SERT中K490和E494(NET对应T470和T474)的侧链会与AoIA发生空间重叠并产生去稳定化的静电排斥。
结果3、AoIA在雄性小鼠皮下给药后在炎症性疼痛模型中显示出抗伤害效果且无镇静作用
急性疼痛试验(甩尾试验):皮下注射19 µmol/kg AoIA后,在任何时间点均未显著延长甩尾潜伏期,即对急性伤害性疼痛无显著效果。
炎症性疼痛试验(福尔马林试验):
AoIA在炎症性II期产生时间和剂量依赖性的抗伤害效果,但在伤害性I期无效果。
在7.6和19 µmol/kg剂量下,疼痛行为分别减少55%和67%。
炎症性II期的ED₅₀为8.24 µmol/kg,与吗啡的ED₅₀(6.44 µmol/kg)相当。
与MrIA对比:等摩尔剂量(19 µmol/kg)的MrIA在福尔马林试验中无抗伤害效果,表明AoIA的体内活性优于MrIA。
安全性评估(转棒试验):最高抗伤害剂量(19 µmol/kg)的AoIA不影响小鼠的运动协调能力,无镇静或运动功能障碍。
结论:AoIA在炎症性疼痛模型中皮下给药后具有显著、有效的抗伤害作用,且无阿片类药物常见的镇静副作用。
最后,来看看方法
生活很好,有你更好。
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数据分析
#分子对接
#分子动力学
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作者,Evil Genius
接下来要为我们的生化小课,分子对接/分子动力学做好准备,那是那句话,我们先把事情做好,再说其他的事情。
学就好好学,学会,不学就算了,好好玩两个月,放松心情,养好心态,两边起码沾一边,千万不要半学不学,两边都不沾,浪费时间精力金钱,最后还是去找公司掏钱做了,一点意义没有。
今日参考文献
知识积累
χ-AoIA是一种源自蛇毒的肽类毒素,能高选择性地抑制去甲肾上腺素转运蛋白(NET),其体外活性强于已知的类似物MrIA。冷冻电镜结构显示,它以独特方式同时结合NET的中央位点和外部前庭。在小鼠炎症疼痛模型中,皮下注射χ-AoIA表现出明显的抗伤害(镇痛)效果。研究表明,χ-AoIA是一种高选择性NET配体,具有开发为非阿片类镇痛药的潜力。
芋螺与芋螺毒素概述
芋螺是生活在热带水域的海洋腹足动物,已知超过1000种,其毒液含有多达200种生物活性成分。
毒液中的主要活性物质为肽类,称为“芋螺肽”或“芋螺毒素”,用于防御和捕食,可引发靶动物兴奋毒性休克、麻痹或镇静。
芋螺毒素的分类与应用
多数芋螺毒素作用于神经系统的离子通道、受体和转运蛋白,按药理靶点分类。
部分已被开发为高选择性药理学探针(如α-芋螺毒素用于烟碱型乙酰胆碱受体),或作为镇痛药物(如ω-芋螺毒素MVIIA已上市为齐考诺肽)。
发现与鉴定瓶颈
转录组和蛋白质组学加速了芋螺毒素序列的鉴定,但高通量生物筛选进展缓慢。
已知约8000种芋螺毒素序列中,超过98%缺乏三维结构和功能活性数据。
NET与χ-芋螺毒素
NET是SLC6单胺转运蛋白家族成员,负责清除突触间隙的去甲肾上腺素。
2001年首次发现χ-芋螺毒素(MrIA、MrIB)能特异性抑制NET,并在小鼠中表现出抗伤害活性。
基于MrIA开发的合成类似物Xen2174曾在动物和I期临床试验中显示潜力,但在II期试验中未达显著疗效。
χ-芋螺毒素家族的新成员
二十多年来,MrIA/MrIB一直是该家族唯一确认的NET活性成员。
近期新发现两种χ-芋螺毒素(PnID、AuID),序列与MrIA相似,提示该家族可能扩展。
近期还解析了MrIA合成类似物与NET的冷冻电镜结构。
疼痛与去甲肾上腺素能信号通路
慢性疼痛是全球致残主因,阿片类药物有效但副作用和成瘾风险大,亟需非阿片类镇痛药。
去甲肾上腺素在脊髓通过激活α2-肾上腺素受体抑制伤害性信号传导;NET通过回收NE调控该通路,因此NET抑制剂具有镇痛潜力。
本研究的主要内容
基于序列相似性,从Conus araneosus中鉴定出一种芋螺肽(序列RCCGYKMCHOC,O为羟脯氨酸),具有与已知χ-芋螺毒素相同的二硫键连接方式。
报道了该肽的核磁共振结构,确认其NET抑制活性,并命名为χ-AoIA(简称AoIA)。
通过人NET:AoIA复合物的冷冻电镜结构,揭示AoIA占据转运蛋白外部前庭及部分中央底物结合位点(S1)。
在小鼠炎症性疼痛模型中,AoIA皮下给药显示出抗伤害效果,证明其作为非阿片类镇痛药的潜力。
研究支持进一步探索χ-芋螺毒素作为镇痛药物先导物,并提示外周NET抑制具有治疗意义。
结果1、化学合成、结构及体外药理学表征
合成方法:采用自动化固相肽合成法合成AoIA。
四种半胱氨酸的三种二硫键连接方式:
球状构象(I–III;II–IV)
带状构象(I–IV;II–III)
珠状构象(I–II;III–IV)
氧化折叠结果:DMSO辅助氧化折叠得到两种主要异构体(峰A和峰B),二者质量几乎相同但HPLC保留时间不同。
异构体鉴定:
峰A:球状构象(C2–C8,C3–C11),命名为AoIAglob。
峰B:带状构象(C2–C11,C3–C8),为天然AoIA(与文献报道一致)。
NMR结构特征:
天然AoIA(带状)呈发夹形状,含反向平行β-折叠片,由C3–C8二硫键稳定。
可细分为N端发夹臂(R1–G4)、发夹弯曲(Y5–K6)和C端发夹臂(M7–C11)。
球状异构体因二硫键几何约束无法形成类似二级结构。
与MrIA对比:天然AoIA带状异构体的骨架与MrIA近乎完全重叠;球状异构体仅部分保留χ-芋螺毒素药效团。
后续合成策略:后续研究改用正交半胱氨酸脱保护策略,定向合成所需带状构象(C2–C11,C3–C8)。
NET抑制活性验证:在表达人NET的HEK293细胞中,AoIA和球状异构体AoIAglob均可抑制NET对[³H]-MPP⁺的摄取。
抑制效力对比:
AoIA的IC₅₀ = 1.06 µM。
AoIAglob的IC₅₀ = 23.7 µM(效力远低于AoIA)。
AoIA对NET的抑制效力约为MrIA(IC₅₀ = 10.9 µM)的十倍。
结合亲和力:放射性配体竞争结合实验证实AoIA与NET有高亲和力,Ki = 1.30 µM。
抑制机制:AoIA对NET的抑制表现为混合型竞争/非竞争性抑制——低浓度时Km基本不变、Vmax下降;高浓度时Km也升高。
选择性:AoIA对NET具有高度选择性,在最高浓度100 µM下对SERT(血清素转运蛋白)和DAT(多巴胺转运蛋白)均无抑制活性。
对阿片受体无作用:AoIA(10 µM)对μ、δ、κ阿片受体均无亲和力。
对α2A-肾上腺素受体无作用:AoIA对α2A-AR既无激动也无拮抗效应(与可乐定和育亨宾对照)。
对TRP通道无作用:AoIA不影响TRPA1和TRPV1通道的活性(分别由香芹酚和辣椒素激活)。
对电压门控钙通道无作用:钾离子诱导钙内流的实验显示,AoIA不调节感觉神经元中低电压和高电压敏感钙通道的电压敏感性。
对SERCA无作用:甲醛诱导的钙变化实验排除了SERCA作为AoIA的靶点。
对电压门控钠通道无作用:AoIA既不抑制NaV1.7介导的净钠电流,也不抑制NaV1.8介导的慢失活钠电流(NaV1.8抑制剂suzetrigine作为阳性对照有效)。
结论:AoIA的潜在镇痛作用并非通过阿片受体、肾上腺素能受体、TRP通道或电压门控钠/钙通道等常见疼痛相关靶点介导,而是主要依赖于其对NET的选择性抑制。
结果2、基于冷冻电镜的AoIA在NET上作用机制的结构基础
结构解析概况
采用脂质纳米盘和单颗粒冷冻电镜技术,解析NET:AoIA复合物结构,分辨率达2.77 Å,可明确指认侧链。
复合物形成由胆固醇和脂质(LPG 18:2)介导的同源二聚体,每个原聚体呈向外开放构象。
2. 总体结合特征
AoIA垂直于膜平面结合,电荷分布与NET静电势互补。
结合位点占据整个外部前庭并延伸至S1口袋;水分子通过氢键网络介导相互作用。
AoIA的NMR溶液构象类似预结合状态,结合时能量损失小。
3. 关键相互作用残基
R81TM1和D473TM10从两侧通过盐桥稳定AoIA发夹弯曲处(Y5AoIA和K6AoIA)的骨架。
K6AoIA(正电荷)伸入S1位点,与D75TM1和Y152TM3形成盐桥和极性相互作用;与V148TM3、F317TM6、F323TM6发生疏水相互作用。
N端发夹臂(R1–G4):R1AoIA与E382EL4形成多个盐桥。
C端发夹臂(M7–C11):通过水分子介导与Y214EL2、T470TM10、Y545EL6、D473TM10、T474TM10、L469TM10等形成氢键/疏水网络。
4. 与χ-MrIAEM对比
两种肽结合位点相同,关键残基(R81TM1、D473TM10、K6/赖氨酸、D75TM1等)相互作用模式高度相似。
5. 突变验证
E382A、T544H突变使AoIA抑制活性下降约2倍;L469F突变下降约20倍(IC₅₀ = 7.73 µM),验证了这些残基对结合的重要性。
T474H突变不影响活性。
6. 与NE的竞争性结合
结构叠加显示K6AoIA的正电荷与NE的氨基正电荷占据S1位点同一空间,均与D75TM1相互作用。
分子动力学模拟:若NE和AoIA同时结合,会导致NE被挤出结合口袋,K6AoIA重新定位,关键电荷相互作用被破坏,形成高能不稳定构象——证实二者为空间竞争性结合。
比较目的:通过比较NET、DAT和SERT的结构,解释AoIA为何特异性抑制NET,而不影响DAT和SERT(尽管序列同源性较高)。
整体构象:AoIA将NET稳定在向外开放构象,与DAT和SERT的构象非常相似;仅EL4a、EL6和TM12处有微小差异(AoIA结合结构比DAT和SERT开放约1 Å)。
选择性决定因素:主要差异集中在EL4a区域,其与TM10和EL6形成夹钳结构稳定AoIA。
关键差异——EL4a–EL4b连接环:
NET中为A384,DAT和SERT中为脯氨酸(P387/P403)。
脯氨酸体积更大且限制骨架构象,含脯氨酸的环延伸约2–3 Å进入前庭,与AoIA的M7和C8发生空间重叠。
关键差异——EL6位点:
NET的T544小于DAT的H547和SERT的R564,使AoIA能完美契合于NET前庭,充当EL4环与EL6之间的“楔子”。
DAT和SERT无法结合的原因:
EL4和EL6上较大的氨基酸,加上EL4环构象差异,阻止AoIA以相同姿态结合或充分闭塞DAT/SERT。
AoIA可能无法与DAT/SERT中相应盐桥残基或S1天冬氨酸形成有效相互作用。
盐桥差异:
NET和DAT的外部栅栏盐桥为天冬氨酸(D473/D476),SERT中为谷氨酸(E493)(多一个亚甲基),影响盐桥长度和羧酸基团位置。
静电排斥:SERT中K490和E494(NET对应T470和T474)的侧链会与AoIA发生空间重叠并产生去稳定化的静电排斥。
结果3、AoIA在雄性小鼠皮下给药后在炎症性疼痛模型中显示出抗伤害效果且无镇静作用
急性疼痛试验(甩尾试验):皮下注射19 µmol/kg AoIA后,在任何时间点均未显著延长甩尾潜伏期,即对急性伤害性疼痛无显著效果。
炎症性疼痛试验(福尔马林试验):
AoIA在炎症性II期产生时间和剂量依赖性的抗伤害效果,但在伤害性I期无效果。
在7.6和19 µmol/kg剂量下,疼痛行为分别减少55%和67%。
炎症性II期的ED₅₀为8.24 µmol/kg,与吗啡的ED₅₀(6.44 µmol/kg)相当。
与MrIA对比:等摩尔剂量(19 µmol/kg)的MrIA在福尔马林试验中无抗伤害效果,表明AoIA的体内活性优于MrIA。
安全性评估(转棒试验):最高抗伤害剂量(19 µmol/kg)的AoIA不影响小鼠的运动协调能力,无镇静或运动功能障碍。
结论:AoIA在炎症性疼痛模型中皮下给药后具有显著、有效的抗伤害作用,且无阿片类药物常见的镇静副作用。
最后,来看看方法
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