​[nature genetics | 论文简读] 用序列模型从染色体角度来预测3D基因组结构

简读分享 | 金俊儒 编辑 | 李仲深

论文题目

Sequence-based modeling of three-dimensional genome architecture from kilobase to chromosome scale

论文摘要

为了更好的学习基因序列如何影响3D结构，本文提出了一个基于序列的深度学习方法，Orca。这个模型能够在整个基因组scale上进行预测。Orca能够捕捉到基于序列的结构，比如CTFT，enhancer-prompter等等。Orca还有多种应用，比如预测结构变异以及结构变异的影响。

简评：做的主要是问题是纯sequence的问题，而且在一个非常长的序列上做的特征提取，对mutation的研究也有涉及，所以很有启发性.

论文链接

https://www.nature.com/articles/s41588-022-01065-4

GitHub链接

https://github.com/jzhoulab/orca