122-R可视化40-以ggplot对象的形式进行图层叠加

• 参考：
  • Controlling Layouts • patchwork (data-imaginist.com)[1]
  • Drawing with and on plots • cowplot (wilkelab.org)[2]

前言

在[[111-R可视化35-结合grid与ggplot输出]] 与[[116-R可视化36-把你长长的坐标轴弄短]] 中，我们提过：通过pushViewport控制画布位置的方法，我们可以画出：

但美中不足的一点是，因为其并非是在一个ggplot 图层上操作，就没有办法使用ggsave 的方法了。

忽然发现，其实cowplot 和patchwork 也有对应的函数。

p_load(ggplot2, patchwork, cowplot)

p1 <- ggplot(iris) + geom_point(aes(Sepal.Length, Sepal.Width))
p2 <- ggplot(iris) + geom_boxplot(aes(Species, Sepal.Length))

简单插入

也就对应包里的两个函数：

• patchwork: inset_element
• cowplot: draw_plot

p1 + inset_element(p2, left = 0.6, bottom = 0.6, right = 1, top = 1)

ggdraw(p1) + draw_plot(p2, x = .6, y = .6,
               width = .4, height = .4)

另外，可以对比一下它们在0,0 原点作图的结果：

pp_patch <- p1 + inset_element(p2, left = 0, bottom = 0, right = .4, top = .4)

pp_cow <- ggdraw(p1) + draw_plot(p2, x = 0, y = 0,
               width = .4, height = .4)

• patchwork

• cowplot

可见，patchwork 是严格的控制在坐标系的范围内。而cowplot则似乎只有坐标系的底部是与原图贴合，而左侧并没有完全贴合。

虽然在draw_plot 方法中写道：

★Places a plot somewhere onto the drawing canvas. By default, coordinates run from 0 to 1, and the point (0, 0) is in the lower left corner of the canvas. ”

再看看两个对象差别

> class(pp_patch)
[1] "patchwork"   "inset_patch" "gg"          "ggplot"     
> class(pp_cow)
[1] "gg"     "ggplot"

在[[108-R可视化32-通过seurat包中的LabelClusters学习ggplot之一]] 我就探索过cowplot 与patchwork 拼图后的对象。

pp <- p1 + p2
pp2 <- plot_grid(p1,p2)
> class(pp)
[1] "patchwork" "gg"        "ggplot"   
> class(pp2)
[1] "gg"     "ggplot"

对于patchwork 来说，inset_element 依旧是将其他拼图部分放在了pp_patch$patches，我们直接调用，会将拼图部分打印出来。

有意思的是，这里打印的结果并非是insert 部分，也就是说，patches 部分实际存放的是背景部分的“主图”：

不过这也和patchwork 的风格一致，比如：

pp <- p1 + p2 + p3

pp$patches$plots[[1]] + pp$patches$plots[[2]]

patches 存放的也是p1 与p2。

简单的摸索了一下，发现还是缺乏对ggplot 对象的理解，留给以后深挖了。

能用ggsave 了

因为是ggplot 对象，就可以用ggsave了：

> class(pp_patch)
[1] "patchwork"   "inset_patch" "gg"          "ggplot"     
> class(pp_cow)
[1] "gg"     "ggplot"

ggsave(filename = "cow.pdf", plot = pp_cow)
ggsave(filename = "patch.pdf", plot = pp_patch)

可喜可贺。

参考资料

[1]

Controlling Layouts • patchwork (data-imaginist.com): https://patchwork.data-imaginist.com/articles/guides/layout.html#insets-1

[2]

Drawing with and on plots • cowplot (wilkelab.org): https://wilkelab.org/cowplot/articles/drawing_with_on_plots.html