ggheatmap复现CNS级美图

生信技能树

发布于 2021-07-06 14:41:47

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发布于 2021-07-06 14:41:47

文章被收录于专栏：生信技能树

前面我们推送了南方医的一个后起之秀的新R包

下面是包作者的实战笔记

前言：自从公开ggheatmap后，笔者收到了许多读者的鼓励。真的感激大家的支持与鼓励~如果在使用过程中存在什么问题，或者有比较希望实现的功能可以联系笔者，你的每一个建议对我来说都是一次学习和进步，也希望有机会和大家一起探讨学习~ 接下来，笔者将会举两个例子，用来说明ggheatmap的用途，希望都过去抛砖引玉的作用（本质上：也就heatmap+拼图）

前期准备

说明：以下数据并非真实存在，只是作者随机生成，所以不同人运行的结果可能存在不同，大家不放心的话，可以使用pheatmap包进行验证。

devtools::install_github("XiaoLuo-boy/ggheatmap")
library(ggheatmap)
library(aplot)
set.seed(123)
df <- matrix(runif(600,0,10),ncol = 12)
colnames(df) <- paste("sample",1:12,sep = "")
rownames(df) <- sapply(1:50, function(x)paste(sample(LETTERS,3,replace = F),collapse = ""))
df[1:4,1:4]

row_metaData <- data.frame(exprtype=sample(c("Up","Down"),50,replace = T),
                           genetype=sample(c("Metabolism","Immune","None"),50,replace = T))
rownames(row_metaData) <- rownames(df)

col_metaData <- data.frame(tissue=sample(c("Normal","Tumor"),12,replace = T),
                           risklevel=sample(c("High","Low"),12,replace = T))
rownames(col_metaData) <- colnames(df)

exprcol <- c("#EE0000FF","#008B45FF" )
names(exprcol) <- c("Up","Down")
genecol <- c("#EE7E30","#5D9AD3","#D0DFE6FF")
names(genecol) <- c("Metabolism","Immune","None")
tissuecol <- c("#98D352","#FF7F0E")
names(tissuecol) <- c("Normal","Tumor")
riskcol <- c("#EEA236FF","#46B8DAFF")
names(riskcol) <- c("High","Low")
col <- list(exprtype=exprcol,genetype=genecol,tissue=tissuecol,risklevel=riskcol)

stackDat <- data.frame(sample=rep(paste0("sample",1:12),each=2),
                       count=sample(1:10,24,replace = T),
                       type=rep(c("Negative","Positive"),times=12))

数据说明：

df：表达矩阵
row_metaData：行注释数据
col_metaData：列注释数据
stackDat：每个样本上调基因和下调基因的总数（为了方便，该数据也是随机生成的）

Example1

复现图片1

**图片出处说明：**本热图出自《Cell》文献：https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.05.032。起初是作者在“木舟笔记”推送上面看到的图片，感觉热图超级好看的，所以尽力复现出来（只模仿形，不模仿意）。

用法：可以用于对特定基因或者样本的多重注释。比如某些基因是免疫基因，某些基因是自噬相关相关基因，某些是肿瘤驱动基因。可能某些基因可能既是免疫基因也是自噬相关基因，这也就意味这用条形图注释不在合适，所以可以采用这个办法进行可视化。

代码实现


ggheatmap<- ggheatmap(df,color=colorRampPalette(c( "#66b032","white","#ff3800"))(100),
                      cluster_rows = T,cluster_cols = T,scale = "row",
                      cluster_num = c(5,3),
                      tree_color_rows = c("#3B4992FF","#EE0000FF","#008B45FF","#631879FF","#008280FF"),
                      tree_color_cols = c("#1F77B4FF","#FF7F0EFF","#2CA02CFF"),
                      annotation_rows = row_metaData,
                      annotation_cols = col_metaData,
                      annotation_color = col
)

dat <- data.frame(Glycolysis=sample(c(1,NA),50,replace = T),
                  TAC=sample(c(1,NA),50,replace = T),
                  gene=rownames(df))
p1 <- ggplot(dat,aes(x=Glycolysis,y=gene))+
  geom_point(color="#d40749",size=3)+theme_classic()+
  theme(line = element_blank(),axis.text = element_blank(),axis.title.y = element_blank(),
        axis.title.x = element_text(colour ="#d40749",face = "bold",size = 10))+
  xlab("Glycolysis")+scale_x_discrete(position = "top") 
        
p2 <- ggplot(dat,aes(x=TAC,y=gene))+
  geom_point(color="#0092db",size=3)+theme_classic()+
  theme(line = element_blank(),axis.text = element_blank(),axis.title.y = element_blank(),
        axis.title.x = element_text(colour ="#0092db",face = "bold",size = 10))+
  xlab("TAC")+scale_x_discrete(position = "top") 


ggheatmap%>%insert_right(p1,width = 0.1)%>%insert_right(p2,width = 0.1)

Example1

Example2

Example2

**图片出处说明：**本图来源于data.world可视化项目：Energy Use at 10 Downing St in 2017（列为月份，行为日期）（只模仿形，不模仿意）。

用法：用于描述行列元素某一特征的变化趋势。比如说：如果样本以我们构建的模型打分的大小排序，同时需要描述特定类型基因的表达情况，那么这样绘制不免是一个很好的切入点。你也可以把柱形图换为线图等等。

代码实现

ggheatmap2<- ggheatmap(df,cluster_rows = T,cluster_cols = T,scale = "row",
                      cluster_num = c(5,3),
                      tree_color_rows = c("#3B4992FF","#EE0000FF","#008B45FF","#631879FF","#008280FF"),
                      tree_color_cols = c("#1F77B4FF","#FF7F0EFF","#2CA02CFF"),
                      annotation_rows = row_metaData,
                      annotation_color = col,show_cluster_cols=F
                            
)
p3 <- ggplot(stackDat, aes(x=sample,y=count, fill=type)) + 
  geom_bar(position="stack", stat="identity")+
  scale_fill_manual(values = c("#24c1ff","#ffbd24"))+
  theme_classic()+
  theme(axis.text.x =element_blank(),
        axis.title.x = element_blank(),
        axis.line.x = element_blank(),
        axis.ticks.x = element_blank())+
        scale_y_continuous(expand = c(0,0),position = "right")
ggheatmap2%>%insert_top(p3,height = 0.1)

Example2

本文参与腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。

原始发表：2021-05-29，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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