Fimo扫描基因组序列

在做motif分析时，经常用Fimo扫描基因组序列得到motif对应的序列位置，进而进行下一步的分析。说明文档可参考：http://meme-suite.org/doc/fimo.html

Fimo

fimo的基本用法为： fimo [options] <motif file> <sequence file>

motif file就是motif文件，提供MEME and DREME输出的文件就可以，也可以从CISBP，JASPAR或者HOCOMOCO等数据库下载得到。比如如下格式：

motif file

sequence file是序列文件，用全基因组还是提出来的基因组片段都可以。

其他参数还有：

Parameters

用到的比较多的还有--thresh，即p值的阈值，默认是1e-4；--qv--thresh可以修改q值的阈值。

默认会输出fimo_out/的文件夹，里边有fimo.html, fimo.tsv, fimo.gff, cisml.xml和fimo.xml五种不同格式的结果。如果选择--text则只会出现tsv格式的结果。

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