一个函数抓取代谢组学权威数据库HMDB的所有表格数据

爬虫是都不陌生的一个概念，比如百度、谷歌都有自己的爬虫工具去抓取网站、分析、索引，方便我们的查询使用。

在我们浏览网站、查询信息时，如果想做一些批量的处理，也可以去分析网站的结构、抓取网页、提取信息，然后就完成了一个小爬虫的写作。

网页爬虫需要我们了解的结构、语法特征和结构，以及使用合适的抓取、解析工具。我们这篇先看一个简单的处理，给一个直观的感受：一个函数抓取网页的表格。以后再慢慢解析如何更加定制的获取信息。

HMDB (人类代谢组数据库)收录了很多代谢组的数据，用于代谢组学、临床化学、生物标志物开啊和基本教育等。数据联通化学、临床、分子生物学3个层次，共有114,099个代谢物。

网站提供了多种浏览和查询功能，可以关注不同的疾病、通路、BMI、年龄、性别相关代谢组学。

下图展示的是BMI相关代谢物的数据。

如果我们想把这个表格下载下来，一个办法是一页页的拷贝，大约拷贝十几次，工作量不算太大，但有些无趣。另外一个办法就是这次要说的抓取网页。

R的包中有个函数专用于识别HTML中的表格 (table标签)，从而提取元素。具体使用如下：

这样我们就获得了第一页的表格，如果想获得随后的页的呢？鼠标移动经过分页的标签，可以看到URL的规律。

num,每一页就是变换下num；对首页来说，可以写也可以省略，为了批量，一般写上。

这样就获得了所有的表格。

有两点需要注意

为了给被抓取的网站带去较大的访问压力，每抓取一次，最后间歇一段时间。这需要我们自定义一个函数，封装下。

HMDB数据库提供了全数据下载功能，相比于抓取，下载下来数据，自己筛选合并是更好的方式。

问题解决

可能是因为网速或其它问题，有时直接把提供给不一定可以获取结果，下面提供了2额外的方式，供使用。

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