GraPhlAn是一种用于生成分类和系统发育树的综合可视化工具。其专注于系统发育和分类学介导分析的精简,整合,信息化和可视化。GraPhlAn结构简要概述如下图:
一、 GraPhlAn依赖关系
GraPhlAn基于Python语言实现。在安装前,需要检查GraPhlAn软件的依赖关系,即需满足以下条件:
1. Python(version>=2.7)
2. Python的biopython模块(version>=1.6)
3. Python的matplotlib模块(version>1.1)
如果缺少相关的模块,则需要先安装对应的模块。
二、 GraPhlAn安装
三、 GraPhlAn标准使用
GraPhlAn包主要包含两个主要脚本:graphlan.py和graphlan_annotate.py.
第一个以三种最流行的格式生成输入树的图形输出:Newick,PhyloXML或文本格式;同时也生成几种不同格式的输出图像:png,pdf,ps,eps,svg,以及可以设置图像的分辨率和大小。第二个修改任何输入树(以三种标准格式中的任何一种)添加关于树的结构或图形方面的附加信息(如分类群的颜色和样式,标签,阴影,图,......)。接下来,展示GraPhlAn的基本使用方法:使用的分析数据为GraPhlAn工具的examples中的数据。
1. 生成基本输出树
graphlan.py guide.txt step_0.png --dpi 300 --size 3.5
这是GraPhlAn可以提供的非常基本的输出树。使用注释文件,我们可以个性化树的方面。
2. 使用注释文件进行优化
graphlan_annotate.py --annot annot_0.txt guide.txt guide_1.xmlgraphlan.py
guide_1.xml step_1.png --dpi 300 --size 3.5
第一个命令将annot_0.txt中的设置绑定到guide.txt树,生成一个新树:guide_1.xml。后面的命令生成png格式的图像。
3. 节点的设置
graphlan_annotate.py --annot annot_1.txt guide_1.xml guide_2.xmlgraphlan.py
guide_2.xml step_2.png --dpi 300 --size 3.5
第一个命令将annot_1.txt文件绑定到上一步生成的树:guide_1.xml,将结果保存在guide_2.xml中。后面的命令将生成png格式的图片。
4. 标签设置
graphlan_annotate.py --annot annot_2.txt guide_2.xml guide_3.xmlgraphlan.py
guide_3.xml step_3.png --dpi 300 --size 3.5
第一个命令将annot_2.txt中的设置绑定到guide_2.xml树,生成一个新树:guide_3.xml。后面的命令生成png格式的图片。
5. 外部设置
graphlan_annotate.py --annot annot_3.txt guide_3.xml guide_4.xmlgraphlan.py
guide_4.xml step_4.png --dpi 300 --size 3.5 --pad 0.0
第一个命令将annot_3.txt中的设置绑定到guide_3.xml树,生成一个新树:guide_4.xml。后面的命令生成png格式图片。
四、 GraPhlAn其他可视化形式
1. 人类微生物组计划
2. 肠道微生物组
3. PhyloPhlAn
4. IBD生物地理学
以上就是GraPhlAn的基本介绍,深度学习GraPhlAn工具可以参考GraPhlAn官网帮助文档。下周将向大家介绍PICRUSt : 基于16S预测微生物群落功能。
供稿人:微生物事业部 宋德强
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