切除引物-Bamclipper

一、Bamclipper介绍

Bamclipper是一款专门针对bam文件soft-clipping PCR反应的引物

官网：https://github.com/tommyau/bamclipper/blob/master/README.md

运行前先用samtools index my.bam 建立索引

同时要有samtools和parallel的存在

切掉引物后用igv来看，可以看到的确切掉了引物，但是为什么切以后文件大小变化了呢？

二、讨论

这个工具在用的时候折腾了一会，就在于，

必须向用samtools建立索引，我的bam文件也是有索引，但是索引的名字给改了

还有一点，这个程序必须要有parallel,多进程，你懂的

参考资料

https://github.com/tommyau/bamclipper/blob/master/README.md