资源共享，异构计算 缺少作业队列概念 缺少灵活的集群资源规划，提供多租户场景下资源公平使用以及高效复用 缺少对异构资源的深度支持 云原生批量计算项目-Volcano CNCF Volcano 总览 统一的作业管理...性能优化和异构资源管理 调度性能优化，并结合Kubernetes提供扩展性、吞吐、网络、运行时的多项优化，异构硬件支持x86，Arm，GPU晟腾，昆仑等 CNCF Volcano关键进展 Volcano...架构和核心能力 Volcano 架构 Volcano APIs 提供Job/JobFlow、Queue、PodGroup等核心概念，便于定义批量计算作业部署运行及资源分配需求 2....Volcano Controller 实现完整的作业生命周期管理、作业队列、队列资源预留、队列容量、多租户资源动态共享等核心能力 4....公平调度 Volcano 典型场景和案例 场景一：弹性调度 场景二：作业拓扑感知调度 场景三：CPU拓扑感知调度 场景四：为Spark提供批量调度 场景五：在离线作业混部 在线服务有峰谷，
Volcano GPU共享设计 Volcano通过Kubernetes自定义扩展资源机制定义了GPU相关的“volcano.sh/gpu-memory”和“volcano.sh/gpu-number”两种资源...3）Volcano GPU调度插件： Volcano通过ConfigMap对调度器进行配置，可以在“volcano-scheduler-configmap”开启GPU share功能： kubectl...: volcano-scheduler-configmap namespace: volcano-system data: volcano-scheduler.conf: | actions...如果想要在Volcano中使用GPU Share功能运行HPC作业，只需要将https://github.com/volcano-sh/volcano/blob/master/example/integrations...2. https://github.com/volcano-sh/devices 3. https://github.com/volcano-sh/volcano 深入了解Volcano
Volcano 值得一试。...://raw.githubusercontent.com/volcano-sh/volcano/master/installer/volcano-development.yaml arm64：https...://raw.githubusercontent.com/volcano-sh/volcano/master/installer/volcano-development-arm64.yaml 部署之后，...会生成若干 CRD，以及一个 volcano-system 命名空间，其中包含 Volcano 的工作负载。...接下来定义一个 Volcano 任务，源码见 job1.yaml，定义其优先级为刚刚创建的 volcano-task。
Volcano是一个Kubernetes云原生的批量计算平台，也是CNCF的首个批量计算项目。 ?...本篇文章将从Volcano的设计原则来带大家更进一步了解Volcano。...点击查看Volcano的架构解读： Volcano架构解读：基于Kubernetes的云原生批量计算平台 先来了解一些基本概念： Queue： 队列，Cluster级别的资源对象，可声明资源配额，由多...Job是1：1的关系，主要是供 schedule调度时使用的 Command 支持外部干预运行中的作业，作用对象是Volcano Job Volcano 设计原则与考虑 ?...上一节课里面我们提到我们在Volcano里增加了很多Pod的状态。
客座文章：Volcano社区维护者 Volcano是一个Kubernetes原生批处理调度系统。这个开源项目针对计算密集型工作负载进行了优化，在人工智能、大数据、基因组学和渲染等领域特别有用。...这些领域的主流计算框架可以很容易地连接到Volcano，以集成高性能作业调度、异构芯片管理和作业管理。 你为什么需要Volcano？ 分组调度 Kubernetes的默认调度器一个接一个地调度容器。...这就是Volcano的由来。确保了一组相关的容器可以同时排期。如果出于某种原因，不可能将所有容器排成一组，Volcano不会安排这组。在实践中，将一组内部依赖容器部署到有限资源上的情况并不少见。...Volcano可以帮助你做到这一点。 Volcano是如何应对这一切的呢？让我们仔细看看Volcano提供的一些调度算法。 DRF算法被YARN和Mesos使用，但Kubernetes不使用。...后来它被重新命名为Volcano，以反映它的力量和光明的未来。 更多有关Volcano的信息，请访问https://volcano.sh/。
针对云原生场景下的高性能应用场景，华为云容器团队推出了Volcano项目。...Volcano 调度框架 Volcano调度器通过作业级的调度和多种插件机制来支持多种作业；Volcano的插件机制有效的支撑了针对不同场景算法的落地，从早期的gang-scheduling/co-scheduling...Volcano调度实现 Volcano调度器在支持上面这些主要场景时，分别使用了action和plugin两级插件。...Volcano直播课：大神带你飞 ?...6月4日（本周四）晚20:00-21:00 Volcano/kube-batch 创始人在线授课 不仅传授Volcano架构原理 还告诉你更多应用落地场景 扫描二维码或戳阅读原文 即可报名免费看直播 ：
步骤 2: 安装和配置 Volcano 安装 Volcano: 访问 Volcano 官方文档，根据指引安装 Volcano。...kubectl apply -f https://raw.githubusercontent.com/volcano-sh/volcano/master/installer/volcano-development.yaml...配置 Volcano: 根据你的工作负载需求配置 Volcano。...配置 Cromwell使用 Volcano: 在 Cromwell 的配置中，指定使用 Volcano 作为调度器。...调整 Volcano 和 Cromwell 的配置以解决兼容性问题: 根据 Cromwell与Volcano集成技术详解，需要调整配置以解决 Cromwell 和 Volcano 之间的集成问题，如调度冲突等
北京时间2021年2月27日，Volcano社区正式发布v1.2.0版本。此次发布的1.2版本关键特性为支持TDM和SLA插件。...该特性的详细设计和实现请参考或点击阅读全文查看：https://github.com/volcano-sh/volcano/blob/master/docs/design/sla-plugin.md 2...为了满足该场景，可提前为复用节点打上“volcano.sh/revocable-zone”标签，并在scheduler配置文件中配置分用时段。...打上“volcano.sh/preemptable: true”标签的作业，其所属的Pod也将集成该标签。这类Pod将被优先调度到复用节点上。...Volcano官网：https://volcano.sh/zh/docs/ Github : https://github.com/volcano-sh/volcano
火山图是散点图的一种，它将统计测试中的统计显著性量度（如p value）和变化幅度相结合，从而能够帮助快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点（基...
今天小编给大家介绍的volcano3D包，提供了易于使用的函数来提取和可视化来自三组之间的 DE 输出（主要针对 'limma' 和 'DESeq2' 的结果），使用户能够组合并同时查看三组结果。...R包安装 #CRAN install.packages("volcano3D") #github library(devtools) install_github("KatrionaGoldmann/volcano3D...这将创建 ggplot 输出： syn_plots <- volcano_trio(polar = syn_polar, sig_names = c(...p <- volcano3D(syn_polar, label_rows = c("SLAMF6", "GREM2", "FMOD"), label_size
CNCF技术监督委员会（TOC）[1]已经投票接受 Volcano 作为 CNCF 孵化项目。 Volcano[2]是一个云原生批处理系统，也是 CNCF 的第一个批处理计算项目。...“Volcano 已经帮助各行各业的用户，包括学术界、金融、软件和交通，将他们的 AI/ML、大数据和 HPC 工作负载从传统环境过渡到云原生基础设施，”Volcano 联合创始人王泽锋说。...“我非常自豪地看到 Volcano 帮助越来越多的最终用户在云原生环境中运行高性能工作负载，”Volcano 联合创始人马达表示。...参考资料 [1]技术监督委员会（TOC）: https://github.com/cncf/toc [2]Volcano: https://github.com/volcano-sh [3]v1.0:...https://github.com/volcano-sh/volcano/releases/tag/v1.0.0 [4]路线图: https://github.com/volcano-sh/volcano
基于Volcano混合部署解决方案如下图所示： 图 3 基于Volcano混合部署架构 02 Volcano混部调度能力 目前Kubernetes的默认调度器是以Pod为单位进行调度的，不区分Pod中运行的业务类型...Volcano应用模型感知分为两种： 1）作业类型感知：能够识别在线作业和离线作业。...用户提交多种类型作业时，Volcano进行统一调度，优先保证在线作业运行（如图4所示）。...当在线作业压力较低时，意味着节点上物理资源的使用率较低，此时Volcano会进行资源超卖，将离线作业调度到相应的节点上运行。...当在线作业压力变大时，Volcano会驱逐掉当前节点上的离线作业，保证在线作业能够正常运行。 针对Pod类型感知，Volcano根据应用模型对资源的诉求和整体应用模型本身运行的要求，进行优化调度。
火山（Volcano Plot）图在一张图中显示了两个重要的指标（Fold change/pvalue），可以非常直观且合理地筛选出在两样本间发生差异表达的基因。...检验分析出两样本间显著差异表达的基因后，以log2（fold change）为横坐标，以T检验显著性检验P值的负对数-log10（pvalue）为纵坐标，即可得火山图（Volcano Plot）。...> volcano = r03xyc +scale_color_manual(values = c("green","blue","red")) >volcano+geom_hline(yintercept...=1.3)+geom_vline(xintercept=c(-1,1)) >volcano+geom_hline(yintercept=1.3,linetype=4)+geom_vline(xintercept...保存图片: >ggsave("volcano.png") >ggsave("volcano8.png",volcano,width=8,height=8) 好吧，学习使人疯狂，脑袋疼学起画图一样起劲的忘休息
= pd.read_csv("volcano.csv") df_volcano.head() output 数据集包含了这些个数据 df_volcano.columns output Index...(['volcano_number', 'volcano_name', 'primary_volcano_type', 'last_eruption_year', 'country', '...= folium.Map() # 将每一行火山的数据添加进来 for i in range(0, df_volcano.shape[0]): volcano = df_volcano.iloc...[i] folium.Marker([volcano['latitude'], volcano['longitude']], popup=volcano['volcano_name']).add_to...[0]): volcano = df_volcano.iloc[i] groups.add_child(folium.CircleMarker([volcano['latitude'],
= folium.Map() for i in range(0, len(tb_volcano)): volcano_info = tb_volcano.iloc[i] latitude...= volcano_info["latitude"] longitude = volcano_info["longitude"] volcano_name = volcano_info...Volcano Name", icon=folium.Icon(color='red', icon='info-sign')).add_to(volcano_map) volcano_map 【结果...= volcano_info["latitude"] longitude = volcano_info["longitude"] volcano_name = volcano_info...【代码】 # 按火山类型统计火山数量 volcano_type = tb_volcano["primary_volcano_type"].value_counts().to_frame() volcano_type.columns
种不同的调色板，可以使用scico_palette_show()函数查看 scico_palette_show() 导出调色板代码 scico(10, palette = 'lapaz') 案例展示 volcano...<- data.frame( x = rep(seq_len(ncol(volcano)), each = nrow(volcano)), y = rep(seq_len(nrow(volcano...)), ncol(volcano)), height = as.vector(volcano) ) ggplot(volcano, aes(x = x, y = y, fill = height)
一步绘制火山图 输入数据格式 火山图需要的数据格式如下 (本文用到的数据文件名为volcano.txt，文末有下载链接，此处截取一部分作为例子，也可用来画图，只是数据少，效果不明显) id: 不是必须的...-f volcano.txt -x log2FoldChange -y padj -s significant -S "'EHBIO_UP', 'Baodian_UP', 'Unchanged'" -...# , 默认值，故命令行中未写，引号是必须的 sp_volcano.sh -f volcano.txt -x log2FoldChange -y padj -P TRUE -L...# -M 10: 与之前相同 sp_volcano.sh -f volcano.txt -x log2FoldChange -y padj -P TRUE -L top -M 10 ?...火山图中标记基因的名字 # -l: label，在图中标记部分基因的名字； # label为含有待标记基因名字的列名，此列中非的非空字符都会视为基因名字 sp_volcano.sh -f volcano.txt
今天给大家介绍一个快速绘制火山图(volcano map) 拓展工具包-ggVolcano，绘图结果为ggplot2对象，也就可以灵活进行相关主题的设置。...()函数来制作渐变色火山图」ggVolcano包还提供gradual_volcano()函数 实现渐变火山图的绘制，该函数基本ggvolcano()函数语法一样，使用？...gradual_Volcano 查看该函数的参数。...term_Volcano 来查看该函数的参数。...data("term_data") # plot term_volcano(deg_data, term_data, x = "log2FoldChange", y = "padj
二、Volcano：深挖云原生批量计算能力的深度 现在的云计算，早已不是单一云体系的平台，多云、混合云、边缘云的架构正在越来越普遍，云计算也呈现出边缘、多云、智能、异构的云原生发展趋势。...继开源智能边缘框架技术 KubeEdge 后，华为又正式开源了Volcano云原生批量计算平台。 要知道，不只是场景和能力编排，算力也是边缘计算中非常重要一部分。...此外，Volcano 为 Kubernetes 额外提供了一整套目前 Kubernetes 在批量处理和弹性工作负载处理中缺失的机制，同时针对现有的机制进行了优化，比如生物信息学、基因组学、对于作业管理的扩展和改进...目前，Volcano 已经于百度深度学习平台飞浆 PaddlePaddle 展开了深度合作，进一步刺激深度学习平台的数据计算潜力。...在12月7日 DevRun Summit Login 2020 的现场，百度 PaddlePaddle 的技术专家也将现场解读，PaddlePaddle 与 Volcano 的深度实践。
(Spark Operator GitHub) Volcano 虽然前两个项目为分布式系统提供了一个 Pythonic 入口点，但确保作业以有效利用云资源的方式可靠执行非常重要。...这就是 Volcano 项目让您实现的目标，它通过替换默认的 kube-scheduler 来实现此目标。...(Volcano GitHub) Kueue 虽然 Volcano 通过替换 kube-scheduler 提供高级调度功能，但 Kueue 可以通过补充调度程序来实现此目的。...(Kueue GitHub) Armada Kueue 和 Volcano 都对 Kubernetes 的调度功能提供了相对轻量级的修改，但这需要付出代价。
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