而FUNGuild、Tax4Fun v1或FAPROTAX被适度引用,引文数为几百次,其他被引用次数较少,仅为十几次(图7A)。...可用的工具 PICRUSt,PAPRICA,Tax4Fun,Piphillin等。 预测的质量可能取决于工具,也取决于目标生态系统的类型。 结果表排名,无论工具,人类微生物群的预测最佳。...在不同的土壤研究中,PICRUSt质量分数的变动性似乎比Tax4Fun的要低。然而,使用Tax4fun进行的一些土壤研究表明Tax4fun质量较高,只有约30%的OTU未映射到参考数据库。...在目前可用的所有功能推理工具中,PICRUSt和Tax4Fun非常突出。一项对这些工具的基准研究发现,他们在性能方面没有重大差异,特别是对土壤样品。
近年来,有不少研究团队开发了几款预测工具,例如 PICRUSt,Tax4Fun,Piphillin,Faprotax 和 paprica。...基于这些想法,Tax4Fun 迎来了新的版本升级 Tax4Fun2。Tax4Fun2 是一个快速且易用的 R 包,默认的参考数据集包含 275 个古细菌和 12,002 个细菌基因组。...开发团队还将 Tax4Fun2 与 Tax4Fun、PICRUSt 进行比较。结果表明在所有数据集中,Tax4Fun2 的预测性能均优于 PICRUSt 和 Tax4Fun。 ?
Linking microbial taxa, ecosystem functions and traits // 基因组上相似的物种在功能在也相似,这一观点也被应用与功能预测的工具上,如PICRUSt 和 Tax4Fun
功能预测分析 网站支持用 PICRUSt(Greengenes) 和 Tax4Fun(SILVA)基于 16s 数据进行功能预测分析。
Endnote 文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical 扩增子分析:图表解读 分析流程 统计绘图 16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun
因其基于已发表验证的可培养菌文献,其预测准确度可能较好,但相比于上述PICRUSt和Tax4Fun来说预测的覆盖度可能会降低。...目前主要使用的软件是PICRUSt和新发表的Tax4Fun。 从我们实际分析和实验结果来看,预测的准确性还是很高的,不过和样品有很大关系。
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