shannon - 腾讯云开发者社区

文章/答案/技术大牛

发布

JS散度(Jensen-Shannon)

JS散度相似度衡量指标。现有两个分布JS散度相似度衡量指标。现有两个分布JS散度相似度衡量指标。现有两个分布JS散度相似度衡量指标。现有两个分布JS散度相似度衡...

2.7K3 0

如何计算EEG信号的香农熵Shannon entropy（附Matlab程序）

《本文同步发布于“脑之说”微信公众号，欢迎搜索关注~~》香农熵Shannon entropy又称为信息熵，是信息论中的一个概念，但是其很早就被引入到脑电领域的研究中。...什么是香农熵Shannon Entroy 香农熵是信息论领域的大牛Shannon于1948年提出的一个概念[1]，香农熵又称为信息熵，直观地理解，它表征的是一个事物/事情包含的信息量的大小。...如何计算Shannon Entroy 这里所说的香农熵计算方法主要针对如脑电信号之类的连续时间序列来说。...参考文献： [1] Shannon CE . A mathematical theory of communication[J].

2.3K1 0

您找到你想要的搜索结果了吗？

是的

没有找到

MOSEC议题解读 | PWN2OWN shannon基带破解之旅

而对于Amat破解的shannon处理器，则可以简单的看成是CP(modem) + AP 结构。 ?...如图所示，在shannon处理器中，CP部分由一个Cortex-R7 ARM 核构成，AP部分则可能是Cortex-A53, Cortex-A72等，CP 和 AP 共用RAM。...0x04 固件提取虽然Shannon基带固件在可以在三星手机firmware中找到，但升级包中的固件是加密的，Amat Cama挖掘shannon基带漏洞的目的主要是满足pwn2own的要求，即找到能从...0x06 分析TASKs Samsung的shannon 基带处理器上运行有一个实时操作系统(RTOS), 首先我们需要在dump文件中定位到在RTOS上运行的这些TASKs。...在实时操作系统中，Task之间的通信机制很多，在shannon处理器的RTOS中使用的是信箱机制(Mail box)，具体机制可以去翻翻《操作系统原理》。

1.9K3 0

均匀度-丰富度散点图:生态群落分析中Shannon的可视和深刻表现

Shannon我们经常用到，而丰富度和均匀度我们也分别经常使用。但是本文的角度是我们往往容易忽略的：将由丰富度和均匀度组成的Shannon再次拆分为这两个指标并进行可视化。...摘要： Shannon是一种流行的alpha多样性度量，因为它同时估计了丰富度和均匀度。然而由于它的值取决于这两个参数，理论上有无限个丰富度/均匀度值组合得到相同的Shannon数。...Shannon熵定义： S为总物种数；pi为i物种相对丰度。...以上就分解了Shannon指数，可以画图了~ 例一群落1和2的Shannon指数相同，但丰富度和均匀度项不同，但它们可以完全区分。...B图Shannon差不多，但是A图差异很大。例四不同测序技术的3种肠型样本多样性。优缺点： i) 利用丰富度作为一个组成部分。这里描述的Shannon使用丰富度作为其组成部分之一。

4.3K3 2

新手必须要注意的编程范式

def get_shannon_info(output): """获取shannon类型flash卡信息 """ def check_health(): time_left...@pytest.mark.parametrize("line, result", [ ("Found Shannon PCIE", False), ("Found Shannon PCIE Flash...Shannon PCIE Flash card...PCIE=1", True), ("abcdedfew=", False), ("Found Shannon PCIE", False), (" =Found Shannon PCIE", False...), ("=Found Shannon PCIE", False), ("Found Shannon PCIE=", False), ("Found Shannon PCIE= ", False), ]

8484 0

PCIE的简单配置(r8笔记第82天)

/CentOS/6: total 5816 -rw-rw-r-- 1 1000 1000 559112 Mar 31 08:18 shannon-module-2.6.32-131.0.15.el6.x86..._64-2.8-6.1.x86_64.rpm -rw-rw-r-- 1 1000 1000 563396 Mar 31 08:18 shannon-module-2.6.32-220.el6.x86_64...-6.1.x86_64.rpm -rw-rw-r-- 1 1000 1000 528616 Mar 31 08:18 shannon-module-2.6.32-358.23.2.el6.x86_64-...安装shannon-utils [root@db117 rpm]# rpm -ivh shannon-utils-2.8-6.1.x86_64.rpm Preparing......shannon-utils-2.8-6.1.x86_64 shannon-module-2.6.32-431.el6.x86_64-2.8-6.1.x86_64 1.5查看PCIE-SSD状态 [root

1.4K8 0

Renyi index

Shannon熵在微生物领域应用的已经十分普遍了。Shannon index作为alpha多样性的表征手段广泛应用于微生物领域的分析中。而Renyi就更厉害了，shannon只是它其中的一种形式。...α=1时的极限即为广泛使用的Shannon entropy ? ? α=2时为Collision entropy ? ?...α趋于正无穷时为Min-entropy，该值永远不会大于shannon entropy. ? ? ?...>persp(mod) Hill和Renyi的关系为：Hill=exp(Renyi)当Renyi中的alpha=0，Hill中的阶数q=0，计算物种数量；alpha=q=1,计算shannon;alpha

1.3K2 1

计算思维@Torrey Pines 高中

富士山 Shannon Brownlee最初是Girls Who Code的成员, 但她觉得乏味后来退出了。...学习如何用Mathematica写代码很顺利，Shannon还把它用在了微积分3课程的期末课题上。Shannon没有用现成的问题，而是自己创造了一个问题来解决。...Shannon Brownlee 的 Candy Land 即使在一学年结束后，Shannon还想继续学习如何编码。很明显, 她已经摆脱了以前俱乐部的低迷状态。...Shannon 现在是CT@TP的学生领袖，并帮助俱乐部开展活动。...Abby、Emily和Shannon的故事殊途同归：她们每个人都找到了利用计算思维来探索个人兴趣的方法，每个人都通过CT@TP获得了动力。

8002 0

文章MSM_metagenomics（三）：Alpha多样性分析

SE_data}est_alpha_diversity shannon...se_data mia::estimateDiversity(abund_values = "relative_abundance", index = "shannon...`shannon` and `observed` with categorical metadata....t_factors: test factor name in the form of string # measure: the measured values in column, e.g., shannon..., richness, ncol = 2)ggplot2::ggsave(file = "shannon_richness.svg", plot = multi_plot, width = 4, height

4561 0

Python之父：明年让Python快2倍

而这一“Shannon计划”的参与者除了Guido本人之外，还有任职微软的CPython核心开发人员Eric Snow，以及Semmle的研究工程师Mark Shannon。...并且，Shannon之前参与的HotPy项目中所开发的解释器，比目前CPython解释器的纯Python代码快三倍。这证明了对CPython优化的可行性。...加速之前的挑战 Shannon坦言，向下兼容是加速Python的最大挑战。...因此Shannon表示：要改变是困难的……与CPython用户间的隐形协议并没有很好地定义什么能改，什么不能改。...目前已有五位Python开发者社区的核心人员在微软任职，包括去年年底加入的Python之父，和这次Shannon计划里的三人之一Eric Snow。

7186 0

定义群落测度：α多样性分析

③物种多样性指数(communitydiversity)反映的是物种丰富度和均匀度的综合状况，常见的有shannon-wienner（也即shannon）、simpson、invsimpson等。...shannon指数反映的是物种丰度与均匀度，与这两者均呈正相关；simpson指数为在样本中抽取两条序列属于不同种的概率。物种多样性指数为丰富度与均匀度的综合考察，其主要参数介绍如下。...② Shannon指数香农（shannon）多样性指数计算公式如下：从公式中可以看出，香农指数为正数。香农指数采用信息论的方法，反映的其实是群落的不确定性。...Group_ID, pch="+", col="lightblue", range=0.8, names=c("pH>5", "5>pH>3", "pHShannon...方法如下所示： rarefaction.single(shared=sample.0.03.0.03.subsample.shared, calc=sobs-chao-shannon-simpson,

9.3K2 0

GMSB文章四：微生物组多样性分析

Shannon指数：综合考虑了群落的丰富度和均匀度，指数值越高，表明群落的多样性越高。 Simpson指数：用来估算样品中微生物的多样性，值越大，说明群落多样性越低。...Shannon index: diversity measure, which takes into account richness, divergence and evenness....= d_alpha$diversity_shannon, check.names = FALSE) %>% dplyr::filter(group !...) df_fig$measure <- factor(df_fig$measure, levels = c("Observed", "Shannon")...Shannon index: diversity measure, which takes into account richness, divergence and evenness.

5801 0

【生信分析】免疫组库基础分析5-多样性分析及其指数计算公式

香农-威纳指数(Shannon-Wiener Index) 基于信息论中的熵概念，衡量群落中物种的不确定性或多样性。...公式中，productive uniques 为样本中克隆种类总数，diversity为shannon多样性指数的值。...Shannon多样性指数 shannon <- -sum(freq * log(freq)) # 3....Clonality指数 clonality shannon/log(S) # 7....Pielou均匀度 pielou shannon/log(S) return(c( Shannon_diversity = shannon, Simpson_diversity

4391 0

Hilldiv: Github使用说明及Hill numbers在多样性分析中应用代码

, index="shannon") #Compute Simpson index for each sample index.div(bat.diet.otutable, index="simpson...shannon") simpson <- index.div(bat.diet.sample, index ="simpson...index vs. neutral hill number of q=1 shannon exp(shannon) hill.div.q1 #Simpson index vs. neutral hill...diversity) vs Shannon index hill.div(bat.diet.otutable,qvalue=1) index.div(bat.diet.otutable,index="...shannon") #To transform the Shannon index to Hill number of q=1 (Shannon diversity) exp(index.div(bat.diet.otutable

2.2K3 1

Rarefy：稀释微生物群落数据的最新R包

2library(adiv) 3aShannon') 4names(a)<-c('comm','method') 5#非空间显式 6rare_shannon<-rare_alpha...(duneFVG$total,method="fun_div",random=999,fun_div='speciesdiv',args=a,mean=TRUE) 7#空间显式 8rare_shannon_sp...[,1],ylab="Shannon index",xlab="Number of sampling units",type="l", ylim=range(rare_shannon,na.rm=TRUE...)) 11lines(rare_shannon[,2],lty=2) 12lines(rare_shannon[,3],lty=2) 13lines(rare_shannon_sp[,1],col=4)...14lines(rare_shannon_sp[,2],lty=2,col=4) 15lines(rare_shannon_sp[,3],lty=2,col=4) 16legend("bottomright

2.8K6 2

绘制NC杂志同款高颜值小提琴图

图c：Violin plot showing distribution of Shannon’s index of the bacterial community in each compartment...小提琴Y轴：Shannon’s index Shannon’s index of the bacterial community Shannon’s index，也称为香农指数或香农-威纳指数（Shannon-Wiener...并与上面的分组信息合并 df Shannon_e"], sampFile) # 重新命名数据列名 colnames(df) Shannon_e","Group") df$Group <- factor(df$Group) head(df) # Shannon_e Group # BQYCK1 6.00...width=0.3,fill="white") + # 小提琴中的箱线图 scale_fill_manual(values = col) + # 手动填充颜色 labs(x="", y="Shannon

5200 0

《R构建函数基础篇》计算多样性指数及绘图

group.xls") %>% set_colnames(c("sample","group")) 定义函数计算多样性指数 alpha_diversity <- function(x,y) { Shannon...shannon') Simpson <- diversity(x, index = 'simpson') observed_species...specnumber(x) Chao1 <- estimateR(x)[2,] ACE <- estimateR(x)[4,] pielou shannon...")/log(specnumber(x),exp(1)) result Shannon,Simpson,observed_species,Chao1,ACE,pielou...alpha_diversity(alpha,group) %>% write.table(file="alpah.xls",sep="\t",quote = F,row.names = F) sample Shannon

9481 0

scikit-bio安装后测试代码

计算Alpha多样性计算香农多样性指数： from skbio.diversity.alpha import shannon # 示例数据：每行表示一个样本，每列表示一个物种的丰度 data =...np.array([[10, 0, 0, 5], [3, 3, 3, 3], [0, 10, 0, 5]]) # 计算每个样本的香农多样性指数 shannon_indices = [shannon...(sample) for sample in data] print(shannon_indices) scikit-bio功能概述序列分析：支持DNA、RNA和蛋白质序列的处理和分析，如序列对比

1250 0

物种数量及多样性的外推

关于Hill number之前有文章介绍过，详见：拓展种-面积关系(SAR)为多样性-面积关系(DAR) 对于物种数量的计算同时也具有abundance和incidence两种方法，另外该包还可以计算shannon...5 0.000 5 5.000 Sample5 5 5 0.001 5 5.001 #计算shannon...和估计的shannon >ChaoShannon(spider$Girdled, datatype="abundance") Observed Estimator Est_s.e 95%...LCL UCL 1 A Species richness 5.000 5.000 0.000 5.000 5.000 2 A Shannon diversity...4.636 0.158 4.575 4.946 4 B Species richness 5.000 5.000 0.018 5.000 5.036 5 B Shannon

1.5K5 2

香浓熵值判断你的单细胞亚群是否有样品特异性

也就是说 Shannon entropy 是介于 0到1的值，其中越低的Shannon entropy代表这个单细胞亚群越具有样品特异性。...公式是： Shannon entropy的公式有了这个Shannon entropy的量化指标，如下所示，可以看到绿色的这个单细胞亚群就是具有病人特异性。...但是有一个矫正后的香农信息熵，可以抹去人数的影响，代码如下： R代码函数如下： # 默认x 是一个群体的,每个人的收入,数值组成的向量 shannon.entropy <-function(x,type...to metric entropy 其中shannon.entropy函数其范围0 shannon.entropy(b1) [1] 0 > shannon.entropy(b2) [1] 3.321928 > shannon.entropy(b3) [1] 3.321928 >

1.3K2 0

点击加载更多

JS散度(Jensen-Shannon)

如何计算EEG信号的香农熵Shannon entropy（附Matlab程序）

MOSEC议题解读 | PWN2OWN shannon基带破解之旅

均匀度-丰富度散点图:生态群落分析中Shannon的可视和深刻表现

新手必须要注意的编程范式

PCIE的简单配置(r8笔记第82天)

Renyi index

计算思维@Torrey Pines 高中

文章MSM_metagenomics（三）：Alpha多样性分析

Python之父：明年让Python快2倍

定义群落测度：α多样性分析

GMSB文章四：微生物组多样性分析

【生信分析】免疫组库基础分析5-多样性分析及其指数计算公式

Hilldiv: Github使用说明及Hill numbers在多样性分析中应用代码

Rarefy：稀释微生物群落数据的最新R包

绘制NC杂志同款高颜值小提琴图

《R构建函数基础篇》计算多样性指数及绘图

scikit-bio安装后测试代码

物种数量及多样性的外推

香浓熵值判断你的单细胞亚群是否有样品特异性

相关资讯

热门标签

活动推荐

运营活动

社区

活动

圈层

关于

腾讯云开发者

热门产品

热门推荐

更多推荐