原贴来自于生信技能树论坛： http://www.biotrainee.com/thread-806-1-1.html把fasta序列读入到R里面去~ fasta是什么，我就不多说了！ ?...你一定会遇到这个需求，把fasta序列读入到R里面，至于读进去变成一个字符串还是一个list还是一个对象，是后话！...head(linked_transripts) all_recs <- entrez_fetch(db="nuccore", id=linked_transripts, rettype="fasta") 读入到...R里面是一个什么东西，就需要你仔细探究了。...其它推荐：http://www.biotrainee.com/thread-805-1-1.html ，R语言的protr包计算多条蛋白序列相似度 里面说到了用这个包的readFASTA函数也可以直接读取
假如你的Windows电脑有个bam文件，不想传输到linux服务器去使用samtools等命令行工具来探索它，就可以使用R语言！...有成熟的R包可以把bam文件读入R，比如Rsamtools，很简单的代码： library(Rsamtools) bamFile="alignResults.BAM" quickBamFlagSummary...genbioconductor/html/Rsamtools.html bam <- scanBam(bamFile) bam 值得注意的是，这里我虽然不再演示了，但是作为初学者的你，应该是知道 但是把读入的数据变成...grange对象就需要一点点技巧，下面演示如何创建grange对象samtools等命令行工具有多复杂的功能和技巧， 那么这个R包就可以多复杂，如果你学习足够努力，那就发一个你比较Rsamtools和samtools...关于 grange对象 三年前我在生信菜鸟团博客就多次强调过这个重点了，在R里面处理生物信息学数据是躲不过这个定义的，有点类似于各式各样的生物信息学文件格式，是一个标准。
前面我们介绍了如何在GEO里面下载甲基化数据，拿到的数据文件必须要导入到R里面才能分析，现在我们就讲一下不同数据如何导入R里面。 首先你需要成功下载哦。...其实就是使用了这个数据集存放在GEO里面的 _series_matrix.txt.gz 文件而已，这个文件直接读入到R即可，没什么好说的了。...23:21 GSM1681154_5958091019_R03C02_Red.idat 7.7M Feb 7 23:21 GSM1681155_5935446005_R05C01_Grn.idat..._R03C02_Grn.idat 7.7M Feb 7 23:21 GSM1681157_5958091020_R03C02_Red.idat 7.7M Feb 7 23:21 GSM1681158..._R04C02_Red.idat 可以看到文件名是有规律的。
只保留 : result:[{"s1":1, "s2": "ming"}, {"s1": 20, "s2":"xxx"}] ，然后再 read_json, 这里面有个关键的属性 orient，它决定读入...dict like {column -> {index -> value}} 'values' : just the values array 以上可以看出，匹配 orient 为 records ，读入后才能得到如下格式的
JSON采用完全独立于语言的文本格式，但是也使用了类似于C语言家族的习惯（包括C, C++, C#, Java,JavaScript, Perl, Python等）。...在python中使用Json Import json .json文件的读入 with open(filePath,'r')as f: data = json.load(f) data是字典类型...函数1dumps(dict):将python字典json化,接收参数为字典类型 函数2sort_keys:设置是否排序字典 函数3dump（）：对文件对象的处理 函数4 loads(str)解析json
在数据分析的过程中，外部数据的导入和数据的导出是非常关键的部分，而Python和R在这方面大同小异，且针对不同的包或模块，对应着不同的函数来完成这部分功能： Python 1.TXT文件 导入： 以某证券软件导出的...2.csv文件 读入： 这里我们需要用到pandas包来进行相关操作： import pandas as pd data = pd.read_csv(r'C:\Users\windows\Desktop...\test\input\重庆美团商品基本信息.csv',engine='python') 查看data，证实成功读入： ?...3.xlsx文件 读入： import pandas as pd data = pd.read_excel(r'C:\Users\windows\Desktop\test\input\重庆美团商家信息...与R对基本数据类型的读入写出大致如上，而对数据库文件等较复杂数据的处理以后会提及。
下面是读取Excel表格的记录 (生信技能树学员 ) 自我介绍：医学博士，之前19年疫情刚开始就开始在b站上自学曾老师的R语言视频，但是因为那时候心态很浮躁，所以后续一有点困难就弃坑了。...今天是R语言基础课的最后一天，也学习了ggplot2的画图，以前也找厂家做过代谢组的测序，因此迫不及待的把厂家给的数据拿出来想自己试一试 任务：读取测序厂家给的差异分析excel文件 1.首先看一下这个原始文档
fread可以加快读入速度，尤其是读特大的二进制文件。
今天我收集了一下众大佬的读入优化，来做个比较 特别鸣谢：my,zyh,hzwer,lyq 首先看一下各位大佬的读入优化 my(这是个超级大蒟蒻) 这是我自己yy着写出来的，虽然长得丑，但是也不快 1 inline...就是机房里的电脑 评测方式 随机生成一组数据 测试不同的读入方式对相同的数据的读入速度 一种方式测试3-4次 单位:S 测试1：对于le6的int随机数据读入 cin 1.716 1.711 1.823...测试2：对于1e7的int随机数据读入 cin 17.01 16.93 17.13 cin+ios 3.44 3.413 3.416 scanf 3.606 3.583 3.575 my 1.478...和上面的排名基本类似 测试3:对于1e6的long long 随机数据读入 cin 1.649 1.648 1.647 cin+ios 0.4287 0.3868 0.3863 scanf 0.4644...总结 通过上面三组测试，各种读入方式的快慢已经比较清晰了 如果按照评分的话大概可以总结为 cin<cinios≈scanf<my≈zyh<hzwer<fread
本文由雪晴数据网负责翻译整理，原文请参考New packages for reading data into R — fast作者David Smith。...以后读入都用你了~ Hadley Wickham 和 RStudio团队写了一些新的R包，这些包对于每个需要在R中读入数据的人来说都是非常有用的。readr包提供了一些在R中读入文本数据的函数。...readxl包提供了一些在R中读入Excel电子表格数据的函数。它们的读取速度远远超过你目前正在用的一些函数。 readr包提供了若干函数在R中读取数据。...我们通常会用R中的read.table家族函数来完成我们的数据读入任务。这里，readr包提供了许多替代函数。它们增加了额外的一些功能并且速度快很多。...R中的基础包utils也有读取固定宽度数据的函数，下面的示例就能体现出readr的亮点： system.time(read_fwf("C:\\Users\\a\\Desktop\\biggerfile.txt
在OJ上练习题目时，有些题目数据的输入非常大，即便是使用scanf()也会被卡常数，最后导致TLE。因此搜集网上的解决方案，常见的有以下两种：
在读入lib, lef, qrc 之后下一步要读入的就是设计，设计可能是：Verilog, VHDL, SystemVerilog几种硬件描述语言的一种或多种的混杂。 ?...综合工具都支持读入单个文件或读入一个文件列表，综合工具在读入RTL 时，会做对应的语法检查，并报出Warning 或 Error 等信息，综合工程师需要对每一类Warning 跟Error 做进一步确认...在设计正确读入之后，需要对设计做elaborate, elaborate 就是综合三大步中的 "translation", 它将设计从Verilog, SV, VHDL 描述转换成GTECH 描述，GETCH
www.rpubs.com/michelleprem/683962 https://fuzzyatelin.github.io/bioanth-stats/module-24/module-24.html 首先是读入数据...今天推文用到的示例数据是参考链接2中提供的usflu.fasta，fasta文件已经比对好，R语言里读入fasta格式的数据可以使用adegenet包中的fasta2DNAbin函数 #install.packages
R怎么读入表格数据最快？...R中有6个常用数据读取函数： utils::read.csv: 默认使用的读入方式 (read.table) readr::read_csv: readr包中的读入函数 (RStudio中默认也包含了这一方式...`readr::read_csv` （处理不同编码更合适，R中读取包含中文字符的文件时这个诡异的错误你见过吗?）和`data.table::fread`可以作为日常使用或读取大表格的首选。...参考 https://appsilon.com/fast-data-loading-from-files-to-r/
java读入一行输入 java read a line of input // Java program to demonstrate working of Scanner in Java import
注意加载data.table包，因为R语言readline函数，使用脚本不能很好交互，暂时只能在R交互模式下（终端输入R）运行 4....这里使用write写出文件或者标准输出，readline读入键盘输入，value进行得分统计 library(data.table) dt <- fread("分子生物学中英文.csv", sep
cytofWorkflow流程示例数据集 其实R包 HDCytoData 就内置了一些cytof数据集哈， 不同数据集，需要不同的函数来下载，所以对网速要求比较高： library(HDCytoData...) fs <- Bodenmiller_BCR_XL_flowSet() # 如果网络不好，也可以自行下载 # 然后：loaded into R as a flowSet using read.flowSet
流程 在量化基因表达之后，我们需要将该数据导入R，以生成用于执行QC的矩阵。在本课中，我们将讨论盘点数据可以采用的格式，以及如何将其读入R，以便我们可以继续工作流程中的QC步骤。...quality_control.R。...工作目录 加载R包 没有安装的要提前安装。至于如何安装，可以看这个教程“【紧急通知】下载R包却联网失败？...当您使用Read10X()函数读入数据时，Seurat会自动为每个细胞创建一些元数据。此信息存储在seurat对象的meta.data槽中(更多内容请参阅下面的注释)。...循环将遍历两个样本“file”，并为每个样本执行两个命令 (1)读入计数数据(Read10X()) (2)从读入数据创建Seurat对象(CreateSeuratObject())： # Create
---- 目录 1.R简介 2.Python简介 3.R&Python相遇 1. R简介 R（又称R语言）是一款开源的跨平台的数值统计和数值图形化展现工具。...和R类似，Python也有包，pypi是一个Python包的仓库，里面有很多别人写好的Python库。 Python也是一个大社区，但它是一个有点比较分散，因为它是一个通用的语言。...整体来说，对于对R使用和编程有一定深入理解的人来说，我不认为R做数据分析的速度会比python差。但是对于简单粗暴的编程方式，python的确更胜一筹。...而在以下领域中，R比Python更有优势： ◆ 统计分析选项：尽管Python的SciPy和 Pandas以及 statsmodels的组合提供了很大的一套统计分析工具，而R是专门围绕着统计分析应用等创建的...d).R和Python：数据科学行业的表现： ★ 如果你看一下最近的民意调查，在数据分析的编程语言方面，R是明显的赢家。 ★ 有越来越多的人从研发转向Python。
PyTorch数据读入是通过Dataset+DataLoader的方式完成的，Dataset定义好数据的格式和数据变换形式，DataLoader用iterative的方式不断读入批次数据， 本文介绍...Pytorch 数据读入的流程 。...def __len__(self): return len(self.image_file) DataLoader 构建好Dataset后，就可以使用DataLoader来按批次读入数据了...，batch_size就是每次读入的样本数 num_workers：有多少个进程用于读取数据，Windows下该参数设置为0，Linux下常见的为4或者8，根据自己的电脑配置来设置 shuffle：是否将读入的数据打乱...参考资料 https://datawhalechina.github.io/thorough-pytorch/第三章/3.3 数据读入.html https://pytorch.org/docs/stable
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