##安装bioconductor上的包； source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite（“clusterprofiler”） biocLite...("org.Hs.eg.db")#人基因名称等信息包； ##加载clusterprofiler包到当前工作路径； library（clusterprofiler）#基因富集分析用； library（org.Hs.eg.db...； dotplot(ego_CC,title = "EnrichenmentGo_CC") Gene Ontology富集分析结果表格。...GeneRatio：输入基因中与该Term相关的基因数与整个输入基因总数的比值 BgRation：所有background基因中与该Term相关的基因数与所有background基因的比值 pvalue: 富集分析统计学显著水平...，一般情况下， P-value < 0.05 该功能为富集项 p.adjust 矫正后的P-Value qvalue：对p值进行统计学检验的q值 Count：差异基因中与该Term相关的基因数 http
http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3 KOBAS是一种广泛使用的基因富集（GSE）分析工具。它的版本1.0和2.0分别于2005年和2011年发。...KOBAS做基因富集，它可以接受基因列表或基因表达数据作为输入，结果生成富集的gene sets。之前的版本不支持gene symbol的输入，最新的3.0是支持的。
从上面的解释可以看到，富集分析有两个核心 1.基因的注释信息 基因参与的生物学过程，也称之为基因的功能注释，这部分信息主要依赖已有的数据库，常见的数据库包括GO, KEGG, wikipathway,...所以在富集分析时，会集合多个数据库来分析，最常见的就是GO和KEGG数据库，近年来reactome用的也越来越多。其实，只要是你感兴趣的功能数据库，都可以拿来做分析。 2....在用这种方式进行分析时，通常会选择一个log2FD的阈值，挑选显著差异的基因，这种一刀切的过滤手段去除了一些可能的关键基因，其次，如果你的差异基因没有对应的pathway注释，那么在富集分析时，会被直接丢掉...GSEA又称之为基因集富集分析，这里的基因集指的就是数据库中的基因集合，比如pathway中的某条通路对应的所有基因，所以这种方法的研究对象和费舍尔精确检验是一致的。...唯一不同的是，它的输入是所有基因，首先对基因进行排序，然后分析排序后的基因列表在某个通路下是否富集。 ?
我们大家应该对通路富集分析都很熟悉，比如GSEA，DAVID等。...都是在大量文章中常见的通路富集方法，那么今天我们也给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据处理包GSVA（gene set variation analysis）。...是一种非参数的无监督分析方法，主要用来评估芯片核转录组的基因集富集结果。主要是通过将基因在不同样品间的表达量矩阵转化成基因集在样品间的表达量矩阵，从而来评估不同的通路在不同样品间是否富集。...具体的一个分析流程如下： 首先我们看下安装，在R语言3.5版本以上的安装代码如下： if(!...我们需要用到R包genefilter中的nsFilter函数： 其中主要的参数： Require.GOBP, require.GOCC, require.GOMF, require.CytoBand指是否只保留具有相对应功能的基因
功能富集泡泡图 功能富集分析用来展示某一组基因(一般是单个样品上调或下调的基因)倾向参与哪些功能调控通路，对从整体理解变化了的基因的功能和潜在的调控意义具有指导作用，也是文章发表中一个有意义的美图。...做基因功能富集分析、KEGG富集分析、GSEA分析首选clusterProfiler，Y叔的良心之作，数据集更新及时，结果准确，自带语义分析合并相似条目、出图漂亮。...一步绘制富集分析图 假设有这么一个富集分析结果矩阵 (文件名为GOenrichement.xls) 存储了EHBIO样品和Baodian样品中各自上调的基因富集的通路。...通过这张图解释下，富集分析的结果怎么解读。富集分析实际是查找哪些通路里面包含的差异基因占总差异基因的比例显著高于通路中总基因占所有已经注释的基因的比例。...从绿到红富集显著性逐渐增高。点的大小表示对应通路中包含的差异基因的数目，数目越多，点越大。点的形状代表了不同类型的基因富集的通路，如EHBIO中上调的基因和Baodian中上调的基因。
前面给大家讲解过GO和KEGG富集分析，以及柱形图和气泡图展示富集分析结果。...☞ GO和KEGG富集分析视频讲解 ☞ DAVID进行GO/KEGG富集分析及结果可视化 也给大家介绍了 ☞ circleplot展示GO富集分析结果 ☞ 【实战】circleplot展示GO富集分析结果...—附R代码 ☞ 【R语言】circleplot展示KEGG富集分析结果 上一期我们通过视频给大家讲解了，GO富集分析弦图怎么看。...GO富集分析的结果 可以参考往期内容获取GO富集分析结果 ☞ GO和KEGG富集分析视频讲解 ☞ DAVID进行GO/KEGG富集分析及结果可视化 2....差异表达分析结果 TCGA数据差异表达分析可以参考 ☞ R代码TCGA差异表达分析 ☞ 零代码TCGA差异表达分析 GEO中数据差异表达分析可以参考 ☞ 零代码差异表达分析工具：GEO2R ☞ GEO
github.com/sk-sahu/sig-bio-shiny 基本功能是用户输入 gene id pvalue qvalue 然后分别把 BP CC MF 以表格输出， 汇总结果下载（压缩文件） go富集结果的
相信大家对Y叔的clusterprofiler这个R包并不陌生，一般做基因富集分析的时候都会用到这个R包。这个包非常实用，并且画出来的图也很不错。...其实小编前面已经花了不少篇幅给大家介绍过如何使用这个R包做GO富集分析和结果可视化，以及如何将富集结果中的gene ID转成基因名字 ☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图 ☞GO和KEGG富集结果如何显示基因...☞四种GO富集柱形图、气泡图解读 当然使用clusterprofiler这个R包也可以进行KEGG富集分析 ☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图 当然小编也将以上所有内容整理成了一个系统的线上课程...☞加载R包org.Hs.eg.db出错，避坑指南！...☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图 ☞GO和KEGG富集分析线上课程 ☞加载R包org.Hs.eg.db出错，避坑指南！
这个包可以进行KEGG富集分析。...首先，我们不耐烦的介绍下Bioconductor包的安装方式： source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("pathview") pathview...安装成功后载入R包出现以下信息表示安装成功： ?
找R语言做弦图的教程的时候发现了这个包：GOplot。其主要功能是可视化GO富集分析的结果。自己应该会用得到。
大家对通路富集分析应该很熟悉，今天给大家介绍下那些漂亮的可视化展示。...我们需要用到包ReactomePA，这个包主要是基于Reactome数据库进行通路富集，此包支持including ‘celegans’,‘fly’, ‘human’, ‘mouse’, ‘rat’,...ReactomePA) de <- c("4312","8318","10874","55143","55388","991") fold=c(1.6,2,4,3,1.9,4,7) head(de) ##富集分析...##单通路的富集结果展示 gseaplot(y, geneSetID ="R-HSA-69242") ?
前面小编给大家详细介绍过 ☞GO简介及GO富集结果解读 ☞四种GO富集柱形图、气泡图解读 ☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图 ☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图 ☞DAVID...GO和KEGG富集分析及结果可视化 也用视频给大家介绍过 ☞GO和KEGG富集分析视频讲解 最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现...经过小编的认真研究，发现跟R版本有关。前面小编给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。 我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新。...split="ONTOLOGY",showCategory = 10,label_format=100) + facet_grid(ONTOLOGY~., scale="free") 关于如何使用R做...GO和KEGG富集分析，可参考下文，或点击https://ke.qq.com/course/3583374#term_id=103726356 ☞GO和KEGG富集分析视频讲解
简单总结clusterProfiler包进行GO、KEGG的富集分析方法，结果输出及内置的图形展示。...一 bioconductor包安装 #PS：安装是否顺利，看缘分了 #source("https://bioconductor.org/biocLite.R") #biocLite("DOSE") #biocLite...("topGO") #biocLite("clusterProfiler") #biocLite("pathview") ##加载需要的R包 library(DOSE) library(org.Hs.eg.db...五、注释文件、注释库 如果clusterProfiler包没有所需要物种的内置数据库，可以通过自定义注释文件或者自建注释库的方法进行富集分析。...待补充富集结果ggplot2绘制，GSEA等相关分析。
之前的推文介绍了画柱形图展示富集分析的结果R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果，今天的推文介绍一下画气泡图展示富集分析结果的代码。气泡图就是散点图的一个变种。...多了一个变量映射给点的大小，富集分析里通常是用来映射基因的数量。比如下图 image.png 示例数据集还是之前的KEGG富集分析结果。
我前面的甲基化教程主要是针对450k这样的芯片，所以champ流程就绰绰有余，很多小伙伴在咱们公众号后台咨询甲基化测序数据分析，恰好最近实习生投稿: 下面是去年实习生的分享 前言 前阵子复现单细胞数据，发现个很有趣的富集图...10563" "6387" "8406" "8788" $myCAFs [1] "115908" "6423" "165" "151887" "1278" "10631" 多组富集分析...不知道r语言如何操作，就直接在excel完成 可视化 确定标签及倾斜角度 # 在excel中手动添加按顺序添加id data <- read.csv('data_for_go.csv',row.names...stat = "identity",alpha=0.5)+ scale_fill_viridis(discrete=TRUE) p 推荐这个绘图网站很棒，有代码有美图，内容非常全面 The R...Graph Gallery – Help and inspiration for R charts (r-graph-gallery.com) 这里说的Circular barplot 也有很多种形式呈现
GO注释和富集分析 GO注释和富集分析使用TBtools完成，具体步骤可以参考TBtools作者在腾讯课堂开设的一系列视频课程 本文使用的数据是甜樱桃叶绿体蛋白编码基因做GO注释，然后挑部分基因做富集分析...rpoC2 atpI atpF atpE atpH atpB atpA accD rbcL rpl22 rpl23 rpl20 rps8 rps7 rps16 rps15 rps14 rps18 做完富集分析得到文件
做完转录组差异表达或者其他的一些分析拿到一些基因名称之后下一步通常是做一些注释，比如GO或者KEGG的注释，注释好以后通常是富集分析。...如果是研究比较多的物种，可以直接使用R语言包clusterProfiler做富集分析当然是最好，最后可以很少的代码拿到很漂亮的结果图。...但是如果是比较小众的物种，没办法借助clusterProfiler这个R包的话,如何得到和clusterProfiler一样的可视化结果呢？...今天的推文介绍一下相关的R语言ggplot2作图代码 clusterProfiler能出的图有柱形图、气泡图、网络图、热图等 今天的推文只介绍柱形图和气泡图，网络图和热图相对比较复杂。...n的数据，但是我们自己做的富集分析肯定是知道这个的n的数值的，这里我假设是500.
-G merged.combined.gtf -o ballgown/L01/L01.gtf output_bam/L01.sorted.bam image.png image.png 接下来是R语言的...known_proteincoding = read_gtf("12X_protein_coding.gtf") known_proteincoding.to_csv("all_protein_coding.csv") GO富集分析的...R语言代码 require(AnnotationHub) hub<-AnnotationHub() #这一步对网路有要求 # aa<-query(hub,'zea') # aa$title # query...clusterProfiler") dotplot(res) 最后的结果是 image.png image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和
1 GO和KEGG富集分析工具：Clusterprofiler包和REVIGO 进行基因功能或生物学通路富集的工具或网站有很多。像DAVID、IPA、GATHE等。...我基本采用基于R的Clusterprofiler包。该包抓取最新的KEGG数据进行计算，保证富集结果的可靠性。...另外，该包还可以对富集结果进行比较并可视化具体参数设置为：p-value cutoff=0.01, q-value cutoff=0.05, p值矫正方法为BH（即把每个p-value进行矫正，转换为q-value...2 去冗余 因为GO条目的分级特性，其富集结果会有冗余，对结果的分析造成影响，其中一个策略是计算两个GO terms之间的语义相似性，去除冗余。...我在进行GO terms集的相似性分析时，一般采取基于Resnik和Lin两种方法的综合方法，简称为simRel方法，利用REVIGO进行分析，然后基于R语言做图。
https://www.nature.com/articles/s41588-024-01683-0
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