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    R语言】如何绘制截断Y柱形

    在绘制柱形时候, 我们经常会遇到Y部分数据范围很广情况。有些数值很大,但是有些有非常小,不在一个尺度范围内。...如果直接使用最大值作为y范围,那么那些数值很小柱子就会显得很矮,画出来会很难看。遇到这种情况我们该如何处理呢?今天就给大家分享一下截断Y柱形。...2,4,6,8,10),labels=c(2,4,6,800,1000)) segments(-2,7.8,1.2,8,col="white",lwd=8) 2plotrix包 library(plotrix) x<...-c(0:5,6.9,7) y<-2^x from<-33 to<-110 bp <- gap.barplot(y,gap=c(from,to),las=2) axis.break(2,from*(1...",style="slash") axis(2,at=from,las=2,bty="n") # 如果想要去掉上、右框,可以去掉gap.barplot(y,gap=c(from,to),las=2)中

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    R语言森林展示Logistic回归分析结果

    之前推文参考《R语言实战》介绍了R语言做Logistic回归分析简单小例子,R语言做Logistic回归简单小例子今天推文继续,介绍一些Logistic回归分析结果展示方法。...image.png 就采用表格形式展示Logistic回归分析结果,上述表格把有统计学意义结果进行了加粗,使得读者看起来不那么费劲。那么,有没有更加直观方法展示回归结果呢?...当然有,那就是森林。近年来,越来越多文献用森林来展示回归结果。接下来我们一起来学习一下如何用R作森林。...第一步是准备数据 森林展示数据通常是Logistic回归分析系数和95%置信区间以及显著性检验P值,那么如何获得这些结果呢?...这里准备数据过程稍微有些繁琐了,不知道大家有没有简便方法呢?欢迎留言讨论呀!

    3.9K10

    R语言ggplot2柱形展示GO富集分析结果—给坐标文本添加框线

    image.png 有朋友问到这个GO富集分析柱形坐标文本框线是怎么实现。...我目前思路是用geom_text()函数添加文本代替原来坐标文本,然后用geom_rect()函数添加矩形框线。...(这个框线是一个平行四边形,geom_rect()函数是矩形,如果要平行四边形可以借助geom_polygon()这个函数实现,但是平行四边形四个顶点坐标不太好确定)整体试下来虽然能够实现,但稍显麻烦...今天推文介绍一下自己尝试代码,如果目的是学习ggplot2可以尝试一下,如果目的是着急要出结果,还是建议不添加框线,然后借助其他编辑工具去添加框线。...",vjust=-1) 最后出 image.png 但是这个有一个问题是:如果改变图片长和宽的话,框线和文本位置就会乱掉,暂时想不到原因是啥了;这里还有一个问题是怎么给文本长度设定一个阈值

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    跟着Nature Genetics学画图:R语言ggplot2展示SNP位点碱基类型

    image.png 今天重复是来自于论文中figure3 b ?...geom_text()函数 这里最开始思路是借助aplot这个包拼图功能实现,但是上下两个部分拼接时候遇到了报错,使用patchwork拼接时候也遇到了报错,报错内容忘记保存了,暂时不知道如何解决...使用ggbio这个包做也不能使用ggsave()函数保存 上半部分具体数据格式可以参考之前推文 跟着Nature Genetics学画图:R语言ggbio包基因结构图 下半部分数据格式 ?...image.png 这个原图中有7个品种,我这边就不全部准备了,我这边只准备3个 第一列是品种名字 第二列是snp位置 第三列是snp在图上y位置,从-1开始,每多一个品种就减一 第四列是碱基类型...第五列是碱基分类 A代表 变异碱基,R是参考序列碱基 第一步是加载需要用到R包 library(ggh4x) library(ggplot2) library(ggbio) library(GenomicRanges

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    跟着Science Advances学画图:R语言ggplot2如何让坐标以科学计数法显示

    今天推文是昨天推文延续 跟着Science Advances学画图:R语言ggplot2柱形如何让屁股朝右。...disorders中 figure2B image.png image.png 但是有一个细节没有能够实现,就是让坐标以上图样子科学计数法显示,昨天推文发出后有读者留言了对应解决办法,今天在推文中记录一下...首先是构造一份数据 df<-data.frame(x=c("A","B","C","D"), y=c(0.001,0.002,0.003,0.004)) df 最基本柱形...接下来简单美化一下 ggplot(df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes(fill=x))+ scale_y_continuous(labels = c(expression...欢迎大家关注我公众号 小明数据分析笔记本 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记

    2.8K21

    R语言ggplot2一幅漂亮哑铃

    在找资料时候偶然发现这个,这个来源于论文 Russian periphery is dying in movement: a cohort assessment of internal youth.../ikashnitsky/2f3e2b2af6f50911bb775bbce6eb0fb8 https://ikashnitsky.github.io/2019/dotplot/ 感觉这个很漂亮,数据代码还是公开...,所以我们来重复一下 这个横坐标是 变化率,纵坐标是地区,每一个纵坐标对应两个 1980-84 1988-92 变量,其中每一个对应是实心点和空心点,census和stat record 这个目前还想不到如何应用于我自己数据...,次条推文是广告 欢迎大家关注我公众号 小明数据分析笔记本 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记...;3、生物信息学入门学习资料及自己学习笔记!

    1.1K20

    跟着Gut学画图:R语言ggtree包简单小例子

    Figure3A image.png image.png R语言里circlize这个包应该可以实现,最近在学习ggtreeExtra,对应论文里有一个 image.png 最内圈基本是一样...,实现这个内圈函数是ggtree包geom_taxalink()函数,这里我用4.0.3版本R和2.4.1版本ggtree会遇到报错 Error in numnotnull("fontsize"...) : object '.pt' not found,暂时不知道是什么原因,我安装了4.1.0版本R和3.0.2版本ggtree就没有这个报错 下面介绍代码 首先是自己准备一个newick格式树文件...image.png 同一个组数据用括号括起来,中间逗号分隔,不同组之间用逗号分隔,最后一个括号将所有内容括到一起,最后是一个分号 画一个树形展示一下 library(ggtree) library...次条推文是一个广告 欢迎大家关注我公众号 小明数据分析笔记本 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学

    1.3K30

    R语言ggplot2添加分组信息颜色条

    之前有人在公众号留言问文章开头这幅如何实现,下面的B是折线图加柱形,相对比较容易实现,上面的A稍微有点复杂,我想到办法是拼图,A可以看成三个热,然后加一个堆积柱形,最后将四个组合到一起...最初想法是左侧颜色条用堆积柱形来实现,又看了一遍Y叔公众号关于aplot这个包推文,发现他是用geom_tile()函数实现,仔细想想还是geom_tile()函数实现起来比较方便。...首先解决昨天遗留问题:ggplot2添加文字内容时候如何添加下划线 非常感谢下面这位留言 文本添加下划线小例子 df<-data.frame(A=1:10, B...expression(paste(italic("ABC"),"123"))) 下面进入今天推文正式内容 首先是准备热数据 如何这个热昨天推文已经介绍过了,点击下方蓝色字可以直达昨天推文...R语言ggplot2带有空白格简单小例子 接下来是准备分组颜色条数据 下面是这个颜色条 df2<-read.csv("example_data/ggplot2_heatmap_color_bar.csv

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    R语言ggtree聚类树时候报错和解决办法

    之前录制了一起视频介绍了使用R语言ggtree包可视化展示层次聚类分析结果视频 最近好几个读者在公众号留言画图时候遇到报错 c2741754fed0c3d43cff75ff709fe8a.png...caller_env) : argument "caller_env" is missing, with no default 这个报错具体原因是什么我暂时也不知道,但是搜索这个报错找到了一个解决办法是 把已经安装好ggtree...error-error-in-datamasknew-data-caller-env-argument-calle 如果遇到了这个报错可以按照这个方法试试,关于ggtree还录制了视频 欢迎大家关注我公众号...小明数据分析笔记本 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己学习笔记

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    R语言maftools包oncoplot(瀑布)一个简单小例子

    今天天在一个讨论群里看见有人 问是 否可以有偿做TCGA中 某个肿瘤突变基因瀑布 吗,瀑布之前听过,但是自己没有过。...感觉有错过了一个可以赚外快好机会,赶紧找资料来学习一下,争取下次可以抓住赚外快好机会,哈哈哈哈。...一行代码就出,这也太方便了吧!...首先把代码运行一下,看自己能不能得到结果 之前没有用过这个包,第一次用需要先安装 BiocManager::install("maftools") 安装没有遇到问题 加载 library(maftools...欢迎大家关注我公众号小明数据分析笔记本 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记

    2.7K10

    R语言ggplot2环状柱形(circular barplot)简单小例子

    这个是很长时间之前写内容了,忘记了有没有在公众号发过,正好有人在公众号留言问这个环形柱形应该如何实现,就想到了这篇笔记,在公众号发一下 一下是笔记内容 偶然间找到了一份教程利用ggplot2绘制环状柱形...,个人感觉非常适合用来展示叶绿体基因组蛋白编码基因dn/ds值,因为不仅能够通过柱状高低来比较dn/ds值大小,还能够通过环状展示蛋白编码基因在叶绿体基因组上所处位置 A circular barplot...简易版环状柱形 就是这样似的 ?...接下来重复教程 https://www.r-graph-gallery.com/297-circular-barplot-with-groups/ 代码 #准备数据 df<-data.frame(individual...),'cm') p+theme(plot.margin=unit(2,2,2,2),'cm') 欢迎大家关注我公众号小明数据分析笔记本 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python

    4.6K20

    R语言ggplot2带有空白格简单小例子

    之前有人在公众号留言问文章开头这幅如何实现,下面的B是折线图加柱形,相对比较容易实现,上面的A稍微有点复杂,我想到办法是拼图,A可以看成三个热,然后加一个堆积柱形,最后将四个组合到一起...首先 这个热和常规还稍微有点不太一样,可以简单理解为带有缺失值,缺失值是空白格,其他值分别填充颜色。...df1<-reshape2::melt(df) ggplot2 library(ggplot2) ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+ geom_tile(aes...接下来是美化 调整一下y顺序 df1$A<-factor(df1$A,levels = rev(df$A)) ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+ geom_tile...scale_fill_manual(values = c("white","red","red2","red4"))+ theme(panel.background = element_blank()) 将X放到顶部

    3.3K10

    R语言fmsb包雷达(radar plot)一个简单小例子

    喜欢看篮球同学对这个肯定不会默认,NBA或者CBA比赛直播时候经常会用雷达展示球员个人数据,比如下面这个,展示就是哈登一个个人数据 ?...image.png 多个放到一起也可以用来表示比较。比如在下面这个就可以很直观看出詹姆斯和哈登两个人数据差异 ? image.png 但这个雷达在学术论文里用好像相对比较少。...今天推文就用雷达展示一下昨晚张公子数据 数据来源 http://cbadata.sports.sohu.com/players/matches/100024158 雷达需要准备数据格式如下 ?...image.png 然后就是通过一些参数进行美化 主要就是更改线类型颜色等等 radarchart(df, pcol = "#00AFBB", pfcol...image.png 这样就做好了 如果是多个球员数据放到一起用来比较也是可以,多组数据可以参考链接 https://www.datanovia.com/en/blog/beautiful-radar-chart-in-r-using-fmsb-and-ggplot-packages

    3.9K10

    R语言ggplot2包曼哈顿一个简单小例子

    曼哈顿是GWAS数据分析中经常会用到一个R语言里有专门包和函数直接生成曼哈顿。但是如果有数据的话我们自己也可以用ggplot2来做。 做曼哈顿数据通常是以下这种格式 ?...image.png 第一列是SNP对应一个名字 第二列是染色体编号 第三列是SNP在染色体位置 第四列是特征对应一个P值 如果有多个特征依次往后排就可以了 曼哈顿可以理解成一个x对应多个y散点图...使用ggplot2 library(ggplot2) ggplot(pig60K,aes(x=Chromosome,y=trait1))+ geom_jitter() ?...image.png 这个时候还有一个问题是X不是按照1,2,3这样依次排下来,我们可以通过更改因子水平来给X重新排序 df$Chromosome<-factor(df$Chromosome,...image.png 今天内容视频版 也欢迎大家到B站关注我 同名 小明数据分析笔记本,会时不时更新一些R语言做数据处理和数据可视化视频,点击阅读原文直达。

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    R语言ggplot2漂亮环形柱形一个实例

    在twitter上看到一个 image.png 配色很漂亮,代码和数据也是公开,今天推文来学习一下他代码 代码来源链接是 https://github.com/NearAndDistant/...data_science_with_r 这个链接还有很多其他R语言ggplot2作图例子,代码和数据都是公开,大家自己有时间可以重复一下其中代码 image.png 这个环形柱形代码是以shiny...app形式提供,这里我们忽略shiny app,只把作图代码拆解出来 首先是整理数据代码 library(tidyverse) # import data for project breed_traits_raw...20220210获取 接下来作图是从top_dogs这个数据集开始 首先是读取数据 top_dogs<-read.csv("top_dogs.csv") head(top_dogs) 画图代码 首先是背景圈和文字...需要把添加狗品种名代码放到添加图片代码后面,要不然会有遮盖 image.png 同样代码在话另外一个品种 top_dogs %>% filter(breed == "Yorkshire

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    R语言ggplot2右三角方块热简单小例子

    还是这幅 ? image.png 本来以为今天推文可以重复出来,但还是高估自己了,实现过程遇到了问题,暂时还不知道如何解决,后面想到办法再来介绍吧!...今天推文先介绍右上角方块热实现办法吧! 首先是方块四周灰色边框 这里使用到是geom_tile()函数。...image.png 如果是三角热图示例数据如下 ?...,variable.name="y") %>% na.omit() -> dftmp 自定义x,y顺序,通过改变因子水平来实现 dftmp$x<-factor(dftmp$x,...image.png 除了用方块形状,我们还可以使用ggstar这个包中其他形状,比如我们来一个心形 关于ggstar这个包可以参考之前推文 R语言ggstar包:给散点图形状提供更多选择 library

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