在前面两篇文章R语言入门系列之一与R语言入门系列之二中，我分别介绍了R语言中的对象与结构、数据的输入输出及可视化。基于前面的基础，今天我介绍一下R语言中基础的程序结构，来帮助我们完成更复杂的数据处理任务。此外，如果你有大批量数据处理、可视化任务，需要着重学习R脚本在命令行的调用方式以及命令行参数的使用方法。
而在个人电脑，通常是Mac或者Windows，都是直接使用界面版本的rstudio更方便的交互式使用R语言。交互式的好处是所见即所得，每个代码随时响应随时看到效果，尤其适合各种各样的统计可视化需求。
编译：丁一 黄念 丁雪 校对：席雄芬 姚佳灵 程序验证：郭姝妤 序言 在Python中调用R或在R中调用Python，为什么是“和”而不是“或”？ 在互联网中，关于“R Python”的文章，排名前十的搜索结果中只有2篇讨论了一起使用R和Python的优点，而不是把这两种语言对立起来看。这是可以理解的：这两种语言从一开始都具有非常显著的优缺点。从历史上看，尽管把两者分割开来是因为教育背景：统计学家们倾向用R，而程序员则选择了Python语言。然而，随着数据科学家的增加，这种区别开始变得模糊
在Python中调用R或在R中调用Python，为什么是“和”而不是“或”？ 在互联网中，关于“R Python”的文章，排名前十的搜索结果中只有2篇讨论了一起使用R和Python的优点，而不是把这两种语言对立起来看。这是可以理解的：这两种语言从一开始都具有非常显著的优缺点。从历史上看，尽管把两者分割开来是因为教育背景：统计学家们倾向用R，而程序员则选择了Python语言。然而，随着数据科学家的增加，这种区别开始变得模糊起来： 数据科学家就是这样一种人：软件工程师中最懂统计学，统计学家中最会编程的人。
结果中, 将Rmd文件中的markdwon语法进行了转化, 比如"###"变为了标题. ">"变为了引用, Rmarkdown还有一个优势, 其能够将执行R代码, 然后将结果保存为markdown的格式, 其它标准markdown不具备这种能力.
本来想着R语言虽然重要，但是肯花心思学习的人可能还是少数，大家可要持之以恒哟。今天，我们就开始进入到《R语言从入门到精通》的第二节：R和RStudio的使用。
parallel的-j参数是一个非常重要的参数，用于指定同时运行的作业数。-j参数后跟一个数字，表示同时运行的最大作业数。这通常与你的 CPU 核心数有关，但也可以根据任务的性质和资源需求进行调整。
R是一种编程语言，他不同于C、Java、python等计算机编程语言，是一种专门针对统计分析、绘图、数据挖掘等数据研究开发出来的数学编程语言。那么在我的认识里，他就是和Excel、origin、SPSS等统计分析作图软件类似的一个工具。
#网络很慢可能会运行报错 （一） 前言 Selenium WebDriver是一个浏览器自动化测试的API集合。它提供了很多与浏览器自动化交互的特性，并且这些API主要是用于测试Web程序。如果仅仅使用Selenium WebDriver，我们无法实现执行测试前置条件、测试后置条件，比对预期结果和实际结果，检查程序的状态，生成测试报告，创建数据驱动的测试等功能。 （二） unittest单元测试框架 unittest（一般称为PyUnit）是从Java程序开发中广泛应用的JUnit启发而来的。uni
本来想着R语言虽然重要，但是肯花心思学习的人可能还是少数，但是这两天大家高涨的学习热情着实让人惊讶，很多同学后台催着要我们赶紧更新。看来咱们科研猫真是猫系慵懒
继上一章介绍如何使用R连接Hive与Impala后，Fayson接下来讲讲如何在CDH集群中提交R的Spark作业，Spark自带了R语言的支持，在此就不做介绍，本文章主要讲述如何使用Rstudio提供的sparklyr包，向CDH集群的Yarn提交R的Spark作业。
一个图形化的交互式运行环境，对于编程语言的学习和开发，特别是可视化方面，提供了极大的便利。比如在window上使用R语言进行绘图，在R语言自带的交互环境中，可以实时观测到代码的可视化效果，从而方便的进行参数调整。
值此中秋佳节到来之际，“科研猫”祝大家节日快乐，还精心给大家备了一份送来圆圆的月饼。
在命令行运行下面的命令，如果是root帐号，请去除sudo，其他系统参考 > Install R
构建生信分析流程是生物信息学从业人员必备的技能之一，对该项能力的评估常常是各大公司招录人员的参考项目之一。
在命令行运行下面的命令，如果是root帐号，请去除sudo，其他系统参考 > Install R[1]
入门生信，第一件事情除了之前部分人可能都有所接触的R语言外，就是Linux系统了。为什么要用Linux系统呢？我们很多人都会有这个疑问，windows系统不够用么？事实是真的不太够用。
R是一种编程语言，也是一款软件和一个环境，可在linux、win、mac系统上安装运行。
在做开发的时候，我们不仅仅只是做各种网站或者接口，也经常需要写一些命令行脚本用来处理一些后端的事务。比如对数据进行处理统计等。当然也是为了效率着想，当一个事务有可能会有较长的耗时时，往往会交由服务器的定时器来固定时间调用脚本进行处理，从而让客户端能够有更好的用户体验。我们今天就来了解下 PHP 的命令行运行模式，也就是 PHP CLI 。
最近在做一个项目，可能会涉及到机器学习部分，同伴使用python作为机器学习算法的实现语言。由于是基于web的应用，确实可以完全用python实现web应用开发以及机器学习的实现。但是由于对Dijango接触不多，熟练度不及Nodejs。所以打算采用混合编程实现在JavaScript代码中调用python脚本。
Shiny是RStudio公司开发的新包，有了它，可以用R语言轻松开发交互式web应用。
使用tf.keras，您可以设计，拟合，评估和使用深度学习模型，从而仅用几行代码即可做出预测。它使普通的深度学习任务（如分类和回归预测建模）可供希望完成任务的普通开发人员使用。
有幸与生信技能树创始人曾老师在4月20日学术会议上相识，跟曾老师说了目前自身生信的困境，曾老师便向我引入技能树的马拉松课程，但由于前面一直没抽出时间，没来得及开始，曾老师还在4月20日关心我的进度，并说学术对于研究生是重要的，但我目前开展的实验都是硕士期间都学会的，对自身提高并不大，反而学习新的技能对我应该更重要，所以我今天开始争取每天抽取时间学习并写下自己的学习感悟（PS:督促自己学习并加强学习记忆）。
虽然有点难度，但其实确实是可以的，对生信工程师来说，就是整理流程（把Linux命令替换成为R语言代码）工作量比较大。如果大家感兴趣而且确实有需求，不妨看看这个文档：《RNASeqR : RNA-Seq analysis based on one independent variable》
然后就能看到各个环节加载时间，以ms毫秒为单位，即小数点前面是毫秒数。 其中第一列是时间点，第二列是时长，我们主要关注第二列。 一般标准： ”200ms 以下感觉是很好的，超过 500ms 会觉的有点卡，如果超过 1s 就会觉得非常难受了“
（一）安装xmlrunner 使用Jenkins执行测试时，测试代码中会用到这个模块。 pip install xmlrunner （二）安装jenkins （1） 下载jekins https
R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。简单来说，R是一门统计计算语言，是一套开源的数据分析解决方案。
在R语言中可以使用png()等函数生成图片，例如： png(“aa.png”)可以生成图片。
R作为开源的数据统计分析语言正潜移默化的在企业中扩大自己的影响力。特有的扩展插件可提供免费扩展，并且允许R语言引擎运行在Hadoop集群之上。 R语言是主要用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R本来是由来自新西兰奥克兰大学的Ross Ihaka和Robert Gentleman开发。（也因此称为R）现在由“R开发核心团队”负责开发。R是基于S语言的一个GNU项目，所以也可以当作S语言的一种实现，通常用 S语言编写的代码都可以不作修改的在R环境下运行。R的语法是来自Scheme。 R的源代码可自由
无论是前端，后端还是移动端，大数据，AI还是运维，等等。作为一个高效的 Coder 都必须掌握 shell 编程。So，本文将告诉，入门 shell 其实很简单，抽点时间就能掌握的高回报率的小技能。
这本书是关于如何利用命令行做数据科学的。我的目标是通过教你使用命令行的力量，让自己成为一名更高效和多产的数据科学家。
下载地址为：https://cran.r-project.org 进入链接，如下图所示，在页面顶部提供了三个下载链接，分别对应三种操作系统：Windows、Mac和Linux。请选择自己操作系统对应的链接。
从打开网址开始教你一步一步的下载TCGA的数据，图文并茂，真的是详细的不能再详细了！
写在前面： 在如何通过Google来使用ggplot2可视化这篇文章中，我们曾经介绍过R语言在生物信息学中的重要性。 这篇文章也激发了很多小伙伴学习的热情。学习R语言必然会安装各种各样的包，很多人在这一步就遇到了困难， 刚开始学习R语言的时候我们经常会遇到各种包安装错误，比如 package ‘airway’ is not available(for R version 3.1.0)等等， 这篇文章我们就来系统性地整理一些新手可能遇到的问题以及解决方案。 当然，你不一定现在就会遇到，但是如果你遇到了，请记住
本教程使用proto3版本的protocol buffer语言，提供了一个基本的在Go程序中使用protocol buffer的介绍。通过创建一个简单的示例应用程序，向你展示如何
想象一下，你用 Linux 版本的 Tensorflow 建立了一个美妙的 RNN 模型，然后无缝切换到 Windows 用 Excel 直接编辑结果，画了一幅 fancy 的图给你的老板。在此期间，你的所有模型文件已经被自动同步到了 Onedrive/百度云/Dropbox 上了！整个过程丝毫没有使用虚拟机的“膈应”感！
这个代码以 ipynb后缀名的文件存储，我打开这个文件的方式是使用 Jupyter lab，安装好anaconda3以后jupyter lab默认就可以使用了。
什么是R语言？ R语言，一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。R本来是由来自新西兰奥克兰大学的罗斯·伊哈卡和罗伯特·杰特曼开发（也因此称为R），现在由“R开发核心团队”负责开发。R基于S语言的一个GNU计划项目，所以也可以当作S语言的一种实现，通常用S语言编写的代码都可以不作修改的在R环境下运行。R的语法是来自Scheme。 R的源代码可自由下载使用，亦有已编译的可执行文件版本可以下载，可在多种平台下运行，包括UNIX（也包括FreeBSD和Linux）、Windows和MacO
熟悉R的朋友都会知道， dplyr包是对原始的数据集进行清洗、整理以及变换的有力武器之一。但是其使用会局限于你需要有打开R/R studio或者通过R脚本来执行 dplyr。对于这个问题，今天即将需要介绍的 dplyr-cli就能很好的解决这个问题。
（2）在Console 控制台（左下）输入命令，相当于Linux的命令行，右上是脚本窗口
比如最近有小伙伴问到了popsicleR这个包，它还在GitHub上面，官网是：https://github.com/bicciatolab/popsicleR
生物R包网站Bioconductor-安装方式BiocManager::install("包名")
R语言绘图中的中文默认字体宋体，希望用其他字体绘图，保存成PDF格式不能识别中文。
File-New project—New Directory-- New project—设置name（learnR）—create project.
分为四个面板：（1）脚本编辑器；（2）控制台（代码运行和结果显示）；（3）environment（对象/变量列表）；（4）文件/图片/帮助/包的集成展示
Python就是原生python；anaconda类似第三方集成，方便我们管理，而且自带很多库。如果选择安装Python的话，那么还需要 pip install 一个一个安装各种库，安装起来比较痛苦，还需要考虑兼容性；PyCharm就是一个IDE的角色，和NotePad没什么本质区别。只是大家习惯上，java配合MyEclipse使用，Anaconda+Pycharm或者Python+Pycharm。要是自己喜欢，python+NotePad也是可以的。不过从界面风格上，我最后还是选择了pycharm，因为notepad太简易了，不方便查找文件间的关系，自然不适用于项目级文件编程。看pycharm的界面，就会觉得配合python会很好用
初印象：变量、一串数字、一串字符、不止一个、数据分析的直接对象。（不一定是正确的，仅本人粗显的理解）
从Python、R等编程语言到以Git为例的版本控制系统甚至Unix Shell等命令行工具，数据科学家的武器库现在越来越丰富了，在个人计算机上同时使用这些武器可能会对新入门的数据科学家们造成不小的困扰，本文就将带你学习这些数据科学武器的配置方法。
WolframScript 使得 Wolfram 语言代码可以在任何终端运行，而无需依赖系统中是否拥有 Wolfram 内核 利用 WolframScript，用户可以决定在何处和如何运行自己的 Wolfram 语言代码。连同可配置内核和云端设置，WolframScript 云集了用于各种任务的便捷函数，其中包括用命令行输入运行纯函数，调用云端 API 和将数据导出为 Wolfram 支持的各种格式。现在您可以在 Wolfram Cloud 用 wolframscript -cloud 或在 Unix sh
写在前面： 谨以此文献给那些“奋斗”在转发送别人资源，为了博人眼球，而践踏别人的辛勤的劳动成果的公众号们。 当然了，R包本来就是免费的，你只是不会下载而已，所以重新发下这篇优秀的文章，教大家如何解决R包安装问题。如果你使用了别人的R包，一定要在写文章的时候引用，尊重别人的劳动。 刚开始学习R语言的时候我们经常会遇到各种包安装错误，比如 package ‘airway’ is not available(for R version 3.1.0)等等， 这篇文章我们就来系统性地整理一些新手可能遇到的问题以及解决
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