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SARS-CoV-2复阳将为常态

新的增强剂疫苗由于中国不再公布其新冠肺炎病例数，目前尚不清楚在最新一波疫情中有多少人被感染；然而，北京卫生部门表示，在3月底至4月中旬期间，首都报告的新冠肺炎病例数量翻了两番。...但根据他过去的研究经验，估计至少有30%的人口可能会在这一波流行中再次感染，总计将超过4亿人。科学家表示，鉴于感染周期将继续发生，拥有一个良好的监测系统来监测与跟踪新出现的病毒变种非常重要。...Sinocelltech上个月宣布，注射一次加强剂可以预防82%的SARS-CoV-2感染，包括由XBB引起的感染，有效期长达四个月。疫苗临床试验的最终结果尚未公布。

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从零开始理解协方差（Cov）

样本方差：分母使用n−1 而不是n 是为了获得无偏估计，无偏估计指一个估计量的数学期望等于被估计参数的真实值，对于样本方差与总体方差来说，指的就是样本方差的期望等于总体方差，样本方差相当于从总体中多次抽取...协方差基本概念协方差是统计学中衡量两个随机变量之间"协同变化"关系的重要指标，通俗地说，可以理解为两个变量在变化过程中是同方向变化，还是反方向变化，以及同向或反向程度如何。...协方差的直观理解协方差的正负号表示两个变量变化的方向关系，而绝对值大小表示这种关系的强度，协方差公式中的(X−μX)(Y−μY)是关键。...当两个变量都高于各自均值或都低于各自均值时：(X−μX)和(Y−μY)同号，乘积为正，表示同向变化当一个变量高于均值而另一个低于均值时：(X−μX)和(Y−μY)异号，乘积为负，表示反向变化对称性：Cov...(X,Y)=Cov(Y,X) 方差是特例：当X=Y 时，Cov(X,X)=Var(X) ，即方差是协方差的特殊情况线性关系度量：协方差主要度量变量间的线性相关关系，，对于非线性关系可能无法准确反映无界性

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markdown常用数学符号cov(markdown求和符号)

希腊字母 \alpha　α \alphaα \beta　β \betaβ　 \gamma　γ \gammaγ　 \Gamma　Γ 　 \Gamma　Γ　...

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Science | SARS-CoV-2和SARS-CoV受体结合域中高度神秘保守的抗原表位

；CR3022同时使用重链和轻链上所有六个互补决定区(CDRs)与SARS-CoV-2的RBD作用(图1)，在抗原表位上的28个残基（CR3022所覆盖的残基）中，有24个（86%）在SARS-CoV-...，其中最主要的差异是在SARS-CoV中的N370位点存在N-glycosylation位点，N-glycan sequon(NxS/T)使得在残基372中出现不同的氨基酸，SARS-CoV中是苏氨酸而...作者测试CR3022在体外微量中和试验中是否可以中和SARS-CoV-2和SARS-CoV，发现CR3022在最高浓度400 条件下无法中和SARS-CoV-2,该结果可以解释CR3022对SARS-CoV...SARS-CoV-2与SARS-CoV具有相同的宿主受体ACE2，CR3022的抗原表位与ACE2结合位点不重叠（图3），这意味着CR3022中和SARS-CoV的机制不依赖于直接阻断受体结合；事实上，...总之，论文分析了SARS-CoV-2如何被体液免疫反应靶向，并发现了SARS-CoV-2和SARS-CoV之间的共同保留的抗原表位，虽然CR3022在体外试验中不能中和SARS-CoV-2，但在体外试管中无中和活性且在生物体内可以起到辅助作用的病毒抗体例子有很多

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Furin蛋白酶切位点在SARS-CoV-2刺突蛋白功能中的作用机制研究

早期生物信息学分析，特别是通过多序列比对，发现SARS-CoV-2刺突蛋白在S1/S2亚基交界处存在一个独特的、在其他已知冠状病毒中较为罕见的插入序列"PRRA"。...基于此，学界提出假说，认为该Furin切割位点可能是SARS-CoV-2相较于SARS-CoV等病毒具有更强传播能力的重要分子基础，其作用类似于部分高致病性流感病毒的机制，并进一步探索了Furin抑制剂作为潜在治疗策略的可能性...该重组蛋白可用于：1.体外酶切验证：在体外生化反应体系中，直接验证Furin蛋白酶对SARS-CoV-2野生型及突变型刺突蛋白（或其S1/S2重组肽段）的切割效率与特异性。...1.Furin切割的证实与基础功能：研究首先确认，含有"PRRA"序列的SARS-CoV-2野生型刺突蛋白能够在细胞中被Furin蛋白酶有效切割加工；而删除或替换该序列的突变体则不被切割。...四、结论与展望：从机制研究到工具应用综合现有研究，SARS-CoV-2刺突蛋白中的Furin蛋白酶切位点是一个重要的功能元件，但其在病毒入侵中的绝对必要性可能因微环境（如局部蛋白酶的种类与丰度）而异。

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EBioMedicine | SARS-CoV-2抗体发现流程中整合基于人工智能的表位预测

SARS-CoV-2中和抗体（nAb）开发的前所未有的速度就体现了这种可行性。自COVID-19大流行开始的几个月内，全球多个机构就启动了多项临床试验，以评估nAbs的效果，并逐步获得市场授权。...在活体的SARS-CoV-2感染的仓鼠模型实验中显示，选定的nAbs混合物的效果低于预期。...方法流程图 1 本研究的主要目标是建立一个抗SARS-CoV-2中和抗体库，这些抗体可以用于对COVID-19患者进行被动免疫，特别是那些抗体产生受损的患者。...在HEK293T细胞中进行克隆和小规模重组生产后，从398种克隆的抗体中，有249种抗体通过ELISA显示能够与SARS-CoV2 S1蛋白结合，188种抗体能够中和带有源自武汉SARS-CoV-2的刺突蛋白的囊泡病毒性疱疹病毒基因报告病毒...对UZGENT_A3和UZGENT_G5抗体进行基准测试图 3 图 4 在随后的体外和体内实验中，将它们与Regeneron公司的临床相关REGN-COV2混合物中的抗体REGN10933（casirivimab

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Science | 初步的SARS-CoV-2蛋白酶抑制剂在小鼠中显示功效

研究人员使用X-ray晶体学方法揭示了SARS-CoV-2主要蛋白酶的结构，设计了与该靶标结合并阻止病毒复制的抑制剂。该工作发表在2020年3月20日的《Science 》上。 ?...作为对由SARS-CoV-2病毒引起的COVID-19大流行作出反应持续努力的一部分，研究人员使用X-ray晶体学方法揭示了SARS-CoV-2主要蛋白酶(SARS-CoV-2,Mpro)的结构。...他们专注于这种蛋白酶，因为它在加工从病毒RNA翻译的多蛋白中起着重要作用。...在研究主要蛋白酶的结构的基础上，研究人员优化了现有冠状病毒的抑制剂，以开发化合物13b，后者是SARS-CoV-2主要蛋白酶的有效阻断剂。...他们进一步在小鼠中测试了其主要的抑制剂化合物，发现吸入耐受性良好，并且小鼠未显示任何不良反应。研究人员建议，由于尚不知道具有类似裂解特异性的人蛋白酶，因此这类抑制剂不太可能具有毒性。 ?

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【画图】SARS-CoV-2结合的宿主细胞受体ACE2在人组织中的表达情况

GTEx数据库有人各组织中基因表达谱数据，下载整理这个数据可以绘制出ACE2受体在人体组织中的表达量情况。画图 1.

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. | 用深度学习预测SARS-CoV-2的进化

通过分析现有的SARS-CoV-2变异，MLAEP准确地推断了抗原进化轨迹上的变异顺序，与相应的采样时间相关联。...作者的方法在免疫功能受损的COVID-19患者和新出现的变异（如XBB1.5）中识别出了新的突变。随着感染病例数量的增加和SARS-CoV-2在全球范围内传播，病毒基因组中出现了新的突变。...截至2022年4月，已经在全球禽流感数据库（GISAID）中识别并上传了超过一百万个病毒基因组变异。这些突变通常涉及对SARS-CoV-2特性的改变。...在这项工作中，作者提出了基于现有数据和方法构建的MLAEP，用于预测整个RBD区域中的组合突变，该区域具有高抗原演化潜力。...在每一代中，使用训练好的模型评估候选序列的适应性。然后，通过选择具有更高适应性的候选序列，以更高的概率培育下一代（图1c）。

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文献解读-Profiling SARS-CoV-2 mutation fingerprints that range from the viral pangen

关键词：流行病学；基因测序；变异检测；文献简介标题（英文）：Profiling SARS-CoV-2 mutation fingerprints that range from the viral...-2的基因组在病毒复制过程中容易受到突变的影响。...这些突变使SARS-CoV-2能够进化成新的毒株。病毒准物种来自个体患者发生的新发突变。结合这些病毒突变集，提供了独特的遗传指纹，揭示了传播模式，并在接触者追踪中具有实用性。...Sentieon软件团队拥有丰富的软件开发及算法优化工程经验，致力于解决生物数据分析中的速度与准确度瓶颈，为来自于分子诊断、药物研发、临床医疗、人群队列、动植物等多个领域的合作伙伴提供高效精准的软件解决方案...文献讨论这项研究开发了一种基于k-mer分析的方法来识别SARS-CoV-2的关键序列区域和突变。研究人员利用这种方法开发了一种高灵敏度的靶向测序方法，可用于识别患者中独特的病毒遗传指纹。

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bioRxiv | AI辅助设计针对SARS-CoV-2的表位疫苗

较长的CoV基因组扩大了可用于适应性突变的序列空间，并且病毒用来与靶细胞结合的刺突糖蛋白可以相对轻松地适应，以利用不同物种中细胞受体的同源物。...然后将该模型用于预测SARS-CoV-2蛋白质组中肽段的免疫原性。分别根据“选择肽”和“选择HLA等位基因”部分中描述的程序选择考虑进行分析的目标肽和HLA类型。...通过分析从不同的SARS-CoV-2分离物中获得的8,639个完整基因组序列，然后将其翻译成蛋白质序列，计算出每个氨基酸位置的突变频率。...3.3毒性/耐受性结果对SARS-CoV-2蛋白质组中的每种肽进行了研究，以确定与参考人蛋白质组中存在的肽缺乏相似性。...通过应用研究人员的方法，在SARS-CoV-2蛋白质组中发现了相当数量的高分T细胞表位，包括结构蛋白和NSP。选定的大多数表位在不同的SARS-CoV-2分离株中均保守。

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新冠病毒分型和突变分析（SARS-CoV2_ARTIC_Nanopore）

本文使用Artic官方提供环境对Nanopore minion SARS-Cov-2测序数据，对新冠病毒突变及分型鉴定二....概览：按照惯例，先上一张概览图，浏览下分析流程步骤图片流程输入SRR14800265.fastq.gz测试数据下载SRX11133330: Nanopore sequencing of SARS-CoV...reference.fasta ]; then cp -f /opt/ref/artic-ncov2019/primer_schemes/nCoV-2019/${artic_primer_version}/SARS-CoV...scheme.bed ]; then cp -r /opt/ref/artic-ncov2019/primer_schemes/nCoV-2019/${artic_primer_version}/SARS-CoV...reference.fasta ]; then cp -f /opt/ref/artic-ncov2019/primer_schemes/nCoV-2019/${artic_primer_version}/SARS-CoV

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协方差公式推导_二维正态分布cov协方差公式

协方差公式推导 cov(X,Y)=∑ni=1(Xi−X¯)(Yi−Y¯)n=E[(X−E[X])(Y−E[Y])] cov(X,Y)=\frac{\sum_{i=1}^{n}(X_i-

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机器学习算法笔记系列之深入理解主成分分析PCA-Python实现篇

参考链接：使用Scikit-Learn在Python中减少维度 Author: shizhixin Blog: http://blog.csdn.net/shizhixin Weibo：http:.../zhixinshi Email: zstarstone@163.com Date: 2016-04-19 Note: 本笔记是机器学习算法笔记系列之深入理解主成分分析PCA的实现篇，有自己写的Python...= np.cov(move_mean_sample,rowvar=0) my_cov_mat = my_cov(sampleDataSet) mat_cov = np.mat(np_cov) (eigV...对PCA做了实现，一方面由于Python处于学习中，没有对PCA函数进行封装，应该参考skilearn建立一个PCA的类，类中包含获取特征值，特征向量，数据重构等内容。...Python的实现中仅仅为了演示PCA的处理过程，没有考虑到算法的通用性，比如选择降维的维度，对输入的样本进行维度要求等，没有优化代码。

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pytest文档57-单元测试代码覆盖率(pytest-cov)

pytest-cov 先命令行安装 pytest-cov 2.10.1版本 pip install pytest-cov==2.10.1 环境要求： 1.python3.6.6 版本备注：其它版本没试过...python3.6.0版本会遇到以下问题 INTERNALERROR>raise CoverageException("Couldn't use data file {!...====================== platform win32 -- Python 3.6.6, pytest-6.0.2, py-1.9.0, pluggy-0.13.1 rootdir:...[100%]----------- coverage: platform win32, python...=========================== platform win32 -- Python 3.6.6, pytest-6.0.2, py-1.9.0, pluggy-0.13.1 rootdir

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Python中的单元测试与代码覆盖率：实践与问题解决

在Python中，我们有很多强大的工具和库来进行单元测试和代码覆盖率分析。本文将向你分享在Python中进行单元测试和代码覆盖率分析的实践经验和一些常见问题的解决方案。...在Python中，我们可以使用内置的unittest模块来编写单元测试，并通过运行单元测试来验证代码的正确性。...在Python中，我们可以使用工具和库来进行代码覆盖率分析。其中一个常用的工具是coverage库。...() cov.save() cov.report() 在上面的示例中，我们导入了coverage库，并创建了一个Coverage对象cov。...本文介绍了在Python中进行单元测试和代码覆盖率分析的实践经验和一些常见问题的解决方案。通过编写单元测试和分析代码覆盖率，我们可以提高代码的质量和稳定性。

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Python代码覆盖性测试入门

Python扩展库coverage可以实现对Python代码的覆盖测试，使用pip工具安装之后，可以使用命令“coverage run file.py”对Python程序file.py进行覆盖测试，然后使用命令...“coverage report”直接查看测试报告，或者使用命令“coverage html”生成HTML文件的测试报告，这些HTML文件自动保存在htmlcov文件夹中。...' else: return 'Yes' n = randint(3, 2000) print(n, ':', isPrime(n)) 把上面的代码保存为isPrime.py，然后在命令提示符环境中首先执行命令...import coverage from random import randint cov = coverage.Coverage() cov.start() def isPrime(n): for...() cov.save() cov.html_report()

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用Python进行单元测试

Python编程语言，不仅仅在机器学习、数据分析等领域大放异彩，在web开发中等软件开发中，使用者也越来越多。 ? 在软件开发中，有一种被提倡的开发范式：测试驱动开发。...用Python进行单元测试 Python中的单元测试，就是编写一个测试函数，在其中执行一小段应用程序，检验代码是否正确，如果有问题，会抛出异常。...要执行这个单元测试，则需将其保存为一个Python文件，然后执行该文件，就能完成测试过程。在Python中有两个非常流行的单元测试框架，一个是标准库中的unittest，另外一个是pytest。...用Python中的assert语句实现断言，并辅之以pytest中的方法，增强assert语句的表达，从而能输出更多的异常信息。...然后创建虚拟环境（关于虚拟环境，请参阅“Python虚拟环境”一文），并在虚拟环境中安装pytest。

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python flask 代码覆盖报告

/usr/bin/env python import os COV = None if os.environ.get('FLASK_COVERAGE'): import coverage COV...= coverage.coverage(branch=True, include='app/*') COV.start() ......tests = unittest.TestLoader().discover('tests') unittest.TextTestRunner(verbosity=2).run(tests) if COV...: COV.stop() COV.save() print('Coverage Summary:') COV.report() basedir = os.path.abspath(os.path.dirname...version: file://%s/index.html' % covdir) COV.erase() python manage.py test --coverage 测试代码覆盖

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SARS-CoV-2复阳将为常态

从零开始理解协方差（Cov）

markdown常用数学符号cov(markdown求和符号)

Science | SARS-CoV-2和SARS-CoV受体结合域中高度神秘保守的抗原表位

Furin蛋白酶切位点在SARS-CoV-2刺突蛋白功能中的作用机制研究

EBioMedicine | SARS-CoV-2抗体发现流程中整合基于人工智能的表位预测

Science | 初步的SARS-CoV-2蛋白酶抑制剂在小鼠中显示功效

【画图】SARS-CoV-2结合的宿主细胞受体ACE2在人组织中的表达情况

. | 用深度学习预测SARS-CoV-2的进化

文献解读-Profiling SARS-CoV-2 mutation fingerprints that range from the viral pangen

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协方差公式推导_二维正态分布cov协方差公式

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用Python进行单元测试

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