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PSM 重打分介绍

该过程的主要结果是肽段质谱匹配(PSM)列表,每个PSM都附有特征,如前体电荷、前体质量和DBSE评分。...为此,所有来自诱饵数据集的PSM被视为负集,而来自目标数据集的高分PSM则用作正集。交叉验证(41)用于避免过拟合和可靠的PSM得分估计。...Mokapot为了提高在蛋白质-RNA相互作用(57)和单细胞蛋白质组学等特定领域的肽段鉴定率,提出了Percolator的适应性Python版本Mokapot(58)。...例如,如果仅选择一个PSM——即重新评分后的最高得分PSM,预计对FDR估计质量的影响很小。...这个过程本质上会导致PSM重新排序,并允许DDR流程为每个谱图选择比DBSE提出的第一个PSM(19)更好的PSM(例如,通过光谱相似性估计)。

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    因果推断(二)倾向匹配得分(PSM)

    因果推断(二)倾向匹配得分(PSM) 前文介绍了如何通过合成控制法构造相似的对照组,除此之外,也可以根据倾向匹配得分(PSM)进行构造,即为每一个试验组样本在对照组中找对与之相似的样本进行匹配。...PSM 通过统计学模型计算每个样本的每个协变量的综合倾向性得分,再按照倾向性得分是否接近进⾏匹配。本文参考自PSM倾向得分匹配法[1]。 ⚠️注意:倾向匹配得分常用于截面数据 数据准备 # !...pip install psmatching import psmatching.match as psm import pytest import pandas as pd import numpy...如果你持有怀疑态度,就可以尝试通过PSM为每一个实验样本与之相似的样本,构造出相似的对照组后发现差异并没有很多(例如只有10%),你就可以理直气壮的驳斥他们了。...共勉~ 参考资料 [1] PSM倾向得分匹配法: https://zhuanlan.zhihu.com/p/453802545

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    因果推断笔记——双重差分理论、假设、实践(四)

    / PSM差异 2.2 解决平行趋势假设:DID+PSM连用(最常用) 3 三重差分(Difference-in-differences-in-differences, DDD) 3 相关实现案例...2 DID + PSM 差异与联用 2.1 DID / PSM差异 DID, PSM 及 DID+PSM 有何差异?DID 要假定不可观测效应随时间变化趋势相同?...PSM: PSM更加适用于截面数据,或者将面板数据作为截面数据来处理;PSM实际上寻找与处理组尽可能相似的控制组样本,当协变量维度比较多的时候,借助probit或logit模型(分组虚拟变量对协变量进行回归...PSM需要控制尽可能多的控制变量,以使分组变量完全随机,而对于有一些变量,一方面不可观测,另一方面又不随时间而改变,此时就可以使用PSM+DID的方法。...2.2 解决平行趋势假设:DID+PSM连用(最常用) 双重差分法(DID)的原理与实际应用 具体PSM的实现过程可见:因果推断笔记——python 倾向性匹配PSM实现示例(三) 目的:从干预的人群和未干预的人群里找到两批人符合平行趋势假设

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    AI时代的软件开发-重回MDA模型驱动架构思想

    如果是Python语言实现,可能的语义描述是: 我希望实现一个用户表(user_id,user_name,type,Address)的CRUD功能,需要通过python语言来实现,前端采用Flask框架...从PIM到PSM模型的实现逻辑 最后一步即从PIM到PSM,PSM已经是完全可以结合语言,架构,数据库,分层的实现模型。可以生成完整的源代码。...那么一套PIM模型既可以生成python+flask语言的应用实现,也可以生成Java微服务架构,前后端分离的应用实现。...这里的关键点仍然是PSM的语言平台相关元模型的构建,从PIM到PSM映射规则的条目化描述。 所有对AI和ChatGPT的训练本质将变成对PSM元模型的学习和理解,对模型映射规则的理解。...我们可以将我们已有的软件开发项目实践内容转化和抽象为PSM元模型描述,让AI理解这个PSM元模型的架构特点。其次可以基于已有实践项目给出从PIM模型到PSM模型的映射参考。

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    手把手教你做倾向评分匹配

    PSM PSM英文全称为Propensity Score Matching,意思是倾向匹配得分,炸一听?多么有学术气息呀 ? 那么如何通俗的理解PSM模型呢?...近几年在国外研究中用的比较广泛的控制混杂因素的方法—倾向性评分匹配(propensity score matching, PSM)。...之前我们平台推出了基于SPSS计算PSM,那我们今天采用R语言计算PSM,测试数据在后台回复"PSM"提供。 今天PSM推荐的包为MatchIt,一听名字就是做匹配用的。...下面进入正题,今天我们看看如何用MatchIt,进行PSM分析: 1. 安装并加载包,关于包的安装,已经讲过多次,直接上代码: ? 2.数据读取: ?...Ok,今天的推文就到这,我们分享了如何在基于R语言的PSM的计算,希望能对大家有所帮助,最后,欢迎大家多多交流。 —END—

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    软考高级:软件架构风格 MDA

    缺点 需要通过转换映射到特定平台的模型(PSM),可能存在转换的复杂性。 平台相关模型(PSM) 特征 说明 定义 在PIM的基础上添加了特定平台的技术细节,例如特定数据库或编程语言的使用。...缺点 转换复杂性:从PIM转换到PSM再到代码的过程可能会非常复杂,特别是对于复杂的业务逻辑和高度定制的平台技术。...平台相关模型(PSM) C. 代码(Code) D. 业务逻辑模型(BLM) 在MDA中,平台相关模型(PSM)的主要作用是什么? A. 描述业务逻辑 B....从平台独立模型(PIM)转换到平台相关模型(PSM)的过程是模型转换的一部分。 答案:D。代码可以通过自动化工具从PSM生成,也可以由开发者手动编写。 答案:D。...从PIM转换到PSM通常需要特定的转换规则和工具。 答案:C。PIM到PSM的转换主要依赖于转换规则和工具。

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    1.6K star!这个开源文本提取神器,5分钟搞定PDF图片Office文档!

    嗨,大家好,我是小华同学,关注我们获得“最新、最全、最优质”开源项目和高效工作学习方法 Kreuzberg 是一个基于 Python 的文本提取库,支持从 PDF、图像、Office 文档等 20+ 格式中提取文本内容...Word/Excel/PowerPoint、Markdown、EPUB 等常见文档格式 智能PDF处理 自动识别可搜索PDF与扫描件,智能切换文本提取与OCR模式,内置文本校验防错机制⚡ 异步高性能 基于 Python...): result = await extract_file( "论文.pdf", language="chi_sim+eng", # 中英混合识别 psm...实战技巧分享技巧1:提升OCR识别精度# 配置德语+英语识别,使用单列版面分析await extract_file( "german_doc.jpg", language="deu+eng", psm...&& \ rm -rf /var/lib/apt/lists/*COPY requirements.txt .RUN pip install -r requirements.txtCMD ["python

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