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    bismark 识别甲基化位点

    在bismark中,根据甲基化的C所处的上下文环境,分成以下3类; CpG CHG CHH p代表磷酸二酯键,CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。...H代表除了G碱基之外的其他碱基,即A, C, T中的任意一种,CHG代表甲基化的C下游的2个碱基是H和G, CHH表示甲基化的C下游的两个碱基都是H。 ?...默认情况下,软件会自动根据两个因素生成结果文件 甲基化的C的类型 就是前面提到的CpG, CHG, CHH 3种类型 比对情况 包括比对到四条链上OT, OB, CTOT, CTOB 4种情况 所以会生成...不同字母表示不同的甲基化C: X 代表CHG中甲基化的C x 代笔CHG中非甲基化的C H 代表CHH中甲基化的C h 代表CHH中非甲基化的C Z 代表CpG中甲基化的C z 代表CpG中非甲基化的...C U 代表其他情况的甲基化C(CN或者CHN) u 代表其他情况的非甲基化C (CN或者CHN) 对于CpG, 采用字母X的大小写来表征甲基化状态;对于CHG, 采用字母H的大小写来表征甲基化状态;

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    如何获取沪深股市历史数据并入库

    利用Tushare大数据社区的数据接口: 1、注册用户,并完善资料,以获取最低的积分要求; 2、获取token,作为获取数据的唯一凭证; 3、利用python脚本采集入库。...能力要求: 1、会使用mysql数据库 2、熟悉python基础语法 一、注册用户 (1)注册的操作很简单,参考平台的说明,注册完成后可获得100积分,链接如下: https://tushare.pro...doc_id=39 三、获取数据并入库 接下来主要就是一套python代码的事了,下面以采集最近一年内日线数据为例做详细说明。...DEFAULT NULL COMMENT '收盘价', `pri_close_pre` decimal(18, 2) NULL DEFAULT NULL COMMENT '昨收价', `am_chg...` decimal(18, 2) NULL DEFAULT NULL COMMENT '涨跌额', `pct_chg` decimal(18, 2) NULL DEFAULT NULL COMMENT

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    沉浸式体验WGBS(上游)

    三种类型(CpG/CHG/CHH) 在bismark中,根据甲基化的C所处的上下文环境,分成以下3类; CpG CHG CHH p代表磷酸二酯键,CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基 H代表除了G碱基之外的其他碱基...安装软件 1.1 新建小环境 ## conda管理环境 # 创建名为snakemake的软件环境来安装转录组学分析的生物信息学软件 # 创建小环境成功,并成功安装python3版本,每建立一个小环境,安装一个...python=3的软件作为依赖 conda create -y -n snakemake python=3 # 查看当前conda环境 conda info --e # 激活 conda activate...单个 C 的位置将被写入一个新的输出文件,具体取决于其context(CpG、CHG 或 CHH),其中甲基化 Cs 将被标记 (+),非甲基化 Cs 被标记 (-)。...默认情况下,bismark_methylation_extractor 区分 CpG、CHG 或 CHH context中的胞嘧啶。

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    为什么程序要从0开始计数

    lax_coordinates = (33.9425, -118.408056) # 洛杉矶国际机场的经纬度 # 东京的一些信息:市名、年份、人口、人口变化和面积 >>> city, year, pop, chg...元组拆包 >>> city, year, pop, chg, area = ('Tokyo', 2003, 32450, 0.66, 8014) 这个例子中,我们把元组的数据用一条语句分别赋值给 city..., year, pop, chg, area,这就是元组拆包的一个具体应用。...在python3中,这个概念被扩展到了平行赋值中: # python 3 代码示例 >>> a, b, *rest = range(5) >> a, b, rest (0, 1, [2, 3, 4])...这个实例和普通的对象实例相比也更小一些,因为 在这个实例中,Python 不需要用 __dict__ 来存放这些实例的属性 切片 Python 中列表、元组、字符串都支持切片操作。

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