在bismark中,根据甲基化的C所处的上下文环境,分成以下3类;
CpG
CHG
CHH
p代表磷酸二酯键,CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。...H代表除了G碱基之外的其他碱基,即A, C, T中的任意一种,CHG代表甲基化的C下游的2个碱基是H和G, CHH表示甲基化的C下游的两个碱基都是H。
?...默认情况下,软件会自动根据两个因素生成结果文件
甲基化的C的类型
就是前面提到的CpG, CHG, CHH 3种类型
比对情况
包括比对到四条链上OT, OB, CTOT, CTOB 4种情况
所以会生成...不同字母表示不同的甲基化C:
X 代表CHG中甲基化的C
x 代笔CHG中非甲基化的C
H 代表CHH中甲基化的C
h 代表CHH中非甲基化的C
Z 代表CpG中甲基化的C
z 代表CpG中非甲基化的...C
U 代表其他情况的甲基化C(CN或者CHN)
u 代表其他情况的非甲基化C (CN或者CHN)
对于CpG, 采用字母X的大小写来表征甲基化状态;对于CHG, 采用字母H的大小写来表征甲基化状态;