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    【硬件】生信专用高性能计算机配置指南(一):关于配置、CPU和机箱

    虽然HPAC相比每平米房价不算个啥,但时代的一颗灰落到个人身上都是一座山,因此不少小伙伴还是限于经济望而却步。但横向来看,毕竟一台好的游戏主机也要好几万;纵向来看,如果看远一点,购买HPAC和发文章的数量肯定是正相关的,或许可以和老板商量,从实验室或小组的经费里拨点赞助,或者下班后可以加班去开滴滴送快递呀,或者街头唱歌的时候脚下放顶帽子,反正办法肯定是有的啦。如果你继续往下看,那么我就假设你已经有办法解决了经济问题,接下来我们将讨论在1.5-2.5w的范围内配置一台HPAC如何选择性价比最高,以及需要考虑哪些问题。

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    【硬件】生信专用高性能计算机配置指南(续):关于配置、CPU和机箱

    虽然HPAC相比每平米房价不算个啥,但时代的一颗灰落到个人身上都是一座山,因此不少小伙伴还是限于经济望而却步。但横向来看,毕竟一台好的游戏主机也要好几万;纵向来看,如果看远一点,购买HPAC和发文章的数量肯定是正相关的,或许可以和老板商量,从实验室或小组的经费里拨点赞助,或者下班后可以加班去开滴滴送快递呀,或者街头唱歌的时候脚下放顶帽子,反正办法肯定是有的啦。如果你继续往下看,那么我就假设你已经有办法解决了经济问题,接下来我们将讨论在1.5-2.5w的范围内配置一台HPAC如何选择性价比最高,以及需要考虑哪些问题。

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    zabbix监控常见系统报错

    CPU触发器: 1)Processor load is too high on {HOST.NAME} {HOST.NAME}上处理器负载太高 触发器表达式:{Zabbix server:system.cpu.load[percpu,avg1].avg(5m)}>5 告警等级:警告 2)Disk I/O is overloaded on {HOST.NAME} 磁盘I/O在{HOST.NAME}上重载 触发器表达式:{Zabbix server:system.cpu.util[,iowait].avg(1h)}>30 告警等级:警告 3){HOST.NAME} [CPU Idle]-[< 10%] CPU空闲小于百分之10 触发器表达式:{Zabbix server:system.cpu.util[,idle].count(#5,10,"lt")}=5 告警等级:一般严重 General触发器: 1)Hostname was changed on {HOST.NAME} 主机名被更改 触发器表达式:{Zabbix server:system.hostname.diff(0)}>0 告警等级:信息 2)Host information was changed on {HOST.NAME} 主机信息给更改 触发器表达式:{Zabbix server:system.uname.diff(0)}>0 告警等级:信息 3)HOST.NAME} has just been restarted 重新启动主机 触发器表达式:{Zabbix server:system.uptime.change(0)}<0 告警等级:信息 Keepalived触发器 1){HOST.NAME}keepalived进程宕机,请运维人员确认 触发器表达式:({TRIGGER.VALUE}=0 and {Zabbix server:proc.num[keepalived,,,keepalived].change(0)}<0 and {Zabbix server:proc.num[keepalived,,,keepalived].last(0)}=0) or ({TRIGGER.VALUE}=1 and {Zabbix server:proc.num[keepalived,,,keepalived].last(0)}<>3) 告警等级:严重 Memory触发器 1)Lack of free swap space on {HOST.NAME} 主机上缺少自由交换空间 触发器表达式:{Zabbix server:system.swap.size[,pfree].last(0)}<10 告警等级:警告 2)Lack of available memory on server {HOST.NAME} 主机服务器上缺少可用的内存 触发器表达式:{Zabbix server:vm.memory.size[available].last(0)}<20M 告警等级:一般严重 Security触发器 1)/etc/passwd has been changed on {HOST.NAME} 主机密码文件被更改 触发器表达式:{Zabbix server:vfs.file.cksum[/etc/passwd].diff(0)}>0 告警等级:警告 Processes触发器 1)Too many processes running on {HOST.NAME} 在主机上运行的进程太多 触发器表达式:{Zabbix server:proc.num[,,run].avg(5m)}>30 告警等级:警告 2)Too many processes on {HOST.NAME} 在主机上进程太多 触发器表达式:{Zabbix server:proc.num[].avg(5m)}>1000 告警等级:警告 Performace触发器 1)Processor load is too high on {HOST.NAME} 在主机上处理器负载过高(1分钟) 触发器表达式:{Zabbix server:system.cpu.load[percpu,avg1].avg(5m)}>5 告警等级:警告 OS触发器 1)Configured max number of processes is too low on {HOST.NAME} 主机上配置的最大进程数太低 触发器表达式:{Zabbix server:kernel.maxproc.last(0)}<256 告警等级:信息 2)Configured max number of opened files is too low on {HOST.NAME}

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    国内高速下载测序SRA数据

    在生物信息学研究中,公共测序数据资源的获取对于科研项目的进展至关重要。虽然NCBI的SRA(Sequence Read Archive)数据库提供了大量的测序数据,但由于网络访问速度的限制,特别是从国内访问时,下载速度可能受到严重影响。为了克服这一困难,欧洲生物信息学研究所(EBI)的ENA(European Nucleotide Archive)数据库及其提供的下载工具成为了一个可行的替代方案。EBI的ENA数据库与NCBI的SRA数据库类似,存储了大量的测序数据,并且提供了多种下载方式。其中,enaBrowserTools结合Aspera的方式因其高效和便捷性而受到推荐。这种下载方式不仅速度快,而且操作简单,只需提供数据的accession号(如SRR号)即可。

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