在Oracle中基于PDB种子复制数据库的方式，这个与SQLServert中直接创建数据库比较类似。在SQLServer中有一个model数据库，这个库的功能就和PDB种子数据库一样，就是一个模板数据库。从某种程度上来说，Oracle的多租户数据库几乎借鉴了80%的SQLserver的一些设计架构和理念。也即是通过从pdb数据库复制数据文件来达到快速建库的目的。下文是基于PDB种子建库的步骤及演示。
Oralce 12c中的多租户数据库的启用，使得原来分布于多台服务器或者一台服务器上运行N多实例的情形需要进行整合。那就是将之前的N多非CDB数据库整合到CDB，原来的数据库将作为CDB数据库下一个PDB容器，各个PDB之间也可以通过快速dblink实现交互。常用的方法包括导出导入，DBMS_PDB包方式，以及GoldenGate复制方式等。本文主要描述使用DataPump方式实现迁移。
数据字典就是元数据的集合，比如创建的表，列，约束，触发器等等这些都是元数据，需要保存到数据库中。除此之外，Oracle自身的一些数据库对象，如目录，PL/SQL代码等等这些都是元数据，都需要存放在数据字典中。随着12c 容器数据的普及，Oracle数据字典发生了哪些变化呢，下文即是具体描述。
可以看到PDBORCL对应的服务名为pdborcl.localdomain。 5 修改tnsnames.ora文件，添加如下内容： (tnsnames.ora位于$ORACLE_HOME/network/admin目录下)
蛋白质数据库（PDB）是生物大分子3D结构的存储库，其中包含其原子的坐标，通过使用两个原子的这些坐标，可以计算它们之间的距离。使用典型的pdb文件，可以使用类似于Biopython文档中介绍的方法来计算结构中两个原子之间的距离。如下所示：
脚本使用和下载可参考Github：https://github.com/pc-study/InstallOracleshell
12.1引入temp undo概念 ，12.2引入local undo，也就是每个pdb拥有自己的undo表空间（以前版本共用一个undo表空间），rac中每个pdb每个实例都有自己的undo。 使用local undo的益处 1、隔离后，减少undo表空间的争用，同时方便拔插 2、flashback a PDB 3、point-in-time recovery PDB 4、relocating a PDB or cloning a PDB that is in open read/write mo
当我们需要将Non-CDB数据库类型更改为PDB数据库类型时，可以使用Cloning的方式将其复制到现有的CDB中，但是该方法需要将Non-CDB中的数据文件复制到新的目录中，除了Cloning的方式外我们还可以使用DBMS_PDB包来生成Non-CDB数据库的XML元数据文件，该XML元数据文件中描述了Non-CDB中的数据文件信息，可以使用XML文件将Non-CDB数据库附加为CDB中的PDB，通过该方式将Non-CDB数据库转换成CDB中的PDB，它的优点在于省去了复制Non-CDB数据文件的过程，但要求Non-CDB必须为12.1.0之上的版本，如果Non-CDB为12c之前的版本，需要将其升级到12c，另外需要我们提前创建一个CDB容器数据库，或者现有环境中已存在CDB容器数据库(将Non-CDB插入已存在的CDB中)。
这个是正常版本的 链接: Windows10安装Oracle19c数据库详细记录
从本节开始，麦老师将依次讲解使用DBCA静默创建CDB 、DBCA图形化界面创建CDB、手动创建CDB，即使用create database来创建CDB 、duplicate a CDB、Using DBCA to Duplicate a CDB这5种方式来创建CDB。
作者 杨禹航 出品 沃趣技术 PDB数据库的创建可以从现存的数据库中复制数据文件，包括种子容器、可插拔数据库、non-CDB数据库，创建时可以使用CREATE PLUGGABLE、RMAN、DBCA以及EM等。 在12.1版本中在创建PDB时，Source PDB必须处于read only状态，在12.2版本中，因为undo local mode新特性的推出，在创建PDB时，Source PDB在read write状态，依然可以创建。 另外在12.2版本中Oracle推出了refresh PDB特
Oracle 19c目前已经算比较主流的数据库版本了，如果用的是CDB/PDB多租户的模式，无论是直接登录到数据库，还是通过JDBC程序登录到数据库，和传统登录方式，存在一些不同。
Oracle 18c For Exadata版本的介质已经发布，作为一名心急的老粉丝，欣喜的发现可以安装在普通的Linux平台。
Oracle的多租户和MySQL，MSSQL的类似，把之前的一个实例对一个数据库的情形(RAC是多个实例对一个数据库)整合成了一个实例下可以挂多个数据库，并且定义为可插拔的，听起来很炫。就像在没有多租户特性之前，Oracle与MSSQL以及MySQL还是有很大的差异，因此对于Oracle的多租户也有一些不同的地方。本文主要描述Oracle 12c多租户架构。
如果是PDB数据库的蛋白，只需要PDB蛋白的id，然后通过get.pdb函数获取即可。
在 Oracle 18c 中，多租户的一个新特性 CDB Fleet 被引入进来，我们可以把这个特性称为：多租户舰队。
我们这里处理蛋白文件需要借助pyMOL这个软件，我在前面提到过，我也上传到了网盘，有2个版本，一个2.2，一个2.4，前面说安装时需要安装2.0序列的Python，这是针对2.2版本的pyMOL，如果你安装2.4版本，需要安装Python3.7。我用的是2.4的版本，有点喜新厌旧啦。
pyrx学习记录 （1）第一部分 1蛋白质下载和准备 蛋白质需要从pdb数据库下载，地址如下： RCSB PDB - 1TGM: Crystal structure of a complex for
作者 杨禹航 出品 沃趣技术 Oracle 12.1发布至今已有多年，但国内Oracle 12C的用户并不多，随着12.2在去年的发布，选择安装Oracle 12c的客户量明显增加，在接下来的几年中，Oracle 12c将逐步得到普及。 目前关于12C新特性的文章很多，但大多都不成体系，本次的文章是一个非常完整、连贯的系列，将带你全面的从基础到深入全方位的理解Oracle 12C。 本篇为Oracle 12c系列的开篇文章《Oracle 12c系列(1)Multitenant Container》。
Oracle 12.1发布至今已有多年，但国内Oracle 12C的用户并不多，随着12.2在去年的发布，选择安装Oracle 12c的客户量明显增加，在接下来的一两年中，Oracle 12c将逐步得到普及。
对于Oracle数据库的创建，Oracle除了支持dbca(GUI界面)，同时也支持手工方式创建数据库，即使用CREATE DATABASE语句创建数据库。使用此语句对使用DBCA的一个优点是可以从脚本内创建数据库。在Oracle 12c版本中支持12c之前的非CDB数据库以及CDB容器数据库。因此创建方式略有不同。本文同时描述2种不同数据库的手工创建方法。
biopython和bioperl, biojava项目类似，都是Open Bioinformatics Foundation组织的项目之一，旨在提供一个编程接口，方便生物信息数据的处理。OBF的成员项目部分如下
最近在帮实验室的学姐分析一些蛋白质序列，然后就接触到了DSSP这个算法。于是写一篇小笔记，仅此来记录一下本次的使用记录。
前阵子在漏洞扫描后，有些暂时不再使用的数据库链接Database Link需要删除。出于万一后续需要再用的情况考虑，于是乎先备份这些Database Link。首先让我想到的是直接生成DDL就行。事实上这DDL并不包含链接用户的密码。此路不通，所以就只能考虑用expdp工具来进行备份了。其次由于有些数据库用户的密码未知，因此这些用户创建的数据库链接在sys账号下无法删除。下文则是这些个问题的描述与解决。
对于从事生物行业的朋友们来说，PDB文件和蛋白质结构是很多人绕不过去的问题。然而对于天天跑电泳过柱子的生物狗来说，PDB文件打开后与天书无异。这里，我转载一篇网上看到的关于PDB文件内记号说明的文章，希望对大家有用！
对于Oracle数据库升级操作，每个版本之间的升级步骤均相似，首先升级Oracle软件，然后升级数据库内的数据字典表。
Oracle 12c开始提供了多租户数据库的功能，对于不同PDB的复制，可以通过克隆，非常便捷地实现。
数据库的体系结构是指数据库的组成、工作过程、以及数据库中数据的组织与管理机制，要了解Oracle数据库的体系结构，必须理解Oracle系统的主要组件和重要概念。
注：文章内容来自官方文档翻译。若需要了解更多，请查阅官方文档。 1、Multi-Instance Redo Apply (多实例redo应用) 在Oracle Database 12.2 之前的版本上，对于物理standby 数据库，将Redo应用于Oracle RAC standby数据库上的单一实例是受限的。在12.2版本上， redo apply现在可以根据用户的不同配置在部分或者所有standby实例上运行。 如果需要，可以通过添加其他standby实例来实现Redo Apply性能扩展。 有了这个
之前介绍的PDB都是通过配置文件在数据库初始化的时候就装上了，如果要在一个Oracle 19c已有的CDB上创建PDB，主要有两种方式。
最近整合了几个测试环境，都放入了12c的容器数据库中。今天本来计划再整合几个测试库进来，结果因为碰到了JDBC的问题给耽搁了。 迁移数据库的步骤，因为数据量不大，数据结构较为复杂，所以直接采用了DataPump来做，而且因为测试环境，所以很多问题有充足的时间去排除和分析。 首先我创建了一个PDB CREATE PLUGGABLE DATABASE tbillmob ADMIN USER pdb_mgr IDENTIFIED BY oracle file_name_convert=('/hom
《你知道Oracle的数据文件大小有上限么？》这篇文章中有朋友说"能否写一篇添加数据文件时如何指定数据块大小的"，其实这个操作，是Oracle OCM认证考试中某个场景的考题。
PS：我安装的MongoDB版本是4.x，MongoDB4之后的版本安装步骤和配置都变简单了。不需要手动的去创建 data 和 log 文件夹，也不需要去创建并配置 .conf 的格式的文件。但在安装MongoDB服务的时候会修改 mongod.cfg 里面的东西，删掉里面的 mp: 就可以了
CellPhoneDB是一个受配体及其相互作用的数据库，整合了UniProt, ensemble, PDB, IMEx，IUPHAR等数据库的信息。CellPhoneDB数据库概况如下图所示
蛋白质界面（protein interface）是指两个或更多蛋白质之间的接触面或结合区域。它们是蛋白质相互作用的关键部分，可以调节细胞功能的许多重要过程，如信号传导、代谢、免疫反应和细胞黏附。蛋白质界面的形状、化学特性和静电性质等因素对于蛋白质的相互作用方式和特异性都有着重要的影响。由于蛋白质界面在生物学和生物医学中的重要性，因此研究蛋白质界面的结构和功能已成为生物学、生物医学、生物信息学和药物设计领域的热门课题。
需要软件： SQLsever2005pro 本站提供下载 将服务器端解压缩到D：盘 D:\Sagasevr下有6个文件夹 1：database SQL数据库文件夹 2：LoginServer 帐号登陆管理器 3：WorldServer 服务器数据管理器 4：GameServer1 游戏数据管理器 4：GameServer2 游戏数据管理器 5：GameServer3 游戏数据管理器 6：GameServer4 游戏数据管理器
蛋白研究过程中，一般认为氨基酸的序列决定了蛋白的结构，结构决定功能（一般指蛋白的三维结构）。然而，近50年的研究中，有一种没有特定三维结构的蛋白不断被研究人员发现，由于这类蛋白无法折叠成稳定的三维结构而称为固有无序蛋白(intrinsically disordered regions，IDRs)。这类蛋白虽然缺乏稳定结构且高度可变，但是研究却发现他们在生物体内行驶着重要的生物学功能。
该软件有windows, mac, linux版本，下载后安装的时候需要提供注册码，不用担心，先在https://salilab.org/modeller/registration.html注册（需要学术邮箱或者含有edu的邮箱）。然后网站会自动审核并且发送注册码给输入的邮箱。软件的安装步骤和大多数Windows软件包一样，除了输入注册码那步，其它的一路点击“下一步”即可。
共价结合的卤素原子周围电荷分布具有各向异性，存在一个带正电的σ空穴，可以与亲核试剂相互作用形成卤键作用（XB）。卤键是分子识别和药物设计中重要的非共价相互作用。在药物设计中，已有的研究主要集中在含卤小分子化合物与靶标蛋白之间的卤键。在自然界中，一些蛋白质和多肽也含有卤素原子，而卤代蛋白质和卤代多肽的合成也是科研人员关注的一个领域，但目前仍然缺乏对卤代蛋白质或肽所形成的卤键的系统研究。近日，中国科学院上海药物研究所朱维良/徐志建课题组基于数据库统计分析，并结合量子化学计算和分子动力学模拟对蛋白/多肽中的卤键进行了研究，发现在蛋白-多肽相互作用界面的卤键可以增强它们的结合亲和力，蛋白内部形成的分子内卤键有助于提高蛋白质的结构稳定性，而对于不能形成分子内卤键的蛋白质则会导致其结构稳定性降低。该研究成果以题为“Impact of Halogen Bonds on Protein–Peptide Binding and Protein Structural Stability Revealed by Computational Approaches”的文章1发表于药物化学领域著名期刊《Journal of Medicinal Chemistry》。相关研究为卤键应用于多肽/蛋白药物的研发提供了理论性指导。
Docker部署pure-ftpd docker run -d -p 30021:21 -p 30090-30099:30090-30099 -e PUBLICHOST=公网IP -e FTP_MAX_CLIENTS=10 -e FTP_MAX_CONNECTIONS=10 -e FTP_PASSIVE_PORTS=30090:30099 -v /data/ftp/passwd:/etc/pure-ftpd/passwd -v /data/ftp/data:/home/ftpusers stilliard/
Oracle在12c版本引入了多租户的概念，在一个cdb的根容器下可以创建多个pdb供不同用户使用，cdb中主要保存数据库元数据，而pdb中保存用户数据，各个pdb直接不相互影响。Oracle提供了多种方式进行pdb数据库的创建/迁移/克隆，甚至实现了不停机的在线克隆。
PureFTPd是一款专注于程序健壮和软件安全的免费FTP服务器软件（基于BSD License），目前常见的一键安装包，如Oneinstack、lnmp.org、宝塔等服务都已集成PureFTPd服务，可见PureFTPd是一款非常流行的FTP服务软件。
戴明明（Dave） Oracle ACE-A，ACOUG核心成员，宝存科技数据库方案架构师 Dave也是CSDN 认证专家，超过7年的DBA经验，擅长Oracle数据库诊断、性能调优，热衷于Oracl
之前追过一篇AF的最新文章，官方称之为AlphaFold-latest，他可以预测蛋白质和小分子，蛋白质和核酸的复合物结构，对于传统复合物预测方法来说是降维式打击。唯一的缺点是：小道消息得知，Deepmind在那是没有将其开源的打算。额，好吧，这是我的缺点。关于文章的具体细节，放在下面。
Gene ID 也称Entrez ID，EntrezGene ID ，是 NCBI 使用的能够对众多数据库进行联合搜索的搜索引擎, 其对不同的 Gene 进行了编号, 每个 gene 的编号就是 entrez gene id. ，说白了，就是数字，比如：TP53 ，Gene ID就是: 7157。由于 entrez id 相对稳定, 所以也被众多其他数据库, 如 KEGG 等采用. Entrez Gene ID 就是一系列数字, 也比较容易辨识。R 或网站都有众多的工具可以帮助从不同的 ID 转换为 entrez id 或者反向转换。
Uniprot （Universal Protein ）是包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引的蛋白质数据库，整合了包括EBI（ European Bioinformatics Institute），SIB（the Swiss Institute of Bioinformatics），PIR（Protein Information Resource）三大数据库的资源。
小编为大家爆肝整理了近百个数据库！共分10大类。今天第二期小编为大家分享后5类。 在整理的过程中，小编发现一些虽然是以前经常被大家推荐的数据库，但却已经不再维护了，早已不能正常使用了，这种数据库小编也已经贴心的帮大家过滤掉了。那就快来看看有没有你需要的吧！
数十年来，在给定氨基酸线性序列的情况下，预测蛋白质三维结构的潜力一直吸引着计算生物学家。虽然在该领域取得了相当大的进展，但还没有一种方法能够可靠地生成接近、更不用说匹配实验确定结构质量的模型。在过去的一年里，基于深度学习的方法AlphaFold2和RoseTTAfold成功地在一系列靶标上实现了这一壮举，永远改变了结构生物学领域的进程。更令人印象深刻的是，欧洲分子生物学实验室和 DeepMind 之间的合作预测了 21 种模式生物的超过 350,000 种蛋白质的结构，并存储在AlphaFold 蛋白质结构数据库——计划在 2022 年将预测扩展到数百万个结构。
PDB文件里面的每个记录都有着严格的格式. 每个记录中的字段, 如标识, 原子名称, 原子序号, 残基名称, 残基序号等, 不仅要按照严格的顺序书写, 而且每个字段所占的字符串长度, 及其所处的位置都是严格规定好的. 这些记录中, 通常最关心的是原子记录, 其详细说明可参考PDB原子记录官方文档.
今天为大家介绍的是来自Chu-Chung Lin团队的一篇关于药物设计的论文。药物发现和开发流程是一个漫长而复杂的过程，对于计算方法和药物化学家来说都具有挑战性，并且迄今为止无法通过计算方法解决。深度学习已在各个领域得到应用，并在制药行业的新药设计中取得了巨大成功。作者提出了一种名为AIMLinker的深度神经网络，以快速设计和生成具有意义的药物样蛋白酶靶向嵌合体（PROTACs）类似物。该模型从输入片段中提取结构信息并生成连接器以将它们结合起来。作者在模型中集成了过滤器，以排除通过蛋白质-蛋白质复合物引导的无法药用的结构，同时保留具有强大化学性质的分子。随后，通过分子对接，采用均方根偏差（RMSD）、相对吉布斯自由能（ΔΔGbinding）、分子动力学（MD）模拟和自由能扰动（FEP）计算作为测量标准，测试所提出模型的鲁棒性和可行性。所生成的新型PROTACs分子在与结合口袋相比，具有类似的结构信息且具有更高的结合亲和力，相较于现有的CRBN-dBET6-BRD4三元复合物。作者展示了利用AIMLinker设计PROTACs分子的方法的有效性，这些分子在化学性质上优于dBET6晶体构象。
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