在ENCODE提供的一系列质控指标中针对文库复杂度,提出了以下3种指标
NRF
PBC1
PBC2
NRF代表的是非冗余reads的比例,与参考基因组比对之后,我们可以得到所有比对上的reads,...PBC1和PBC2称之为PCR阻塞系数,和NRF不同,这两个系数通过基因组位置的个数来进行计算。...其中,PBC1为M1/M的值,PBC2为M1/M2的值。...-1.0; if(m2>0) m1_m2=m1/m2; printf "%d\t%d\t%d\t%d\t%f\t%f\t%f\n",mt,m0,m1,m2,m0/mt,m1/m0,m1_m2}' > pbc.qc...其中m0/mt就是NRF,m1/m0就是PBC1, m1/m2就是PBC2。