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    NC单细胞文章复现(六):Gene expression signatures(1)

    在上一节,由于大部分细胞(868个)都被归为上皮细胞群中(Fig2 c),这868个细胞可被分成5个cluster,接着对这5个cluster细胞进行探索。我们使用一组来自对乳腺肿块的非监督分析的基因表达特征对5个cluster进行了研究。这些基因表达特征通过比较三阴性乳腺癌(TNBC)的四个亚型(ERBB2 amplicon,Luminal Subtype 、Basal epithelial-cell enriched 和Luminal epithelial gene cluster containing ER)而建立。先看看这5个clusters的basal细胞来源的细胞群有多少。大多数TNBC是基底样肿瘤,它们与多种TNBC型亚型重叠,与非固有基底TNBCs相比,与克隆异质性增加有关。(备注:这篇文献用到了很多apply循环,大家仔细琢磨,大概意思能看懂就行,然后可以把它应用到自己的数据中)

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