书接上文。我在 CellChat细胞通讯分析(一)一文中简单介绍了CellChat,以及其进行细胞间通讯的推断与分析的代码实现。简言之,上文主要是得到一个细胞间通讯网络,而在此基础上,作者提供了一系列的可视化函数,方便用户进行可视化和数据探索。
上一篇学习了用cellchat进行单数据集的细胞通讯分析,接下来学习不同可视化方式。
预处理见上一篇推文https://mp.weixin.qq.com/s/ZsUQogkqcPXkaNDIV8GhWg,本篇内容是合并两个处理好的CellChat对象,然后进行对比分析和可视化,因为有许多细节需要手动调整所以就不写成脚本了。
此教程展示了如何应用 CellChat 来识别主要的信号变化,以及通过多个细胞通信网络的联合多重学习和定量对比保守和环境特异的信号。我们通过将其应用于来自两种生物条件:(NL,正常) 和(LS, 损伤) 人类皮肤的细胞的 scRNA-seq 数据,来展示 CellChat 的多重分析功能。这两个数据集具有相同的细胞群组成。如果不同数据集之间的细胞群组成略有或差异较大,请查看另一个相关的教程。
自从周运来写了一篇cellchat的中文介绍教程《CellChat:细胞间相互作用分析利器》,然后R包作者也在B站做了直播介绍,cellchat作为一个细胞通讯分析的新兴R包,受到了广泛关注。教程也如雨后春笋般涌现。
之前介绍过使用cellphoneDB 进行细胞通讯分析scRNA分析 | 解决可能的报错,从0开始教你完成细胞通讯分析-cellphoneDB,可能会遇到一些报错。这次介绍另一款细胞通讯分析的常见方法CellChat 。CellChat是一款R包,使用更容易且可视化结果也非常不错。
上一篇学习了单个配体受体或信号通路的可视化方式,这篇学习多个配体受体对和信号通路及相应基因表达水平的可视化。
此教程显示了如何将 CellChat 应用于具有不同细胞类型成分的多个数据集的比较分析。几乎所有的CellChat功能都可以应用。
仍然使用空转 | 结合scRNA完成空转spot注释(Seurat Mapping) & 彩蛋(封面的空转主图代码)推文中的空转数据进行示例展示。
细胞通讯分析可以提供细胞亚群互调控的信息,细胞间的调控主要是通过受体配体结合来实现信号传递的。
前面的帖子(CellChat学习笔记【一】——通讯网络构建)中我们已经成功地进行了细胞间通讯网络的构建,总的来看借助下面简易的分析流程即可完成:
单细胞初级8讲和高级分析8讲 单细胞分析十八般武艺1:harmony 单细胞分析十八般武艺2:LIGER 单细胞分析十八般武艺3:fastMNN 单细胞分析十八般武艺4:velocyto 单细胞分析十八般武艺5:monocle3 单细胞分析十八般武艺6:NicheNet
CellChat通过从图论、模式识别和流形学习中提取出的方法,能够定量测量复杂的细胞间通讯网络,帮助我们更好地解释这些相互作用关系,基于这些原理能够进行以下分析:
细胞通讯是单细胞数据高级分析中比较常见的一个,我们习惯使用的R包是CellChat。
教程:https://htmlpreview.github.io/?https://github.com/jinworks/CellChat/blob/master/tutorial/CellChat-vignette.html #再次感叹生信真牛
接下来需要选择配体受体数据库,cellchat的数据库是基于文献手动生成的,包含的物种和数量为:
4月12日参加了Visual Studio 2010的首发活动,回来通过MSDN Subscription下载了Windows 7 Utimate和Visual Studio 2010 Professional。买了一个4G的优盘,利用Windows7-USB-DVD-tool制作了一个Windows 7 Flash安装镜像。安装Windows 7倒是挺方便,也是挺快的,前后花了大概10来分钟时间。安装Visual Studio 2010 Professional比较费时间,装完以后,看了一下版本,
.NET出生之后就带着Java的影子。从模仿到创新,.NET平台也越来越成熟。他们不同的支持者也经常因为孰弱孰强的问题争论不休。但是本文并不是为了一分高下。而是针对Java平台跟.NET平台做一些对比。主要围绕项目构建、Web框架、项目部署展开讨论。相信经过这些讨论可以让Java/.NET工程师对Java平台、.NET平台有更好的了解。
在 Visual Studio 2010 Ultimate 里,其实不用特别安装 Visual Studio Agent 2010 就能进行负载压力测试,不过若真要进行大流量的负载压力测试,一台主机可能过于单薄,这时我们就需要安装 Visual Studio Agent 2010 的 Test Controller 与多台 Test Agent 透过多台主机一起对 测试中系统 (System Under Tests) 进行负载压力测试,如此一来才能真正看出系统在高压之下是否还能符合效能需求以及是否能够稳定
http://blog.csdn.net/qq2399431200/article/details/52397190
ASP.NET 4.0改进了许多不同的场景集(set of scenarios),如Webforms ,Dynamic Data以及基于AJAX的Web开发。此外还有许多对支撑ASP.NET的核心运行时环境的改进,比如Caching, Session,还有Request/Response对象。虽然现在MVC是非常流行的,Web Form作为ASP.NET的传统,在企业应用开发中Web Form采用更普遍,Employee Info Starter Kit 虽然简单,数据库只有一个表Employee, 麻雀虽
最初接触这个R包是去年年中,想做细胞间相互作用,又不会python,正好看到周老师的推文,就跟着学了学,CellChat:细胞间相互作用分析利器,当时CellChat包还是0.0.1版本,里面有不少小bug,文章放在预印版上,而今年二月份他终于见刊,发表在NC,现在R包也来到了1.1.2版本,并且在github上持续更新,今天我们来重新学习一次。
Microsoft training kits对于开始学习一门新技术的时候是一个非常好的资料.下面是一些training kits列表: .NET Framework 3.5 Enhancements Training Kit Visual Studio 2008 and .NET Framework 3.5 Training Kit SQL Server 2008 Developer Training Kit Visual Studio 2010 and .NET Framework 4 Training
HTML5然还在草案阶段,不过 HTML5 这名词实在越来越热,互联网上很多产品都深度应用了HTML5,比如WebQQ,可以看看http://www.infoq.com/cn/news/2011/06/html5-in-china 文章了解下。 HTML5 除了新增的元素(卷标)之外,还包括许多 JavaScript API,如果没有 Intellisense 还真的不太方便,如果你已经升级到 Visual Studio 2010 SP1 的话,那已经有支持部分 HTML5 的语法,不过并不够完整,微软最近
随着Visual Studio 2010正式版的发布,相信不少人都像我一样升级到了Visual Studio 2010。那么您在使用VS2010在AutoCAD,Map 3D或Revit的.net应用程序开发时,多半也会遇到调试时断点总是不起作用的问题吧。Kean和Jeremy最近分别写了文章提到了几个解决办法,在这里给大家共享一下,原文请参考Hitting breakpoints in .NET Class Libraries while debugging with Visual Studio 2010
本文转载:http://www.cnblogs.com/allexw/archive/2011/04/12/2014017.html
The Visual Studio 2010 and .NET Framework 4 Training Kit 包括演示,动手实践,例子。这些内容帮助你了解Visual Studio 2010特性和.Net4.0框架技术,包括以下内容: C# 4.0 Visual Basic 10 F# Parallel Extensions Windows Communication Foundation Windows Workflow Windows Presentation Foundation ASP.NET
它包括跨平台类库、集成开发工具和跨平台 IDE。使用 Qt 您只需一次性开发应用程序,无须重新编写源代码,便可跨不同桌面和嵌入式操作系统部署这些应用程序。
VC6编译方法: 1.http://www.openssl.org/source/old/0.9.x/ 下载0.9.x版本 -- VC6不能完全编译最新的1.0.x,所以尽量选择0.9.x 2.安装ActivePerl 3.cmd命令运行 VC6安装目录\VC98\Bin\VCVARS32.BAT 4.以此执行下面命令
7、点击[是,向Microsoft Corporation发送有关我的安装体验的信息]
微软已经提供了带实例数据的和动手实验室的Visual Studio 2010 RC 虚拟机,这对用于评估和学习使用是个非常不错的资源,虚拟机里头带了一个简单的ASP.NET MVC 2 的程序,演示Visual Studio 2010的软件生命周期管理(ALM),另外还带有9个动手实验。 这个虚拟机可以在三个平台上运行,其中有一份文档说明如何使用虚拟机的一定要下载(Working with the Visual Studio 2010 Virtual Machine.docx),下载地址分别是: Visua
前言 本教程将为您讲解使用微软的Visual Studio Express 2012或Visual Web Developer 2010 Express Service Pack 1 来建立一个ASP.NET MVC4 Web应用程序所需要的基础知识。建议您使用Visual Studio 2012,你将不再需要安装任何组件,来完成此教程。如果您使用的是Visual Studio 2010,您必须安装下面的组件。您可以通过点击下面的链接,来安装所需的所有组件: Visual Studio Web Develo
今天从看雪学院下载的安装镜像,其实这个东西好久之前就看到了,但是却一直没下载。先说下那个图标,我也感觉是像一个窗户被拧了一下。蛋疼的图标啊。今天在笔记本上装这个东西,由于没有带电源适配器差点电池没电了还没装完。好在比较幸运,最后还剩了14%的电量。
VS2010 Beta 1发布还一阵了,相信很多人已经开始尝鲜了。不知道大家有没有遇到过这样的问题:当打开VS2010的时候,出现这样一个初始化界面。 但是几秒钟之后,初始化界面消失,但是VS2010
似水流年报告了ASP.NET MVC 2 正式发布,那么我们有许多ASP.NET MVC 1.0的程序需要移植到2.0怎么办呢?Eilon Lipton 已经发布了一篇博文 migration tool for converting ASP.NET MVC 1 application projects,为我们的Visual Studio 2008的MVC项目的迁移准备好工具,主要工作就是转化项目类型,更新程序集的引用和生成配置信息,添加一些新的script文件。 如果你想把项目迁移到Visual Studi
昨天用 Visual Studio 2010 做一个程序,使用的是 sql server 2005 的数据库,使用 Visual Studio 2010 的 Database tool 查询分析器执行一个简单的 sql 语句,发现结果不满足查询条件,经过网上查找,发现是 datetime 字段没有显示毫秒导致的。在 Visual Studio 2010 的设置里也没找到有关在查询分析器里精确显示到毫秒的设置项。
VS2010正式版不再有单独的MSDN Library安装选项,以至于很多同学找不到本地的MSDN Library来用,其实VS2010的ISO安装光盘里已经包含有MSDN Library,只不过要手动安装,方法如下: 1、安装完VS2010后,在开始菜单中打开Microsoft Visual Studio 2010 – Visual Studio Tools – Manage Help Settings,第一次打开时会让你选择一个路径用于保存MSDN Library的内容,建议选择一个剩余空间比较大的盘 2、点击“Choose online or local help”,然后选“I want to use local help” 3、点击“Install content from disk”,然后选择VS2010安装光盘下的ProductDocumentation\HelpContentSetup.msha文件 4、点击“Add”选择你要安装的MSDN Library内容,然后点OK就开始安装了 5、(可选)点击“Check for updates online”可以在线更新本地MSDN Library文档为最新的内容。 VS2010中不在叫MSDN Library,而叫Help Library,在VS2010里按F1即可打开Help Library,第一次打开时会额外运行一个Help Library Agent进程,然后调用默认浏览器打开Help Library。
工作中需要使用 Visual Studio 2010(或以上版本) 的朋友,可能发现如果想设置以往版本中经典的 Fixedsys 字体(等宽字体),已经不能在字体设置中找到了,那么怎么才能让怀旧或习惯偏好的用户设置 Fixedsys 字体呢?
下载qt5.5源代码 [http://download.qt.io/archive/qt/5.5/5.5.0/single/]
在以往的计算机发展历史中,硬件技术的发展,特别是CPU频率的不断提高,总是给软件带来更强的性能提升。从386到586,从赛扬到奔腾,每次CPU频率的提升,都带来软件性能的大幅提升,而软件无需做任何变动。如果有客户抱怨你的软件性能不佳,我们无需着急,只需要升级到更高频率的CPU就可以了。当单核CPU的频率发展到3G之后,再往上发展就遇到了技术瓶颈,单核心CPU的发展已经到达一个极限,硬件厂商不得不转而向多核芯CPU发展,在一颗芯片中加入两个甚至多个运算核心,通过核心的增加,来提高芯片总的频率。当硬件通过增加运
上面的两篇文章Team Foundation Server 2010 – Basic Installation和TFS2010 Team Project Collections 已经讲述了安装TFS2
前言:上篇介绍了 Visual Studio扩展工具添加与卸载,本编要介绍的是Visual Studio 扩展包(.vsix)的制作。 方法: ①、下载并安装Visual Studio 2010
听说MSDN放出了Microsoft Visual Studio 2010 简体中文旗舰版,怀着激动的心情下载安装。下面是下载地址
VS 2010 带来了更多崭新的功能,这些新功能贯穿了整个测试周期 : 测试计划、测试执行和测试执行进度跟踪,VS 2010 引入了一个全新的工具,称作“微软测试与实验室管理器” (Microsoft Test and Lab Manager, MTLM),MTLM是一个单独运行的工具 (内部开发代号“Camano”),用于创建测试计划、管理测试用例、运行测试用例以及测试结果管理等。MTLM仅是一个测试和实验室管理功能的客户端,MTLM是完全依赖于TFS的,它运行起来的第一个界面就是要你去连接指
安装地址:http://visualstudiogallery.msdn.microsoft.com/4934b087-e6cc-44dd-b992-a71f00a2a6df
用过Eclipse编写java代码,感觉它的某些功能在visual studio 中是没有的,比如Toggle Mark Occurrences:
我的HTC Surround是越狱的DFT 7713版本,所以部署到真机上比较简单 ,如果你的WindowsPhone没有越狱, 具体的流程可以参照这篇帖子,地址如下:http://www.wpxap.com/thread-5359-1-1.html 。 VisualStudio2010连接Windows phone 7 完成解锁后,就可以将wp7连接至电脑了,我们打开vs2010,打开一个最简单的Helloword项目,选择windows phone 7 device,开始Debug,出现下面的错误提示,
Visual Studio Team System 2008 Service Pack 1 针对 Team Foundation Server 2010 的前向兼容更新(安装程序)http://www
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