我们平时使用的手机上,都会有一个应用叫做“应用商店”,那大家思考一下,我们在应用商店里面去下载一些软件的时候,这些软件是从本地直接下载的呢还是从远端的服务器下载的?
相比于之前在网站上去找下载源,如今我们更加喜欢使用应用商店的方式下载软件. 一方面不需要我们一个个需要下载源,另一方面应用商店会帮我们选择适合我们的软件版本.
--第四步(重点),使用miniconda,也就是查看已安装的软件、安装、卸载(生信需要的)软件,我们以fastqc为例,其实安装软件很复杂,甚至有专门的一门课来讲这个,今天这里仅是入门操作。
命令:wget 接刚才复制的下载链接,下载网页上的Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh脚本文件
我们平时用手机与电脑的时候,如果想安装一个软件就需要去下载它的安装包(软件包),下载安装包的前提就是必须连接网络,这就说明安装包并不在你的本地上。 **那么软件包是在哪里的呢?**是在别人的电脑上(远端服务器/云服务器)。
基于阿里云服务器召唤出Linux后,接下来我们需要给Linux上装备,本节主要介绍,如何在Linux中安装软件
有些软件本来就是开源的,如果不想用别人直接发布好的软件,我们就可以把源代码下载下来,在我们的环境中编译,自己安装
Miniconda是最方便快捷的软件下载和管理器,相当于应用商店,大多软件都能搜到,一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可。学习linux要丢弃之前的图形界面思维
在Windows系统中,如果我们要去下载软件,我们可以在该软件的官网中进行下载,或者在微软的额软件商店进行下载:
我们在安装一个软件之前,需要先下载对应的软件包,但是这个软件包并不存在于我们本地的计算机磁盘,而是存在于远端服务器上;那么计算机如何知道该软件存在于具体的哪一台服务器上呢?
conda相当于是windows系统下的一个应用商店,可以在这个里面下载你想下载的软件,因为在Linux系统中下载软件要通过软件的官网源码安装,这个方式非常的慢而且下载好之后还有配置环境,有些软件是国外开发下载也相当不容易,于是我们使用conda这个“应用商店”就非常方便了
anaconda=miniconda+150 high quality packages=conda+Python+base packages
像我们日常使用的windows提供的应用商店或者手机提供的应用市场那样,大多数现代的类 Unix 操作系统也都提供了一种中心化的机制用来搜索和安装软件。软件通常存放在存储库中,并通过包的形式对外进行分发。处理包的工作称为包管理。包提供了操作系统的基本组件,以及共享的库、应用程序、服务和文档。这个我们称为软件包管理系统,其除了安装软件外,它还提供了工具来更新已经安装的包。
这是一篇读者投稿。 包管理器的概念源自 Linux,与 Windows 单独下载安装软件不同,包管理器可以管理各种软件,做到统一的安装、更新和删除。某种程度上来说,有点类似于应用商店。但由于不同软件之间有着复杂的依赖关系,所以对于开发者来说,它比应用商店更强大。用过 apt-get、yum,或者 Mac 上的 brew 的同学,一定了解这其中的便捷。 本文来自编程教室的一位读者--冉公子的投稿,介绍了一个 Windows 下的包管理器 Chocolatey。另外他还做了一些 Hexo 和 Markdown
这个工具用于 windows 机器和远端的 Linux 机器通过 XShell 传输文件. 安装完毕之后可以通过拖拽的方式将文件上传过去.
Linux的应用商店—CONDA 在Linux系统如何下载数据分析所需要的软件?答案:用conda。conda最Linux系统方便快捷的软件下载器,没有之一。它的作用就相当于App store,90%以上的软件都能搜到,一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可 ------微信公众号:生信星球图片Conda的下载Being/Google搜索“miniconda 清华”图片进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/,可以看
miniconda只包含了conda、python和一些必备的软件工具,主要负责生信领域。
运行 :bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
我的笔记本电脑和台式机都运行了Kubuntu,但这些年来我也使用了Linux的许多其他发行版本,比如Ubuntu、UbuntuMATE、Xubuntu、Fedora、KDE Neon 等等。
在 Linux 下安装软件, 一个通常的办法是下载到程序的源代码, 并进行编译, 得到可执行程序。
yum是一个软件下载安装的一个客户端,像小米应用商店,华为应用商城,Linux中软件包可能存在依赖关系,而yum会帮我们解决这种依赖关系的问题。
二更此文,是因为公司换电脑后出于安全角度,将微软商店做了很多限制,导致无法通过微软商店下载WSL的软件,所以针对这个部分做了调整。
之前因为课程需要,也算是粗浅地了解过Linux,但是只是懂得一些编译内核,编译模块的知识,并没有把Linux当做日常使用的操作系统。但是最近因为实验的原因,对Linux有了兴趣,开始尝试将Linux作为日常使用的操作系统。特整理记录一些使用Linux常用知识,以供日后参考。
1.创建biosoft(mkdir biosoft),然后进入biosoft(cd biosoft)
选择对应的64位,.sh是脚本文件后缀;注:64-bit(x86_64)、32-bit(x86)
很多人刚刚买来电脑,也有人刚刚重新装完系统。拿到一个除了预装应用外什么都没有的电脑,你知道你应该装什么应用吗,怎样安装应用安全吗。今天这篇教程就着手于上述问题,具体讲一讲拿到一个全新的电脑该怎么安装软件。
通过 yum list 命令可以罗列出当前一共有哪些软件包. 由于包的数目可能非常之多, 这里我们需要使用 grep 命令只筛选出我们关注的包. 例如:
where:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
Linux面板命令行对于新手来说上手比较困难,需要安装各种环境还要注意权限的操作,宝塔面板很好的提供了运维服务,包含了安装软件和管理文件,安全防护等Linux基础操作,让新手也能够容易上手来管理自己的Linux服务器。
这个开源项目是做什么的呢,它是卸载你Linux系统上的Snap包管理,而使用flatpak来取代它。
输入以下代码,开始安装,中间出现很多的版权信息,按q跳过,不行就回车;看到问no、yes一律回yes
进入:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
在这篇文章的结尾介绍了共享文件,但是还有一些问题。前文已经说了不能让该共享文件在任何一个用户的家目录里,只要不在这里,其他位置能在(最好是root进行创建)。问题就是,如果多人共享文件的话,那怎么才能让别人没有办法进去,防止别人妨碍用户之间的文件共享,实现指定人员的允许访问呢?
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
简介 介绍如何在Linux中安装软件,使用Yum、RPM及源码安装 Yum安装软件 基本说明 yum 相当于 windows 上面的 360的软件中心,appstpre,安卓的应用商店 yum 是 redhat 系列发行版的软件安装命令,debian 系列用的是 apt-get yum 安装软件的来源得存在一个地方,这个地方就叫做软件仓库,又叫做 yum 源 yum 源的配置文件在 /etc/yum.repos.d/ 这个目录下面 更换yum源 进入目录: cd /etc/yum.repos.d 备份文件:
安装软件 linux上很多软件安装的时候需要配置环境还要安装一堆依赖的软件什么的,对于负基础的人来说一下子就蒙了,不过站长有个好方法可以帮助大家解决一下燃眉之急~ Talk Less,Show Dry-Goods! 安装miniconda miniconda相对于是R中的bioconductor,相对于ISO App Store,相当于应用商店。你只要用一个命令,搭建环境和依赖软件什么的,这类对于负基础人群来说讨厌的操作,conda通通一次性解决如果你按照下面的教程已经获得了一台云服务器,那么按照如下操作
yum是一个软件下载安装管理的一个客户端,如类似的小米应用商店,华为应用商城…。Linux中软件包可能会有依赖关系(如我们安装游戏时,除了游戏的可执行程序,可能还安装了一堆的动态库,配置文件等等,都与游戏放在了一起,这些都是由厂商打包好的)— yum会帮我们解决依赖关系的问题(即当我们需要安装A软件时,可能依赖B软件,还依赖C动态库,那么yum会帮我们一并下载)。
docker好用,但安装麻烦,用起来也命令繁多。一个小白,如何打造舒适的docker环境,是一个非常有挑战的问题。
服务器: 1、服务器是在网络中为用户提供服务的计算机。 2、本质上,服务器和普通的PC一样,都是计算机。 3、但是通常服务器比PC的性能要高很多,服务器的高性能体现在高速度的CPU运算能力、长时间的可靠运行、强大的IO数据吞吐量等方面。
为了熟悉一下宝塔面板的使用,在virsualBox中重新安装了一台虚拟机,一个完全没有安装软件的服务器,接下来看看具体的操作
统信操作系统(统信UOS) 是由统信软件开发的一款基于 Linux 内核的操作系统,统信桌面操作系统以桌面应用场景为主, 支持龙芯、 飞腾、 兆芯、 海光、 鲲鹏、申威、intel、amd等芯片平台的笔记本、 台式机、一体机和工作站。统信操作系统桌面版包含原创专属的桌面环境、 多款原创应用,以及数款来自开源社区的原生应用软件, 能够满足用户的日常办公和娱乐需求。
当我们有某种功能需求时,我们从互联网上了解到所需下载的安装包后,可以尝试在yum list中查看是否支持安装此软件包
某位大神说过:我们都是被windows惯坏的人!确实如此,习惯了鼠标点点点,在没有双击只有代码的linux环境下真的非常陌生……每一步都有如履薄冰的感觉……如果有具体需要分析的数据以及实战经历的话可能更好理解呜呜┭┮﹏┭┮
yum源分为【内置yum源】和【拓展yum源】,其中拓展yum源是需要我们自己去安装的:
因为我的工作的原因,加上我本身好奇心比较重,所以我经常会使用一些发行版,不断使用心得桌面linux发行版会让我发现一些闪光的知识点,并在这个过程中学会很多东西。
conda install fastqc -y 安装软件fastqc (-y是yes,指安装过程中conda问你的问题全部回答yes)
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