在 PBS 任务递交系统的 HPC 集群上，我们需要在登录节点上用 qsub 命令递交任务，把计算任务投递到计算节点中运算。如果你想在集群上使用 Jupyter Lab 或者 Jupyter Notebook，该怎么办？
原文链接：http://blog.csdn.net/humanking7/article/details/78586478
本章，我们学习另一种部署分布式Python应用的的方法。即使用高性能计算机（HPC）群（也叫作超级计算机），它们通常价值数百万美元（或欧元），占地庞大。 真正的HPC群往往位于大学和国家实验室，创业公司和小公司因为资金难以运作。它们都是系统巨大，有上万颗CPU、数千台机器。 经常超算中心的集群规模通常取决于电量供应。使用几兆瓦的HPC系统很常见。例如，我使用过有160000核、7000节点的机群，它的功率是4兆瓦！ 想在HPC群运行Python的开发者和科学家可以在本章学到有用的东西。不使用HPC群的读者，
Portable Batch System (or simply PBS) is the name of computer software that performs job scheduling. Its primary task is to allocate computational tasks, i.e., batch jobs, among the available computing resources. It is often used in conjunction with UNIX cluster environments. (fromPBS Wiki page [1])
上一篇中提到subject是一种Trie树,在实现的过程中发现非常琐碎,也不好讲解,因此考虑先实现一个简单版本的.具体来说就是
原文链接：http://blog.csdn.net/humanking7/article/details/78585004
今天继续我们的跟着NC学流程系列，之前小编分享了关于16S扩增子测序和宏基因组数据分析的机教程。考虑到许多小伙伴是做人类基因组方面的，今天分享一篇癌症早筛方面的，血液DELFI全基因组片段化丰度谱检测的分析框架。题目是：Detection and characterization of lung cancer using cell-free DNA fragmentomes。
PBS(Portable Batch System)最初由NASA的Ames研究中心开发，主要为了提供一个能满足异构计算网络需要的软件包，用于灵活的批处理，特别是满足高性能计算的需 要，如集群系统、超级计算机和大规模并行系统。
所以题目中的“single-cell”并非真正意义上的单细胞数据，而是整合了GTEx中49种组织和EyeGEx视网膜组织的e/sQTL数据。
如果是 NUS，NTU 或者 ASTAR 的学生，可以直接用自己的学校 ID 登录。登录不上的话可以发邮件联系 nscc 工作人员即可，基本上第二天就会回复解决。
普通刀片节点配备 两颗 Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2692 v2 @ 2.20GHz 共24物理核，内存为64G 调度系统为 Slurm， 以下为常用指令
生信分析人员如何系统入门linux？ linux系统在生物信息学数据处理中的重要性就不用我多说了，鉴于一直有学生问我一些很显而易见的问题，对应系统性的学习并理解了linux系统操作的专业人士来说是显而易见的。 我在这里仅以过来人的角度给大家总结一下linux该如何学，该学什么，该花多少工夫，学习重点是什么？ 就我个人这么多年处理生物信息学数据经验来看，可以把linux的学习过程分成三个阶段: 一是把linux系统玩得跟windows系统一样顺畅。 这一阶段的主要目的就是去可视化，熟悉黑白命令行界面。 左右鼠
上一次，小编把常用的Linux命令做了分享。但是，我们进行生物信息学分析时，往往需要在高性能服务器集群上投递任务。这就需要我们掌握基本的服务器集群操作方法。
完整版教程下载地址：http://www.armbbs.cn/forum.php?mod=viewthread&tid=94547 第11章 基础函数-绝对值，求和，乘法和点乘 本期教程开
完整版教程下载地址：http://www.armbbs.cn/forum.php?mod=viewthread&tid=94547 第12章 DSP基础函数-相反数，偏移，移位，减法和比例
不知道你是否也曾像我一样面对这样的问题：想要简单的在远程主机上上传下载数据文件、运行个命令，但要么需要通过ssh直接登录主机，要么需要频繁的输入ssh或scp等命令以及ip地址，密码。
B5RunAction::B5RunAction(B5EventAction*eventAction): G4UserRunAction(),fEventAction(eventAction)
完整版教程下载地址：http://www.armbbs.cn/forum.php?mod=viewthread&tid=94547 第11章 DSP基础函数-绝对值，求和，乘法和点乘 本期
本文介绍在Linux服务器中，通过PBS（Portable Batch System）作业管理系统脚本的方式，提交任务到服务器队列，并执行任务的方法。
在实际的生产环境中，使用单用户模式直接运行命令的机会不是很多，通常是采用提交作业任务给集群计算的方式。这样一来既能节约资源和时间，又能申请到更大规模的计算资源，对于平台管理人员还是用户来说都是非常有利的。国家超算中心，地方超算中心，学校超算中心一般都对外提供这样的服务，不过需要按核时进行计费。所谓“核时”就是一个 CPU 核运行一个小时，这也是高性能计算中通常使用的资源衡量单位。作为超算中心或者高性能集群，必不可缺的就是集群作业管理系统，它可以根据用户的需求，统一管理和调度集群的软硬件资源，保证用户作业公平合理地共享集群资源，提高系统利用率和吞吐率。
Jupyter-forward是由NCAR开发旨在简化通过以下步骤访问远程机器上JupyterLab的过程：
在多台linux主机上执行相同的命令 By tianjing on 2011 年 06 月 05 日
上一期我们使用了Guitar包对Peak结果进行可视化，见：m6A图文复现07-Peak结果以及分布特征图
下面给大家讲一讲shell编程在数据处理和模式运行中的妙用。主要有三个方面的内容：
snakemake由不同的rule组成，每一个rule执行一个任务，通过不同的rule串联完成流程，snakemake还支持断点重启。
在生信分析人员如何系统入门R(2019更新版) 里面，我提到过Linux基本上几十年都没有怎么变动过基础知识的，哪怕你现在搜索到十几年前的Linux教学视频，也不会觉得尴尬。而且Linux属于IT工程师必备技能，IT的发展程度远超于我们，再加上各种马哥鸟叔，还有黑马训练营公开30天完整教学视频，按照道理我是没有必要在他们IT专业人士面前班门弄虎的， 毕竟他们随便拿几个偏门知识点就可以问倒我了！不过我们生信技能树的特色是主打生物信息学方向技能建设，而它作为一个典型的教交叉学科，想在此领域成为一个专业靠谱的生信工程师，我们实在是做不到在任何一个非核心知识点投入过多的时间和精力。
ARM汇编语言指令集汇总 跳转指令 存储器和寄存器交互数据指令（内存访问） 数据传送指令 数据算术运算指令 数据逻辑运算指令 比较指令 组合和分离指令 并行指令 测试指令 ThumbEE指令 协处理器指令 伪指令 无线 MMX 技术伪指令 其他指令 寄存器寻址方式 跳转指令 指令 简介 B 无条件跳转 BL 带链接的无条件跳转 BX 带状态跳转，更改指令集 BLX 带链接和状态切换的无条件跳转，更改指令集 BXJ 跳转，更改为 Jazelle TBB , TBH 表跳转字节、半字 存储器和寄存器交互数据指
本实操完全学习了：给学徒的ATAC-seq数据实战（附上收费视频) 的代码及流程，首先致谢！
论文题目：《CMSIS-NN: Effificient Neural Network Kernels for Arm Cortex-M CPUs》, 2018年
我们在Linux中使用自带的gcc和g++编译器进行编译的程序是针对X86架构的。而我们开发板大多都是ARM或者其他架构的开发板，我们就需要编译出针对其他架构的程序。
centos系统内核如何升级，有些小伙伴在使用centos系统时可能会遇到网卡不能使用，亮度不能调节，触摸板不能识别，等等问题，这些都是内核版本过低而导致，只需要把内核升级一下就可以， 下面为大家分享一下centos系统内核升级方法。
arm-none-linux-gnueabi-gcc是 Codesourcery 公司（目前已经被Mentor收购）基于GCC推出的的ARM交叉编译工具。可用于交叉编译ARM系统中所有环节的代码，包括裸机程序、u-boot、Linux kernel、filesystem和App应用程序。使用时，按照主机平台，可以下载以下任一版本中的一个，结果是一样的：
本文是为那些没有接触过Linux系统的人写的。了解Linux系统对于一个技术来人员可谓是必须的（即便不是和计算机直接相关的），而对于广大普通用户而言，只了解Windows虽然已经足够，不过来了解一下Linux这个系统我想还是有益处的（虽然很难立马显现）。 下面我就用一问一答的简单形式带大家初步了解Linux是什么： Q：用一句话概括Linux？ A : linux是一个操作系统，就和windows一样。 要了解linux，请先了解开放源代码运动。这是由理查德·斯托曼先生在上世纪80年代发起的一项运动。其主要
本文是为那些没有接触过Linux系统的人写的。了解Linux系统对于一个技术来人员可谓是必须的（即便不是和计算机直接相关的），而对于广大普通用户而言，只了解Windows虽然已经足够，不过来了解一下Linux这个系统我想还是有益处的（虽然很难立马显现）。
状态为 deinstall 即已经卸载，如果觉得看着不舒服的话可以使用 purge 连配置文件里一起彻底删除，清理内核列表
当Linux在1991年8月25日诞生时，它不过是当时21岁的Linus Torvalds的一个爱好。今天，Linux社区估计有超过8600万的强大用户。
Linux服务（Linux services）对于每个应用Linux的用户来说都很重要。关闭不需要的服务，可以让Linux运行的更高效，但并不是所有的Linux服务都可以关闭。今天安装了一次CentOs Linux，发现Linux启动的时候启动了好多服务，大部分都不知道是干什么的。因此着重了解了一下那些Linux服务（Linux services）可以关闭，那些Linux服务（Linux services）不能随意关闭。 在关闭Linux服务之前，需要了解一些概念： 什么是Linux服务/后台进程（Linu
需要分别清楚header和image，可以直接用apt-get remove来清除。
Oracle 11g RAC中，发现oc4j以及gsd服务都处于offline状态，这是Oracle 11g RAC默认情形。即便如此，并不影响数据库的使用，因为 oc4j 是用于WLM 的一个资源, WLM在 11.2.0.2 才可用。GSD则是用于支持dbca,srvctl,oem等的交互工具。本文描述将这两个服务切换到online。
有些小伙伴在使用Linux系统时可能会遇到网卡不能使用，亮度不能调节，触摸板不能识别，等等问题，这些都是内核版本过低而导致，只需要把内核升级一下就可以， 下面为大家分享一下Linux系统内核升级方法。
1991 年的 8 月 25 日，来自芬兰赫尔辛基大学的 Linus Torvalds 用 Minix 操作平台建立了一个新的操作系统内核，并把它发回 Minix Usenet 新闻组。此时，年仅 21 岁的大学生 Linus 不会意识到，自己当做兴趣爱好开发的一个小项目会在 29 年后发展成统治世界的庞大操作系统内核。
Linux 与 Linux 内核其实是不一样的，关于这个问题，我在之前的一篇文章中讲过（《Linux，Unix，GNU 到底有什么样的渊源？》）。Linux 的内核是由 Linus Torvalds 在1991年首次编写。它是操作系统的核心，包括设备驱动、文件系统、进程管理、网络通信等。但是操作系统光有内核，用户是没有办法操作的，所以很多厂商和 Linux 社区就在内核之上开发了很多工具，比如我们常用的 GNome桌面，FireFox浏览器、GIMP 图片编辑器等等。Linux 内核和这些应用一起打包后就被称作 Linux 发行版本。Linux 有很多的发行版本，我在之前的文章中（《这么多Linux版本，你究竟该怎么选择？》），对不同的版本做过比较。
操作系统堪称是IT皇冠上的明珠，Linux阅码场专注Linux操作系统内核研究, 它的文章云集了国内众多知名企业一线工程师的心得，畅销著作有《linux设备驱动开发详解 》等。
在现在的生活，生产，研究等领域，Linux已经无所不在，从我们使用的手机，车载设备，到服务器，桌面电脑等，Linux已经成为这个世界方方面面的基石。尤其对于参与技术有关工作的你学习Linux是必须的，那么，该如何有效的学习呢？Linux从诞生至今，已经是一个非常庞大且复杂的系统，下图是Linux系统代码行数的统计（参考linuxcounter）：
文 | 糖豆 图 | 来源网络 糖豆贴心提醒，本文阅读时间6分钟，文末有秘密！ Linux cat命令 cat 命令用于连接文件并打印到标准输出设备上。 Linux chattr命令 Linux chattr命令用于改变文件属性。 Linux chgrp命令 Linux chgrp命令用于变更文件或目录的所属群组。 在UNIX系统家族里，文件或目录权限的掌控以拥有者及所属群组来管理。您可以使用chgrp指令去变更文件与目录的所属群组，设置方式采用群组名称或群组识别码皆可。 Linux chmo
Linux是自由软件和开放源代码软件发展中最著名的例子。只要遵循GNU通用公共许可证，任何个人和机构都可以自由地使用Linux的所有底层源代码，也可以自由地修改和再发布。随着Linux操作系统飞速发展，各种集成在Linux上的开源软件和实用工具也得到了应用和普及，因此，Linux也成为了开源软件的代名词
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