在linux安装软件的时候，我总会有这样的想法，软件到底安装到那个目录下。因为linux系统有别与Windows系统，不是在那个盘创建一个文件夹把你需要安装的程序安装到指定目录即可。linux目录类似一个树，最顶层是其根目录，每个目录有自己不同的作用。
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在上一期的脚踏实地学中，我们介绍了如何在自己的Windows系统中安装虚拟机和CentOS系统，这个操作相当于模拟了一台远程服务器（注意，这是模拟哦。土豪的你可以考虑购买另一台物理机作为服务器，或者购买云服务，如阿里云，腾讯云等
linux很少用图形界面，都是用命令行，使用。可以把服务当成一台没有图形界面的自己的电脑。
小二是公司新来的实习生，之前面试的过程中对答如流，所以我非常看好他。第一天，我给他了一台新电脑，要他先在本地搭建个 Java 开发环境。
使用这类软件包管理系统，能帮助用户快速编译、安装软件（如：vim、wget等）、卸载软件等。而Homebrew，其实广泛运用在macOS上，但是其实Homebrew也可以安装在Linux上，作用和apt、yum等一样。
像我们日常使用的windows提供的应用商店或者手机提供的应用市场那样，大多数现代的类 Unix 操作系统也都提供了一种中心化的机制用来搜索和安装软件。软件通常存放在存储库中，并通过包的形式对外进行分发。处理包的工作称为包管理。包提供了操作系统的基本组件，以及共享的库、应用程序、服务和文档。这个我们称为软件包管理系统，其除了安装软件外，它还提供了工具来更新已经安装的包。
一、YUM 实验拓扑图： 实验要求： （1）配置网络，并连通。 （2）在1.10主机上安装ftp服务，搭建yum服务器，将系统安装光盘下的所有文件复制到/var/ftp/rhel6下，启动FTP 服务
在 Linux 下安装软件， 一个通常的办法是下载到程序的源代码， 并进行编译， 得到可执行程序。
在这篇文章的结尾介绍了共享文件，但是还有一些问题。前文已经说了不能让该共享文件在任何一个用户的家目录里，只要不在这里，其他位置能在(最好是root进行创建)。问题就是，如果多人共享文件的话，那怎么才能让别人没有办法进去，防止别人妨碍用户之间的文件共享，实现指定人员的允许访问呢？
今天学习的是linux环境下的软件安装，因为花花老师的教程特别棒，所以操作上基本没出现特别难的地方。
开始使用Manjaro 本文目录 1 什么是Manjaro? 2 安装 3 添加archlinuxcn源 4 使用pacman安装软件 5 使用yaourt从AUR安装软件 6 相关 什么是Manja
在一开始学习Linux的时候，就发现装个软件怎么这么难，并且有好多个命令。 一会是apt，一会是yum。其实这是由于linux不同的发型版导致的。 他们都是在linux内核的基础上增加了一些常用工具和软件等打包而成,通过销售服务在开源的linux上获得盈利 linux的发行版主要分为以下两类： 一类是使用rpm 方式安装软件的系统，包括Red Hat,Ferdora,SuSE，CentOS等。 一类是dpkg方式安装软件的系统，包括Debian,Ubuntu,B2D等。
Samba是在Linux和UNIX系统上实现SMB协议的一个免费软件，由服务器及客户端程序构成。SMB（Server Messages Block，信息服务块）是一种在局域网上共享文件和打印机的一种通信协议，它为局域网内的不同计算机之间提供文件及打印机等资源的共享服务。SMB协议是客户机/服务器型协议，客户机通过该协议可以访问服务器上的共享文件系统、打印机及其他资源。通过设置“NetBIOS over TCP/IP”使得Samba不但能与局域网络主机分享资源，还能与全世界的电脑分享资源。
关于光盘的挂载，之前我们已经讲过了，这里再深入介绍一点。之前我们挂载光驱使用的命令是: mount /dev/cdrom /media，我们使用ll /dev/cdrom 可以查看到，其实/dev/cdrom是一个软链接，它指向了同目录下的sr0，即/dev/s0，所以，真正的光驱设备文件是/dev/sr0。因此，我们也可以使用 mount /dev/sr0 /media实现光盘挂载。
我们平时使用的手机上，都会有一个应用叫做“应用商店”，那大家思考一下，我们在应用商店里面去下载一些软件的时候，这些软件是从本地直接下载的呢还是从远端的服务器下载的？
之前，小编教过大家使用Conda轻松安装生信工具，但有时候公共服务器由于安全原因是不能连接外网的，无法使用Conda在线安装软件，今天小编就教大家在离线环境下使用Conda安装软件。
学软件开发，各种台的软件熟练安装是必须要熟练掌握。大家都知道，Windows下安装软件时，只需用鼠标双击软件的安装程序，或者用Zip等解压缩软件解压缩即可安装；在android或者apple中安装软件时，只需要在手机应用商店点击安装即可。而在Linux下安装软件难度高于Windows、Android、ios和windows phone下软件安装。下面我就详细讲解Linux下如何安装软件。
--第四步（重点），使用miniconda，也就是查看已安装的软件、安装、卸载（生信需要的）软件，我们以fastqc为例，其实安装软件很复杂，甚至有专门的一门课来讲这个，今天这里仅是入门操作。
RPM的全称是：Red Hat Package Manager，是RPM软件包管理器。在Linux系统中对应命令是rpm，我们看到名称中含有Red Hat，也就说明主要是在Red Hat发行版中使用的，除此之外还包括和Red Hat最亲近的CentOS，以及其他一些主流发行版：SuSE、Fedora等。
包管理器是方便软件安装、卸载，解决软件依赖关系的重要工具，在不同发行版本的Linux系统中，有着不同的软件包管理器：
在Linux中，安装软件通常有三种途径：既可以使用安装包，也可以借助于APT，还可以从源码安装。他们各有特点，操作方式也不尽相同。
文章目录 （二)Linux嵌入式开发——软件安装（Ubuntu） APP Store APT工具 问题 解决办法1 解决办法2 deb软件包 程序源码 问题1 解决办法 问题2 解决办法 总结 （二)Linux嵌入式开发——软件安装（Ubuntu） 接下来，我们来介绍一下如何在Ubuntu环境下安装软件，我们主要介绍4种下载软件的方式，就让我们来一起看看吧！ APP Store 这种方法应该是比较简单的，在APP Store点击下载即可，比较简单，在此就不再介绍了。 APT工具 接下来介绍的是
由于特殊的专用网络环境和安全策略等方面的原因，服务器往往无法访问互联网，这时我们还需要在服务器上安装软件，比如mysql、httpd。
一、rpm包安装方式 1、步骤： a、找到相应的软件包，比如soft.version.rpm，下载到本机某个目录； b、打开一个终端，su -成root用户； c、cd soft.version.rpm所在的目录； d、输入rpm -ivh soft.version.rpm 2、安装： rpm –ivh rpm的软件包名 更多用法： rpm参数 参数说明 -i 安装软件 -t 测试安装，不是真的安装 -p 显示安装进度 -f 忽略任何错误 -U 升级安装 -v 检测套件是否正确安装 这些参数可以同时采用。更多的内容可以参考RPM的命令帮助。 3、卸载： rpm –e 软件名 不过要注意的是，后面使用的是软件名，而不是软件包名。例如，要安装software-1.2.3-1.i386.rpm这个包时，应执行： rpm –ivh software-1.2.3-1.i386.rpm 而当卸载时，则应执行： rpm –e software。 另外，在Linux中还提供了象GnoRPM、kpackage等图形化的RPM工具，使得整个过程会更加简单。 二、deb包安装方式 Debian Linux提供的一个包管理器，它与RPM十分类似。但由于RPM出现得更早，所以在各种版本的Linux都常见到。而debian的包管理器dpkg则只出现在Debina 1、步骤： a、找到相应的软件包，比如soft.version.deb，下载到本机某个目录； b、打开一个终端，su -成root用户； c、cd soft.version.deb所在的目录； d、输入dpkg -i soft.version.deb 2、安装 dpkg –i deb的软件包名 如：dpkg –i software-1.2.3-1.deb 3、卸载 dpkg –e 软件名 如：dpkg –e software 4、查询：查询当前系统安装的软件包： dpkg –l ‘*软件包名*’ 如：dpkg –l '*software*' 三、tar.gz源代码包安装方式 1、步骤： a、找到相应的软件包，比如soft.tar.gz，下载到本机某个目录； b、打开一个终端，su -成root用户； c、cd soft.tar.gz所在的目录； d、tar -xzvf soft.tar.gz //一般会生成一个soft目录 e、cd soft f、./configure g、make h、make install 2、安装： 整个安装过程可以分为以下几步： 1） 取得应用软件：通过下载、购买光盘的方法获得； 2）解压缩文件：一般tar包，都会再做一次压缩，如gzip、bz2等，所以你需要先解压。如果是最常见的gz格式，则可以执行：“tar –xvzf 软件包名”，就可以一步完成解压与解包工作。如果不是，则先用解压软件，再执行“tar –xvf 解压后的tar包”进行解包； 3） 阅读附带的INSTALL文件、README文件； 4） 执行“./configure”命令为编译做好准备； 5） 执行“make”命令进行软件编译； 6） 执行“make install”完成安装； 7） 执行“make clean”删除安装时产生的临时文件。 好了，到此大功告成。我们就可以运行应用程序了。但这时，有的读者就会问，我怎么执行呢？这也是一个Linux特色的问题。其实，一般来说， Linux的应用软件的可执行文件会存放在/usr/local/bin目录下！不过这并不是“放四海皆准”的真理，最可靠的还是看这个软件的 INSTALL和README文件，一般都会有说明。 3、卸载： 通常软件的开发者很少考虑到如何卸载自己的软件，而tar又仅是完成打包的工作，所以并没有提供良好的卸载方法。 那么是不是说就不能够卸载呢！其实也不是，有两个软件能够解决这个问题，那就是Kinstall和Kife，它们是tar包安装、卸载的黄金搭档。 源码包卸载 cd 源代码目录 make clean ./configure （make） make uninstall rm -rf 目录 清理系统： sudo apt-get autoclean sudo apt-get clean sudo apt-get autoremove （或使用ubuntu-tweak清理） 四、tar.bz2源代码包安装方式 1、步骤 1、找到相应的
当系统环境配置完成之后就可以开始安装生物软件了。生物软件安装有多种方式，可以直接使用源代码编译，也可以直接下载安装编译好的版本。当前还有 bioconda 方便管理生物软件。如果以上方式都很难安装成功软件，还可以使用 docker 的方法。如果是 ubuntu 系统，还可以直接使用 apt 命令安装生物软件。
由于最近想自己摸索一些linux下的东西，开始玩起了Linux系统，在安装软件的过程中有诸多的不解和困惑，现在终于搞明白了具体是怎么样的安装步骤和过程，先分享给你们同时也方便自己复习查阅。
备注：1）在安装软件时，一般选项 -ivh 一起使用，这样可以看到安装进度与安装信息；
一、rpm包安装方式步骤： 1、找到相应的软件包，比如soft.version.rpm，下载到本机某个目录； 2、打开一个终端，su -成root用户； 3、cd soft.version.rpm所在的目录； 4、输入rpm -ivh soft.version.rpm
答：杀死一个进程，应获得这个进程控制的权利，比如获得进程所属账户的权限；或者获得超级账户的权限。如果是peter账户，没有获得jason账户的权限，因此，杀死jason账户下运行的进程是被禁止的。
rpm 包格式: 软件名称-软件版本.系统版本.平台.rpm 如: vim-common-7.4.10-5.el7.x86-64.rpm
我只需简单的一句话，就可以说完。执行： rpm –ivh rpm的软件包名 更高级的，请见下表： rpm参数 参数说明 -i 安装软件 -t 测试安装，不是真的安装 -p 显示安装进度 -f 忽略任何错误 -U 升级安装 -v 检测套件是否正确安装 这些参数可以同时采用。更多的内容可以参考RPM的命令帮助。
1.进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
前言：在了解完Linux基本指令和Linux权限后，我们有了足够了能力来学习后面的内容，但是在真正进入Linux之前，我们还得要学会使用Linux中的几个开发工具。而我们主要介绍的是以下几个：
声明：个人觉得文章不错，所以转载过来分享以及自己收藏，只是原出处已经无法查明，只能附上我见文章的地址:
运行 ：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
源代码包是软件的原始代码文件，通常以压缩包的形式提供。通过源代码包安装软件可以在系统上进行更细致的配置和定制，适应特定的需求和环境。源代码包的安装通常包含以下步骤：
Linux基本目录机构 1. 基本介绍 Linux的文件系统采用级层式子的树状目录结构， 最上层是根目录“/” Linux世界里，一切皆文件。 2. 目录用途 /bin： 是Binary的缩写，这个目录存放着最经常使用的命令。 /sbin：s就是Super User的意思，这里存放的是系统管理员使用的系统管理程序。 /home：存放普通用户的主目录，在Linux中每个用户都有一个自己的目录，一般该目录名是以用户的账号命名的。 /root：该目录为系统管理员，也称作超级权限者的用户主目录。 /lib：
简介 介绍如何在Linux中安装软件，使用Yum、RPM及源码安装 Yum安装软件 基本说明 yum 相当于 windows 上面的 360的软件中心，appstpre，安卓的应用商店 yum 是 redhat 系列发行版的软件安装命令，debian 系列用的是 apt-get yum 安装软件的来源得存在一个地方，这个地方就叫做软件仓库，又叫做 yum 源 yum 源的配置文件在 /etc/yum.repos.d/ 这个目录下面 更换yum源 进入目录： cd /etc/yum.repos.d 备份文件：
有些软件本来就是开源的，如果不想用别人直接发布好的软件，我们就可以把源代码下载下来，在我们的环境中编译，自己安装
除了下面这三个，其它均为第三方系统。这三个是树莓派适配的自己的 Linux 系统。
redis能够兼容绝大部分的POSIX系统，比如Linux、OS X、OpenBSD、NetBSD、FreeBSD，其中比较典型的是Linux操作系统(如Centos、Redhat、Ubuntu、Debian、OS X等。） 在Linux安装软件通常有两种方法：一种是使用各个操作系统的软件管理软件进行安装，例如centos使用RPM包或者YUM方式，ubuntu使用APT包或者apt-get。但是Redis更新速度相对较快，而这些管理工具不一定能更新到最新的版本，同时redis的安装本身不是很复杂，所以一般
YUM（全称为 Yellow dog Updater, Modified）是一个在Fedora和RedHat以及CentOS中的Shell前端软件包管理器。基于RPM包管理，能够从指定的服务器自动下载RPM包并且安装，可以自动处理依赖性关系，并且一次安装所有依赖的软件包，无须繁琐地一次次下载、安装。
pacman -S package_name # 安装软件 pacman -S extra/package_name # 安装不同仓库中的版本 pacman -Syyu # 升级整个系统，y 是更新数据库，yy 是强制更新，u 是升级软件 pacman -Ss string # 在包数据库中查询软件 pacman -Si package_name # 显示软件的详细信息 pacman -Sc # 清除软件缓存，即 /var/cache/pacman/pkg 目录下的文件 pacman -R package_name # 删除单个软件 pacman -Rs package_name # 删除指定软件及其没有被其他已安装软件使用的依赖关系 pacman -Qs string # 查询已安装的软件包 pacman -Qi package_name # 查询本地安装包的详细信息 pacman -Ql package_name # 获取已安装软件所包含的文件的列表 pacman -U package.tar.zx # 从本地文件安装 pactree package_name # 显示软件的依赖树 yay -S 包名 # 卸载软件 yay -Ss 关键字 # 根据关键字搜索软件包 yay -Rns 包名 # 卸载软件 yay -G 包名 # 可以只下载aur包而不构建
Linux 下安装软件有自己的一套方式，用户可以根据自己的需要和获得的软件包的不同，选择自己喜欢的安装方式，
源码安装优点：编译安装过程，可以设定参数，指定安装目录，按照需求进行安装，指定安装的版本，灵活性比较大。
RPM是RedHat Package Manager（RedHat软件包管理工具）类似Windows里面的“添加/删除程序” rpm 执行安装包 二进制包（Binary）以及源代码包（Source）两种。二进制包可以直接安装在计算机中，而源代码包将会由RPM自动编译、安装。源代码包经常以src.rpm作为后缀名。 常用命令组合： －ivh：安装显示安装进度--install--verbose--hash －Uvh：升级软件包--Update； －qpl：列出RPM软件包内的文件信息[Query Packag
yum是一个软件下载安装的一个客户端，像小米应用商店，华为应用商城，Linux中软件包可能存在依赖关系，而yum会帮我们解决这种依赖关系的问题。
Linux是一种开源操作系统内核，广泛用于服务器、嵌入式系统和个人计算机。它是一个强大而灵活的操作系统，具有许多有用的功能和工具。本指南将介绍Linux的基础知识，包括文件系统、命令行、用户管理等。
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