名字的由来 倘若我们把数据比作新鲜可口的水果，把模板看做是水，Juicer 就是把水果和水榨出我们需要的HTML代码片段的榨汁机。...Juicer 的引入 使用方法 编译模板并根据所给的数据立即渲染出结果. juicer...('links_build', links); //注册自定义函数 juicer(tpl, json); 上述代码执行后我们会发现结果是这样的： <a href="http://<em>juicer</em>.name...='$${value}'; <em>juicer</em>(escape_tpl, json); //输出 '<em>juicer</em>' <em>juicer</em>(unescape_tpl, json);...//输出 '<em>juicer</em>' 循环遍历 {@each} ...
Juicer软件的运行是非常简单的，只需要设置几个参数就可以了，本文利用官网的小的测试测试数据集来展示该软件的基本用法。 1....下载测试数据 从以下链接下载测试数据集 https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/Running-Juicer-on-a-cluster 这里选用的是红框标记的小的测试数据集...准备好样本的原始序列和参考基因组的文件之后，就可以运行juicer了。.../hg19_HindIII.txt \ -d /home/pub/software/juicer/work/HIC003/ \ -D /home/pub/software/juicer \ -t 5 -...从上述过程可以看到，juicer的使用确实非常简单。
第一部分: 参数配置 方法与参数 参数配置方法是 juicer.set，该方法接受两个参数或一个参数： 当传入两个参数时，如 juicer.set('cache',false)，即是设置...缓存的结果存于 juicer....引用 juicer。...所以，如果我们更改此设置，可能造成系统错误 // 这些操作应当避免，否则会造成系统错误 // 将`juicer.options.loose`设为`false` // juicer.set('loose'...,false); https://github.com/PaulGuo/Juicer
建立目录结构 juicer软件要求一个固定的目录结构，新建一个名为juicer的目录，该目录即为软件的安装目录，在该目录下必须有以下4个子目录 ?...下载juicer源代码 从github上下载juicer和jcuda的源代码，放置到scripts目录下。juicer可以在单机或者集群系统上运行，其中间脚本也对应了不同的系统，示意如下 ?...以CPU为例，下载过程如下 # 下载源代码 git clone https://github.com/aidenlab/juicer.git # 重命名为scripts目录 ln -s juicer/CPU...scripts cd scripts/common wget https://hicfiles.tc4ga.com/public/juicer/juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8....jar ln -s juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar juicer_tools.jar 4.
Juicer time limit per test 1 second memory limit per test 256 megabytes input standard input...Kolya will put them in the juicer in the fixed order, starting with orange of size a1, then orange of...To be put in the juicer the orange must have size not exceeding b, so if Kolya sees an orange that is...The juicer has a special section to collect waste....ai ≤ 1 000 000) — sizes of the oranges listed in the order Kolya is going to try to put them in the juicer
图片导读本文主要对处理HiC数据的Juicer程序进行一个简短的介绍，并展示如何利用Juicer进行基因组组装中染色体挂载的第一步。1....scripts链接ln -s juicer/CPU scripts # scripts 应该在juicer目录下# 切换目录cd scripts/common# 下载 juicer_tools.1.9.9...ln -s juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar juicer_tools.jar3..../scripts/juicer.sh \-z /home/juicer/references/genome.fa \-p /home/juicer/restriction_sites/genome.chrom.sizes...\-y /home/juicer/restriction_sites/genome_DpnII.txt \-s DpnII \-d /home/juicer/work/ \-D /home/juicer
你可以试试File Juicer for Mac文件提取工具，这款软件不仅可以提取word、ppt等档案中的图片文件，还可以可提取PDF文件中的图片文档，操作也是很简单的，你只需要直接拖入文件夹当中就可以啦...File Juicer Mac中文版图片File Juicer Mac特色File Juicer Mac文件提取工具不关心你放在哪个类型的文件; 它逐字节地搜索整个文件。...使用File Juicer，您可以：从PowerPoint 幻灯片放映或演示文稿中提取图像。从PDF文件中提取图像和文本。
File Juicer中文版是一款强大的Mac文件内容提取工具，不仅可以提取word、ppt等档案中的图片文件，还可以可提取PDF文件中的图片文档，操作也是很简单的！...File Juicer中文版 文件内容提取工具图片特色File Juicer Mac文件提取工具不关心你放在哪个类型的文件; 它逐字节地搜索整个文件。...使用File Juicer，您可以：从PowerPoint 幻灯片放映或演示文稿中提取图像。从PDF文件中提取图像和文本。
导读 本文主要对处理HiC数据的Juicer程序进行一个简短的介绍，并展示如何利用Juicer进行基因组组装中染色体挂载的第一步。 1....# 下载 juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar wget -c https://hicfiles.tc4ga.com/public/juicer/juicer_tools.1.9.9..._jcuda.0.8.jar # 创建符号链接 ln -s juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar juicer_tools.jar 3..../scripts/juicer.sh \ -z /home/juicer/references/genome.fa \ -p /home/juicer/restriction_sites/genome.chrom.sizes...\ -y /home/juicer/restriction_sites/genome_DpnII.txt \ -s DpnII \ -d /home/juicer/work/ \ -D /home/juicer
目前针对Hi-C数据的分析也有很多的软件可以用，而juicer无疑是使用的最广泛的软件之一。...该软件的源代码托管在github上，网址如下 https://github.com/aidenlab/juicer 对应的文章发表在cell杂志上，链接如下 https://www.cell.com/action...pii=S2405-4712%2816%2930219-8 如下图所示，和其名字一样，juicer就像是一款榨汁机，输入Hi-C产生的原始fastq数据，经过层层加工，直到产生有效的数据分析结果。...juicer采用ArrowHead算法对原始的交互矩阵进行转化，并预测TAD拓扑关联结构域，采用HiCUUPS算法识别染色质环chromatin loops。...和其他Hi-C数据处理软件相比，juicer的功能更为齐全 ?
3，目前的处理流程 图片27.png 4，分析主要工具 目前针对Hi-c数据处理的工具主要是Hic-pro和juicer 5，juicer的安装及使用 juicer由两部分组成：从原始数据到创建Hi-C.../juicer.git 回到原来的目录，并建立juicer的软连接 cd /home/juicer ln -s /home/juicer/CPU scripts cd scripts/common wget...https://hicfiles.tc4ga.com/public/juicer/juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar ln -s juicer_tools.1.9.9_jcuda....0.8.jar juicer_tools.jar 至此，juicer的安装就基本完成了 juicer的使用 运行下面的代码，记得要根据自己的实际情况修改路径。...~/nw/juicer/scripts/juicer.sh \ -z ~/nw/juicer/references/Homo_sapiens_assembly19.fasta#参考序列 \ -p ~//
该过程主要利用 Juicer[1] 和 3D-DNA[2] 进行，有关第一步Juicer的过程，已经下方的文章中介绍了，本文主要介绍第二步：3D-DNA的安装与使用。 1....第二步是利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2....依赖 下面这些是3D-DNA的依赖，如果阅读过之前Juicer的使用教程，那么环境已经配置完成，没有阅读过的读者，可以在文末选择跳转。...数据准备 基因组文件：genome.fa Juicer结果：merged_nodups.txt 3.2. run # 对组装的信心高，用-r 0, 否则用默认的-r 2就行了 # -r 代表 3d-dna...: https://github.com/aidenlab/juicer [2] 3D-DNA: https://github.com/aidenlab/3d-dna
该过程主要利用 Juicer 和 3D-DNA 进行，有关第一步Juicer的过程，已经下方的文章中介绍了，本文主要介绍第二步：3D-DNA的安装与使用。1....第二步时利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。2.2....依赖下面这些是3D-DNA的依赖，如果阅读过之前Juicer的使用教程，那么环境已经配置完成，没有阅读过的读者，可以在文末选择跳转。...merged_nodups.txt3.2. run# 对组装的信心高，用-r 0, 否则用默认的-r 2就行了# -r 代表 3d-dna 修正的次数# merged_nodups.txt 在 上一步Juicer
class,锁对象 c:Class类中静态方法forName(),读取配置文件 C:案例演示 获取class文件对象的三种方式 27.04_反射(Class.forName()读取配置文件举例) 榨汁机(Juicer...分别有水果(Fruit)苹果(Apple)香蕉(Banana)桔子(Orange)榨汁(squeeze) public class Demo2_Reflect { /** * 榨汁机(Juicer...@throws Exception */ public static void main(String[] args) throws Exception { /*Juicer...j = new Juicer(); //j.run(new Apple()); j.run(new Orange());*/ BufferedReader...j = new Juicer(); j.run(f); } } interface Fruit { public void squeeze(); } class Apple
It seems that they are joining a very ambitious startup which re-invented a juicer and raised...It seems that they are joining a very ambitious startup which re-invented a juicer and raised
Class.forName()读取配置文件 public class Demo { public static void main(String[] args) throws Exception { Juicer...j = new Juicer(); j.run(new Apple()); } class Apple { public void squeeze() { System.out.println...(); } } class Juicer { public void run(Apple a) { a.squeeze(); } } } interface Fruit
在我的研究中，当我使用 Juicer tools 在低测序数据集上生成 KR 归一化矩阵得到了一个空矩阵，这种情况发生了几次。 矩阵平衡的算法其实并不难，我们如何计算 Hi-C 互作矩阵的平衡矩阵呢？...Juicer tools 和 Cooler 都默认使用所有触点进行归一化。 总结 那么我应该对数据使用哪种归一化方法？ 答案可能是这真的不重要。...选择 KR 还是 ICE 在很大程度上取决于您使用的流程（Juicer tools 或 Cooler），但如果您的测序深度相对较低，推荐 ICE，因为它可以保证收敛。
题解 2183 Bovine Math Geniuses hash 2188 Cow Laundry 逆序对 2227 The Wedding Juicer
调用相关方法，进行测试 Juicer juicer = new Juicer(); juicer.run(fruit); } } interface Fruit...class Orange implements Fruit { public void squeeze() { System.out.println("榨出一杯桔子汁儿"); } } class Juicer
Juicer软件运行之后会得到后缀为hic的结果文件，该文件可以导入到juicebox这个工具中进行可视化。
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