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    Rust 编程 | 基于Y合子实现闭包递归

    一般函数式语言中,匿名函数递归是用 Y合子来实现递归。Rust 是混合式范式语言,自然也支持函数式语言特性,所以我们来试试用 Rust 如何实现 Y合子。...故事得从 lambda 演算讲起 (对这方面知识了解的朋友可跳过这一小节) 在具体实现代码之前,先来了解下什么是 Y合子。想要了解 Y合子,又必须得知道什么是 Lambda 演算。...答案就是使用 Y 不动点组合子,它的样子如下: let Y = λy ....(λx . y (x x)) (λx . y (x x)) Y合子的特别之处在于它应用自身来创造本身,也就是说可以这样: (Y Y) = Y (Y Y) 我们使用上面的规约规则来看看它如何工作: /...经过前面的学习,我们想想,该如何用Rust 构造 Y合子呢?

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    孟德尔随机化之Wald ratio方法(一)

    这里,我们可以将IV视为单核苷酸多态性(SNP),三个亚中的两个可以依据显性或隐性模型被合并在一起,或者如果某遗传亚中只有很少的个体(次要纯合子)也可以合并。...比如在隐性模型中,主要(野生型)等位基因A的单个拷贝效应足以掩盖次要(变异)等位基因的效应,所以遗传亚群是AA / Aa(主要纯合子/杂合子)和aa(次要纯合子)。...下图‍展示了一个虚构示例中两个遗传亚的平均暴露和结局,其中X对Y具有正向因果关系。IV估计值通常表示为因暴露单位变化而导致的结局变化。...我们看到,两个子∆X =‍‍‍‍x1' - x0'‍ ‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍的平均暴露‍差异导致∆Y = y‍1' -‍ y‍‍‍0'‍的结局平均差异。...在下图示例中,ΔY= 0.4和ΔX= 1.0,得出的比率估计值‍为0.4/1.0 = 0.4。比率估计中的分子是遗传子1与遗传子0的结局之差,而分母则是遗传子1与遗传子0的暴露之差。

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    【直播】我的基因52:X和Y染色体的同源区域探索

    很久以前,我其实就遇到过通过NGS测序数据来判定性别的难题(搜索我博客即可查看详情),本次探究自己的基因得到的统计结果与常识不符,所以我可以肯定是我们的常识太浅显了。...【直播】我的基因48:我可能测了一个假的全基因 【直播】我的基因49:Y染色体的SNV不能用常规流程来找?...这样的X,Y染色体大量同源,说到底是测序片段压根无法准确定位,所以说所谓的X,Y染色体是单倍体的常识,在这里完全错误的。...所以对女性个体来说,测序判断比对到Y染色体是再正常不过的了。如果要判断性别,必须要找那些X,Y差异性区段!对男性来说,更是如此! 本次测试涉及到的文件如下: ?...还可以下载hg38参考基因的X,Y序列,只有你实践的越多你才能学到更多! 只有你实践的越多你才能学到更多! 只有你实践的越多你才能学到更多! 只有你实践的越多你才能学到更多!

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    孟德尔随机化之Wald ratio方法(二)

    1.2 连续型结局变量,多分类或连续型工具变量 有时候,IV可能无法将遗传亚依据不同暴露层次单纯分为两。...这时候,一般会出现3个遗传亚:AA(主要纯合子,majorhomozygote),AA(杂合子,heterozygote)和aa(次要纯合子,minor homozygote),这三个水平分别称为0、...在X在G上的回归中,G的系数写为βX|G^,同样地,将Y在G上的回归中G的系数写为βY|G^。因果关系的比率估计值为: 比率方法估计(多分类/连续型IV)= βY|G^/βX|G^。...但是,如右上图所示,在不同遗传亚中的个体用不同符号进行标记,用圆圈标记的亚中的个体趋向于向图的西南方向聚集,并且在亚中用正方形标记的个体趋向于图的东北。...左下图显示每个遗传亚中暴露和结局的平均值,其中的线表示平均值的95%置信区间,右下角的图包括各个数据点、各亚的均值和比率方法的因果估计。

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    【直播】我的基因49:Y染色体的SNV不能用常规流程来找?

    这合情合理,而且女性没有Y染色体,但是X,Y有同源区域,所以女性样本仍然会有Y染色体的SNV,也符合情理,毕竟比例很小嘛。...而她提供的男性样本数据里面出现我现在全基因数据结果相同的困惑,明明男性只有一条X和一条Y染色体,那么上面的SNV应该是纯合的,但是这里面都是杂合的多于纯合的。跟我面临的情况一模一样!...对此,我提出了几个假设: 1.就是人类的X,Y染色体同源区域太多了,即使是PE150的建库测序策略也无法保证reads正确的匹配到参考基因应有的位置。...2.参考基因在这两条染色体本来就是模糊不清。 3.我们常规的SNV calling流程在,X,Y染色体上面,准确率很有限!...甚至有可以导致性别完全误判的个例基因型。 xy是绝大部分是同源的,这个现象正常。再有看下突变比例分布,0/1什么的说明不了太多问题。选uniq的方法是什么?

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    初探PLINK文件格式(bed,bim,fam)

    近十几年来,全基因关联研究(Genome-Wide Association Study,GWAS)迅速发展,为探索疾病的发病机制做出了突出贡献,也为精准医学的发展奠定基础。...1作为各组的字节数,编码信息如下: 00:基因型是bim文件第一个等位基因的纯合子 01:基因型缺失 10:基因型是杂合子 11:基因型是bim文件第二个等位基因的纯合子 如果你在PLINK里加载如下文件...样本3的基因型缺失,样本4基因型11对应AA,第五个字节0x0f 的二进制值为00001111,那么样本5的基因型11对应AA,样本6基因型11也对应AA,注意了后面的00和00是指6个样本每四个分一需要分为两...,但由于两需要8样本,这时就缺少两个样本,这缺失的就用00表示。...文件应该非常好理解了,这里bim文件是一个没有题头的文本文件,每一行代表一个遗传变异,共计有6列,其信息如下: (1) 第一行:染色体编号(通常用整数标记,如22表示第22条染色体,性染色体和线粒体染色体用'X'/'Y'

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    去除比对偏差 (remove mapping bias)

    众所周知,人是二倍体生物,在染色体同样位置会有一对allele,一般情况下是纯合子(homozygous)状态;有时候其中一个allele发生变异(可以理解为一个SNP,寡核苷酸多态性),会变成杂合子(...image.png 假如一个人在某个位点是杂合子,比如是AG(A与参考基因一致,G为变异位点),在用bowtie2或者bwa等软件比对的过程中,携带有A的reads更容易比对上去,而携带有G的reads...会因为与参考基因不完全一致而相对不容易比对上去(被当成mismatch罚分),这样最终会导致两者reads数量不同而造成误差。...以下是我所见过的几种去除比对偏差的方法: 用N-masked genome比对,即把参考基因的SNP的位置都替换为N,比较老的方法,效果不好; 构建personal genome,将参考基因SNP的位置替换为与参考不同的那个...构建父母基因,知道父母的基因信息的话,将这个人的信息比对到其父母基因上,适用范围比较狭小。

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    《癌生物学》第一章(1) 孟德尔遗传定律和达尔文进化论【学习分享】

    对于二倍体生物,一个基因含有两个等位基因(等位基因相同者称之为纯合子;反之为杂合子)。在决定表型上,其中一个等位基因通常起主导作用。故而,性状正常的杂合子个体可能携带有缺陷的等位基因。...人体中几乎所有细胞都拥有一套完整的染色体,几乎所有细胞都直接遗传并继承了受精卵基因的精确拷贝。这意味着,基因通过影响单个细胞的行为来产生整个生命体的表型。...性染色体违背了对称出现的原则:人类X染色体约携带900个基因,而Y染色体仅携带78个基因。很多对生命的发育和功能至关重要的基因都位于X染色体上,成对出现的X染色体能够保证生命体更加健壮。...生殖细胞和体细胞累及的突变均可引发肿瘤,但遗传学后果不尽相同:生殖细胞突变发生于生殖细胞基因携带的基因中,由亲代个体传至子代个体,突变了的基因存在于子代体内性腺以外的所有细胞,并可传递给后代;体细胞基因突变发生于亲代体细胞基因携带的基因中...,突变了的基因仅影响亲代的一个体细胞基因,仅传递给该亲代身体内突变细胞的直系后代,并不能传递给后代。

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    x³+y³+z³=3第三整数解是多少,这个58年难题被40万台电脑算出来了

    看到一篇有意思的数学题,和大家分享一下,再次感受数学的神奇 你在看到标题的时候,一定会想: 这个问题我知道答案:x、y、z都等于1。 如果再多算几步,你还能发现4、4、-5也是一整数解。 ?...注意审题,以上只是方程x³+y³+z³=3的前两整数解,第3整数解是多少,你知道吗? 1953年,数学家Louis Mordell提出一个疑问:这个第3整数解,它存在吗?...他们将x+y看做一个参数d,进一步修改了算法,然后将两边都除以d求余数(数学中记作mod d) 这样问题就变成k除以d的余数是z³。 ?...这样,只需寻找d和z的值,即可保证找到对应于k=3的x、y、z。 即便如此,搜索的数字空间也是无限大的。...那么问题又来了x³+y³+z³=3的第4解是多少? 可能有生之年很难见到了,因为求下一解需要的计算量是现在的1000万倍,需要4万亿台电脑才能算出,而且可能还不够。 ?

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    Kotlin中的一些技巧与迂回操作分享

    它是一门静态类型编程语言,支持JVM平台,Android平台,浏览器JS运行环境,本地机器码等。支持与Java,Android 100% 完全互操作。 ?...println("1551"); a() } a() // 打印出很多1551 更进一步:匿名 Lambda 表达式的递归 正统的「Lambda演算」里面的函数全部都是匿名函数,需要使用「不动点组合子...」实现递归: // 这是kotlin-js val z = { f: dynamic - { g: dynamic - g(g) } { x: dynamic - f { y: dynamic...- x(x)(y) } } } val a = z { f: () - Unit - { println("1551"); f() } } // 求斐波那契数列第n项的函数 val fib...else f(x - 1) + f(x - 2) } } // 输出斐波那契数列前10项 println((1.rangeTo(10).map(fib))) 上面的那一坨 val z 即是「Z组合子

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    《Kotin 极简教程》第8章 函数式编程(FP)(1)第8章 函数式编程(FP)《Kotlin极简教程》正式上架:

    Y合子(Y - Combinator) 在现代编程语言中,函数都是具名的,而在传统的Lambda Calculus中,函数都是没有名字的。...Y合子(Y Combinator),其定义是: Y = λf....Y合子 的重要性由此可见一斑。 她让人绞尽脑汁,也琢磨不定!她让人心力憔悴,又百般回味! 她,看似平淡,却深藏玄机!她,貌不惊人,却天下无敌! 她是谁?她就是 Y合子Y = λf....(λx.f (x x)) (λx.f (x x)),不动点组合子中最著名的一个。 Y合子让我们可以定义匿名的递归函数。Y合子是Lambda演算的一部分,也是函数式编程的理论基础。...(x) (f (lambda (y) ((x x) y))))))) 我们可以看出,使用Scheme语言表达的Y合子跟 原生的 λ演算 表达式基本一样。

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    ICLR 2018 | 彩云科技提出结合组合子抽象的神经编程器-解释器,提升通用性和可学习性

    由于组合子数量有限,形式简单,并且减少了核心控制器的解释工作量,我们可以构造出一个 CNPI,使之适用于所有可「组合子化」(即可用组合子描述)的程序,这样足以解决大多数算法任务。...组合子,即高阶函数,是函数式编程中一种重要的抽象技巧,本文借用组合子的概念来表示不同程序共有的一些编程模式。...图 1:传统 NPI 与引入组合子抽象的 CNPI 2.2 本文的组合子抽象方法 为了克服 NPI 的局限,本文提出在 NPI 架构中引入组合子抽象。...当执行组合子的时候,应用子调用组合子,将实参传递给组合子。组合子的实参可以是一实际的程序,也可以是包裹结构的程序(即应用子),这样就能反复组合,构造出越来越复杂的程序了。...3 CNPI 模型 3.1 组合子和组合程序 本文提出用四个组合子来表征算法任务中最常见的四种编程模式:顺序模式、条件模式、线性递归和树形递归(即多重递归)。四个组合子的伪代码见图 2。 ?

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