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R批量下载B细胞和T细胞受体VDJ序列文件

今天给大家介绍一个做免疫组库数据分析很实用的数据库IMGT,以及如何使用R从IMGT批量下载B细胞和T细胞受体VDJ序列文件。...一、IMGT简介 IMGT (http://www.imgt.org/)是免疫遗传学(ImMunoGeneTics)的缩写,专注于所有脊椎动物物种的免疫球蛋白、T细胞受体(T-cell Receptors...从R如何提取,合并pdf文件这里你就可以看出来。 我们先观察一下这10个文件的链接有没有什么规律,目测应该只有文件名字不一样,前面的网址应该都是一样的。查看网页源代码,果然是这样的。...也很容易,前面我们讲过通过剪贴板在R和Excel之间移动数据,那么我们可以先把这个网页上的内容贴到Excel表中,选取B列,copy,然后在通过scan函数读到R中备用。...其实前面我也简单介绍过怎么用R来获取RNA相互作用神器——ENCORI数据库中,miRNA的靶基因预测结果文件。 B细胞受体VDJ序列文件的下载链接如下,留给大家自己练习吧!

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    R语言-功效分析(t检验)

    R语言基础知识: 样本大小:指实验设计中每种条件/组中观测的数目 显著性水平:由I型错误的概率来定义,可以说发现效应不发生的概率。 功效:通过I减去II型错误的概率,可以看作是真实效应发生的概率。...t检验,pwr.t.test()函数提供许多有用的功效分析选项,格式为: pwr.t.test(n=,d=,sig.level=,power=,alternative=) 其中:n为样本大小...sig.level表示显著性水平(默认为0.05) power为功效水平 type指检验类型:双样本t检验(two.sample)、单样本t检验(one.sample...)或相依样本t检验(paired)。...手机与驾驶反应时间的实验,假定将使用双尾独立样本t检验来比较两种情况下 驾驶员的反应时间。

    1.8K20

    B 树、B+ 树、B* 树谈到R

    插入以下字符字母到一棵空的B 树中(非根结点关键字数小了(小于2个)就合并,大了(超过4个)就分裂):C N G A H E K Q M F W L T Z D P R X Y S,首先,结点空间足够,...还是这句话,关键字数小了(小于2个)就合并,大了(超过4个)就分裂)为例,依次删除H,T,R,E。 ?...先给出伪代码: Function:Search 描述:假设T为一棵R树的根结点,查找所有搜索矩形S覆盖的记录条目。...S1:[查找子树] 如果T是非叶子结点,如果T所对应的矩形与S有重合,那么检查所有T中存储的条目,对于所有这些条目,使用Search操作作用在每一个条目所指向的子树的根结点上(即T结点的孩子结点)。...http://slady.net/java/bt/view.php(如果了解了B-tree结构,该地址可以在线对该结构进行查找(search),插入(insert),删除(delete)操作。)

    2.2K10

    Java 泛型〈? extends T 〉和 〈? super T

    但实际上Java编译器不允许这个操作。会报错,“装苹果的盘子”无法转换成“装水果的盘子”。 ?...extends T>和的办法,来让”水果盘子“和”苹果盘子“之间发生正当关系。 二、上界 下面就是上界通配符(Upper Bounds Wildcards) ?...四、上下界通配符的副作用 边界让Java不同泛型之间的转换更容易了。但不要忘记,这样的转换也有一定的副作用。那就是容器的部分功能可能失效。 还是以刚才的Plate为例。...extends T>不能往里存,只能往外取 和类型参数的区别就在于,对编译器来说所有的T都代表同一种类型。 比如下面这个泛型方法里,三个T都指代同一个类型,要么都是String,要么都是Integer... ? 但通配符<?

    1.1K10

    Python - r, b, u, f 的含义

    r"" 的作用是:去除转义字符 场景:想复制某个文件夹的目录,假设是 F:\Python_Easy\n4\test.py 当你不用 r"" ,你有三种写法 print("F:\Python_Easy..." 的出现就是为了避免这种情况,如下: print(r"F:\Python_Easy\n4\test.py ") 执行结果 F:\Python_Easy\n4\test.py 字符串前加 b b" "...的作用是:后面字符串是bytes 类型 话不多说,直接上代码 print("中文".encode(encoding="utf-8")) print(b'\xe4\xb8\xad\xe6\x96\x87'....decode()) print(r'\xe4\xb8\xad\xe6\x96\x87') 执行结果 b'\xe4\xb8\xad\xe6\x96\x87' 中文 \xe4\xb8\xad\xe6\x96...\x87 可以看到,当你不加 b"" 时,他也就是个普通的字符串而已,不会识别为字节类型 bytes应用场景:像图片、音视频等文件的读写就是用bytes数据 顺便可以看看字符串和bytes之间的转换是怎么样的

    1.4K10

    R语言中管道操作符 %>%, %T>%, %$% 和 %%

    不知道大家平时在使用R的时候有没有见到过这样一些比较奇怪的操作符,%>%, %T>%, %$% 和 %%。今天小编就来跟大家掰次掰次。...这些操作符都是来自于一个叫做magrittr的R包,所以我们先来安装一下。...现实原理如下图所示,使用%>%把左侧的程序的数据集A传递右侧程序的B函数,B函数的结果数据集再向右侧传递给C函数,最后完成数据计算。...对于这种情况,我们就可以用到 %T>% 了,%T>%(向左操作符,tee operator),其实功能和 %>% 基本是一样的,只不过它是把左边的值做为传递的值,而不是这一步计算得到的值。...% hist %>% sum 这个时候我们可以正常的得到柱形图和最后的和 %T>%现实原理如下图所示,使用%T>%把左侧的程序的数据集A传递右侧程序的B函数,B函数的结果数据集不再向右侧传递,而是把

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    各国政府为什么要接受B-T-C?

    本文是【看见未来:B-T-C必将成为世界货币】的第3篇。上一篇【世界货币的终极解决方案】请点击文末原文链接。 ? 前面我们从理论上分析了B-T-C必将成为世界货币。...但要成为世界货币,路要一步一步的走,也就是:每一个国家要逐渐接受B-T-C。 问题是,各国政府为什么要接受B-T-C?...其实在通胀最严重的委内瑞拉,使用B-T-C已经是常态,用B-T-C买飞机票,支付治疗费用,发工资,已经是很多委内瑞拉人的无奈选择。...但在轮番的制裁中,伊朗找到了救命稻草——B-T-C,化解美元的制裁。因此,第一个实时B-T-C交易所BTXCapital 2015年在伊朗成立。...至于你要怀疑现实,质疑B-T-C,那不是B-T-C的问题,而是你自己的问题,是你自己要去想明白的问题。 B-T-C必将成为世界货币,必将在全球范围大规模流通,币王的价格上涨空间还非常大。

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    B-T-C成为世界货币后的世界

    三是所有国家的信用货币均与B-T-C形成兑换汇率,所有国家之间的法币兑换均通过B-T-C作为中间媒介,全球的货币兑换将非常的简洁而高效。对于不在一个货币区域内的国际交易,均通过B-T-C进行结算。...假如,B-T-C价格达到1亿元一枚,金额太大交易不方便了,那就切分啊,切分成一亿份,B-T-C就是用“聪”这个单位表示,中本聪的聪,1聪表示1亿分之一个B-T-C,用科学计数法就是:10的负8次方,1聪就价值...用B-T-C是如何解决的呢?...咱们想想,如果未来全球几十亿人民都在使用B-T-C进行交易,大量的金融机构持有B-T-C,甚至有许多国家的央行也持有B-T-C,可能有机构建立一个B-T-C价格稳定机制,可能有人发明一种B-T-C价格稳定算法...当投资和炒作的占比下降到1%以下,你说B-T-C稳不稳定?

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