grid.arrange()中两个图的图例在R Markdown中重叠 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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R中优雅的可视化WGCNA模块热图

欢迎关注R语言数据分析指南加载R包 library(tidyverse) library(ggthemes) library(magrittr) library(WGCNA) library(linkET...# 转置 datExpr0 <- t(gene_exp) # 缺失数据及无波动数据过滤 gsg 的缺失数据比例阈值...datExpr <- datExpr0[gsg$goodSamples, gsg$goodGenes] WGCNA绘制模块热图 MEs2 % dplyr::select(1:20)...zlim = c(-1,1), main = paste("Module-trait relationships")) 绘制模块热图...2)) + scale_colour_manual(values = color_pal(3)) + guides(size = guide_legend(title = "Mantel's r"

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R中优雅的绘制物种冲积图

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...0.5), units = "cm"), # 设置绘图区边距为0.5厘米 legend.text = element_text(size = 8, color = "black"), # 设置图例文本的大小和颜色...，样式为粗体 legend.key.height = unit(0.5, "cm"), # 设置图例键的高度为0.5厘米 legend.key.width = unit(0.5, "cm..."), # 设置图例键的宽度为0.5厘米 legend.spacing.x = unit(0.1, "cm"), # 设置图例水平间距为0.1厘米 legend.box.background...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%

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【R语言】复现paper中的韦恩图

韦恩图（venn）又称文氏图，是科研文章中最常见的图，可以用来表示多个数据集之间的关系。当然也可以进行集合运算。一般用于展示2-5个集合之间的交并集关系。...=========华丽的分割线============ 对于掌控性要求比较高的同学，可以试着自己写R代码来绘制韦恩图。...今天我们就来重现下面这篇学术论文里面的韦恩图 Fig3为韦恩图下面我们用R里面的VennDiagram包来重现这个图我们这里就不用原文作者的数据了，而是随机产生了4个gene list，这四个...fill = rainbow(setnum), #控制圆圈中的数字 cex = 0.3, #字体大小 #fontface = "bold", #粗体 #fontfamily...R的UpSetR包来画Upset plot，如下

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分享两个在开发中需注意的小点

i++ { str += "golang" } } // 输出 goos: darwin goarch: amd64 pkg: demo/stringoperation cpu: Intel(R)...("%s%s", str, "golang") } } // 输出 goos: darwin goarch: amd64 pkg: demo/stringoperation cpu: Intel(R)...，不要使用 map[string]interface{} 对于固定字段的键值对，不要使用 map[string]interface{}!...Tom" demo["Age"] = 30 } } // 输出 goos: darwin goarch: amd64 pkg: demo/structoperation cpu: Intel(R)...，欢迎留言~ 下面推荐阅读的这几篇文章也是关于开发中需要知道的小技术点，更多技术细节和代码讨论，可以加入到我的星球。

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R8在Android手Q中的应用

R8作为一个新工具，鲁棒性不如proguard，在面对手Q这个庞然大物时，出现了一些问题，本文主要分享一下R8在手Q应用遇到的问题，供后面有需要的同学参考。...三、R8在手Q应用中遇到的问题3.1 Liveness Analyze过程—根可达性算法在介绍补丁问题前，先简单介绍Liveness Analyze过程，后面的几个问题都和Liveness Analyze...理解根可达性算法前需要先理解四个概念：1、Root: 在proguard 配置文件中明确要keep的对象，算法的输入。...在使用R8过程中，我们发现同样的代码，构建多次，高概率出现不正常的dexDiff，具体表现如下：IDragview 的clinit方法有时候存在，有时不存在，导致生成的补丁不稳定。...因为R8没有保证这两个方法调用的时序，导致上续高概率偶现DexDiff的问题。

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R中优雅的绘制环状sina图

❝在R中创建sina图使用geom_sina函数，sina图是一种用于显示单个分类变量的每个观测值的图形。它与箱线图和小提琴图类似，但是它显示了每个单独的数据点，这可以提供关于数据分布的更多信息。...❞ 「sina图的主要优点是它可以清楚地显示每个数据点，而不是简单地显示数据的总体分布。这使得sina图特别适用于小样本大小的数据集，其中每个数据点的值都很重要。」...gas_day_started_on)) 数据可视化 df %>% ggplot(aes(x=mth, y=gas_in_storage_t_wh,group=mth)) + # 使用ggforce包中的...), lab=c("2","4","6","8TWh")), aes(x=x, y=y, label=y),inherit.aes = FALSE)+ # 使用scico包中的...theme_minimal_grid函数设置主题 cowplot::theme_minimal_grid(12, line_size = .3) + # 设置图例和轴的样式 theme(legend.position

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Mathematica 在图与网络中的应用

1 导读版本 11 在其图与网络领域既有的强大功能基础上作了大量扩展与改进. 其中包括新增的图构建器、新的审编数据的图属性以及新的针对特定领域的网络....工作性能改进可在全方位功能中使用. 2 1 案例下面小编用Mathematica来向大家展示其在图和网络中的应用. 示例1:绘图主题集版本 11 增加了一个内容广泛的有关图的绘图主题集....示例2:更高保真度绘图图和网络的更高保真度绘制. ‍ 示例3:找出图的连通分量根据荷叶密度模拟青蛙跳网络....荷花池中的青蛙要从25片荷叶中的一片跳到另一片上面,它一跳能够跳1.5英尺. 随机取样一个荷花池. 找出青蛙可以在之间跳跃的最大的荷叶集找出青蛙要访问所有的荷叶而需要游水的次数....选用一个不同的 GraphLayout. 示例5:文字的语法结构用新的 TextStructure 函数制作并可视化一个句子或结构中的语法依赖关系. ‍‍ 短语结构

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R中优雅的绘制物种冲积图

最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...0.5), units = "cm"), # 设置绘图区边距为0.5厘米 legend.text = element_text(size = 8, color = "black"), # 设置图例文本的大小和颜色...，样式为粗体 legend.key.height = unit(0.5, "cm"), # 设置图例键的高度为0.5厘米 legend.key.width = unit(0.5, "cm..."), # 设置图例键的宽度为0.5厘米 legend.spacing.x = unit(0.1, "cm"), # 设置图例水平间距为0.1厘米 legend.box.background...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 图片绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%

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R语言之可视化①⑨子ggplot2中的图例修改

目正文自定义ggplot2图的图例。这里我们要修改非数据组件，通常通过theme（）命令来完成。此页面受到ggplot2（？theme）帮助页面的强烈启发。...image.png 修改图例中的分类名字 basic+labs( colour = "name1", shape = "name2" ) ?...image.png 删除图例中的一类 basic + guides(shape=FALSE) ?...或者使用0和1之间的相对坐标放置在图中。 #1: no legend basic + theme(legend.position = "none") ?...# 设置图例中的标题 basic + theme(legend.title = element_text(face = "bold")) ?

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【R语言在最优化中的应用】igraph 包在图与网络分析中的应用

igraph 包在图与网络分析中的应用 igraph 包是一个非常强大的包，它可以快速轻松地创建、绘制和分析无向图及有向图(图的顶点和边允许百万以上），并解决了经典图论问题，如最小生成树、最大网络流量、...因此，mode 取"all" 时，所得的最短路矩阵为对称的，取"out" 和"in" 时，所得的两个矩阵互为转置矩阵。...该图中任意两顶点之间的最短路程(考虑方向)。 ? 解：这三个问题是图论中的典型问题。首先，应该在R中构造该图，然后分别调用相关命令即可。...由15 – 23 行(最短路矩阵) 可以知道该网络上每两个定点的最短路。如顶点0 到顶点7 的最短路为10(矩阵中第1 行第8 列对应的元素)。...观察以上代码和输出结果，发现R仅仅用短短十行代码，就解决了最大流问题、最短路问题、最小生成树问题，并绘制出两个相关的图形，其效率之高，令人叹为观止。

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图神经网络在推荐系统中的应用

其中，GCN通过层次聚合邻居信息，生成用户和物品的嵌入表示，而PinSage则通过图随机游走与卷积操作相结合的方式，处理大规模图数据。图神经网络在推荐系统中的应用实例 A....用户-电影交互数据：记录用户对电影的评分或点击行为。 B. 图神经网络的模型构建为了在推荐系统中应用图神经网络，我们需要首先构建用户-电影图，并设计一个基于GCN的推荐模型。...实时推荐系统的设计在实际生产环境中，推荐系统通常需要处理大量实时数据，因此图神经网络的部署和优化至关重要。...用户反馈收集：在推荐系统中引入用户反馈机制，收集用户的点击、评分等行为数据，并将其用于模型的增量训练和优化。图神经网络在推荐系统中的应用为解决用户与物品之间复杂关系的建模问题提供了强有力的工具。...在本博客中，我们详细介绍了图神经网络在推荐系统中的应用实例，包括数据预处理、模型构建、训练与评估，以及生产环境中的部署与优化。

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常见概率分布及在R中的应用

概率函数为f(k;r,p)=choose(k+r-1,r-1)*p^r*(1-p)^k, 当r=1时这个特例分布是几何分布 rnbinom(n,size,prob,mu) 其中n是需要产生的随机数个数，...size是概率函数中的r，即连续成功的次数，prob是单词成功的概率，mu未知.....画出正态分布概率密度函数的大致图形： x<-seq(-3,3,0.1) plot(x,dnorm(x)) plot中的x,y要有相关关系才会形成函数图。...mean+3sd)几乎是在肯定的。...13.F分布一个F-分布的随机变量是两个卡方分布变量的比率。

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【R语言】因子在临床分组中的应用

前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R中的因子（factor）今天我们来结合具体的例子给大家讲解一下因子在临床分组中的应用。我们还是以TCGA数据中的CHOL（胆管癌）这套数据为例。...关于这套临床数据的下载可以参考 ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) 前面我们也给大家介绍过一些处理临床数据的小技巧 ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper...stage I，stage II，stage III和stage IV四个分期接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成两个组，并转换成因子方法一、使用gsub函数前面也给大家介绍过☞R替换函数...参考资料： ☞【R语言】R中的因子（factor） ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper ☞R生成临床信息统计表...☞玩转TCGA临床信息 ☞TCGAbiolinks获取癌症临床信息 ☞肿瘤TNM分期 ☞R替换函数gsub

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R语言ggplot2作图如何去掉图例中的NA

遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧的图例最下方式有一个NA的，如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_manual(values=colors, na.translate=FALSE) 将图例的线更改的粗一点...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本需要示例数据和代码点赞点击在看然后在后台留言 20210605 就可以了小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python

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深度 | 在 R 中估计 GARCH 参数存在的问题

在原假设下，滚珠轴承的平均直径不会改变，而在备择假设中，在制造过程中的某些未知点处，机器变得未校准并且滚珠轴承的平均直径发生变化。然后，检验在这两个假设之间做出决定。...我们希望将我们的检验应用于检测 GARCH 模型中的结构性变化，这是金融时间序列中的常见模型。据我所知，用于 GARCH 模型估计和推断（以及其他工作）的“最新技术” R 包是 fGarch。...这种行为并不罕见，这是典型的。下面是使用不同种子生成的类似序列的图。...我在本文中强调的问题让我更加意识到选择在优化方法中的重要性。我最初的目标是编写一个函数，用于根据 GARCH 模型中的结构性变化执行统计检验。...这是一个我自认知之甚少的主题，如果 R 社区中的某个人已经观察到了这种行为并且知道如何解决它，我希望他们会在评论或电子邮件中告诉我。

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在vscode中配置R的开发环境

并且在1.21中完善了windows系统下的extension的bug。...二在visual studio code中下载R和R LSP client两个extension R extension作为基础的R语言插件，R LSP client作为代码编写时函数提示的辅助工具。...三安装radian visual studio code这两个extension由于不存在R console的配置优化，在这里需要借助python中的R interactive窗口——radian，用...▶ pip install radian 四在R中安装languageserver和jsonlite R LSP client需要借助languageserver实现函数的智能识别，R session...R extension的配置 1 Option中删除前两个，--no-save和--no-restore ?

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R中轻松绘制树状热图的若干方法

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何在R中绘制树状热图，通过「sourmashconsumr」 & 「metacoder」两个R包的案例来进行介绍，更多详细的内容请参考作者官方文档。..., groups = metadata) 设置随机种子 set.seed(1) 绘制树状图热图...metacoder后的结果，其对代码做了简化；下面来通过一个案例来介绍「metacoder」包 ❞ 载入metacoder包 library(metacoder) 解析分类数据 obj <- parse_tax_data...tax_data进行处理 obj$data$tax_data <- zero_low_counts(obj, dataset = "tax_data", min_count = 5) 检查没有reads的行...calc_n_samples(obj, "tax_abund", groups = hmp_samples$body_site, cols = hmp_samples$sample_id) 绘制树状图热图

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R语言从入门到精通：Day17 (ggplot2绘图)

在之前的教程中，我们在学习各类数据分析方法的过程中学习创建了各种各样的普通图形和特殊图形，它们大部分都是利用R的基础绘图系统创建的。...为了给大家展示这些选项的作用，这里给出两个例子（图5，6）。图6中将小提琴图和箱线图结合起来，这对于基础图形来说，就很难实现了。表2，几何函数中的常见选项 ? 图5，展示常见选项的图例 ?...图6，小提琴图和箱线图的组合 ? 讲到这里，必须要强调使用ggplot2的最终目的还是为了更好的理解数据。而为了理解数据，在一个图中画出两个或更多组的观察值通常是很有帮助的。...在R中，组通常用分类变量的水平(因子)来定义。分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如形状、颜色、填充、尺寸和线类型的视觉特征的分组变量来完成的。...如果我想要把图13里面在右边的图例换个位置，那也不是一件难事，如图14。图14，图例修改示意图 ?

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「R」ggplot2在R包开发中的使用

尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...而这两个函数都使用了非标准计算，如果你在包中直接使用它，后面再CMD check的使用会引入一个note。所有的Error, warning和note都需要解决才能上传到CRAN。...常规任务最佳实践使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...一个很好的例子是ggdendro[3]，它创建系统树图但同时计算出数据以方便用户干自己想要做的事情。

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「R」ggplot2数据可视化

ggplot2 初探在ggplot2中，图是采用串联起来（+）号函数创建的。每个函数修改属于自己的部分。...分组在R中，组通常用分类变量的水平（因子）来定义。分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸和线条类型的视觉特征的分组变量来完成的。...分面如果组在图中并排出现而不是重叠为单一的图形，关系就是清晰的。我们可以使用facet_wrap()函数和facet_grid()函数创建网格图形（在ggplot2中也称为刻面图）。...mytheme.png 多重图基础绘图中，我们使用图形参数mfrow和基本函数layout()把两个或多个基本图放到单个图中，同样，这种方法在ggplot2中不适用。...将多个ggplot2包的图形放到单个图形中最简单的方式是使用gridExtra包中的grid.arrange()函数。我们需要事先安装这个包。让我们创建3个ggplot2图并把它放在单个图形中。

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