mediates replicative crisis https://www.nature.com/articles/s41586-023-05710-8 s41586-023-05710-8.pdf 大部分图的原始数据都有...，争取把有原始数据的图都用R语言来复现一下 41586_2023_5710_MOESM4_ESM (1).xlsx 今天的推文复现一下论文中的Fig1c image.png 论文中提供的数据集部分截图...",x=38,xend=38-0.2,y=5,yend=5)+ annotate(geom="text",x=38.5,y=19,label="*\n*\n*") image.png 推文记录的是自己的学习笔记...，内容可能会存在错误，请大家批判着看，欢迎大家指出其中的错误 示例数据和代码可以给推文打赏一元获取，或者找到论文中的数据自己手动整理 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本...公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！
little-known strawberry Green Revolution https://www.nature.com/articles/s41467-024-46421-6 （这个论文还挺有意思的，...抽时间仔细看看） 完整的作图代码 library(tidyverse) library(readxl) library(patchwork) fig1.dat的生物云计算。从2015年开始，青岛同源基因科技有限责任公司开始提供生物云计算服务，作为国内共享生物云解决方案开创者
R语言ggplot2如果要做散点图可以用自带的一些形状 如果想用其他形状，有一个R包是ggstar https://cran.r-project.org/web/packages/ggstar/vignettes.../ggstar.html 如果还想用其他形状，可以修改ggstar的代码，来增加一些形状。...ggstar这个R包的整体结构暂时还看不明白，但是定义形状的部分自己能够修改。...在 primitive.R 代码中 plxy 就是一个形状的数据，第一列是x，第二列是y 比如上图中28的形状 square diamond 把中心掏出一正方形的空白 data.frame(x=c(0,...，就能够把这个形状用于ggplot2的散点图中
Fig1 展示了 在正常组织和肿瘤组织中，DNA甲基化年龄与实际年龄之间的相关性存在差异。...("input.csv") head(data) table(data$class) 先计算散点图里点的大小 样本根据DNA甲基化年龄与实际年龄之间的差异即差值进一步被分为两类：表观遗传年龄加速组 ‘...Tumor组中的DNAm Age（DNA甲基化年龄）与Chronological Age（生理年龄）相关性： # Tumor组中的DNAm Age（DNA甲基化年龄）与Chronological Age...0.001"), col = c("#1D2D60"), cex=1) 5、画图例 # 计算图例里需要绘制多少圆圈 num <- length(unique(data$range2)) num # 散点图例...基础绘图永远是基本功，我们之前讲过一个公开课，欢迎观看：https://www.bilibili.com/video/BV1Wi4y1A7u5/ 分组后做转录组差异分析 根据 DNAm 年龄和实际年龄之间的变化
我们在做表达谱数据分析的时候，经常需要检测基因两两之间表达的相关性。特别是在构建ceRNA网络的时候，我们需要去检查构成一对ceRNA的mRNA和lncRNA之间的表达是否呈正相关。...前面给大家分享过R计算多个向量两两之间相关性，今天小编就给大家分享一个实际的应用案例，用R去批量的检测大量mRNA跟lncRNA之间表达的相关性，并绘制散点图。...& result$cor>0) #创建一个文件夹corplot来存放相关性图 dir.create("corplot") #循环画出显著相关的mRNA和lncRNA的相关性散点图 for(i in...值和相关系数 mtext(paste0("cor=",cor,"\npval=",pval), side=3,line= -2,adj = 0.1) dev.off() } 下面是一对mRNA-lncRNA之间相关性的散点图...参考资料： R计算多个向量两两之间相关性
今天在找R shiny的教程的时候发现了一幅比较漂亮的散点图，配色很好看，代码记录在这里。 先贴出结果图，就是这样式的！ ?...library(ggplot2) library(ggrepel) #install.packages("tidyquant") library(tidyquant) 画图 ggplot(data_apps...对于我来说可能是会用到这里的主题和配色方案！...代码是 library(tidyquant) library(dplyr) library(ggplot2) AAPL 的颜色好像是一样的，只是顺序不一样！
environment in locally adapted maize varieties https://www.nature.com/articles/s41477-024-01654-7 论文中提供了作图用到的原始数据...，我们可以试着用原始数据复现论文中的图，今天的推文我们来复现一下论文中的Figure1a image.png 今天推文比较重要的知识点是 分组添加置信椭圆 在图片上插入表格 插入表格主要想实现上图文字的效果...https://cran.r-project.org/web/packages/gridExtra/vignettes/tableGrob.html 部分示例数据 image.png 加载需要用到的R...label="Rhizosphere bacteria", size=5,hjust=0)-> plot.a1 plot.a1 image.png (论文中的图的配色不是很好看...fontsize=15)))), xmin=0.25, xmax=0.3, ymin=0, ymax=0.3) image.png 第二个图也是一样的代码
利用散点图探索宇航员特征与太空任务之间的关系 import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np import pandas as pd from flexitext...出生年份 year_of_mission：执行任务年份 hours_mission ：执行任务时长（小时） total_number_of_missions：累计执行任务次数 # 计算宇航员执行任务时的年龄...data["age_at_mission"] = data["year_of_mission"] - data["year_of_birth"] 绘制基础散点图 # 设置基本信息 # 基本变量 year_of_mission...hours_mission, 10, 200) # 点大小，与执行任务时长关联 colors = np.where(sex == "male", LIGHTBLUE, ORANGE) # 颜色，与性别关联 # 绘制基本散点图...ax = plt.subplots(figsize=(10, 10)) ax.scatter(age_at_mission, year_of_mission); output_11_0 # 利用点的大小
www.nature.com/articles/s41467-020-18795-w s41467-020-18795-w.pdf 这个是是有读者在公众号后台留言问到 我把论文找来看了一下，论文对应的图大部分都有数据...，我们可以试着复现其中的图，先从最简单的的开始，论文中的Figure2是箱线图加抖动散点图，论文的配色也很好看，可以保留作为自己配色备选 部分示例数据截图 image.png 首先是读取数据 library...Source_Data_figure_1a.csv", delim = ",") colnames(dat) dat %>% pull(Ecology) %>% table() 左侧的图展示基因组大小...axis.ticks = element_blank())+ labs(x=NULL,y=NULL,title = "Genomes (Mbp)") image.png 右侧的图代码基本一样...%)") image.png 最后是拼图 library(patchwork) p1+p2 image.png 示例数据可以到论文中下载，代码可以在推文中复制，或者给推文打赏一元获取我整理好的数据和代码
包，可以轻松地在宽格式（wide-format）和长格式（long-format）之间转换数据。...快学学大牛最爱的t-SNE算法吧, 附Python/R代码 一个函数抓取代谢组学权威数据库HMDB的所有表格数据 文章用图的修改和排版 network3D: 交互式桑基图 network3D 交互式网络生成...12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出 R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data...、线性模型 1初识ggplot2绘制几何对象 2图层的使用—基础、加标签、注释 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布 4语法基础 5通过图层构建图像 6标度、轴和图例 7定位-分面和坐标系 8主题设置...试试好看的弦状图 获取pheatmap聚类后和标准化后的结果 一个震撼的交互型3D可视化R包 - 可直接转ggplot2图为3D 赠你一只金色的眼 - 富集分析和表达数据可视化 是Excel的图，不！
在网上偶然间发现的一个R语言ggplot2做数据可视化的实例，提供数据和代码，今天的推文把代码拆解一下 实例数据下载链接 https://www.kaggle.com/berkeleyearth/climate-change-earth-surface-temperature-data...1980年前后的温度差异，数据里提供很多个国家的数据，可以自己更改成其他国家的数据试试 首先是读取数据 这里接触了两个新的R包 vroom here climate <- vroom::vroom(here...::here("GlobalLandTemperaturesByCountry.csv")) 关于lubridate包中的函数的一些用法 lubridate::year("1743-11-01")...注释里写的是为了得到一个矩形的图例 library(ggplot2) ggplot() + # empty tile to get a legend with rectangle key geom_tile...legend.title = element_text(face = "bold", size = 14, color = txt_clr)) monthly_plt image.png 推文用到的示例数据和代码可以自己到推文开头提到的两个链接去下载
本篇推文来自于公众号读者的投稿 最近在画散点图的时候使用lm函数进行线性回归拟合之后，想将拟合的方程与R2加入到绘制的图片中。在百度中翻了半天，终于在一个外国网站上找到了方法。...on-graph 首先是模拟一份数据集 df<-data.frame(x = c(1:100)) df$y <- 2 + 3 * df$x + rnorm(100, sd = 40) head(df) ggplot2...基本的散点图并添加拟合曲线 library(ggplot2) p <- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) + geom_smooth(method = "lm...第二种方法 现成的R包 ggpmisc 加载R包，模拟数据集 library(ggplot2) library(ggpmisc) df <- data.frame(x = c(1:100)) df$y...<- 2 + 3 * df$x + rnorm(100, sd = 40) head(df) 这里添加拟合方程用到的是 stat_poly_eq()这个函数 library(ggplot2) library
默认值为“loess”，即 LOESS 局部加权回归 如果想换一种拟合曲线的方法，可以改变参数 method 的值。...除了直方图和密度曲线图，箱线图也经常用于展示数值型变量的分布，尤其多用于各组之间分布的比较。...p 值是用 t 检验进行组间两两比较得到的。...对于一组问题，可以使用 sjPlot 包里的函数 plot_stackfrq( ) 对不同选项的比例进行可视化。...参数 angle 用于设置 x 轴和 y 轴的角度。需要注意的是，用静态的三维散点图描述 3 个变量之间的关系时，可能会受到观察角度的影响。
，争取把有原始数据的图都用R语言来复现一下 41586_2023_5710_MOESM4_ESM (1).xlsx 今天的推文复现一下论文中的Fig1a image.png 部分示例数据 image.png...最基本的散点图 library(tidyverse) fig1a<-read_delim("data/20230521/Figure1a.txt", delim = " ")...library(ggplot2) ggplot()+ geom_point(data=fig1a, aes(x=log2(FC_Replicate_1),...，内容可能会存在错误，请大家批判着看，欢迎大家指出其中的错误 示例数据和代码可以给推文点赞，然后点击在看，最后留言获取 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享...：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！
.bash_history .bash_logout .bash_profile .bashrc .emacs file1 .gtkrc /etc/group 添加一行，组。...当用useradd加入用户时在etc/group下会默认加入一行这一行是该用户所代表的组， 默认组中是没有成员的例如以下所看到的： lisi:x:500: 有成员的 lisi:x:503:zhy1,zhy.../etc/login.defs 的影响，它是以它的父文件夹的umask值为标准，所以手动加入的用户的权限就是 777-home的umask所得到的。...四、加入一个组 #groupadd 组名（该组名必须是一个用户） 打开：这个文件夹 /etc/group你能够看到： 组名：口令： gid 改组中的用户（用,分隔开）例如以下 zhy4:x:503:zhy1...,zhy 五、对组的编辑 向组中加入一个成员 #gpasswd -a user group 删除成员从组中 #gpasswd -d user group 补充： 1、不加-的切换用户 [。。
在散点图的例子中，函数geom_point()在图形中画点，创建了一个散点图。最后，函数labs()是可选的，可添加注释(包括轴标签和标题)。 图1，散点图 ?...分组指的是在一个图形中显示两组或多组观察结果。小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。ggplot2包在定义组或面时使用因子(factor)（主要涉及函数facet_grid()）。...在R中，组通常用分类变量的水平(因子)来定义。分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如形状、颜色、填充、尺寸和线类型的视觉特征的分组变量来完成的。...下面通过数据集Salaries中的性别和学术等级分组，绘制获得博士学位年数与薪水的关系图（图7）。 图7，博士毕业年数和薪水的散点图 ? 代码中还提供了条形图的分组绘图，留给大家自己尝试。...下面是使用了函数geom_smooth()绘制的两个薪水和毕业年数的关系图（图11，12）。 图11，博士毕业年数与目前薪水之间的关系 ? 图12，男性和女性博士毕业年数和薪水之间的关系 ?
组件之间的关系 在项目开发中，组件之间的关系分为如下3种： 父子关系 兄弟关系 后代关系 2....父子组件之间的数据共享 父子组件之间的数据共享又分为： 父 -> 子共享数据 子 -> 父共享数据 父 子双向数据同步 2.1 父组件向子组件共享数据 父组件通过v-bind属性绑定向子组件共享数据...兄弟组件之间的数据共享 兄弟组件之间实现数据共享的方案是EventBus。可以借助于第三方的包mitt来创建 eventBus对象，从而实现兄弟组件之间的数据共享。...后代关系组件之间的数据共享 后代关系组件之间共享数据，指的是父节点的组件向其子孙组件共享数据。此时组件之间的嵌套关系比较复杂，可以使用provide和inject实现后代关系组件之间的数据共享。...示例代码如下： 5. vuex vuex是终极的组件之间的数据共享方案。在企业级的vue项目开发中，vuex可以让组件之间的数据共享变得高效、清晰、且易于维护。 6.
ggplot2 R的作图工具包，可以使用非常简单的语句实现非常复杂漂亮的效果。...简单的散点图（利用shape分类，不同的切割方式由不同形状的点代表） ? #2....#加权,对每个求sum(carat)，类似于excel里的数据透视图，按不同的color计算carat的总和 qplot(color, data = diamonds, geom = "bar", weight...Path plot #如果要查看失业率(unemploy / pop)与平均失业时间(uempmed)之间的关系，一个方法是利用散点图，但是这样做就会导致无法观察到随时间变化的趋势了，path plot...ggplot2中的基本概念 将数据中变量映射到图形属性。映射控制了二者之间的关系。 ? 标度：标度负责控制映射后图形属性的显示方式。具体形式上来看是图例和坐标刻度。
散点图作为一种展示2组连续变量关系的常用可视化方式之一，添加点，线，箭头，线段，注释，甚至函数，公式，方差表都没有问题。...本文简单的介绍2种散点图添加边际图的方法。...二 ggplot2 + ggExtra绘制边际散点图 使用ggplot2绘制散点图，然后利用ggExtra包的函数添加边际柱形图 2.1 绘制基础散点图 p1 ggplot2绘制的，那更多细节还不是按照需求直接加就行嘛 ? 。...OK，文献中常见的带边际图的散点图就绘制好了！更多参数设置详见参考资料。
函数geom_point（）为绘图添加一层点，从而创建散点图。 ggplot2附带了许多geom函数，每个函数都为绘图添加了不同类型的图层。 ggplot2中的每个geom函数都采用映射参数。...4.制作hwy vs cyl的散点图。 5.如果你制作一个类vs drv的散点图会发生什么？ 为什么情节没用？...测试这个假设的一种方法是查看每辆车的等级值。 mpg数据集的类变量将汽车分类为组，例如紧凑型，中型和SUV。...ggplot2一次只能使用六个形状。默认情况下，使用形状美学时，其他组将进行非开槽。 对于每种美学，您使用aes（）将aesthetic名称与要显示的变量相关联。...它选择了一个合理的尺度来与美学一起使用，它构建了一个解释水平和价值之间映射的图例。对于x和y美学，ggplot2不会创建图例，但会创建带有刻度线和标签的轴线。
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