ggforce设计的目的是为ggplot2图形进行补充，更好的反映数据的分布情况。在本文中，主要介绍了ggforce对散点图添加分组边界和一些附加的可视化功能。...进行轮廓绘制 ggforce中有四个标记函数，它们在数据周围绘制的形状而有所不同 geom_mark_circle() geom_mark_ellipse() geom_mark_hull() geom_mark_rect...() ##从geom_mark_rect（）开始：在每个组周围绘制一个圆角矩形 p + geom_mark_rect() ###使用geom_mark设置标签参数(pic.1) p + geom_mark_rect...的一个很棒的补充包，可以很清晰地反映数据的分布趋势和特征，除了本文提到的内容以外，ggforce还有很多有趣的功能，比如ggforce包中geom_sina参数可以整合小提琴图和箱型图去对数据进行可视化...希望大家可以在绘图的时候应用到ggforce去让你的图片更加美观！
“阴影轮廓线方法(shaded contour lines method)”，tanaka可以通过使用阴影轮廓线来增强地图上地形的表示，使结果看上去像一个类似3D的地图效果。...(图例的位置，“上左”，“上”，“上右”，“右”，“下右”，“下”，“下左”，“左”或以地图单位表示的两个坐标的向量（c（ x，y））。 如果legend.pos =“ n”，则不会绘制图例。)...(是否将将图层添加到已存在的图上) R-ggplot2绘制3d阴影地图 tanaka 包毕竟是一个小众地图可视化包，如何能使用ggplot2以及拓展包绘制类似地图效果呢？...接下来我们就可以使用ggplot2进行绘制了，这里我们直接给出定制化操作的代码及可视化结果： library(metR) library(ggplot2) library(RColorBrewer) library...总结 本期推文，我们继续介绍了优秀的R可视化绘制包-tanaka包以及metR包结合ggplot2实现更加自由的定制化可视化作品绘制，希望大家可以从中获取获取绘图灵感。
图层（Layer）：图层是ggplot2中最基本的组成单元。每个图层都由数据、图形属性和统计变换组成。通过将多个图层叠加在一起，可以创建复杂的图形。...ggplot2提供了多种主题，如theme_gray、theme_bw等。 通过组合和调整这些概念，ggplot2可以绘制出高度可定制的、美观且具有统计意义的图形。...尽管不同的包或库的绘制风格不同，但它们的绘制过程是一致的，如下图所示： 先画出图的大致轮廓，再根据需求，添加更多的细节和细节调整，一张完美的图就出来了啊！...'#aa0c0b', '#570a08') #把模拟数据转换成数据框 data=data.frame( group = labels, value = size ) 2.绘制饼图的大致轮廓...#bbe165', '#6e8a3c', '#546a2e','#f1c055', '#eb8919', '#f69693', '#f7474e', '#aa0c0b', '#570a08'] 2.绘制饼图的大致轮廓
3.其他散点图函数 除了上面的包和函数可以绘制散点图外，还有一些包也可以绘制复杂性的散点图。比如说car包中的scatterplot()函数和lattice包的xyplot()函数。...car包中的scatterplot()函数增强了散点图的许多功能，它可以很方便地绘制散点图，并能添加拟合曲线、边界箱线图和置信椭圆，还可以按子集绘图和交互式地识别点。...lty=1, lwd=2, col=col) legend # 逻辑词，当按组绘制散点图且为TRUE时图上显示图例；为FALSE则不绘制图例； grid # 逻辑词，为TRUE则绘制浅灰色背景网格； groups...shape # 点的形状 size # 数值，设置点和轮廓的大小 point # 逻辑词，为TRUE，则在图上显示点 rug # 逻辑词，为TRUE，则显示边缘地毯 title # 图形标题 xlab...ellipse # 逻辑词，为TRUE，则在点周围绘制椭圆 ellipse.level # 点周围椭圆的大小，默认0.95 ellipse.type # 使用字符来指定框的类型，允许值有"convex"
ggplot绘制map R语言可以进行数据分析，也可以进行地图绘制，而且非常简洁，快速。...这篇文章主要讲述如何利用R语言中的ggplot与sf绘制带有指北针、图列与标尺的地图 屏幕快照 2020-06-28 下午9.27.59.png 数据 我们下载非洲地区54个国家的图层Afirca.json...然后在ggplot中使用 geom_sf来简单画出非洲地区的轮廓 library(tidyverse) library(sf) library(ggspatial) library(ggthemes)...默认的图例颜色是blue色调，我们可以根据 来更改红色基准的色调。...legend 是默认的分段方式，我们可以根据需要设定成4分类，或者更改图例的距离。
包中的geom_tile()或者geom_raster()绘制热 力分布图。...),(图例背景legend.background),图例位置(legend.position) Contour ggplot(map,aes(x=Var1,y=Var2,z=value))+ geom_tile...添加等高线的具体数值 在上面的图基础上，利用directlabels包的direct.label()添加等高线的具体数值，从而不需要颜色映射的图例，同一轮廓上的数值相同。...作用：在二维屏幕上，等高线可以有效地表达相同数值的区域，揭示走势和陡峭程度及两者之间的关系，寻找坡、峰、谷等形状。...以上对绘制等高线进行了详细介绍了，如果还需进一步了解，可参考一下网上免费开源资料：Using 2D Contour Plots within {ggplot2} to Visualize Relationships
柱状堆叠图在许多的单细胞文章中被使用，通过它可以更好向我们展示一个亚群中各个细胞的占比情况，可见它如此重要！！！...今天，我们来使用R的ggplot2和python的matplotlib分别绘制柱状堆叠图。 绘制技巧如下图所示： 先画出图的大致轮廓，再根据需求，添加更多的细节和细节调整，一张完美的图就出来了啊！...= 'Cell', value.name = 'ratio') #配色 colors=c('#F08784','#A3A500','#00BF7D','#00B0F6','#E76BF3') 2.绘制柱状堆叠图的大致轮廓...类似相当于创建一个数据框 data=pd.DataFrame(data) #配色 colors=['#E76BF3','#00B0F6','#00BF7D','#A3A500','#F08784'] 2.绘制柱状堆叠图的大致轮廓...) p.append(patches) bottom += data[i].values 3.添加细节和修改 #修改Y轴的标题 ax1.set_ylabel('ratio') #添加图例和其位置调整
“想要我的宝藏吗？如果想要的话，那就到海上去找吧，我全部都放在那里。”，世界开始迎接“大海贼时代”的来临。 ggforce是ggplot2的扩展包，“擅长”于根据数据绘制轮廓以及区域放大。...可以看到不同的tzone使用不同的颜色标识出来了，那如果给每个tzone加一个轮廓应该会更方便的区分。...二 ggforce绘制轮廓 1 添加轮廓 geom_mark_...()系列函数能够非常简单的围绕数据组绘制轮廓,以下四个参数可以绘制不同的轮廓： geom_mark_circle() geom_mark_ellipse...() geom_mark_hull() geom_mark_rect() 使用geom_mark_rect()，以每个时区为组绘制圆角矩形轮廓 p + geom_mark_rect() ?...发现标签和箭头的位置被优化了，没有重叠；指示符为线条加文本（默认白色背景），可以很容易知道每个组的标签。
今天跟大家分享如何在地图上进行散点图、气泡图绘制。 昨天跟大家介绍了ggplot函数进行地图绘制的原理，通过轮廓点和分组来定义每一个地区（国家边界），通过多边形填充来完成区域填色。...ggplot的图层叠加原理晕允许我们在坐标系统的叠加多个图层； 所以在地图上叠加散点、甚至气泡可以很容易的实现： 包的导入： library(maptools) library(ggplot2) library...图层中指定数据源为合并后的业务数据，散点面积（大小）用zhibiao1来映射，气泡图颜色用zhibiao2来映射（本来散点是只有点颜色（使用colour控制，没有填充色的，可是当给散点指定其形状后，散点就有了面积属性可以使用...fill进行颜色填充），气泡的轮廓线用colour来指定）。...最后的ggtitle定义主题，theme内的参数清除掉所有图层上的无关元素（背景、网格系统、横纵轴标签、刻度线、轴标题、图例）
可以指定您的图例作为guide的参数的行数。...默认的ggplot图例在各个图例项目之间几乎没有空格。...最好始终在较小的倍数上使用相同的y轴比例，以避免产生误导，但有时您可能需要为每个倍数分别设置这些值，我们可以通过添加参数scales =“ free”来实现。...image.png 增加或减少边距 您可以更改情节几乎所有元素（标题，字幕，图例）或情节本身周围的边距。...升序是默认设置，但是您可以通过将desc（）包裹在要排序的变量周围来将其更改为降序： bars ggplot(bar_df, aes(x = reorder(country, lifeExp),
背景 在绘制地图时候，我们经常会用到热图，Density map，在ggplot2中可根据坐标产生相应的密度图，2d distribution， 那么在交互式地图中，如何制作Density Map， 本次文章...英国伦敦霍乱地图 在该例子中，我们使用英国伦敦霍乱的数据来展示，在Leaflet中绘制Density map， 约翰·斯诺（John Snow）于1854年制作了一张著名的地图，显示了伦敦苏活区霍乱疫情造成的死亡以及该地区水源的位置...通过这样溯源的方法，他发现某个水源周围有大量霍乱死亡病例，并根据此推断阻止了疫情的爆发。...，有10层轮廓，我们进一步优化。...然后增加图例。根据value值分成不同颜色段。
本指南使用一些常见术语，为了清楚起见，这些术语在此处进行说明： 图例条目 图例由一个或多个图例条目组成。 一个条目由一个键和一个标签组成。 图例键 每个图例标签左侧的彩色/图案标记。...除了用于复杂的绘图类型的处理器，如误差条，茎叶图和直方图，默认的handler_map有一个特殊的元组处理器（HandlerTuple），它简单地在顶部一一绘制给定元组中每个项目的句柄。...为了为轴域上已经存在的线条（例如通过绘图）制作图例，只需使用字符串的可迭代对象（每个图例条目对应一个字符串）调用此函数。...为散点图图例条目创建的标记的垂直偏移量（相对于字体大小）。 0.0 是在图例文本的底部，1.0 是在顶部。 为了将所有标记绘制在相同的高度，请设置为[0.5]。...frameon：None或布尔值 控制是否应在图例周围绘制框架。 默认值为None，它将从legend.frameon rcParam中获取值。
GSVA分析，还可以计算每个细胞的目标基因集评分 。 方式有很多种，本文简单的介绍seurat的AddModuleScore函数 以及 AUCell包 2种计算方法。...meta.data) #这里就得到了基因集评分结果，但是注意列名为 WNT_features1 colnames(sce2@meta.data)[16] <- 'WNT_Score' 得到的score 类似 在每个细胞中算出来的我们感兴趣的基因的表达均值...三 AUCell 计算 AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是否在每个细胞的表达基因中富集。...umap图 提取基因集评分结果与umap的坐标 ，使用ggplot2 绘制umap点图，将基因集评分映射到umap图中 。...SCI学umap图| ggplot2 绘制umap图，坐标位置 ，颜色 ，大小还不是你说了算 4.4 绘制热图 如果展示多条通路的话，可以使用热图的方式 library(pheatmap) aucMat
当所有的组内经纬度点都按照此规则打印一遍之后，我们就可以看到整个地理信息边界的轮廓。...，是因为这里的对应关系可能是一一对应，也可能是一对多的关系，因为之前在讲述如何从json素材提取地理信息数据框已经讲述过原理，有些国家或者行政区仅有一个轮廓，而有些国家或者地区有多个地理上相互分离的领土...zhibiao)) 以上是最为典型的数据地图做法，fill/colour的颜色映射结果会根据zhibiao变量的性质进行映射形式调整，即如果zhibiao是连续型变量，那么最终就会按照连续渐变色进行填充，图例也是练习渐变的图例...当然，你可以将颜色映射在行政区划的轮廓线上。...（但是只这样往往是不可取的，因为轮廓线颜色色彩占比太少，不利于肉眼识别，区分度不高） ggplot(data=world_map)+ geom_polygon(aes(x=long,y=lat,group
详见：R-ggpattern（绘图花式大赏-1） 接下来，我们继续介绍一下另一大pattern-geometry_based pattern,鉴赏一下geometry_based pattern绘制的图...pattern_density = 0.35, #设置密度 pattern_fill = 'black',#图形颜色 pattern_colour = 'black'#图形的轮廓...pattern_density = 0.35, pattern_key_scale_factor = 1.3) +#这个是控制图例中图案大小的，这里没有设置就没用...p ##使用geom_bar_pattern绘制饼图 df <- data.frame( group = factor(c("Cool", "But", "Use", "Less"), levels...#是否需要重复播放（回到第一张图） animate(p, nframes = 60, fps = 20)#nframe渲染帧数，fps动画的帧速率，单位为帧/秒(默认为10) } 感兴趣的小伙伴可以来试试画各式各样的图额
可以通过View(p1[[1]][["data"]])查看，基于表达量排序之后可以看到是在B细胞中高表达 图层（layers）： 表示构成图形的图层。...在ggplot2中，图层可以包括几何对象（如点、线、面等），统计变换，数据映射等。 比例（scales）： 定义了图形的比例尺，例如x轴和y轴的取值范围和断点。...常用参数 除了导入结果数据的object以及需要绘制的features基因集，还可以修改颜色和点的大小和透明度： cols：用于绘制不同类别的小提琴图的颜色。...sort：根据被绘制属性的平均表达量对身份类别（x轴上）进行排序。你也可以传递'increasing'或'decreasing'来改变排序方向。...split.plot：控制是为分割的每个组绘制多个还是单个小提琴形状。 stack：是否水平堆叠每个特征的图表。 combine：是否将图表组合成一个单一的patchworked ggplot对象。
练习 (1) 在绘制折线图、箱线图、直方图和分区图时，应该分别使用哪种几何对象？...答：可以绘制出区间，当se = TRUE（默认）则会出现区间。 (5) 以下代码生成的两张图有什么区别吗？为什么？...后面两个集合对象就可以默认使用前面的设置了。而第二个图则是原始没有设置，而是在集合对象中一一设置了。 第一种方法：简便；第二种方法：灵活，可以设置不同的x，y。...第二个图： 在第一个基础上根据drv变量绘制了三条拟合曲线，并且没有绘制区间。...第三个图： 散点图颜色的颜色根据drv变量进行变化，并且拟合曲线也是和散点图相同颜色（所以可以在最原始图层中加入color=drv），没有拟合曲线的区间，但是有图例（默认就是有的）。
如果为True，则图例标记位于图例标签的左侧 numpoints the number of points in the legend for line 为线条图图例条目创建的标记点数 scatterpoints...控制是否应在图例周围绘制框架 fancybox If True, draw the frame with a round fancybox....控制是否应在构成图例背景的FancyBboxPatch周围启用圆边 shadow If True, draw a shadow behind legend....控制是否在图例后面画一个阴 framealpha Transparency of the frame....space between the legend entries 图例条目之间的垂直间距 handlelength the length of the legend handles 图例句柄的长度 handleheight
2，CytoTRACE v2可视化 （1）v2在 plotData 同cytotrace v1的可视化函数不一样，v2在 plotData函数中包装了一些常见的可视化结果 ，可以先设定待展示的表型（celltype...ggplot2进行自定义的。...更多ggplot2 的调整可以参考ggplot2 | 关于标题，坐标轴和图例的细节修改，你可能想了解,ggplot2|详解八大基本绘图要素,ggplot2|theme主题设置，详解绘图优化-“精雕细琢”...（3）细胞类型-箱线图 除了p4自带的箱线图，也可以根据需求自行绘制 scRNA分析|使用AddModuleScore 和 AUcell进行基因集打分，可视化 library(ggpubr) p1 可以在monocle2中绘制基于分化 score的结果，以此来帮助确定起点。
ggpattern中创建个性化的pattern 常见的gridpattern有： ggpattern中的一些参数： Geom-based: 在绘制图形边界中添加几何图形（比如 sf::st_intersection...比如以下这个数据框包含x，y坐标以及两种集合图形的两个id Array-based:使用gridpattern确保在绘制图形边界中添加图片 函数： width，height：图形对象的大小 param...ggplot中我们只能使用单色条纹进行fill，但是在ggpatern里面可以创造多色条纹。...2 鉴赏array_based pattern array-based pattern的重要一点就是可以在图中使用图片和特殊的渐变 2.1 geom_bar_pattern()和geom_col_pattern...柱状图 placeholder占位符pattern中的图片来源其中有 if (require("magick")) {#按需加载magick包，这个包可以p图之类的操作 p ggplot(mpg
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