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生信算法 | 矩阵分解除了NMF,也可以试试这个 NatGenet 新发的 GBCD 算法

例如,给定的细胞可能属于四个GEP——一个特定于数据集的GEP、一个特定于患者的GEP、一个特定于肿瘤亚型的GEP和一个特定于细胞状态的GEP,这种配置将由四个非零lik表示。...连续 GEP: 该 GEP 在随机选定的 600 个细胞中激活,细胞对该 GEP 的归属是非二元的。该 GEP 模拟了在细胞间强度连续变化的细胞过程或活动,可能与癌症亚型无关。...这些GEPs富集了干扰素信号传导(GEP 9)、细胞周期(GEP 10)、肿瘤坏死因子–核因子κB(TNF–NF-κB)信号传导(GEP 11)、呼吸电子传递(GEP 12)、翻译(GEP 13)和应激诱导途径...网址为https://cran.r-project.org/package=My.stepwise; NNLM版本0.4.4,网址为https://github.com/linxihui/NNLM/; Python...版本3.10.10,网址为https://www.python.org; rliger版本1.0.0,网址为https://github.com/welch-lab/liger/; R版本4.1.0,网址为

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    ​相信你的模型:初探机器学习可解释性研究进展

    (D)使用 GEP 框架对这两部分进行整合,得出行动规划。(E)不同模型的性能比较。(F)产生有效的解释以促进人类的信任。...图 3 GEP 搜索过程示例 [4] 实验结果如图 4,显示了机器人打开人类演示的三个药瓶和两个新药瓶的成功率。...实验分组为基准不解释组(baseline)、符号解释组(symbolic)、触觉解释组(haptic)、GEP 解释组(GEP)和文本解释组(text)组成。...GEP 组参与者的预测准确率明显高于基准组。因此,摘要文本解释和仅仅基于触觉信号的解释并不是获得人类信任的有效方法,而 GEP 和符号解释与机器人系统建立了相似程度的人类信任。...另外利用 GEP 框架,该模型在某程度上结合了人类的触觉力度,从而使概率框架中的学习和搜索更有效率。

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    Nature Communications:人类丘脑的基因结构及其与十种常见大脑疾病的重叠

    我们使用GWAS对注意缺陷/多动障碍(ADHD)、自闭症谱系障碍(ASD)、BD、重度抑郁症(MD)、SCZ、AD、多发性硬化症(MS)、PD、广泛性和局灶性癫痫(GEP/FEP)的汇总统计数据,检测到体积与...ASD、ADHD、MD、MS、GEP、FEP和MS分别有8、8、17、10、14、4和14个位点与丘脑体积相关。...当使用更严格的联合FDR阈值0.01时,除GEP和FEP外,所有疾病都存在联合相关位点(补充数据16)。...对于ASD、ADHD、MD、MS、GEP、FEP和MS,当阈值为0.05时,分别有8、8、17、10、14、4和14个遗传位点与丘脑体积和疾病相关。...当FDR阈值为0.01时,丘脑体积和SCZ(17)、PD(14)、BD(5)、ASD(2)、ADHD(1)、MDD(3)、MS(2)和AD(2)存在重叠位点,而GEP或FEP没有共享位点。

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