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    end motifs分析:血浆DNA End-Motif Profiling as a Fragmentomic Marker

    ., preferred fragment end motifs。...即人类血浆中cfDNA的end motifs是否代表了一种独特类型的血浆DNA片段特征,血浆cfDNA的end motifs是否可以作为癌症诊断的一种指标。...end motifs定义如下: 3端突出的片段进行消化,5端突出的片段进行延长补齐,文库构建时不进行片段大小选择,保证了最后测序得到的数据保留了原始的5端序列特征。...通过WGS并计算end motifs的频率,得到一个类似表达谱的矩阵,总共包括4^4,即256个motif的谱: 随后,针对这个end motifs profile进行各种分析,比如 某个end motifs...血浆DNA end motifs的Classification性能 为了进一步探索是否可以利用血浆DNA end motifs 建立一个分类器来检测癌症患者,我们基于256个血浆DNA end motifs

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    end motifs分析: 血浆cfDNA End-Motif 反卷积分析

    本文主要是对256个5端4碱基模式的end motif进行非负矩阵分解,得到6个“founder” end-motif profiles特征,然后将这6个F-profiles与不同的DNA核酸酶关联起来...对cfDNA分子的不同类型的cfDNA裂解分析示意图: 首先,文献对所有样本256个cfDNA End-Motif 做了一个全方面的Landscape Profiles 文章中样本有好几组,都是同样的展示模式...接着对 End-Motif Profiles进行NMF反卷积分析 反卷积的F-profiles个数确定为6,即得到6个F-profiles,并确定了每个F-profiles的贡献比例。...每个样本中F-profiles反卷积结果: 6个F-profiles的特征: F-profile I:C-end motifs (55%)为主,为CCNN特征,与DNASE1L3切割性能(一样的研究)...与DFFB活性相关 F-profile IV:C-end preference (50%) F-profile V:exhibited a strong G-end preference (50%) F-profile

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