很多 R包会集成很多 C 或者 python 的代码，所以需要额外编译，就又回到开源软件的死结：各种环境问题以及依赖问题，使用 bioconda 可以很好的管理 R 包。...安装 R 语言 mamba install -c conda-forge -y r-base=4.0.0 搜索默认 R $ which R ~/miniconda3/bin/R 3、安装 R 包 mamba...更新基础 conda mamba update -n base -c defaults conda 更新全部包 mamba update -y --all 七、常见问题 conda 在使用过程中会遇到很多问题...7.3 安装中断 安装过程中出现 core dump error/Segment fault 等错误。...原因： 出现这个错误原因很多，可能是硬件资源不够，也可能是软件版本冲突。 解决方法： 如果安装中断可以重新运行安装命令。
软件安装 core dump error/Segment fault/段错误 怎么办 2.4.11 conda 为什么越来越慢？..., -y 是同意安装，不写的话会弹出提示，需要再次确认 conda install # 安装软件包 conda install numpy=1.7.2 -y # 安装特定版本的软件包..., tidyr, caret 和 nnet conda install -c r r-base=4.0.2 r-essentials # 安装单个包 # conda install -c https:/...1.10 core dump error/Segment fault/段错误 如果 conda 在软件安装中出现 "core dump error/Segment fault/段错误" 怎么办？...采用SAT-solver算法决定需要下载包的哪个版本和它们的安装顺序。 下载并安装包。 1.13 Conda 哪一步慢？
对于生信分析而言，个人更喜欢使用Miniconda并仅安装所需的工具。 什么是Bioconda? Bioconda是conda生物信息学软件的托管平台。Conda通道只是存储软件包的位置。...但Bioconda管道上提供了使用最广泛的生物信息工具，该工具托管了超过6,000多种生物信息包。...相比之下，使用Bioconda的管道进行安装就容易得多了: ### 使用Bioconda的管道进行安装 conda install -c bioconda bcftools ###下载测试文件...我强烈不建议在同一环境中安装所有软件包/工具。这个是很多新手玩家会犯的错误。很多刚刚入门生信的初学者，都会一个劲的在base的环境里，安装各种各样他们所需的工具。...-c说明安装的channel是conda-forge,通过 -n告诉它我所创建的环境的名字,最后所需的安装包跟在最后面 python=2.7numpy matplotlib pandas。
官网安装信息 wget -c https://data.qiime2.org/distro/amplicon/qiime2-amplicon-2024.10-py310-linux-conda.yml...- http://10.10.11.66:8181/cloud/bioconda - http://10.10.11.66:8181/pkgs/free custom_channels:...- http://10.10.11.66:8181/cloud/bioconda 3、运行安装代码（创建conda环境并安装） conda env create -n qiime2-amplicon...经典求解器可以处理一些包依赖冲突的方式与新求解器不同。 新求解器（libmamba）：这是 conda 新引入的求解器，它比经典求解器更快速，但有时在处理特定依赖问题时可能会出现兼容性问题。...修改channels设置 你可以修改为： 修改yml文件 检查依赖关系后，发现有一些未找到： 我们去检查镜像网站看一下，可以发现，报错原因是镜像中旧版本同步不全，就像北大的镜像也只有2023.5.0的版本
然后等待安装完成会出现这个，输入yes后回车 然后还会出现这个让继续下载vscode，直接输入no跳过，到这里安装就结束了 这时候试试使用conda -V命令查看安装的conda版本，如果出现-sh...：conda：未找到命令说明没有把conda加入系统路径中，使用下列路径把conda加入系统路径 export PATH=/home/yourName/anaconda3/bin/:$PATH 然后再次输入...--add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --add channels...使用命令conda list可以查看安装的包的信息 然后进入pytorch官网，选择对应的下载版本 这里需要先查看一下自己服务器的CUDA版本，下载pytorch时尽量选择比自己CUDA版本低的或一样的...等待环境收集完成后就会输入y开始下载，最后等待下载完成即可 我这里报了一个莫名其妙的错误，已经下载好了又回滚，看报错是没找到这个文件，但是明明是有的，离谱 解决办法：不用conda下载，改用
采用SAT-solver算法决定需要下载包的哪个版本和它们的安装顺序。 下载并安装包。 Conda 哪一步慢？...主要是第3步，确定待安装包的依赖包之间的兼容和已安装软件之间的兼容，获得需要下载的包和对应版本。 如何提速 Conda？...采用mamba加速软件依赖解析 [mamba采用 c++ 重写了部分解析过程，这个提速效果是很明显的] （安装好mamba后就可以用mamba替换conda进行安装了）。...获取所有相关包的名字，从朋友处拷贝下载好的安装包。如果拷贝过来未能自动识别，可手动安装conda install --offline local_path。...and Improving Conda's performance》，Anaconda 生信宝典，《Conda 软件安装 core dump error/Segment fault/段错误 怎么办？》
最初接触到Anaconda是用于Python包的安装。Anaconda囊括了100多个常用的Python包，一键式安装，解决Python包安装的痛苦。...conda list # 列出安装的软件包 conda search # 搜索需要安装的软件包，获取其完成名字 以搜索numpy为例： conda search...0.0.1 py27_0 conda-forge 安装包 conda install # 安装软件包 conda install numpy...=1.7.2 # 安装特定版本的软件包 conda remove # 移除软件包 安装R conda install -c r r-essentials # 安装R,及80...多个常用的数据分析包, 包括idplyr, shiny, ggplot2, tidyr, caret 和 nnet # 安装单个包 # conda install -c https://conda.binstar.org
core dump error/Segment fault/段错误 怎么办 2.4.11 Conda为什么越来越慢？...conda install -c r r-base=4.0.2 r-essentials # 安装单个包 # conda install -c https://conda.binstar.org/bokeh...Conda的channel Conda默认的源访问速度有些慢，可以增加国内的源；另外还可以增加几个源，以便于安装更多的软件，尤其是bioconda安装生信类工具。...Conda软件安装 core dump error/Segment fault/段错误 怎么办 # 清空缓存 # https://github.com/conda/conda/issues/7815 conda...(具体导出方式见Bioconda软件安装神器：多版本并存、环境复制、环境导出。 添加Bioconda通道时，注意顺序，给予conda-forge最高优先级，其次是bioconda。
通过conda安装 我创建一个conda 环境，用这个环境来安装R 和我需要的R 包不就好了吗？...比如直接搜到了这个R 包的conda 安装方法：Bioconductor Rhdf5 :: Anaconda.org[3] conda create -n R4.1.2 -y r-base # 安装R环境...conda activate R4.1.2 # 在激活的环境下安装 conda install -c bioconda bioconductor-rhdf5 conda install -c bioconda.../label/gcc7 bioconductor-rhdf5 # 这个成功了 conda install -c bioconda/label/broken bioconductor-rhdf5 conda...install -c bioconda/label/cf201901 bioconductor-rhdf5 安装非常顺利啊： Downloading and Extracting Packages
packages 管理： 可以使用 conda 来安装、更新 、卸载工具包 ，并且它更关注于数据科学相关的工具包。...-4.3.0-Linux-x86_64.sh image.png #有的情况下，你可能会遇到找不到 conda 命令的错误提示，这很可能是环境路径设置的问题，需要添加conda环境变量：export PATH...和mkl（运算加速的库） # 查看已经安装的packages conda list # 最新版的conda是从site-packages文件夹中搜索已经安装的包，不依赖于pip，因此可以显示出通过各种方式安装的包...conda的一些常用操作如下： # 查看当前环境下已安装的包 conda list # 查看某个指定环境的已安装包 conda list -n python34 # 查找package信息 conda...search numpy # 安装package conda install -n python34 numpy # 如果不用-n指定环境名称，则被安装在当前活跃环境 # 也可以通过-c指定通过某个
这一点非常重要，因为conda也会存在依赖关系无法解决的情况，或安装完仍存在问题。但Docker是不存在外部依赖问题的，成功率更高。 想使用Bioconda，你需要先安装Conda。...软件管理器conda Conda是目前最方便的软件管理器，可以一键安装大多数生物学软件，让你从痛苦的依赖关系和包安装中解脱出来。常用的发行版有Anaconda，和miniconda两种。...、Miniconda安装 38Mb # 可选miniconda https://conda.io/miniconda.html wget -c https://repo.continuum.io/miniconda...对于依赖上百个软件和包的流程，一键安装成功，那叫一个字“爽”!轻松节约你原来几天的时间。...conda create -n kneaddata kneaddata=0.6.1 python=2.7 显示安装的指定版本和依赖关系，这个不少吧，共31个软件和包，这要是之前自己装，可能3天都不一定搞得定
conda list # 列出安装的软件包 conda search # 搜索需要安装的软件包，获取其完成名字 以搜索numpy为例： conda search... # 安装软件包 conda install numpy=1.7.2 # 安装特定版本的软件包 conda remove # 移除软件包 安装...R # 具体见下面 conda install -c r r-essentials # 安装R,及80多个常用的数据分析包, 包括idplyr, shiny, ggplot2, tidyr, caret...和 nnet # 安装单个包 # conda install -c https://conda.binstar.org/bokeh ggplot 获取帮助信息 conda -h # 查看conda可用的命令...，以便于安装更多的软件，尤其是bioconda安装生信类工具。
Conda Guide ---- Conda简介 conda是一个包，依赖和环境管理工具，适用于多种语言，如: Python, R, Scala, Java, Javascript, C/ C++,...应用场景：比如在A服务器开发了一个应用，安装了N个包。现在要迁移到B服务器，又要重新安装一遍，还不知道A服务器上哪些包是必须的。...conda就是解决这种问题，把该应用需要的包都安装到应用所在的环境中，迁移的时候，只要把环境导出，再导入到B环境即可。...Conda的安装 安装过程 windows的安装就不演示了，直接在网上搜miniconda安装包，然后一路点下一步即可安装完成。...install xxxx ps:pip install tensorflow 如果不用-n指定环境名称，则被安装在当前活跃环境，也可以通过-c指定通过某个channel安装 conda install
1 包管理 安装包 假如我要安装scipy这个科学计算包，那么可以输入如下命令 conda install scipy conda会自动搜索并解决包依赖项，你只需要按回车即可。...有时候我们想安装某个指定版本的包，那么就需要先知道conda里面存在哪些版本的包，可以输入如下命令就行搜索 conda search scipy 搜索结果还挺多的，部分结果如下 ? ?...删除包 有安装就有卸载，卸载包命令如下 conda remove scipy 更新包 conda update scipy ? 2 管理环境 ?...专注生物学领域的bioconda的channel也包含在里面了。假设需要安装DESeq2这个包，这是一个发布在bioconductor的R包。默认的channel里面是没有的。...可以使用如下命令进行安装 conda install -c bioconda bioconductor-deseq 上述命令中的“-c bioconda”就是告诉conda，要去bioconda这个channel
滴水穿石 非一日之功 conda conda 是一个开源的包管理系统和环境管理工具，它能够帮助用户安装、更新、删除和管理各种软件包。...这些工具各自存在，并且无法完全解决依赖关系、跨语言软件包的管理等问题。而 conda 通过提供一个环境管理系统，允许用户在不同的虚拟环境中安装和使用不同版本的软件包，从而避免了软件依赖的冲突问题。...Miniconda 是 Conda 的一个最小化版本，用户可以根据需要选择性地安装包和环境，适合对空间和安装包有更高需求的用户。...##官网下载安装包 wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ##文件大小141M #如果网速不好...，也可以在镜像站下载安装包，比如：https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/miniconda/ wget -c https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda
#安装 vcd 包 install.packages("vcd") #一次安装多个包 install.packages(c("ggplot2","pheatmap")) #查看已安装的包 installed.packages...相比于 R 内置的函数，bioconda提供了更加方便的环境管理，安装R包更加方便。如果使用bioconda版本的R，使用bioconda安装 R 包更加方便。...这样就可以使用 conda 命令安装和管理R 包了。bioconda 安装的 R 包，安装路径在下面目录下。...miniconda3/lib/R/library conda 几乎可以安装大量的 R 包，这里推荐使用 bioconda 管理 R 包。..._0 bioconda #安装 deseq2 包 $ conda install -y bioconductor-deseq2 四、查看帮助文档 学习 R 语言需要经常查看帮助文档，包括
/anaconda/cloud/conda-forge/ 接下来安装bioconda频道 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn.../anaconda/cloud/bioconda/ 用vim进行查看 vim ~/.condarc 二 学习conda基本操作的管理环境 -搜索bwa进行安装（注意是在conda环境下（base））...conda search bwa 结果可以发现有很多bwa version可以安装，我们用以下命令安装(y代表yes） conda install bwa -y 下一步安装软件可以先去bioconda...，但是有些软件比如macs2是在python2环境 conda重新建立一个python2环境 conda create -n python2 python=2 这样可以安装python2环境，会装上新的依赖包...#注意原视频这里有点小错误，应该是sra-tools，不是sratoolskit ---- END
进入家目录cd ~2. wget -c 下载minicondawget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3...成功运行帮助文档，则表明安装完成conda --help配置miniconda中的下载路径用于miniconda 下载软件使用，通常需要bioconda，conda-forge，main三个链接1....配置镜像先添加main，其次conda-forge，最后bioconda，它们是有顺序的pkgs/main，cloud/conda-forge，cloud/biocondadefault是官方频道，删除它可使下载速度加快配置完成后会生成一个...URL 添加镜像链接每次更换完频道之后记得要清除一下index，conda clean -i-i 是指清除掉构建好的index，清除掉之后才会从新的频道下载软件包创建小环境创建不同的环境用于不同项目的管理...判断一个软件是否可用conda安装anaconda官网查询命令行界面输入 conda search fastqc安装所需软件conda activate 环境名conda install 软件名 还可以指定安装版本
yes 跑这些代码的意义 conda: Conda的命令行工具，用于包和环境管理。...频道是存放Conda软件包的服务器地址，Conda可以从这些频道下载并安装软件包。...这个特定的URL指向北京外国语大学提供的一个镜像站点，该站点镜像了bioconda频道。bioconda是一个专门为生物信息学软件提供Conda软件包的频道。...使用这条命令后，当你安装来自bioconda频道的软件包时，Conda会首先尝试从这个镜像地址下载，以期望获得更好的下载速度和稳定性。...安装软件 conda install fastqc=0.11.7 -y ##学有余力 创建环境 并在环境中安装软件 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic
starFusion conda install -c bioconda trim-galore conda install -c bioconda star-fusion 可以看到目前两个软件版本是...： conda create -n starFusion1.9.0 conda activate starFusion1.9.0 conda install -c bioconda/label/...cf201901 star-fusion=1.9.0 conda search star-fusion -c bioconda conda install -c conda-forge mamba...*python_abi* -c conda-forge mamba install -c conda-forge python_abi=2.7 mamba install -c bioconda...但是我git下载了它源代码，发现其压缩包里面的STAR-Fusion命令本来就是可以直接使用的，无需conda来管理了。
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