Blast2go本地化教程网上也有不少,但是都是13年之前的,由于最近有这个需求,我也重新收集了下资料,然后整理了下: 主要参考: http://blog.shenwei.me/local-blast2go-installation...GO: 基因本体论注释数据库 这里我们就讲解如何本地化Blast2go完成蛋白序列到GO数据库的注释。...(名字随意),解压上述文件,并将所有文件都放到blast2go目录下,然后cd到blast2go目录下,进行后续操作,文件总共有这几个: b2gdb.sql b2gdb.sql~ gene2accession...:mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar: ImportIdMapping /home/anlan/blast2go/idmapping.tb localhost b2gdb...blast2go blast4it 测试 理论上,上述的步骤都没报错的话,下面的测试肯定没问题的 下载官网的测试例子https://blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5
以前的话,非模式生物要用blast2go跑电子注释,而blast2go又需要使用MySQL,没有root权限的话非常麻烦。
而blast2go虽然可以一步到位帮你完成功能注释,但它是收费的。这时,我们可以使用eggnog-mapper进行功能注释。
SeqExpress;SerbGO;SOURCE;Spotfire Gene Ontology Advantage Application;STEM;T-Profiler;THEA; 5.其它工具:APID;Blast2GO
定量:featureCounts 去除FPKM<0.1的LincRNAs LincRNA功能注释: Blast2GO 比对到拟南芥、水稻、高粱、苜蓿属、短柄草属 Pvalues<0.05 topGO
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