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    easyBio — 简化生信上游处理的工具包

    /SRR23582359/ -o ./ -f # 指定包含`.sra`文件的文件夹,默认是当前目录 -t # 设置使用的线程数,默认为计算机的CPU核心数 -o # 指定输出目录,默认为`out` -...-fq # 指定fastq文件所在的文件夹的路径,是必需的参数。 -ec # 指定运行cellranger时期望的细胞数目,默认值为3000。...-rmf # 非必须,用于指定hg38_rmsk.gtf文件的位置,方便计算loom文件使用。默认值为 `空`。...默认值为 3000。 -oi # 非必须,用于指定cellranger 。默认值为 `空`。 -rmf # 非必须,用于指定hg38_rmsk.gtf文件的位置,方便计算loom文件使用。...默认值为 `空`。 -gtf # 非必须,用于指定Homo_sapiens.GRCh38.109.gtf文件的位置,方便计算loom文件使用。默认值为 `空`。

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    一文了解常见源码泄露

    .svn文件夹,里面包含了所有文件的备份,文件名为 .svn/text-base/文件名.svn-base ,默认文件名都是直接明文存的,可以访问到/.svn/entries的时候,就证明存在源码泄露...,是用来存储这个文件夹的显示属性的,比如文件图标的摆放位置 通过 .DS_Store 可以知道这个目录里面所有文件的清单 当访问/.ds_store可以访问的到,就证明存在文件泄露 工具 ds_store_exp...4、.hg 源码泄露 使用hg init 新建仓库的时候,会生成一个备份文件.hg 当然也是存在泄露问题,不过比较少见 当访问/.hg存在的时候,就证明存在该漏洞 工具 rip-hg.pl 5、网站备份文件泄露...java 文件 /WEB-INF/database.properties:数据库配置文件 /WEB-INF/tags:存放了自定义标签文件 /WEB-INF/jsp:jsp 1.2 一下版本的文件存放位置.../WEB-INF/jsp2:存放jsp2.0以下版本的文件 /META-INF:相当于一个信息包 漏洞 Tomcat的WEB-INF目录,每个j2ee的web应用部署文件默认包含这个目录 Nginx在映射静态文件时

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    生物结构变异分析软件meerkat 0.189使用笔记(一)

    Primer32.2.0及以上(自行安装) 1.2 需要准备的文件 1.参考基因组fasta文件(单独放在文件夹),运行perl脚本,用BioPerl的Bio:DB::Fasta进行处理 #!...进入meerkat文件夹。 1.build mybamtools, 生成lib文件夹,文件夹包含着需要链接的动态库 cd ....scripts/pre_process.pl [options] -b FILE 已经sort和index的bam文件 -k INT 过滤掉的最小的覆盖度(过滤覆盖过多reads的位置...(默认1000),会生成一个pdf的分布图,显示插入片段长度的分布,0关掉这个函数 -n INT 每个read group被用于计算插入片段大小分布的reads数,0 使用全部reads,默认...应轻微小于1/2的read长度,默认参数适合长读长的人类基因组。

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    使用ROSE鉴定超级增强子

    源代码中内置了几个物种的注释数据库,存放在annotation文件夹下 annotation/ ├── hg18_refseq.ucsc ├── hg19_refseq.ucsc ├── hg38_refseq.ucsc...\ -s 12500 \ -t 2500 需要注意一定要到软件的安装目录去运行,因为会在运行目录查找annotaton这个文件夹下的物种注释文件。...-g指定参考基因组版本,用于检索对应的物种注释文件;-i指定增强子区域对应的基因组位置,内容如下 ?...\t分隔的6列,第一列,第三列和第四列指定增强子区域对应的染色体位置,第五列指定正负链信息,.代表不确定,第二列和第六列是一个自定义的唯一的ID, 用来表示增强子的编号。...-s指定合并增强子的距离,默认为12.5kb, 小于该距离的两个增强子会合并为一个区间,-t指定距离TSS的距离,如果一个peak与某个转录起始位点的距离小于指定的距离,则有可能是一个启动子,这种潜在的启动子会被过滤掉

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    BETA整合ChIPseq和RNAseq

    软件参数及运行 对应BETA的三种功能,软件主要有三种子命令: BETA Basic: BETA Basic和BETA plus需要2个输入文件: 输入文件一,TF结合位点,即peak的位置; 输入文件二...-g 基因组,支持任何小鼠,hg38, hg19, hg18, mm10, mm9,也可使用-r指定其他基因组文件。...--bl 是否使用CTCF边界过滤基因周围的peaks,默认FALSE。 --bf CTCF保守peakBED文件,需要同时指定--bl参数且基因组不能指定为hg19和mm9。.../genome/hg19/hg19.fa \ -n AR \ -o plus_output_dir 该模块运行时间比较久。...TMPRSS2 4.plus的motif结果 相较于basic,plus功能除了生成上/下调靶标文件和靶基因相关的peak文件,还额外生成了靶基因相关motif的结果文件,存放于motifresult文件夹

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    WEB中的敏感文件泄漏

    关于他们有一些讨论, 如为什么要用hg, 为什么选hg而不是git等等, 我认为也是值得了解的....关键文件 与git类似, hg在初始化项目时, 会在项目的根目录下创建一个名为.hg的隐藏文件夹, 里面包含了代码和分支的修改记录和开发人员的相关信息....关键文件 svn同样在项目根目录下会创建一个名为.svn的隐藏文件夹, 包含了所有分支commit信息和代码记录....配置不当也是导致信息泄露的重要原因之一. .DS_Store文件泄露 .DS_Store(Desktop Services Store)是macOS目录下的隐藏文件, 包含了当前目录结构和一些的自定义信息, 如背景和图标位置等...修复建议 修改配置文件的默认路径, 同时在服务器端阻止对这些路径的访问.

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    Chip-seq上游分析流程学习(四)

    染色体位置:列出了染色体17号(chr17)上的不同区域,如p13.2、p13.1、p12、p11.2、p11.1等,这些是染色体的特定区域。...基因名称:TP53 是一个著名的基因,与癌症相关,这里列出了它在染色体17号上的位置。...基因组坐标:chr17:7,666,421-7,689,490 是基因TP53在染色体17号上的精确位置,以碱基对(base pairs)为单位。...peak分布可视化打开UCSC点击Table browser 下载不同物种所有基因的转录起始位点(TSS)区域的bed文件 选择默认参数,红色方框处要与上图一致 处理单一样本,10K上下游区域# 把上面得到的结果放进...plotProfile 命令这个命令用于生成信号的平均分布图,展示基因组区域的信号强度随位置的变化。参数解释如下:-m p300_TSS.gz: 指定输入的矩阵文件。

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    Juicer实战详解

    对于自己下载的参考基因组,首先建立bwa的索引,为了方便管理,统一将基因组序列和索引文件放在软件安装目录的references文件夹下,用法如下 cd references wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu.../goldenPath/hg19/bigZips/hg19.fa.gz gunzip hg19.fa.gz bwa index hg19.fa hg19.fa 其次建立酶切图谱,放置在restriction_sites...,可以在输出文件的基础上,生成染色体大小文件, 用法如下 awk 'BEGIN{OFS="\t"}{print $1, $NF}' hg19_HindIII.txt > hg19.chrom.sizes...fasta所在路径,在该路径下必须同时存在对应的bwa索引;-p参数指定染色体长度文件;-y指定基因组酶切图谱的路径;-d指定样本原始文件存放的路径;-D指定软件的安装路径,-t指定bwa比对使用的线程数,默认是使用全部线程...默认每份包含22.5M的reads, 当然这个可以通过-C参数调整,该参数指定拆分文件的行数,默认是90000000, 注意fastq文件4行代表一条序列,所以这个参数的值必须是4的倍数。

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