Snakemake报告错误: rulle all缺少输入文件 - 腾讯云开发者社区

这里使用snakemake 来实现一个ATAC-Seq的分析流程，同时采用Rmarkdown 来生成一个简单的分析报告。...输入导向的运行方式，需要先确定输入文件....rule all 用来确定流程最后的输出文件是哪些。...snakemake 使用all rule 来收集所有最终输出文件。...-5-conda-exe-problem 使用yaml配置安装conda环境时，自动安装的依赖包可能用不了，可以更换环境或者手动重新安装一些snakemake 错误提示，具体问题具体分析了也不排除上文代码

3.3K3 0

workflow03-用snakemake制作比对及变异查找流程

这个snakemake workflow 主要包括：mapping, sort >> index >> call variants 我们依然先使用空文件来模拟过程。..."mapped_reads/A.bam" shell: "bwa mem {input} | samtools view -Sb - > {output}" 通过bwa，将输入的...fq 文件，和提供的参考基因组作为输入，并直接通过管道符号通过samtools 转为bam。...规则中书写的是output，则all 规则将孤立，错误的输出结果： $ snakemake -np Building DAG of jobs......4.2-规则文件制备创建Snakefile文件： SAMPLES = ["A", "B", "C"] rule all: input: "results/calls/all.vcf

1.3K5 1

您找到你想要的搜索结果了吗？

是的

没有找到

Snakemake — 可重复数据分析框架

此外，Snakemake还支持并行执行和错误处理，使得大规模数据分析更高效、更可靠。...snakemake 的基本组成单位叫“规则”，即 rule；每个 rule 里面又有多个元素（input、output、run等）。工作流是根据规则定义的，这些规则定义了如何从输入文件创建输出文件。...output: "plots/quals.svg" script: "scripts/plot-quals.py" input 定义输入文件...output 定义输出文件 shell 程序运行的shell命令 script 自定义脚本注意： 1、输入或输出项之间要有逗号。...这是由于 Python 会连接后续字符串，如果没有逗号分割，可能会导致意外行为 2、如果一个规则有多个输出文件，Snakemake 会要求它们全部输出，在使用通配符的时候应避免出现完全相同的通配，否则

7701 0

使用snakemake编写生信分析流程

wildcard_constraints: s="|".join(["GSM6001951","GSM6001952"]), u="|".join(["L1","L2""L3""L4"])所以fastp_se中的输入文件只能匹配到如下结果...，虽然很长，其实就是一个判断你输入内容，然后交给fastp去执行的python脚本，所以我们需要按照作者的要求提供输入和输出文件名字，以及适当的额外参数。...reason: Missing output files，我以为是因为我的语法不标准或者错误，导致报错，但是后边的流程都执行了，这一步的输出文件也正常。.../trimmed/GSM6001951_L3.fastq.gzrule allsnakemake的rules的执行顺序是：如果rule1的输出是rule2的输入那么，他们是串联关系，如果没有这种输入和输出依赖关系...所以如果rule1的输出在之后的rule中没有用到，那么就应该写在rule all中，否则，rule1不会被执行。

8814 0

workflow01-初探snakemake

而snakemake 则是一种以输出为导向，向后回顾backward-looking 的方法，其工作流首先确定需要的输出文件类型，接下来选择适当地输入文件及软件以得到对应的输出。...所有的输入文件将会在工作流中各自独立执行。此外，snakemake 还可以与conda 搭配。...这个规则让raw 文件夹中的测序数据作为输入，经过TrimmoMcAwesome处理后，输出到awesome 中。...Snakefile 设置了output 对应的文件，否则我们在调用snakemake 的时候，需要显式地设置output 对应的文件： snakemake -np results/awesome/001...虽然我们知道通配符代表了我们将要输入输出文件的命名范式，但snakemake 并不知道对应哪些文件。

1.5K3 1

一步一步用Snakemake搭建gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程

每一个rule包含三个基本元素，分别是input、output、shell或run或script，分别表示“输入文件”、“输出文件”和“运行命令”。...configfile: "config.yaml" Snakemake读取配置文件后会将数据保存为字典，这是一个简单的示范，配置文件也可以写的复杂，比如定义每个样本所用的bed文件或不同的分析参数。...然后是定义最终需要的结果文件： rule all: input: "gatk4_mutect2_pon.vcf.gz" all是每个Snakefile文件中必有的一个rule，...，output为样本目录下clean_fq文件夹下的两个去过接头的fastq文件，shell里就是我们平常写的shell命令，只不过可以把输入文件和输出文件用input和output替代。...在这里定义了参数sample，Snakemake从rule all回溯到这里的时候就知道了sample代表的具体样本名。

3.2K4 0

沉浸式体验WGBS(上游)

-o/--output_dir ：输出文件的全路径 --samtools_path：samtools所在文件夹的全路径 --prefix：指定输出文件的前缀 --q/--fastq：输入文件为FastQ...-f/--fasta：输入文件为FastA --phred33-quals/--phred64-quals：指定FastQ文件的质量分数格式，默认为phred33 --genome：包含未修改的参考基因组和...：输出文件夹路径 --multiple：指定输入文件都作为一个样本处理，连接在一起进行重复数据删除。...对SAM文件使用Unix“cat”，对BAM文件使用“samtools cat”。所有输入文件的格式必须相同。默认情况下，标头取自要连接的第一个文件。...bedGraph 计数输出可用于生成全基因组胞嘧啶报告，该报告显示基因组中每个 CpG（可选每个胞嘧啶）的数量，报告对两条链上的胞嘧啶提供了丰富的信息，因此输出会相当大（约 4600 万个 CpG 位置或

3.2K1 0

snakemake 学习笔记4

snakemake如何连接不同的rule 我在stackoverflow中问了一个问题, 获得了答案, 对snakemake的理解也加深了一步....经验所得每一个snakemake的rule都要有input,output, 里面的内容交叉的地方, 是确定不同rule的依赖, 比如rule1的输出文件(output)b.bed, b.bim, b.fam..., 如果作为rule2的输入文件(input), 那么rule1和rule2就可以关联了. rule all是定义最后的输出文件, 比如rule2的最后输出文件是c.raw, 那么也写为c.raw即可....使用snakemake进行连接命名为: plink.smk rule all: input: "c.log","c.raw" rule bfile: input:...定义最终的输出文件, 这里fule cfile输出的是c.log和c.raw, 因此rule all中的input也写为c.log和c.raw 2, rule bfile, 这里的input是a.map

8853 0

宏转录组学习笔记（三）--通过脚本和snakemake实现自动化

您可以通过重新运行上面的脚本而不删除目录来观察此行为rnaseq/-该mkdir命令将打印错误，因为目录仍然存在，但是每个shell脚本的一个很好的补充就是使它在第一个错误时失败。...rule all: input: "trim/TARA_135_SRF_5-20_rep1_1m_1.qc.fq.gz", "trim/TARA_135_SRF_...那是因为修剪的文件已经存在！让我们修复一下： rm trim/TARA_135_SRF_5-20_rep1* 现在，当您运行时snakemake，您应该看到正在运行Trimmomatic。是的！...然后，如果snakemake再次运行，您将发现它不需要执行任何操作-所有文件都是“最新的”。添加环境在整个研讨会中，我们一直在使用conda环境。...rule all: input: "trim/TARA_135_SRF_5-20_rep1_1m_1.qc.fq.gz", "trim/TARA_135_SRF_

1.8K1 0

生信分析流程构建的几大流派

常见的几种工作模式：单个脚本就是一整个流程；多个脚本组成一个流程；封装成可以输入参数的命令行程序；封装成函数/模块/包（包含示例文件、文档和测试）。...这类语言/工具最核心的部分：定义每一个计算过程（脚本）的输入和输出，然后通过连接这些输入和输出，构成数据分析流程（图二，图三）（如 Galaxy, wdl，cromwell，nextflow，snakemake...在 snakemake 工具出现之后（使得数据分析流程支持 CWL），使用Makefile式 Rule 文件构建生物信息学分析流程的用户迅速增加。...pyflow-ATACseq 项目提供的 ATAC-seq 数据分析流程：图五 ATAC-seq Snakemake 示例流程图 snakemake 示例文件： rule targets:...这里给出一个基于配置文件的工具示例（图六）：图六 bashful 执行输出 bashful 输入文件格式及部分字段： config: show-failure-report: false

2.4K4 1

生信分析流程构建的几大流派

常见的几种工作模式：单个脚本就是一整个流程多个脚本组成一个流程封装成可以输入参数的命令行程序封装成函数/模块/包（包含示例文件、文档和测试）前两种（1和2）是大多数生物信息学初学者（不具备封装和打包能力...这类语言/工具最核心的部分：定义每一个计算过程（脚本）的输入和输出，然后通过连接这些输入和输出，构成数据分析流程（图二，图三）（如Galaxy, wdl，cromwell，nextflow，snakemake...在snakemake工具出现之后（使得数据分析流程支持CWL），使用Makefile式Rule文件构建生物信息学分析流程的用户迅速增加。...图五 ATAC-seq Snakemake示例流程图 snakemake示例文件： rule targets: input: "plots/dataset1.pdf",...图六 bashful执行输出 bashful 输入文件格式及部分字段： config: show-failure-report: false show-summary-errors: true

4.8K6 1

「Workshop」第七期：Snakemake 介绍

安装推荐使用conda创建python3环境安装 ❝conda install -c bioconda snakemake ❞ 命令与规则组成规则 rule test: input:...组成，每一个rule执行一个任务，通过不同的rule串联完成流程，snakemake还支持断点重启。...rule all 一个特殊的rule，只有输入文件，为最后的要输出的结果文件，如果一个snakemake中存在多个rule需要加上这个rule否则只会输出第一个rule的结果 params 指定运行程序的参数...，或者对某些中间文件并不关心，可以使用temp 删除指定的中间文件 rule test: input: "test.py" output: temp(...(-cwd), 投递到指定的队列(-q) # --j N: 在每个集群中最多并行N核 ❞ Reference [1] snakemake文档: https://snakemake.readthedocs.io

2.2K3 0

workflow05-snakemake的进阶操作一

2-配置文件我们可以在snakemake中，将使用的通配符或文件信息，写到config 文件中，并通过config访问： samples: A: data/samples/A.fastq...bai=expand("sorted_reads/{sample}.bam.bai", sample=config["samples"]) output: "calls/all.vcf...3-输入区块引入函数比如我们的配置文件如上： samples: A: data/samples/A.fastq B: data/samples/B.fastq 我们就可以通过函数去访问它们...4-日志文件在shell 工作流中，我们会通过重定向，以将输出保存到文件中。snakemake 同样提供了选项。...而被protected 的文件，无论snakemake 流程如何执行（--forceall），文件始终不会被删除或覆写。

9743 1

workflow04-用snakemake处理复杂命名

接下来，可以使用文件中的sample 列作为文件通配使用的名称。可是，该如何操作呢？....fastq.gz' 2-制定snakemake规则通过python 数据框的选择，我们可以通过指定索引列来对如文件的地址进行选择。...-np results/awesome/s00{1..2}_R{1,2}.fq 可以看到，现在snakemake 就通过s001 找到其在csv 文件中，对应的fq1 文件的位置了： [Fri May...这种做法有两点好处：当输入或输出文件较多时，通过命名，我们可以将它们进行分类；便于使用unpack() 函数，这个函数允许我们设计用于命名规则的函数； 4-使用字典和变量传递上面的步骤提示我们，snakemake...Homo_sapiens_assembly38.fasta" BED = "/home/shpc_100529/3-data/human/ref/hg38_agilent_exon_50.bed" rule all

1.2K2 0

snakemake杂记：多个转录组比对到多个基因组得到多个bam文件然后合并

我的需求是：我有10个基因组，然后又12个转录组数据，然后将这个12个基因组数据分别比对到这个10个基因组，每个基因组得到12个bam文件，然后将每个基因组的12个bam文件合并，最终得到10个合并的...bam文件前面比对的步骤没有遇到问题 SAMPLES, = glob_wildcards("../.....SAMPLES) print("Total genome size: ",len(GENOMES)) print("Total sample size: ",len(SAMPLES)) rule all...samtools merge -@ {threads} {output} {input.bams} """ 这个是可以正常运行的推文记录的是自己的学习笔记，内容可能会存在错误...，请大家批判着看，欢迎大家指出其中的错误欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学

2961 0

单细胞drop-seq数据的分析流程以及debug过程

该流程github地址为：https://github.com/aselewa/dropseqRunner 分析流程： dropseqRunner使用Python和Snakemake封装了drop-seq...的分析流程，Snakemake drop文件包含的rule模块包括： fastqc umi_create_whitelist whitelist_for_solo align index_bam collect_rna_metrics...，github的官方作者介绍为{}.R1.fastq.gz 格式，但这个名称格式实际上是错误的，在官方作者的Snakefile_drop.smk文件里，可以查到{samples}_R1.fastq.gz...的代码，也就是说Snakefile文件里能输入的是"_R1"而不是".R1"的文件，如果按照作者的".R1"去命名则不会得到分析结果，所以需要对样本名进行修改： python ~/soft/dropseqRunner-master...笔者发现有些样本的R1文件为20bp，则不会报此错误。

2.2K2 0

跟着Bioinformatics学数据分析:StainedGlass可视化展示基因组水平上的tandem repeat

pandas - numpy - numba - cooler - minimap2==2.18 - bedtools - samtools>=1.9 - pysam - snakemake...- r-glue - r::r-rcolorbrewer - r::r-scales - r::r-ggplot2 - r-r.utils 把依赖的软件和R包都安装一下运行命令 snakemake...stainedGlass/chr8_cen.fasta --cores 8 make_figures -pn 会展示出这个流程每一步具体执行的命令，然后我们分别执行其中的命令看看每一步具体做了什么事首先是对输入数据进行索引...samtools faidx chr1.fa bedtools利用fai文件生成bed文件 ## -s 参数可以设置滑窗 -w设置的是步长 bedtools makewindows -g chr1....full.bed.gz --threads 8 --prefix abc 输出的部分结果 image.png image.png 这个是论文中提供的图 image.png 推文记录的是自己的学习笔记，很可能存在错误

6343 0

评估 beagle 基因型填充的准确率

最简单的一个思路，只保留vcf文件中不包含任何缺失数据的位点。然后随机把某些样本的部分位点替换成缺失，用beagle做基因型填充，比较填充后和填充前的一致性。...-keep ../332.samples \ --max-missing 1 \ --min-alleles 2 \ --max-alleles 2 \ --recode --recode-INFO-all...] fw.write("%d\t%d\t%s\t%s\n"%(row,col,trueGT,imputeGT)) fw.close() 三个参数输入填充后的...vcf文件上一步输出的三列真实基因型数据，输出数据输出数据的内容 image.png 第三类是真实基因型，第四列是填充后的基因型统计错误率 library(tidyverse) read_tsv...X5 == X6 ~ "TRUE", TRUE ~ "FALSE" )) %>% pull(X7) %>% table() -> x x x[1]/sum(x) 可以用snakemake

3901 0

RPA机器人流程自动化开启高效办公潮流

然而，每个新项目仅一个计划就需要500组数据，而500组数据的输入在一周时间内仅仅依靠人工难以实现。其次，人工输入，错误频发。由于庞大的数据、人自身的特点，人为因素所造成的简单错误难以避免。...再加上缺少技术难度，直接造成了岗位报酬难以提升以及员工上升通道被堵塞的尴尬局面。因此，岗位招聘困难是目前行业一直存在的问题。...人工从excel文件中随机手动数据录入的传统模式很容易带来潜在风险，而使用报告自动生成系统，就可以减少手工录入数据的需要。...RPA机器人实施流程示例：（1）用户将测试报告书等文件存放到指定路径；（2）RPA系统获取路径中的所有excel文件（待处理报告书）；（3）登录开发平台；（4）RPA自动分析，如果存在一个V计划数据...，则创建相应文件；（5）将测试报告数据录入到系统中；（6）将数据处理结果发送到指定邮箱，帮助相关部门使用报告结果来进行后续处理。

8021 0

使用Android Lint检查代码缺陷

下面是它查找的错误类型的一些示例：缺少转换（和未使用的转换）布局性能问题（旧布局工具用于查找的所有问题等）未使用的资源数组大小不一致（在多个配置中定义数组时）可访问性和国际化问题（硬编码字符串...、缺少内容描述等）图标问题（如密度丢失、图标重复、大小错误等）可用性问题（如未在文本字段上指定输入类型）明显错误它可帮助您发现并纠正代码结构质量的问题，而无需实际执行该应用，也不必编写测试用例。...Lint 工具可检查您的 Android 项目源文件是否包含潜在错误，以及在正确性、安全性、性能、易用性、便利性和国际化方面是否需要优化改进。.../gradlew lintDebug 执行完毕后，输入的内容如下： ?...image.png 查看报告报告位于：app/build/reports/lint-results.html 它可能长这样： ?

1.2K0 0

点击加载更多

扫码

添加站长进交流群

领取专属 10元无门槛券

手把手带您无忧上云

Snakemake+RMarkdown定制你的分析流程和报告

workflow03-用snakemake制作比对及变异查找流程

Snakemake — 可重复数据分析框架

使用snakemake编写生信分析流程

workflow01-初探snakemake

一步一步用Snakemake搭建gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程

沉浸式体验WGBS(上游)

snakemake 学习笔记4

宏转录组学习笔记（三）--通过脚本和snakemake实现自动化

生信分析流程构建的几大流派

生信分析流程构建的几大流派

「Workshop」第七期：Snakemake 介绍

workflow05-snakemake的进阶操作一

workflow04-用snakemake处理复杂命名

snakemake杂记：多个转录组比对到多个基因组得到多个bam文件然后合并

单细胞drop-seq数据的分析流程以及debug过程

跟着Bioinformatics学数据分析:StainedGlass可视化展示基因组水平上的tandem repeat

评估 beagle 基因型填充的准确率

RPA机器人流程自动化开启高效办公潮流

使用Android Lint检查代码缺陷

扫码

相关资讯

热门标签

活动推荐

运营活动

社区

活动

资源

关于

腾讯云开发者

热门产品

热门推荐

更多推荐