而snakemake 则是一种以输出为导向，向后回顾backward-looking 的方法，其工作流首先确定需要的输出文件类型，接下来选择适当地输入文件及软件以得到对应的输出。...snakemake 的工作流可以简单概括为：1）首先定义一些规则；2）设置需要的输出类型，snakemake 将会判断需要何种软件或流程以获得对应的输出类型。...所有的输入文件将会在工作流中各自独立执行。 此外，snakemake 还可以与conda 搭配。...这个规则让raw 文件夹中的测序数据作为输入，经过TrimmoMcAwesome处理后，输出到awesome 中。...虽然我们知道通配符代表了我们将要输入输出文件的命名范式，但snakemake 并不知道对应哪些文件。
本期内容主要以整理Snakemake的简单介绍[1]视频为主。 1啥是Snakemake Snakemake 是一个基于Python3的用于构建和管理数据分析工作流程的免费工具。...每个规则定义了一个任务，规定了输入、输出以及执行任务所需的命令。Snakemake 可以根据这些规则自动解析依赖关系，确保任务按照正确的顺序执行，以及仅在需要时执行，从而最大程度地提高效率。...，输入输出和要运行的命令。...接下来，把ds1作为匹配项插入input中，即想要生成ds1_plot.pdf，需要ds1.csv，而ds1.csv已经存在于工作目录下了。...而工作目录下并没有这个文件，它就会继续往下匹配新的规则。接下来，程序发现只要将{csvdata}匹配为ds1就可以实现rule plot中所需的输入文件ds1_filtered.csv。
Date : [[2022-05-27_Fri]] Tags : #工作流/snakemake 参考： Basics: An example workflow — Snakemake 7.8.0 documentation...fq 文件，和提供的参考基因组作为输入， 并直接通过管道符号通过samtools 转为bam。...-np mapped_reads/{A..C}.bam 增加新的功能，也就是增加新的规则： rule bwa_map: input: "data/genome.fa",...3-编写target规则 默认情况下，snakemake 会将工作流中的第一个rule 作为target，也就是将该条rule 下的output 作为snakemake 的默认输出。...这里额外补充一点，除了工作流外，环境配置，也是可重复任务重要的一环。这里我也将我的conda 环境进行打包，可以直接通过我的配置文件下载相关的软件，使用conda “复刻”我的环境。
工欲善其事必先利其器 1Snakemake Snakemake是一款流行的生物信息学工作流管理系统，由Johannes Köster及其团队开发。...Snakemake的设计灵感来自于Makefile，但它是专门为生物信息学和数据密集型科学工作流设计的，使用Python语言进行工作流的定义，这使得它在生物信息学社区中特别受欢迎。...Snakemake的主要优势包括： 易于使用和学习：Snakemake使用简单的、基于Python的语法来定义工作流，这使得它对于具有Python基础的科学家来说非常容易上手。...-n snakemake snakemake ## 检查 mamba activate snakemake snakemake --help 安装完成 4功能简述 Snakemake是一个工作流管理系统...snakemake 的基本组成单位叫“规则”，即 rule；每个 rule 里面又有多个元素（input、output、run等）。工作流是根据规则定义的，这些规则定义了如何从输入文件创建输出文件。
Make是最常用的软件编译器，作为一个1977年诞生的工具，其存在的年代确实有点久远了，但是其依然在科学计算流程管理文件转化中焕发了新生。...，不然就只能直接输入文件名进行匹配； 尽管Make能够使用简单的Shell脚本，却难以实现更加复杂的逻辑。...）的基础上扩展了断点重入、平行化处理、文件名管理等功能，突破了Make的限制，使得他们的使用更加灵活且可控。...-np {A,B,C}.bam 就可以依次比对带有A、B、C的A_{1,2}.fq、B_{1,2}.fq、C_{1,2}.fq，这样是不是很方便呢？...小编认为： 如果是完全湿实验且没有时间去学习编程语言的生物研究者，那么我建议可以使用Galaxy这类纯图形界面操作的框架，在完成分析的逻辑构建后就可以高效地进行分析了； 如果实验室要的是概念证明类的工作
流程 Snakemake简介 Snakemake是一个工作流引擎系统，提供了基于Python的可读性流程定义语言,可重现,可扩展的数据分析的工具和强大的执行环境，无需流程更改就可从单核环境迁移到集群，云服务环境上运行...snakemake workflow 由一系列的rules 组成，每个rule为一个分析步骤，用于执行特定的功能。snakemake 流程是以输出为导向的。...输出为导向 是相对于输出导向的流程，我们平常在linux 写的shell 脚本是以输入为导向的。...，需要先确定输入文件....se,如果是单端的，我们使用se 作为key值 然后编写代码进行文件的更名， 创建Snakefile 文件，snakemake默认运行该文件的内容 touch workflow/Snakefile #
Date : [[2022-05-22_Sun]] Tags : #工作流/snakemake 参考： Chapter 14 Managing Workflows with Snakemake | Practical...接下来，可以使用文件中的sample 列作为文件通配使用的名称。 可是，该如何操作呢？...1-pandas 类似于R 中的data.frame，python 中的pandas 也提供了一套处理数据框的操作。而同样是基于python 框架的snakemake，可以帮助我们很好的将二者融合。.../samples.csv").set_index("sample", drop=False) samples_table 我们可以通过sample 列中的内容作为索引，来访问其他列中的内容。...这种做法有两点好处： 当输入或输出文件较多时，通过命名，我们可以将它们进行分类； 便于使用unpack() 函数，这个函数允许我们设计用于命名规则的函数； 4-使用字典和变量传递 上面的步骤提示我们，snakemake
.pdf 08-TCGA数据库的各个癌症甲基化芯片数据重新分析.pdf 09-TCGA数据库的癌症甲基化芯片数据重分析.pdf 10-TCGA数据辅助甲基化区域的功能研究.pdf 11-按基因在染色体上的顺序画差异甲基化热图...作为一种高性价比的甲基化研究方法，简化甲基化测序在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。...python=3的软件作为依赖 conda create -y -n snakemake python=3 # 查看当前conda环境 conda info --e # 激活 conda activate...：输出文件夹路径 --multiple：指定输入文件都作为一个样本处理，连接在一起进行重复数据删除。...所有输入文件的格式必须相同。默认情况下，标头取自要连接的第一个文件。
图一 高通量测序数据分析项目重现性的要点 其中，使用统一的管道（pipeline）、工作流程（workflow）就是其中最重要的一环。...常见的几种工作模式： 单个脚本就是一整个流程； 多个脚本组成一个流程； 封装成可以输入参数的命令行程序； 封装成函数/模块/包（包含示例文件、文档和测试）。...这里使用 htslib.org 所给WGS/WES Mapping to Variant Calls (v1.0)作为工作模式1，2的示例（已略去注释）： # mapping bwa index 的部分：定义每一个计算过程（脚本）的输入和输出，然后通过连接这些输入和输出，构成数据分析流程（图二，图三）（如 Galaxy, wdl，cromwell，nextflow，snakemake...使用和开发这类工具的主要原因： 程序每一步的输入输出参数一目了然； 有图形化流程设计器的支持； 自带日志和运行状态监控功能； ......
图一 高通量测序数据分析项目重现性的要点 其中，使用统一的管道（pipeline）、工作流程（workflow）就是其中最重要的一环。...常见的几种工作模式： 单个脚本就是一整个流程 多个脚本组成一个流程 封装成可以输入参数的命令行程序 封装成函数/模块/包（包含示例文件、文档和测试） 前两种（1和2）是大多数生物信息学初学者（不具备封装和打包能力...这里使用htslib.org所给WGS/WES Mapping to Variant Calls (v1.0)作为工作模式1，2的示例（已略去注释）： # mapping bwa index 的部分：定义每一个计算过程（脚本）的输入和输出，然后通过连接这些输入和输出，构成数据分析流程（图二，图三）（如Galaxy, wdl，cromwell，nextflow，snakemake...使用和开发这类工具的主要原因： 程序每一步的输入输出参数一目了然 有图形化流程设计器的支持 自带日志和运行状态监控功能 ......
二、setdefault 基本功能 setdefault方法的基本功能是：在字典中查找指定的键，如果该键存在，则返回其对应的值；如果该键不存在，则在字典中插入该键，并将其值设置为指定的默认值，然后返回这个默认值...工作原理 查找键：首先，setdefault方法会在字典中查找指定的key。 存在性检查： 如果key存在，则直接返回该key对应的值。 如果key不存在，则执行下一步。...避免KeyError：在尝试访问不存在的键时，setdefault方法不会引发KeyError异常，而是优雅地处理这种情况。...defaultdict defaultdict是collections模块中的一个工厂函数，用于构建具有默认值的字典。它接受一个工厂函数作为参数，如list、set、str、int等。...当访问字典中不存在的键时，defaultdict会自动为该键创建一个条目，并将工厂函数的返回值作为该键的值。 特点 需要从collections模块导入。
好消息是 Python 还提供了处理异常的方法。 考虑下面的代码，它要求用户输入一个数字并打印该数字的平方。...a = int(input("Please enter a number: "))print(f'{a} squared is {a*a}') 只要输入是一个数字，它就可以正常工作。...例如，我们可以向用户返回一个更简单的错误消息，或者请求他们提供另一个输入。...，我们将得到一个 KeyError。...assert 用于确保条件符合函数的需求。 如果 assert 为 false，则函数不会继续。因此，assert 可以作为防御性编程的一个例子，确保一切都按照预期进行。
---- -多年互联网运维工作经验，曾负责过大规模集群架构自动化运维管理工作。 -擅长Web集群架构与自动化运维，曾负责国内某大型金融公司运维工作。 -devops项目经理兼DBA。...-开发过一套自动化运维平台（功能如下）： 1)整合了各个公有云API，自主创建云主机。 2)ELK自动化收集日志功能。 3)Saltstack自动化运维统一配置管理工具。...int类型不可迭代 for i in 3: pass #ValueError num=input(">>: ") #输入hello int(num) #NameError aaa #IndexError...常用异常 AttributeError 试图访问一个对象没有的树形，比如foo.x，但是foo没有属性x IOError 输入/输出异常；基本上是无法打开文件 ImportError 无法引入模块或包...；基本上是路径问题或名称错误 IndentationError 语法错误（的子类） ；代码没有正确对齐 IndexError 下标索引超出序列边界，比如当x只有三个元素，却试图访问x[5] KeyError
> 异常简单理解，就是非正常，没有达到预期目标。 > 异常是一个事件，并且这个异常事件在我们程序员的运行过程中出现，会影响我们程序正常执行。 异常分两种： 1....IndexError as e: print('IndexError',e) except KeyError as e: print('KeyError',e) except ValueError...通常情况下用于执行一些清理工作。 s1 = 'hello' try: int(s1) print('如果前面的代码引发了异常，这个代码块将不在继续执行。。')... | 解释器请求退出 | | KeyboardInterrupt | 用户中断执行(通常是输入...IOError | 输入/输出操作失败 | | OSError |
引言在当今数字化营销时代，广告效果评估是衡量广告投放成功与否的重要手段。Pandas作为Python中强大的数据分析库，在处理广告数据时具有独特的优势。...(df['clicks'], errors='coerce') # 非法值转换为NaN三、常见报错及应对策略错误1：KeyError当尝试访问不存在的列名时会触发此错误。...try: print(df['non_existent_column'])except KeyError as e: print(f"列'{e.args[0]}'不存在，请检查输入")错误2...'column'] = value错误3：ValueError如果遇到无法解析的时间字符串或其他不符合预期的数据格式，可能会抛出此类异常。...结语通过对上述内容的学习，相信读者已经掌握了利用Pandas进行广告效果评估的基本方法。实际工作中还会遇到更多复杂的问题，这就需要我们不断积累经验，灵活运用所学知识解决问题。
重要的是要注意，GeneratorExit应该只用于生成器的清理工作，而不应该用于控制生成器的正常逻辑流程。...，如果我们运行上面的实际代码（即带有注释的代码），那么运行结果将是： 0.0 执行finally块中的代码 捕获到FloatingPointError异常: 模拟检测到一个非法的浮点值（NaN）...案例 # 定义一个变量，其值不等于预期的值 value = 5 # 使用断言来检查变量的值是否等于10 # 如果value的值不等于10，这将触发AssertionError异常...存在循环导入，即两个或多个模块相互导入对方，但在导入完成之前就尝试使用对方的功能。 尝试从模块中导入一个不存在的属性或函数。...# 预期的运行结果： # 捕获到KeyError异常： 'address' # 捕获到IndexError异常： list index out of range try: 块用于尝试执行可能引发异常的代码
> 异常简单理解，就是非正常，没有达到预期目标。 > 异常是一个事件，并且这个异常事件在我们程序员的运行过程中出现，会影响我们程序正常执行。 异常分两种： 1....IndexError as e: print('IndexError',e) except KeyError as e: print('KeyError',e) except ValueError...通常情况下用于执行一些清理工作。 s1 = 'hello' try: int(s1) print('如果前面的代码引发了异常，这个代码块将不在继续执行。。')...| 解释器请求退出 | | KeyboardInterrupt | 用户中断执行(通常是输入...IOError | 输入/输出操作失败 | | OSError |
实际工作中需要用到的条件分支数目可能难以想象，扩展if语句的分支需要用到elif句式。elif是“else if”的缩写，即“下一条件是否成立？” 使用elif有简洁、减少过分缩排的效果。...if-elif-else语句相对于if-else语句优势明显，可以实现更为复杂的功能。使用if-elif-else语句实现年龄段的判断，如代码清单③所示。...使用嵌套对条件语句的功能有升华作用，这与elif是相似的，elif将有限的条件分支扩展，嵌套则提供了建立多层选择结构的工具，两者分别在不同的维度上提升了if语句的功能性。...语法错误的出现表明程序在结构上出现了问题，可以在程序执行前加以纠正。逻辑错误可能是缺少输入或输入不正确，某些情况下，也可能是根据输入无法生成预期的结果。逻辑错误难以预防，必须使用异常处理程序来应对。...这一异常准确地说应属于KeyError，但由于KeyError是LookupError的子类，且在代码清单⑥中将LookupError置于KeyError之前，因此程序优先执行该except代码块。
KeyError异常 # 这行代码将捕获异常并打印错误信息 print("捕获到KeyError异常：", e) # 预期的运行结果： # 捕获到KeyError异常...运行结果 由于实际运行结果取决于你的系统配置和 Python 解释器的实现，所以结果是不固定的，下面是预期会产生的几种运行情况 预期运行结果： 代码运行得非常慢，因为列表正在不断增长并占用大量内存。...# 然后捕获到RecursionError（作为RuntimeError的子类），并打印出错误信息， # 例如：“Caught a RuntimeError (or subclass): maximum...NotImplementedError 异常是告诉调用者：“这个功能或方法还没有被实现，所以你不能使用它。” 它是一个信号，表明代码还不完整，或者某个功能还在开发中。...大多数现代代码编辑器都提供了将制表符转换为空格或将空格转换为制表符的功能，以帮助你保持缩进方式的一致性。
定义数据中可以预期的极值。帮助计算机科学家将这种直觉转化为带有警告的单元测试(当测试一小部分代码时)。...生物学家方面的所有要求都必须带有示例或测试数据，这意味着给定输入的预期输出。这不需要是正式的；虽然这是理想的，但作为对照，您可以只提供您期望在输出中看到的基因列表和您从未期望在输出中看到的基因列表。...计算机科学家将把这些例子变成可以重复运行的测试。这将确保即使在多次修改代码之后，特定的输入文件仍将生成特定的输出文件。...更糟糕的是，当他们使用这一栏将所有带有DNA的样本列入候选名单时，他们将错过这些特殊的行。...另一种选择是让您的代码与多个中央处理单元(CPU)一起工作，但我不建议将此作为第一个措施，因为如果做得不好，可能会损害结果的完整性。
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