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    癌症起源和治疗中的细胞死亡

    他们还研究了癌症背景下的细胞凋亡和坏死,指出长期以来人们一直认为细胞死亡是恶性肿瘤的特征。他们写道:“在迅速生长的肿瘤中,凋亡小体和有丝分裂体均会很多,两者的平衡决定了扩大的比例。”...在此途径中,BAX和/或BAK的激活使这些凋亡效应分子能够进入线粒体外膜(MOMP [线粒体外膜渗透])。这会导致细胞色素c释放到细胞质中,并与APAF-1结合并触发凋亡小体的形成。...在所谓的1型细胞(主要是淋巴细胞)中,活跃的caspase-8 可以引起效应caspase特别是caspase-3和-7的充分活化,从而在缺乏BAX和BAK的情况下有效杀死细胞。...也许这样的药物能够通过激活两种凋亡途径,与BH3模拟药物协同杀死癌细胞。 非凋亡程序性细胞死亡途径在肿瘤发展和抗癌治疗中的作用 自噬在癌症中的作用仍在争论中。...有报道表明,肿瘤微环境中的细胞坏死性增生(而不是新生赘生性细胞的坏死性增生)通过调节针对恶性细胞的宿主免疫应答而促进胰腺癌和肝癌的发展和进展。

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    单细胞RNA-seq的设计和方法(一)

    scRNA-seq :它测定的是细胞分群中每个基因的表达量分布。对细胞异质性、细胞亚群细化、稀有细胞类型鉴定、细胞种群动态等研究很有帮助。...而scRNA-seq方法,每个细胞,一般能测到200-10000个转录本,即可以观察到10-50%的转录本,而且每个细胞中很多转录本的计数为零。...development-3.png 随机基因表达 比如以下这些情况的研究: 基因的表达是异质和“突发” 基因在“开启”和“关闭”启动子状态之间波动 一个基因的随机表达可以在下游基因中产生更多的随机性...stochastic gene expression.png 同时有一个问题需要注意的是,如果较低的mRNA捕获率,则会使scRNA-seq难以得出关于单细胞水平表达的明确结论,所以细胞数量和测序深度对于了解罕见基因表达表型至关重要...如果要让我们的样本中至少有5种细胞具有95%的置信度,那么我们总共需要对至少619个细胞进行采样。 单细胞RNA-seq测序平台概述 单细胞方法的比较 ?

    1.1K10

    文献分享 —— 单细胞和单核RNA测序中细胞类型分布的比较

    本周推文是对一篇单细胞和单核RNA测序中细胞类型分布的比较的文献进行解读,本来想拿这篇文献的数据去做个复现,然后发现文章中最后写着【由于机构的规定,本研究的个人级测序和详细临床数据不能上传到公共存储库域...)是一种用于估计新鲜组织中单个细胞的细胞组成和转录谱的有效技术。...snRNA-seq中结肠上皮细胞和肝脏肝细胞比例较高,scRNA-seq中免疫细胞比例较高。这种差异可能是由于scRNAseq过程中细胞质内容物的破坏导致粘附基因表达分数的变化。...我们使用先前在文献中定义的标记基因鉴定了7种细胞类型: 肝细胞、胆管细胞、星状细胞和免疫细胞 (图2f、图2g)。肝细胞在两个平台上的模块评分均高于T/NK细胞 (图2e,左、中)。...结肠组织上皮细胞转录差异明显 实体瘤中细胞比例的差异可能与黏附结构的特点和分离过程中的凋亡应激有关。

    1.4K20

    单细胞测序—比较两个Seurat分析结果中细胞簇和细胞类型的对应关系

    单细胞测序—比较两个Seurat分析结果中细胞簇和细胞类型的对应关系如果一个数据集我们采用了两种方法对其进行了分析,可采用如下方法比较两个Seurat分析结果中细胞簇和细胞类型的对应关系。...分析结果1采用标准流程得到的Seurat对象load(file = 'phe-by-basic-seurat.Rdata')phe_basic=phe分析结果2将矩阵中,表达量非0则定为1(没有背后的生物学意义...这一步通常用来确保这两个数据框中的细胞是一一对应的,便于后续比较。..._0_1 中细胞簇(seurat_clusters)的对应关系。...然后使用 balloonplot 函数可视化这个交叉表,显示两个分析结果之间的细胞簇对应关系。气球的大小表示在特定的簇组合中,细胞的数量。

    20810

    单细胞和空间测序确定了牛皮癣中角质形成细胞和成纤维细胞放大炎症反应的过程

    图片同时也表征了空间数据,这里的空间数据经过了过滤,注释采用了Seurat 的方法进行单细胞空间的联合分析图片图片图片内容2、牛皮癣皮肤中不同的角质细胞分化状态反映了牛皮癣中不同的细胞因子反应上述PP中单独存在的群将是研究的一个重点...结果表明,角质形成细胞有最多的免疫细胞邻居(T细胞和骨髓细胞),成纤维细胞分布在许多其他细胞类型中,内皮细胞与免疫细胞相邻。...图片因此,通过整合scRNA-seq数据、上游调节因子分析、配体受体结果和不同细胞类型的空间位置,能够创建一个模型,突出成纤维细胞在牛皮癣皮肤中的作用。...在牛皮癣中,SFRP2+成纤维细胞从纤维化状态转变为炎症状态。这些成纤维细胞表达CCL13和CCL19,能够招募相关的趋化因子受体表达细胞:CCR2+髓细胞和CCR7+ LAMP3+ cDC2A。...在表皮中,由Tc17分泌的IL-17诱导炎症,并被supraspinous layer内的IL-36环进一步放大,触发释放可招募CCR6+ Tc17的CCL20以及可招募中性粒细胞的CXCL1和cxcl8

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    MySQL中char、varchar和text的设计

    首先普及几个常识: 1、char(n)和varchar(n)中括号中n代表字符的个数,并不代表字节个数,所以当使用了中文的时候(UTF8)意味着可以插入m个中文,但是实际会占用m*3个字节。...2、同时char和varchar最大的区别就在于char不管实际value都会占用n个字符的空间,而varchar只会占用实际字符应该占用的空间+1,并且实际空间+1和varchar的n设置后,字符串会被截断。 4、char的上限为255字节,varchar的上限65535字节,text的上限为65535。...5、char在存储的时候会截断尾部的空格,varchar和text不会。 6、varchar会使用1-3个字节来存储长度,text不会。 下图可以非常明显的看到结果: ?...所以我们认为当超过255的长度之后,使用varchar和text没有本质区别,只需要考虑一下两个类型的特性即可。

    2.1K10

    服务设计中的关键点和方法

    :) 今天我们不讨论你已经知道的那些形式和套路,我们只从服务设计的本质出发,提炼3个关键点和1种呈现和测试的方法来谈一谈。希望可以帮到你应用到实际的工作中。 ?...具体设计过程可以查看文章 《浩瀚星辰,征战远航 ——腾讯国际业务部年会创意策划和方案设计》。 本文将结合本案例来谈一谈服务设计中的3个关键点和1种呈现和测试的方法。 02 服务设计的3个关键点 ?...团队是服务设计中第一关键点。这里包含两个点:「组建跨职能的团队」和「邀请客户(需求方)参与」。 ? 通常我们团队要包含设计师、开发人员、支持人员、商务人员等。...这样的合作是真诚和愉快的。团队不同角色之间的专业度得到最大发挥,彼此具有深刻的认同感。也有利于日后的再次合作。 ? 工具是服务设计中第一关键点。...它包括:用户在这个场景中的触点、行为、痛点、爽点、以及感受和想法。 可以看到用户体验地图是以用户视角进行绘制的,这样做的好处是让设计者(或者说服务提供者)拥有用户的同理心,设身处地,感同身受。

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    JavaScript 中的位运算和权限设计

    位运算在权限系统中的使用 传统的权限系统里,存在很多关联关系,如用户和权限的关联,用户和角色的关联。系统越大,关联关系越多,越难以维护。而引入位运算,可以巧妙的解决该问题。...) 如果用户权限和权限码,全部使用二级制数字表示,再结合上面 AND 和 OR的例子,分析位运算的特点,不难发现: | 可以用来赋予权限 & 可以用来校验权限 为了讲的更明白,这里用 Linux 中的实例分析下...局限性和解决办法 前面我们回顾了 JavaScript 中的 Number 和位运算,并且了解了基于位运算的权限系统原理和 Linux 文件系统权限的实例。...适用场景和问题 如果按照当前使用最广泛的 RBAC 模型设计权限系统,那么一般会有这么几个实体:应用,权限,角色,用户。...角色权限设计的100种解法 权限系统与RBAC模型概述 权限设计及算法 基于角色的访问控制

    1.2K10

    视频中奇怪数字和设计的起源

    来源:Demuxed 2021 主讲人:Yuriy Reznik 内容整理:王珅 在这次演讲中,主讲人回顾了一些在现代视频和媒体系统中存在的看起来很奇怪的数字和设计,并进一步解释它们是如何和因为什么原因被衍生出来的...,并试图理解为什么在现代视频和媒体系统中存在的看起来很奇怪的数字和设计,同时他们背后的原因是什么,他们是如何产生的。...每秒 25 帧来自非常早期的欧洲电视接收机的最初设计。他们试图使用交流电,在欧洲,交流电是 50 赫兹,并试图把它作为一个时钟来同步系统中的一切。...这一设计来自 1953 年和 NTSC 标准小组和委员会的工作,他们的目的是在已经分配给黑白电视的频段上传输色度,因此他们不得不做出多种限制,其中之一是降低帧率。...如果你使用小素数是作为数字的基础,那么就会产生相对较小的分数,当转换系数和分数都很小,这意味着多相组成中不同阶段的数量,硬件实现中的状态数量变小,需要存储在过滤器中的记忆量变小。

    75420

    单细胞 + ATAC + 突变 + 空间揭示了肝母细胞瘤中克隆进化和细胞可塑性的相互作用

    我们学习生信需要掌握两点:1、生信的分析方法2、课题的思路设计今日参考文章Single-cell multiomics reveals the interplay of clonal evolution...4、细胞状态转变背后的基因调控网络的渐进式激活TF沿LP-H分化轴的激活时间(转录因子联合轨迹分析)结果5、bulk RNA-seq数据中HB细胞状态的反卷积结果6、在单细胞数据中绘制遗传亚克隆肿瘤的进展涉及连续几轮的克隆扩增...这些亚克隆可以通过遗传改变——拷贝数改变(CNAs)和突变——从共同的祖先细胞遗传来追踪。为了在单细胞尺度上重建克隆结构,首先利用了匹配WGS数据中鉴定的高质量体细胞突变。...整合突变和CNAs,可以重建该患者的进化树,并识别属于每个亚克隆的细胞。我们使用相同的策略来重建每个HB的单细胞克隆结构,并比较遗传亚克隆的表型特征。...单细胞测序数据提供了体细胞改变的途径,包括拷贝数改变和突变。在单细胞水平上发现了HB的关键遗传改变,如11p15.5位点的CTNNB1突变和CN-LOH。

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    scRNA分析|单细胞文献Fig1中的分组umap图和细胞比例柱形图

    Fig1一般会有细胞类型的全局umap图,分样本 和 分组的umap图 ,以及分样本 和 分组的细胞类型比例柱形图。...一 调整umap图 读取scRNA分析|Marker gene 可视化 以及 细胞亚群注释--你是如何人工注释的?...注:group.by 选择metadata中的某列 即可以进行展示了 。当然可以添加你想展示的各种score,表达量,时序结果等等。...p1 / (p2 + p3) 二 细胞比例柱形图 绘制细胞比例柱形图的话,只需要根据metadata中的样本(分组)和细胞类型(cluster) ,table后获得长数据,然后ggplot2绘制即可...pathwork的拼图规则: (1)+ 运算符进行图形拼接(并不提供任何布局信息,并列) (2)|:图形并列放置,即按行排列 (3) /:图形竖直堆叠,即按列排列 (4)plot_layout中的widths

    7.1K44

    单细胞和空间分析揭示在结直肠癌中FAP+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞的相互作用

    最近的研究发现,间质细胞和髓系细胞可能形成肿瘤生长和转移的肿瘤微环境,从而成为潜在的治疗靶点。...间充质干细胞(mesenchymal stem cells)是一种具有多能性和自我更新能力的细胞类型,可以分化为多种细胞类型。在该文件中,研究人员将间充质干细胞的一个亚群体标记为FAP+成纤维细胞。...,利用CIBERSORTx网站预测TCGA和GEO的bluk RNA数据集,得bulk RNA样本中细胞类型的占比,并做相关性分析。...的表达量,分成四组,查看这四组中的突变信息; e: 这四组中,淋系细胞的浸润比例; f/g/h: 用IMvigor210数据集,该数据集是PD-1治疗的数据集,查看FAP高(f), SPP1高 (g)和...这种相互作用可能由chemerin、TGF-β和白细胞介素-1调控,这些因子会促使免疫排除的结缔组织形成并限制T细胞浸润。 发现FAP或SPP1表达高的患者在抗PD-L1治疗队列中的治疗效果较差。

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    单细胞多组学在解析癌细胞可塑性和肿瘤异质性中的应用

    Wang et al在2019年使用 scATAC-seq 确定了胶质母细胞瘤中的三种癌细胞亚群,包括前神经细胞、间充质细胞和中间细胞状态。...解剖基质细胞的异质性 肿瘤微环境 (TME) 在癌症的发展和进展中起着至关重要的作用,它由多种细胞成分和细胞外基质组成。...此外,已经在跨物种的胶质母细胞瘤中研究了骨髓细胞的单细胞分析,这表明存在两个不同的肿瘤相关巨噬细胞群,小胶质细胞和单核细胞衍生的巨噬细胞,它们存在于 TME 中并相互竞争生存空间(Pombo Antunes...单细胞技术揭示混合肿瘤细胞状态 混合上皮/间充质细胞 单细胞测序已在各种癌症中鉴定出肿瘤细胞的多种杂交状态,例如杂交上皮/间充质细胞、杂交肿瘤/免疫细胞和杂交肿瘤/内皮细胞。...这些发现表明具有内皮细胞特征的肿瘤细胞可能在肿瘤生长、耐药性和转移中起重要作用。

    1.3K41

    单细胞测序揭示出小鼠后肢发育过程中的细胞异质性和发育轨迹

    摘要 小鼠后肢基因表达的协调和时间调控决定了间质祖细胞的特性及其形成的肌肉骨骼组织的多样性。...使用RNA荧光原位杂交(FISH)来检查细胞类型和细胞轨迹的空间位置,以了解细胞成熟的祖先连续体。这些数据为后肢发育的转录程序提供了资源,支持肌肉骨骼发育的未来研究,和组织再生的假设。...测序 使用10X Genomics,将四个时间点的样本分别和培养的人源293T细胞1:1混合, 检测单细胞的捕获率。...同时也考虑了细胞周期情况。 数据分析 聚类:使用tSNE,分出 7 clusters,比较不同时期的后肢的细胞类型的不同,计算了不同cluster的比例。...总结 作者工作量感觉不是很大,有一个单细胞测序和一个简单的RNA FISH。不知道现在只做一个单细胞测序能发到什么水平的文章。拭目以待。

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    单细胞 RNA 测序揭示瘢痕疙瘩中成纤维细胞和血管内皮细胞的谱系特异性调节变化

    对来自瘢痕疙瘩皮肤组织和邻近的相对正常组织的 28,064 个细胞进行了单细胞 RNA 测序,观察到瘢痕疙瘩中成纤维细胞和血管内皮细胞亚群的显著扩增,反映了它们与瘢痕疙瘩发病机制的密切关联。...(标记为MYH11和CNN1 ) 、壁细胞 (用PDGFRB和RGS5标记)、神经细胞 (由NRXN1和SCN7A标记)、黑素细胞(由MLANA和DCT标记)、 瘢痕疙瘩中成纤维细胞和 VEC 亚群的比例变化...细胞密度和分布的可视化揭示了多个细胞谱系的相对比例发生了巨大变化 在瘢痕疙瘩中观察到 VEC 和成纤维细胞的谱系扩张 在角质形成细胞和白细胞中观察到收缩 在 CASE 中,三个 VEC 集群 c4、c5...值得注意的是,一个成纤维细胞簇 c9 也显著扩大 与正常皮肤组织相比,瘢痕疙瘩中的成纤维细胞和 VEC 亚群显著扩大,反映了它们与瘢痕疙瘩发病机制的密切关联 基因集富集分析揭示了瘢痕疙瘩成纤维细胞中失调的通路...s2 占前支的最大比例,代表成纤维细胞的初始状态 图e 显示了来自正常和瘢痕疙瘩皮肤组织的成纤维细胞构建的调节网络,在 TF 基因中,TWIST1根据程度中心性排名最高,表明该调节因子在瘢痕疙瘩发病机制中的关键作用

    1.4K30

    架构设计中的 CAP 和 BASE 理论

    CAP 理论 定义: 在一个分布式系统中,当涉及读写操作时,只能保证一致性(Consistence)、可用性(Availability)、分区容错性(Partition Tolerance)3者中的2个...这里的分布式系统指的是互相连接并共享数据的节点的集合,互连和共享数据很关键,像 memcache 集群,没有互连和共享数据,就不算是分布式系统。...CP(一致性/分区容忍性) 例如 N1 和 N2 两个节点,N1 上的数据更新为了y,同步到 N2 之前,网络中断,发生分区,N2 上还是旧的数据 x。...对于CAP理论,架构设计时要注意以下几点: CAP 关注的粒度是数据,而不是整个系统 CAP理论说分布式系统中这3点无法同时满足,但一定不要理解错误了,不要认为我们在架构设计时,这个系统要么 CP 要么...BASE理论是对 CAP 的延伸和补充,例如 AP 方案中牺牲一致性只是指分区期间,分区恢复后,系统应达到最终一致性。 内容整理自《从0开始学架构》

    1.1K20

    Effective Testing with RSpec 3(介绍)

    写得不好的测试在沟通,指导软件设计或捕获错误方面做得不好。 无论您是自动化测试新手还是多年来一直使用它们,本书都将帮助您编写更有效的测试。 有效的,我们的意思是测试,它给你的价值比写它们的时间更多。...代码片段 我们在本书中提供了代码片段,展示了如何在实际情况中使用RSpec。 这些示例中的大多数旨在供您在计算机上使用,尤其是第I部分和第II部分中的示例。...您可以轻松练习BDD所偏好的从外到内的方法,在那里您从验收测试开始并向内移动到单元测试.2在每个级别,您的表达测试将指导您的软件设计。 但是,RSpec和BDD不是同义词。...从那时起,他就使用和教授RSpec来测试从微型微控制器到全功能桌面和Web应用程序的所有内容。...关于版本的注释 我们在本书中使用的库,包括来自RSpec框架的库和其他依赖项(如Sinatra和Sequel),旨在向后兼容小版本升级。

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    通过顺序混合聚类和NMF在上万的细胞中评估单细胞异质性

    heterogeneity from hundreds of thousands of cells through sequential hybrid clustering and NMF 论文摘要 单细胞...作者描述了一种多步骤算法,迭代聚类和基因选择(ICGS),它应用基因内相关性和杂交聚类,从一个直观的图形用户界面中解决转录一致性细胞群问题。作者开发了一个新的ICGS迭代。...该方法结合了多种互补的子类型检测方法(HOPACH、稀疏非负矩阵分解、支持向量机)来解决罕见和常见的细胞状态。...利用来自多个细胞图谱的数据,作者发现PageRank算法有效地降低了超大型scRNA-Seq数据集的采样,而没有丢失极其罕见或转录相似但不同的细胞类型,同时恢复了新的不同转录的细胞群。...作者相信,这种新方法在解决复杂数据集中隐藏的细胞群方面具有巨大的前景。 论文链接 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7320606/

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