R3.6的arrayQualityMetrics包是一个用于评估基因芯片数据质量的R语言包。它提供了一系列功能,包括计算样本间的相关性、绘制质量控制图、检测异常样本和基因、评估探针特异性等。该包的来源是Bioconductor,它是一个用于生物信息学和计算生物学的开源软件项目。
GEOquery是一个用于从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中获取基因表达数据的R语言包。GEO是一个公共数据库,存储了大量的基因表达数据,包括微阵列和高通量测序数据。GEOquery包提供了一系列函数,用于搜索、下载和解析GEO数据库中的数据集。通过使用GEOquery,研究人员可以方便地获取并分析公共基因表达数据,从而加快研究进程。
arrayQualityMetrics包和GEOquery包在生物信息学和基因表达研究中具有重要的应用场景。它们可以帮助研究人员评估基因芯片数据的质量,发现异常样本和基因,并进行质量控制。这些工具对于基因表达研究、生物医学研究和药物开发等领域都非常有用。
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