R- openxlsx read.xlsx无法读取某些列 - 腾讯云开发者社区

「前言：」 ❝今天我用openxlsx包中的read.xlsx读取xls文件时，竟然报错了。我记得有一个包是可以读取Excel2003的，搜索了一下，发现不太容易查找，就写一遍博客记录一下。...❞ xlsx文件，是2007,2013,2016版本的Excel文件，R语言中可以通过openxlsx包进行读取。 1. 读取xlsx文件 > dd = read.xlsx(".....CHN65101423 1024 65113820 CHN65102226 110015 65114832 CHN11103630 1101086 65114831 CHN11103630 11070 2. openxlsx...读取xls文件报错如果读取xls文件，报错： > dat = read.xlsx("计算遗传力.xls")Error in read.xlsx.default("计算遗传力.xls") : openxlsx...汇总 openxls通过函数read.xlsx读取xlsx文件 readxl通过函数read_xls读取xls文件软件安装方法：install.packages("openxlsx") 以及 install.packages

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Excel的SNP数据如何变为plink格式

Excel格式的xls或者xlsx格式的文件测序公司给的是xls或者xlsx格式的数据，数据的格式如下：第一列是ID 第二列是染色体第三列是物理位置第四列是Ref 第五列以后是每个个体的具体分型...转化的代码 library(openxlsx) library(tidyverse) library(data.table) dat = read.xlsx("genotype.xlsx") dat...常见问题2：缺失值为NN 这里，读取数据时，将其定义为缺失： dat = read.xlsx("geno20.xlsx",na.strings = "NN") 再处理： plink --file...file --missing 这样就读取成功了。...更新的代码中，判断是否有空行，将NN作为缺失读取到R中，可以避免上面的情况，更新后的代码如下： library(openxlsx) library(tidyverse) library(data.table

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Day5-数据结构

取等号为==而不是= x[x==10]#等于10的元素 x[x<0] x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素（1）读取本地数据 # 读取.csv文件 data <-...excel文件（.xlsx格式） # 使用 openxlsx 包 install.packages("openxlsx") library(openxlsx) data read.xlsx("路径.../你的文件.xlsx") # 读取R数据文件（.RData/.rda格式） # 从.RData文件中加载数据 load("路径/你的文件.RData") # 使用readRDS读取.rda文件 data...<- readRDS("路径/你的文件.rda") （2）查看行名和列名、行数和列数 colnames(a) #查看列名 rownames(a) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4.....")#保存当前所有变量 save(a,file="test.RData")#保存其中一个变量 load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令（5）提取元素[] 数据框有行和列，

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改数据类型

批量进行数据转换：sapplyread.xlsx读取了数据后，很多时候是character格式的library(openxlsx)library(ggplot2)library(magrittr)library...(ggpubr)adiv read.xlsx("PBC&HC alphaBox_2124.xlsx",colNames = T, rowNames = T, na.strings = "NA")...#读取行名列名很方便，以后都改成这个习惯！...，最后一列才是字符class(adiv) #显示结果是data.frameclass(adiv$sobs) #显示结果是character如何快捷地将前六列的内容直接转换为数值型，还不需要赋值一个新向量跟最后一列拆开...（同一个表中直接转换，前六列数值，最后一列字符）adiv[,1:6] 列的数据格式，成功！

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R语言技巧 - 多sheet文档读取并合并输出

--- title: R语言技巧 - 多sheets文档读取并合并输出 tags: Rundefined Excel categories: R语言技巧 date: Feb 26, 2023 at 21...:12:11 author: yeyezi subject: R语言技巧 - 多sheets文档读取并合并输出偶尔我们会遇到将多个sheets合并为一个的需求, 但是如果有几十个sheets合并起来既容易出错又麻烦...代码如下: rm(list = ls()) library(librarian) shelf(openxlsx, dplyr, plyr) setwd("Project/EXCEL/") shtnames...excel_sheets("EXCEL O.xlsx") xlsxlist <- list() for (i in seq_along(shtnames)) { xlsxlist[[i]] read.xlsx...当然如果相对分sheet中的表格进行操作也是可以的, 只需要改动其中提取的循环内容就可以: for (i in seq_along(shtnames)) { xlsxlist[[i]] read.xlsx

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判别分析练习题

: 按列求均值 # 第一组按列求均值 (x2_mean = apply(x2_bar, 2, mean)) # 第二组按列求均值 Sp = matrix(c(1,1,1,2),ncol = 2)...首先读取数据： library(openxlsx) d6.3 = read.xlsx('.....detach(d3) library(openxlsx) d6.4 = read.xlsx(".....首先读取数据： library(openxlsx) d1 = read.xlsx("...../Res/mvexer5.xlsx", 'E6.5', cols=c(2,3,4,5));d1$label = 1;d1 # 第一组 d2 = read.xlsx("..

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读取某个excel表格，但是某些列的标识带有空格，怎么去除呢？

请教个问题我读取某个excle表格，但是某些列的标识带有空格，怎么去除呢，我把整个excel该成“string”格式并通过strip（）函数处理，第一行的空格键还是存在？

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文件操作

第一行是否为列名，第一列是否为行名？清楚了这些之后就可以读入文件了。 R提供了大量读入文件的函数，这些函数通常是以read....4、row.names：后面接数字，指定哪一列作为行名，默认是 0，通常可以设置为 1。...如果格式不正确就需要修改命令重新读取文件；如果没有问题，就可以对数据进行后续的分析了。...，一个工作簿中包含多个工作表（sheet），因此需要指定读取工作簿中那个工作表，可以指定工作表的名字，也可以使用顺序号。...#安装 openxlsx 包 install.packages("openxlsx") #加载 openxlsx 包 library(openxlsx) #读入 excel 文件，指定 sheet 号

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多元统计分析：对应分析

对应分析就是通过数学变换，把 Q型、R型因子分析结合起来卡方效验 H_0: 相互独立 H_1: 相互影响（不独立） library(openxlsx) d10.1 = read.xlsx('...：变量：< 1 万样品：有些不满、很不满意变量：1 万 - 3 万、 3 万 - 5万样品：比较满意变量：5 万 - 10万、>10万样品：很满意例 10.2 对应分析 d10.2 = read.xlsx...d10.2', rowNames=T) ca2 = ca(d10.2);ca2 对应分析图 plot(ca2) summary(ca2) 案例对应分析在农民收入分析中的应用 library(openxlsx...) Case10 = read.xlsx('.....量纲差异，无法消除（行间）样本间量纲差异独立性效验仅判因素A和因素B是否独立，若 A、B独立，则无需进行对应分析这里因素A、因素B 是二维列联表后因素，因素A 即行因素

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R语言从入门到精通：Day4

此处切记，read.table()函数是我们最为常用的读取外部数据的函数，下文还会详细解读。...图5:example的一部分数据文件example.csv里面前7行是主体数据的注释，第一列是基因名。如果直接用函数read.table()读取，如图6。 ? 图6:直接读取的示意图 ?...这里我给大家推荐一个不需要这些依赖的R包：openxlsx（openxlsx包的安装如图8）。...openxlsx包的帮助文档里介绍了三个写入数据和一个读取数据的函数，其中读取数据的函数read.xlsx()就能实现xlsx文件的读取。...图8:包openxlsx的安装 ? 图9:函数read.xlsx()的参数 4. 常用的数据操作函数要求：掌握读取数据之后，大家就可以开始做一些简单的数据处理了。

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ComplexHeatmap|根据excel表绘制突变景观图（oncoplot）

TRUE)) # install.packages("BiocManager") #BiocManager::install("ComplexHeatmap") #install.packages("openxlsx...") #install.packages("circlize") #后面直接加载即可 library(openxlsx) library(ComplexHeatmap) library(circlize...) #读入数据 mut read.xlsx("TCGA_data.xlsx",sheet = "突变信息") cli read.xlsx("TCGA_data.xlsx",sheet = "...alter_fun, col = col, column_title = column_title, remove_empty_columns = TRUE, #去掉空列...col = col, column_order = sample_order, remove_empty_columns = TRUE, #去掉空列

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R语言批量读取300个Excel表格

比如，我们有300个Excel表格，数据格式类似，我们想对其进行读取，然后合并。当然，合并包括，行堆积，列对接，根据ID列合并等操作。在R语言都是可以实现的。...批量读取 2.1 批量读取多个Excel数据「步骤：」先把目录下的Excel名称列出来批量读取后续操作 library(tidyverse) library(openxlsx) list_name.../",pattern = ".xlsx") list_name re = map(list_name, ~ read.xlsx(....= 1:8 re2 = map(name_sheet, ~ read.xlsx(".....sheet表格时，可以用1,2,3表示对应的sheet 另外，如果想把批量读取的Excel进行行合并或者列合并，可以用map_dfc或者map_dfr更简单。

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R语言︱文件读入、读出一些方法罗列（批量xlsx文件、数据库、文本txt、文件夹）

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火山图|给你geneList，帮我标到火山图上

一载入R包，数据 library(ggplot2) library(openxlsx) library(dplyr) #绘制火山图数据 data read.xlsx("火山图.xlsx", sheet...3.1 读入含有geneList的文件 gene read.xlsx("火山图.xlsx", sheet = 2) gene$geneList <- gene$gene ?...额外生成一列相同列是为了后面合并后还有一列存在，这一列用于标示基因。...增加了geneList列，为了后面使用text的方式添加上基因。

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R语言之数据获取操作

函数 read.csv( ) 是函数 read.table( ) 的一个变体，专用于读取 .csv 文件。...，其中最简单的方式是在 Excel 中将数据文件另存为一个逗号分隔（.csv）文件，然后用上述读取.csv 文件的方法将其读入R。...还可以借助第三方包（例如 openxlsx 包、readxl 包和 gdata 包）直接读取 xlsx 或 xls 格式的数据文件。...以 openxlsx 包为例： library(openxlsx) write.xlsx(patients, "patients.xlsx") patients.data read.xlsx("patients.xlsx...4.数据录入在 R 中可以直接输入数据，但是如果数据量较大（超过 10 列或超过 30 行），在 R 里录入数据并不是一个最佳选择。我们可以选择电子表格软件录入小规模的数据，比如 Excel。

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Excel格式的SNP数据怎么变为plink格式

Excel中的基因型数据格式第一列是snpID，第二列是染色体，第三列是物理位置，第四列是参考基因组分型，第五列以后是每个样本的具体分型。...整体而言，每一行是一个snp，第五列以后每一列是一个样本。...bed文件SNP列一一对应染色体的摩尔位置(可选项, 可以用0) SNP物理坐标 3, 如果只有SNP名称, 可以手动构建map文件, 第二列为SNP名称, 其它三列为0即可....如果没有, 可以用个体ID代替第二列: Individual ID # 个体ID编号第三列: Paternal ID # 父本编号第四列: Maternal ID # 母本编号第五列:...R语言操作 3.1 读取数据 library(openxlsx) library(tidyverse) dat = read.xlsx("SNP-excel.xlsx") dat[1:10,1:10]

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多性状或者多个模型的QQ和曼哈顿重叠图

2，如何准备数据我们这里使用的包是 CMplot，数据格式可以用Excel进行整理：第一列是SNP名称，如果没有，可以用染色体+物理位置表示第二列是染色体编号第三列是物理位置第四列以后，就是每个性状的...trait1就是trait1性状的P值，trait2就是trait2性状的P值，等等 3，代码介绍将上面的数据整理好之后，使用下面的数据进行分析： library(CMplot) library(openxlsx...) rm(list=ls()) dd = read.xlsx("multi_trait_manhtn_data.xlsx") ## QQ图：分开绘制 CMplot(dd,plot.type = "

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R-ggplot2 空间绘图 - 房价气泡图的绘制

ggplot2 可视化展示 openxlsx 实现R灵活读取excel文件 ggtext包实现文本定制化操作 geojsonio包对geojson数据格式读取这里使用的数据和上期推文的数据一样，读取...添加读取文本标签这里我们读取带有经纬度信息的地区文本文件(csv格式)进行文本图层的添加，文本数据预览如下(部分)： ? 这里使用了ggrepel包进行文本图层的添加，可有效避免文本重叠的问题。...散点图层添加同样，我们使用上篇推文中的房价数据，这里的数据为xlsx 格式数据，我们需使用openxlsx 包进行excel文件数据的方便读取，代码如下： library(openxlsx) #读取Excel...文件包 scatter <- "hk_data_select.xlsx" scatter_df read.xlsx(scatter) head(scatter_df) 部分结果如下： ?...ggtext 实现文本同行不同颜色设置对一行文本不同颜色、粗细等文本属性的设置，ggtext包可以轻松实现(这个在Python中目前还无法高效实现)，这里我们只放出相应的代码，如下： #导入ggtext

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多元统计分析：因子分析

Analysis, FA）例 9.1 水泥行业上市公司经营业绩因子模型实证分析相关分析在评价指标时，观测数据很多，指标间不可避免地存在多重共线性，因此先计算相关系数矩阵 library(openxlsx...) d9.1 = read.xlsx('.....案例上市公司经营业绩评价的因子分析 library(openxlsx) Case9 = read.xlsx("...../Res/msaR.r") FA2 = msa.fa(Case9, 4);FA2 Q: Factor 列起着什么作用？为什么说从因子排名表可看到，在偿债能力方面，片仔癀一枝独秀？...看到排名1了，但并没有说明偿债能力啊 A: TODO: Factor 列起着什么作用？为什么说从因子排名表可看到，在偿债能力方面，片仔癀一枝独秀？

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RNAseq|批量单因素生存分析 + 绘制森林图

一载入R包，数据仍然使用之前处理过的TCGA的SKCM数据，此外需要读入生存数据和临床数据 library(tidyverse) library(openxlsx) library("survival...RNAseq.SKCM.RData") #选取部分基因作示例 data.mat <- t(expr[order(apply(expr, 1, mad), decreasing = T)[1:1000],]) #读取生存数据...header = T, stringsAsFactors = FALSE , check.names = FALSE) phe read.xlsx...("cli.xlsx",sheet = 1) 真实项目中，data.mat部分可以是某些通路，功能的基因（免疫，铜死亡，铁死亡，细胞凋亡等），差异分析的基因，WGCNA找到的hub基因，总之可以是各种方法找到的候选基因...") %>% inner_join(surv) %>% #添加生存数据 select(sample,OS,OS.time,`_PATIENT`,everything()) %>% #将生存列放到前面

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R语言读取 xlsx 和xls 文件

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