R突变(Dataframe vs Tibble) - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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R语言dataframe数据转换

df_melt<-reshape2::melt(df,id.vars="x",variable.name="year",value.name="value")

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R 语言的Dataframe常用操作

上节我们简单介绍了Dataframe的定义，这节我们具体来看一下Dataframe的操作首先，数据框的创建函数为 data.frame( )，参考R语言的帮助文档，我们来了解一下data.frame(...还是同往常一样，我们先学习dataframe数据类型的基本操作数据框元素的访问：既然矩阵是特殊的数据框，那么矩阵元素的访问方式应该也同样适用于dataframe吗？...即dataframe[1,](访问第一行)，dataframe[,1](访问第一列)采用这种方式访问列时，返回值是按行排列的形式。...访问列同样也可以直接使用dataframe(1)访问第一列，或者dataframe(列名)来访问指定的列。...> mean(c)[1] 10.5> sum(c)[1] 42 同时，也可以利用dataframe$(新的列名) dataframe添加新的列，具体操作如下： 12345678

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R数据科学整洁之道：使用 tibble 实现简单数据框

install.packages('tidyverse') 创建 tibble 因为 tibble 是 tidyverse 的标准功能之一，所以 tidyverse 中几乎所有函数都可以创建 tibble...tidyverse 中许多函数都可以创建 tibble，因为 tibble 是 tidyverse 的标准功能之一。可以通过 tibble() 函数使用一个向量来创建新 tibble。...可以在 tibble 中使用在 R 中无效的变量名称（即不符合语法的名称）作为列名称。例如，列名称可以不以字母开头，也可以包含特殊字符（如空格）。...ggplot2 和 dplyr 等其他 R 包中使用这些变量，也需要使用反引号。...创建 tibble 的另一种方法是使用 tribble() 函数，tribble 是 transposed tibble（转置 tibble）的缩写。

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R如何将fasta转成dataframe

前面我们讲了R批量下载B细胞和T细胞受体VDJ序列文件，那么如何将这些fasta序列读到R里面，方便后面处理呢？今天小编就给大家演示一下如何利用R将fasta序列转成data.frame。...前面我们讲了四种获取fasta序列长度的方法，其实读到R里面之后，也能获取每条fasta序列的长度。...seq_len") row.names(tmp)=tmp[,1] tmp }) 最终得到的all_len也是一个长度为7的list 其中每一个元素也是一个data.frame 参考文献 R批量下载

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R语言中的突变signature分析工具

新的一年开始了，今天给大家介绍一款用于发现、预测和探索突变特征的综合分析工具包musicatk。此包主要基于COSMIC突变数据中的最新数据进行肿瘤突变模式的探索。...check_ref_bases参数默认进行参考突变筛选；check_ref_chromosomes进行染色体筛选。...musica <- create_musica(x = variants, genome = g) ##载入突变基序数据。...突变基序包括单碱基替换(SBS)、双碱基替换(DBS)、插入(INS)和删除(DEL)。...(musica, "38", build_table = FALSE) ##检测突变signature。

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R数据科学-1（dplyr）

R数据科学（dplyr）如今数据分析如火如荼，R与Python大行其道。你还在用Excel整理数据么，你还在用spss整理数据么。...image.png image.png 1.数据框格式（DataFrame）一般，我们的excel包括行（col）与列（row），在R语言中，经常对excel操作的对象称之为Dataframe，那么在进行数据查看时候...，R语言可以看到数据结构。...() > df # A tibble: 32 x 11 mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb <...• dplyr R for Data Science

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R vs. Python vs. Julia

整体比较如果你是一名数据科学家，你很有可能使用Python或R编程。但是有一个叫Julia的新成员承诺在不影响数据科学家编写代码和与数据交互的情况下拥有c一样的性能。...我尝试了R中不同风格的测试，从专用操作符(in)到使用循环的类c实现，通过向量化方法。...Python实现说实话，最初的目标是只使用原生函数和原生数据结构，但当使用Python的原生列表时，in操作符比R慢了约10倍。...，但是跟Python差不多：R中最慢的实现比最快的实现慢约24倍，而Python的实现是343x（Julia的3倍多）；原生 R总是比原生Python更好。...作者：Daniel Moura 原文地址：https://towardsdatascience.com/r-vs-python-vs-julia-90456a2bcbab deephub翻译组

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突变signature分析你不能错过的R包！

今天给大家带来的是signature分析的R包“YAPSA”，让大家在分析signature的时候多一个选择，增加绘图展示的多样性，最重要的是让你的老板知道你有多优秀。...大家知道前文分享的“deconstructSigs”（点击看往期详情）也是突变signature的绘图软件，好奇的小伙伴就有疑问了，这俩要是一样就没必要再学了吧？...是利用非负矩阵分解（Nonnegative Matrix Factor）的方法预测；另外，“YAPSA”方法展示可通过阈值和颜色进行调整，较为灵活；再者，“YAPSA”运行更快和所需的资源更少（个人感觉，在突变不是很多的情况下...这两款R包均可选择signature.nature2013 或 signature.COSMIC作为已知signature进行相关性计算。下边全是干货，请认真阅读，广泛传播！...#读取突变文件 data<-read.table(file="C:/Users/snp_mutation.txt",header=T,check.names=F) #提取SNV序列长度 word_length

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盘一盘Tidyverse| 筛行选列之select，玩转列操作

2020年，开封《R 数据科学》R for data science，系统学习R 数据处理。...一载入R包，数据 #载入R包 #install.packages("tidyverse") library("tidyverse") #查看内置数据集 head(msleep,2) # A tibble...7 # ... with 2 more variables: brainwt , bodywt 上述数据集有11列（变量），而生信中的临床信息，实验室检验指标经常上百，基因（突变...某些数据框的行名并不是列，例如mtcars数据集： mtcars %>% head(2) ## mpg cyl disp hp drat wt qsec vs...wt qsec vs am gear carb 1 Mazda RX4 21 6 160 110 3.9 2.620 16.46 0 1 4 4 2 Mazda RX4

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R语言实现突变信号（Mutational Signatures）分析

每一个突变过程都会留下一个不同的基因组标记，也就称为突变信号。 ?...今天为大家介绍一个R包MutationalPatterns，可以用于在肿瘤样本或DNA修复缺陷细胞的碱基替换目录中描述和可视化突变模式。包括：突变特征、转录链偏倚、基因组分布和与基因组特征的关联。...当然在他之前还有另外一个R包deconstructSigs也可以解决类似的问题，这两个包的联合使用将会把突变信号从个体到群体的状态全部描述清楚。 ? ?...RDS格式数据读取源自base包readRDS函数，其实就是R语言自己的数据格式，此格式在可以输出到文件。 ?...接下来是突变信号的计算，两个包都有自己的计算函数，但是核心都一样，突变信号数量是一致的。deconstructSigs包中的mut.to.sigs.input可以直接计算输入的数据的突变信号分布。

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数据流编程教程：R语言与DataFrame

DataFrame DataFrame 是一个表格或者类似二维数组的结构，它的各行表示一个实例，各列表示一个变量。一. DataFrame数据流编程二....其中最亮眼的是，R中的DataFrame和数据库之前可以以整个数据框插入的形式插入数据而不需要再拼接SQL语句。以下是一个官方文档的示例：三....DataFrame在R、Python和Spark三者中的联系参考资料 1.Medium：6 Differences Between Pandas And Spark DataFrames 2.Quora...：What are the differences of DataFrame between R and Pandas?...来源：R语言中文社区

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R语言中DataFrame列名作为函数参数

R语言中DataFrame列名作为函数参数直接传递列名会怎么样？使用{{}}语法糖使用enquo函数和!!...语法糖在使用Tidyverse提供的各种函数时，我们很多时候都会直接传递DataFrame的列名作为函数参数，对对应的列进行操作。如果我们自定义的函数中需要传递列名作为函数参数，如何实现呢？

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如何从xml文件创建R语言数据框dataframe

p=16788 问题重现软件：R语言环境：windows 问题描述：我有一个XML文档文件。文件的一部分如下所示： COCopiers 从这个XML文件中，我想创建一个具有ID，name 列的R数据框...getNodeSet(data,"//SubCategory")) ---- 最受欢迎的见解 1.如何解决线性混合模型中畸形拟合(SINGULAR FIT)的问题 2.在UBUNTU虚拟机上安装R软件包...3.WINDOWS中用命令行执行R语言命令 4.R语言GGSURVPLOT绘制生存曲线报错 : OBJECT OF TYPE ‘SYMBOL‘ IS NOT SUBSETTABLE

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R语言实现结构突变数据的整合

这些突变的影像比起SNP更大，和疾病进行关联分析甚至是直接的致病诱因。...今天给大家介绍个在R语言中进行对预测结果进行整合和后期可视化展示的包intansv。...softSearch.file.path) ###结果的整合 sv_all_methods<- methodsMerge(breakdancer, pindel, cnvnator, delly, svseq) ###突变的注释...，会分别注释三种结构突变 anno.file.path<- system.file("extdata/chr05_chr10.anno.txt",package="intansv") msu_gff_v7...###区域的可视化 plotRegion(sv_all_methods,msu_gff_v7,"chr05", 1, 200000) 至此，此包的功能已全部介绍完成，当然如果想了解各个单独的结构突变分析的工具需要自行去看对应的软件的操作指南

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如何从xml文件创建R语言数据框dataframe

p=16788 问题重现软件：R语言环境：windows 问题描述：我有一个XML文档文件。文件的一部分如下所示： COCopiers 从这个XML文件中，我想创建一个具有ID，name 列的R数据框...getNodeSet(data,"//SubCategory")) ---- 最受欢迎的见解 1.如何解决线性混合模型中畸形拟合(SINGULAR FIT)的问题 2.在UBUNTU虚拟机上安装R软件包...3.WINDOWS中用命令行执行R语言命令 4.R语言GGSURVPLOT绘制生存曲线报错 : OBJECT OF TYPE ‘SYMBOL‘ IS NOT SUBSETTABLE

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R中的数据结构(Array,Factor,List,DataFrame)

1、R中的数据结构-Array #一维数组 x1 <- 1:5; x2 <- c(1,3,5,7,9) x3 <- array(c(2, 4, 6, 8, 10)) #多维数组 xs <- array...) #修改，凡是能够访问到的地方，都可以修改 x1[3] <- 30 #删除，凡是能够访问到的地方，都可以删除 x1[-3] x1 <- x1[-3] #查找/过滤 x1[x1 >= 4] 2、R中的数据结构...把可以访问的地方，设置为NULL，即为删除， #注意，删除之后，它后面的位置索引都自动减一 j$sex <- NULL; j #四、检索 j=='Joe' #五、查看长度 length(j) 4、R中的数据结构...-DataFrame 数据框用于存储多行和多列的数据集合。...(f)[names(f)=='name'] <- "name2" #修改行名 row.names(f) row.names(f) <- 0:2 f #删除行 f[-1,] f #注意，删除后的DataFrame

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如何从xml文件创建R语言数据框dataframe

p=16788 问题重现软件：R语言环境：windows 问题描述：我有一个XML文档文件。文件的一部分如下所示： CO Copiers 从这个XML文件中，我想创建一个具有ID，name 列的R数据框

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R机器学习的Tidymodel流水线编程

Tidymodels: tidy machine learning in R 在处理数据时，有简洁的工具包，tidyverse应运而生，极大地简化数据处理流程，让数据处理变得简洁，清晰。...然后输出为dataframe。train数据从iris_recipe输出为dataframe，可以用juice()。...预测针对arsnip的predict（）函数，可以返回tibble数据格式。默认情况下，预测变量称为.pred_class。...该函数需要一个包含实际结果（真相）和模型预测值（估计值）的tibble数据。...autoplot() iris_probs%>% roc_curve(Species, .pred_setosa:.pred_virginica) %>% autoplot() 参考 2.caret-vs-tidymodels

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R语言实现基因突变位点可视化

基因突变位点的标注图形绘制大家应该都见过如下图： ? 那么在R语言中如何绘制这样的图形呢，今天给大家介绍在R语言中绘制棒棒糖的图，有人也直接叫它棒棒糖图。在trackViewer中可以实现其绘制。...首先，它的安装需要利用bioconductor安装： source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("trackViewer") 接下来我们看下其如何实现棒棒糖图像的绘制...我们还可以对突变点的数量进行展示，通过对应点的个数展示突变的数量。...接下来就是为突变的点进行legend注释。

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R入门？从Tidyverse学起！

很多人推荐《R语言实战》这本书来入门R，当然，这本书非常不错，我也是通过这本书开始接触的R。...数据整理 tibble格式 R中的对多变量数据的标准保存形式是 dataframe，而tibble是dataframe的进化版，它有如下优点： 1....数据操作速度会更快如下图，直接查看tibble格式的数据，可以一目了然的看清数据的大小和每列的格式 ? 有两种方式来创建tibble格式的数据 1. 直接创建 ? 2....其他格式转化，例如用read.csv读取的数据默认是dataframe格式，就可以使用as_tibble转换为tibble格式 ?...当然，入门之后如果使用者在未来需要使用R完成更细腻的分析时，再分配较充足的时间学习base R。

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