说实话，自从之前好好学习了一下入门的R以后，一直没有用过R，很多东西都忘了，还是需要靠做笔记方便日后查阅。 本期讲一下R包的几种来源以及安装指定版本R包的几种方法。 R包来源及安装方法 1....CRAN网站 可以理解为R包的官网，凡是需要通过CRAN下载的R包，都可以通过install.packages("pkg_name")来安装。 2....安装指定版本R包 复现文章或R包的更新与当前的R版本或R代码不兼容时，就需要考虑安装某个特定版本的R包了，这里列一些常见的安装指定版本R包的方法供大家参考。...rvcheck的版本太新，下载0.1.8的版本即可。...源码安装 在这里也许能找到你需要的R包历史版本。
install_version()： require(devtools) install_version(“ggplot2”, version = “2.0.0”, repos = “https://cran.r-project.org.../src/contrib/Archive/ggplot2/”) 除此之外，还可以直接从源代码安装： packageurl r-project.org/src/contrib...现在打算不定期更新记录一些笔记，公众号也会将简书的内容整理一下发布~
在R包版本依赖有误、新版R包存在bug或者新版R包函数重大更新导致自己代码报错等情况下，一个可选的解决方案是安装特定的旧版本的R包来解决。...R包的两大分发位置是CRAN和bioconductor，CRAN的R包是本文讨论的重点，bioconductor包的版本依赖比较严格，因此本文暂不分析bioconductor包的旧版本安装。...如何寻找旧版本的CRAN R包 CRAN是The Comprehensive R Archive Network，它是分发各版本R及R包的地方。...R包，也是最好安装的R包，不像R包的源码安装往往会出现编译错误； macOS binaries: 同上，mac平台的二进制R包； Old sources: 旧版本R包的源码。...如下图所示就是ROCR包的旧版本源码的位置。 便捷寻找CRAN R包 除了一步一步的按照上述步骤寻找R包主页，一个更方便的方式是： 方法1：搜索引擎直接搜索CRAN+包名即可，一般第一个就是。
参考： 141-R小技巧-R包的多版本控制 | BIOINFOPLANET (jieandze1314.com)[1] 前言 之前我们提到过 [[09-R工具指南08-R的版本控制]]，那么我们可不可以对...可如果我不想把原来3.2 的Seurat 覆盖，可不可以多个版本呢？ 多个路径 在[[59-R工具指南17-R包安装路径的更换与设定]] 我们知道.libPath 可以获得或设置安装包的目录。...ps：之前写过一个[[62-R工具指南18-用pacman管理你的R包]] 的R包，可惜它并没有R包的版本控制的功能。...还有一个就是我个人电脑，比如mac 中使用Rswitch 管理R 版本，而R 包我则是区分多个R 包目录，按照访问顺序如下： base R 和重要R 包； 数据库类型的非常占用空间的R 包； 某版本R...相关的R 包，通常我是一个不更新派，所以一般就是3.1,3.6,4.0 这样的大更新我会更新，一直安装对应的R包； 版本差异大的R 包文件，比如seurat4，专门创建一个文件夹存放它。
R语言版本更新之后，我安装的都是3.5.1的ggplot2 最开始粗暴的解决方法就是：卸载掉高版本的ggplot2，然后从CRAN上将3.4.4的ggplot2下载到本地导入 但是因为seurat等包依赖的是...这样就很麻烦，就是两个版本卸载来安装去的！ 所以试试看使用renv创建需要的虚拟环境，去管理低版本的R包。...等你确定创建之后，就会拷贝全部的R包到环境中 创建完成的结果 会在当前目录创建一个新的虚拟环境，并且会生成一个 renv.lock 文件来记录当前项目中使用的所有包及其版本。...安装需要版本的R包 很有意思的安装代码，直接在后面@需要的版本hhh，然后确实就可以安装需要版本的ggplot2 renv::install("ggplot2@3.4.4") 但是因为拷贝R包的时候，...如果在团队合作中或在不同设备上工作，并且需要确保你使用的 R 包与项目中锁定的版本一致，可以使用 renv::restore() 来恢复环境。
检查网站的TLS版本# 有时候需要知道某个网站支持的TLS的版本。现在SSL 2.0和SSL 3.0都已经被淘汰了。其中TLS 1.0，TLS 1.1，TLS 1.2是目前的的主流，相对也是安全的。...主要看加密的算法。TLS 1.3是目前最新的协议版本，也是相对最安全的版本了。...openssl s_client -connect www.baidu.com:443 -tls1_1 openssl s_client -connect www.baidu.com:443 -tls1 以上分别检查了...TcpClient.Dispose() $SslStream.Dispose() } $RetValue } } References# 检查网站的...TLS版本 注：本作品采用 知识共享署名-非商业性使用-相同方式共享 4.0 国际许可协议 进行许可。
交流群有人询问一个包（oncoPredict）的安装问题，说是R版本问题，需要 大于4.1.0。 我下意识的认为他应该是有其它错误，但是看大家在群里讨论的热火朝天， 我就去试了试。.../index.html ，果然是其DESCRIPTION 文件里面的R版本依赖 Depends: R (≥ 4.1.0) ，如下所示： oncoPredict: Drug and Biomarker...Version: 0.2 Depends: R (≥ 4.1.0) 哪怕是下载源代码进行安装，也是绕不过去这个版本依赖 ： > install.packages('oncoPredict_0.2.tar.gz...： 生信基石之R语言 B站的10个小时教学视频务必看完，参考 GitHub 仓库存放的相关学习路线指导资料：https://github.com/jmzeng1314/R_bilibili ，可以参考一些优秀笔记...，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理： 《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》 《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》 把R的知识点路线图搞定
用'contributors()'来看合作者的详细情况 用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。...中文解释居然是：起跳; 开始 ; 不过更让我惊奇的是它内置的R包，稍微有点多啊！我记得很久以前看的R书籍都写着内置R包都是7个！这个是为什么呢？...百度百科关于软件版本的解释 软件版本编号订定是指为软件设置版本号码的方式。通常，版本号码会以数字订定，但亦有不同的方式。...版本控制比较普遍的 3 种命名格式 ： GNU 风格的版本号命名格式 Windows 风格的版本号命名格式 .Net Framework 风格的版本号命名格式。 主要是 主版本号 ....子版本号 [ 修正版本号 [. 编译版本号 ]] 可以在 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ 看到R的大版本变化： ?
3次，就应该写成函数或使用循环 3、默认参数 作者可以为参数设置默认值，不是所有的参数都要出现在代码里，没有出现的是默认值 二、R包 1、定义：多个函数打包存放的“容器”，包括函数、数据、帮助文件、描述文件等...2、作用：实现特定的功能，你需要什么功能，安装相应的R包就行。说人话就是使用智能手机，需要使用微信与人聊天，你就按照微信APP，需要上腾讯视频看电视剧，你就安装腾讯视频APP。...R包，使用 “BiocManager::install()来安装 （3）github网站，是R包作者写的，没有经过审核，使用”devtools::install_github...几乎不使用，使用时需要写明R包的作者，就是指明选择谁写的R包。...说人话，智能手机安装的腾讯视频，只要你不卸载，就一直在你的手机里，需要看电视剧是打开APP，看完电视了你退出APP，再次看电视时还需要再次打开APP。所有“加载”R包就相当于打开APP。
介绍这个包扩展了ggplot2，提供了用于对齐和组织多个图的高级工具，特别是那些自动重新排序观察结果的工具，比如树形图。...它提供了对布局调整和情节注释的精细控制，使您能够创建复杂的、出版质量的可视化，同时仍然使用熟悉的ggplot2语法。...create complex, publication-quality visualizations while still using the familiar grammar of ggplot2.案例安装R包...install.packages("ggalign")install.packages("ggalign", repos = c("https://yunuuuu.r-universe.dev"..., "https://cloud.r-project.org"))# install.packages("remotes")remotes::install_github("Yunuuuu/ggalign
安装ggstatsplot时,没有针对当前版本的R包....于是用下面方式手动安装 package_url="https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggstatsplot/ggstatsplot_0.9.2...parameters’, ‘performance’, ‘statsExpressions’ are not available for package ‘ggstatsplot’ 用devtools下载特定版本...R包, 并自动安装依赖. require(devtools) install_version('ggstatsplot', version = '0.9.2')
系统环境 操作系统centos7 R 版本MRO4.0.2 有root权限 需要安装clusterProfiler和enrichplot包 2....头脑风暴 我有一个设想： 用root权限，新建一个环境R4.1，然后在里面安装R4.1 在R4.1中安装那几个包 将Rstudio的R版本设置为新建环境的R4.1 我的顾虑： 不确定我用root新建的环境...，能不能让大家使用 不确定Rstudio-server能不能指定新建环境中的R4.1版本 3....其它人用Rstudio-server安装R包 因为现在Rstudio-server用的是conda环境中的R4.1，它会在conda环境中有一个library，普通用户没有写入的权限，安装R包时会在自己的路径下自动新建一个...5，没有安装不了的R包，折腾一下总能实现。
R语言是一个强大的数据分析工具，其强大之处在于有各种各样的R包帮助其实现各种各样的功能。...通常来说，R包的安装主要有四种方法，包括：1）从R语言官网上直接下载相关R包并安装；2）从Bioconductor上下载R包并安装；3）从Github上下载R包并安装；4）手动安装R包。...接下来我将和大家分享R包的具体安装： 1）首先获取下载的R包的名字，比如下载metafor这个R包，可以先在官网（https://www.r-project.org/）上找到这个包，了解一下这个包的详细内容和使用说明...') 这里需要注意的是，下载Bioconductor的R包需使用BiocManager包里的install函数。...，github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名，否则无法进行下载安装。
调出函数library() require()内置基础包basedatabase：存放数据集utils：工具函数grDevices：绘图相关graphics：R绘图函数stats：与统计相关的函数methods...：一般定义方法和类splinesstats4tcltk试例help(package"R包名称") #查看R包详情信息library(help="R包名称")ls(package:R包名称) #列出包中所有函数...data（package=R包名称）#列出包中包含的所有数据集detach(package:R包名称) #移除R包remove.package(R包名称) #卸载R包R包批量迁移installed.package...() #显示所有已安装R包
当我们在使用很多R包的时候总会有些包里面的函数引发我们的好奇心，总想去看看他们具体怎么实现的，今天我们就来讲下如何去解析一个别人写好的R包。 1....我们先知道我们想去解析的R包的名字，比如“InformationValue”。 2. 打开R语言的官网R包的列表，然后利用浏览器的检索检索下我们找的包的位置，然后进入R包的详细介绍页面。 ? 3....在R包详细页面我们可以看到图中标出的位置，那就是R包的源代码文件，下载源代码问价，解压后文件的结构如下图： ? 4. 接下来就是激动人心的时刻了，进入R/目录，迎面而来是R语言代码文件了。 ? 5....我们首先打开主函数文件“Main.R”,然后就可以在R文件中检索我们想要的主函数名称。 ? ? 6. 当然，我们有时候并不满足于看看主函数，更想深入看其子函数程序，那也是没问题的，如图： ?...至此，我们便可以在R/目录下随心所欲查看R包的所有源程序。
最近在一个比较古老（其实就是2019年）的服务器上面更新以前的一个表观调控网页工具，其中需要使用R语言来安装一下必备的包 ，比如 ChIPseeker ，麻烦的是卡死在了第一步，如下所示 ： (chipseq...可以看到R版本是超级低了，R version 3.5.1 (2018-07-02) ，因为很少更新，而且两年多没有使用它了。...graphics, Matrix, splines, utils Suggests: parallel, survival, MASS Published: 2021-09-23 确实是因为 mgcv 对R版本的要求...，大于了我服务器的旧版R啦。...当然了，一个很直接的解决方案就是重置这个conda环境，就会安装最新版R啦。 不过，我比较好奇的是，难道3.5版本的R已经是基本上不可用了吗？还是说其实是有方法给超低版本的R安装高配包？
包版本范围指定（自动下载版本约束范围中的最新版） ---- 名称 实例 说明 不指定版本 根据当前Path环境变量中的php版本下载最合适的最新版 确切的版本 6.0.1 指定下载的具体版本号 范围...= > 6.0，版本范围，自动下载该范围中的最新版 通配符 * 5.*，6.0.* 5.* 代表版本范围 [5, 6.0) 6.0.* 代表版本范围 [6.0, 6.1) 赋值运算符（...最低版本） ~ ~1.2，~6.1.0 ~1.2 代表版本范围 [1.2, 2.0) ~6.1.0 代表版本范围 [6.1.0, 6.2) 脱字号版本（最低版本） ^ ^1.2.3 ^1.2.3 代表版本范围...[1.2.3, 2.0.0) 版本约束使用示例 : 和 = 都可以 版本约束可以加引号，也可以不加 composer文档使用的是 : 并且版本约束加引号（可以说更加规范吧） composer create-project...官网的在线测试版本约束 ---- a. 查看文档 b. 进入版本约束文档 站长源码网 c. 进入在线测试版本约束页面（页面最底部） d. 测试版本约束
那么，作为神一样的R语言简直无所不能，他们开发了Rtool，这个工具不仅是为创建R包用的，同时也可以让那些以gz结尾的R包可以安装在windows环境下。...今天我们就来介绍下R语言与Rtool结合后是如何玩转R包的。...首先我们需要下载Rtool软件： 下载链接：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/ 至于版本的选择，看自己需求了，基本是选择最新的。...接下来将是见证奇迹的时刻了，填充好title后再次运行编译程序： ? 那么我们的R包建好了，当然R包也是gz结尾的，意味着只有Linux下是好用的。...既然这样，那么我们正好可以来试验下我们R结合Rtool的强大。直接在window是下导入我们建好的R包，不过提前声明的是如果导入Linux下的R包最好是本地导入，而不是直接在线下载，那样是不会成功的。
下面是2月优秀学员投稿 超多朋友咨询R语言可视化的配色问题，我也简单整理了一下，希望对大家有帮助！...首先 scales包的show_col显示颜色函数有大用处，其次函数 colors() 列出了 R 识别的所有颜色名称。...首先是获取颜色，有独立的函数，加载ggsci包即可： library(ggsci) cl=pal_lancet("lanonc",alpha = 0.6)(4) cl library(scales)...Rcolorbrewer 专注于调色的R包：RColorBrewer，首先是显示所有的 调色板 display.brewer.all() 函数： library(RColorBrewer) display.brewer.all...grDevices 跟前面的专注于调色的R包：RColorBrewer有点类似，也是内置了各种各样的配色体系。
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