R适用于统计分析，绘图的一款编程软件，R属于开源，自由，免费的软件。随着生物信息学的发展，R语言在数据分析和绘制图形上都有着十分重要的优势。尤其是现在大部分科研绘图，都使用R语言来完成的。...最近有一位小伙伴要发SCI论文，给我发了3w多条数据，问我可不可以画和下图基本相似的图。大家都知道论文的发表除了实验和数据以外，图片也非常重要。一般图画的越好，那么论文发表的问题也不大。...那么下面我就用所学R知识不多的情况下教大家绘制这幅SCI配图。 本次绘图工具：RStudio。 RStudio是R的集成开发环境，界面更加丰富实用，使用起来更加方便。...本次绘图所使用的R包：ggplot2和ggpointdensity ggplot2是R语言绘制图形一个十分重要也是非常基础的一个包，使用ggplot2再加上R自带的base画图基本可以完成所有图形的绘制...ggpointdensity) 3.导入数据 data = read.csv("1_zd_aodPM25.csv") 4.使用ggplot2开始画图 p2 = ggplot(data, aes(x=
由于基础图表绘制系列推文还在加紧准备中，所以这期推文还是对一些感兴趣的图表进行绘制，这期涉及空间图表绘制，主要涉及知识点如下： ggplot2 + sf 中国标准地图绘制 cowplot 包实现地图子图插入...ggplot2 + sf 中国标准地图绘制 本期的绘图我们是按照如下图表进行绘制的(该图来自朋友公号)： 其实我很早就想试着用R进行此类图表的绘制了，但由于强大的Arcgis和绘图进度等原因，导致迟迟没有进行...(部分)： 接下来我们进行探索性绘图，主要使用geom_sf() 进行绘制，代码如下： library(ggspatial) ggplot() + geom_sf(data = china,fill...散点数据的读取 由于只获得数据经纬度信息，其他数据均为虚构，数据预览如下： 这里注意点，要想使数据绘制在地图上，我们需使用st_as_sf()对其进行转换,处理： scatter_df_tro <- st_as_sf...气象绘图教程合集 用ggpubr包制图 R-ggdist - 分布和不确定性可视化
之前分享过一篇推文介绍过这个内容 R语言ggplot2包画曼哈顿图的一个简单小例子，但是当时自己不太懂曼哈顿图，实现是直接借助ggplot2的geom_jitter()这个函数实现的。...今天的推文重新介绍一下ggplot2绘制曼哈顿图的代码。...数据集就使用之前的推文中用到的数据跟着Nature Genetics学GWAS分析：emmax软件gwas分析/qqman包展示结果，这个数据太大，出图有些慢，只随机选取了其中1%的数据 (这个数据我自己的存储路径...R语言中也有现成的包和函数可以直接画曼哈顿图，我这里选择用ggplot2来画是因为出图后可以非常方便的组合其他的图，比如可以叠加一个基因结构的图，然后再拼一个展示不同基因型表型差异的图。...这些如果是用ggplot2来做，都可以用代码实现，省去了手动拼图的过程。
R中可以使用ggplot2的geom_tile图层绘制热图，可是有的时候我们想要每一个热图格子里面可以展示多维的信息：多个基因表达量、多个组别数据等等，而不是一个热图仅展示了一个表达量信息。...模拟数据如下图所示，而我们想要的效果是合并这两个热图，绘制到同一个热图中。...ggplot绘制热图 ggplot可以使用geom_tile绘制热图，比如dat1的热图可以绘制如下： dat_1_tidy <- dat_1 %>% as.data.frame() %>...position_nudge绘制多维信息的热图 如果需要将两个热图合并到一起，那么可以将热图的格子高度减为以前的一半，然后将其中一个数据上移，另一个数据下移，那么就可以将两组数据刚好在原来的位置堆叠摆放...scale处理，每个热图格子里面绘制两组数据：上面的是dat1，下面的是dat2，热图格子加灰色边框，如下图所示： 这个思路是可以推广的，不限于只展示两组数据，而且也不限于是geom_tile图层，geom_point
森林图常见于元分析，但其使用绝不仅如此，比如我现在想要研究的对象有诸多HR结果，我想要汇总为一张图，森林图就是个非常好的选择。...ggpubr包提供的森林图是针对变量分析绘图，我也尝试使用了metafor包的forest画图函数，但太灵活了，我除了感觉文档画的不错，但实际使用却很难得到想要的结果。...文本表 下面是一个使用文本表的例子： library(forestplot) #> 载入需要的程辑包：grid #> 载入需要的程辑包：magrittr #> 载入需要的程辑包：checkmate #...使用表达式 data(HRQoL) clrs <- fpColors(box="royalblue",line="darkblue", summary="royalblue") tabletext <
论文中公布了部分作图代码，作图使用到的是R语言的ggplot2。跟着其中的代码学习一下。...论文中提供的代码链接是 https://github.com/baoxingsong/genomeAlignment/blob/main/Arabidopsis/pipeline.Rmd 这里涉及到了18个数据...，我这里只按照论文提供的代码处理 得到了第一个小图的数据，这里就不介绍处理原始数据的代码了，我们只介绍作图的R语言代码 处理数据的代码里用到了一个gean的工具，工具对应的论文是 Complement...$V2) dat = read.table("bur_0.v7c.sdi.length") 加载需要用到的R包 library(ggplot2) library(data.table) library...，所以他把作图代码整理成了函数的形式，大家可以研究一下论文中提供的代码 总共有18个这种图，最后如果要拼图可以借助aplot这个R包,这个R包里有一个函数是plot_list(),画很多个图非常方便 以下拼图代码需要的内存可能比较大
约翰·霍普金斯大学提供了一份数据集，使用这份数据集我们可以绘制一幅气泡地图展示这些确诊患者的分布，代码比较简单： 首先导入我们需要的几个 R 包： library(ggplot2) library(sf...) library(readr) library(dplyr) 导入世界地图并把 crs 转换成 4326（其实这份数据的 crs 就是 4326）： worldmap % st_transform(crs = 4326) 把疫情数据读取进来并根据经纬度坐标把这个数据框转换成 sf 对象，同样使用 4326 投影坐标系，这样地图和数据才不会分家： read_csv...colnames% st_as_sf(coords = c("long", "lat"), crs = 4326) -> con_df 最后绘制地图...Novel Coronavirus (COVID-19) Cases, provided by JHU CSSE\nhttps://github.com/CSSEGISandData/COVID-19\n绘制
Y叔的厉害之处在于它对于ggplot2包的理解非常深，写出包和结果对象基本都直接可以用ggplot展示，或者直接用plot绘制可以得到类似的显示效果。...这里以我探究非小细胞癌、小细胞癌和肺腺癌最近一些年发表的文章数为例子： library(yyplot) library(ggplot2) # 键入你要搜索的关键字 term 绘制，这里因为我需要添加bw主题，所以导入了ggplot2包，不然可以不使用该包 注意纵坐标是一个比例，该关键字发表文章数与当年文章总数的比例值，我们也可以灵活一点，只绘制发表文章数目
Xenium、Visium、VisiumHD、CellDive、Akoya等空间组学数据是包含细胞的坐标信息的，这些信息可以用于绘制空间原位图。...空间数据提供的位置信息一般分为两种：细胞的质心和细胞的边界，以Xenium数据为例，这两种细胞坐标信息它都有包含。...theme(panel.background = element_rect(fill = "black")) p_xenium_boundary | p_xenium_boundary2 使用...geom_polygon绘制细胞边界空间图，指定group为cell_id即可，fill可以指定为细胞类型或者基因表达量。...另一个选择是使用geom_tile图层，它可以指定点的height和width，height和width的大小和使用的数据有关系，在调试出图时只需要指定好了它们的值，则点的遮挡关系就不会因为导出图片的大小而出现改变
前面我们已经学习了四个包来绘制展示基因突变信息的棒棒图，其实，ggplot2也可以绘制，见资源：https://stackoverflow.com/questions/77473777/adding-branches-to-ggplot-mutation-lollipop-plot...前面已经介绍的四个软件： maftools（r包）绘制棒棒图等 trackview（r包）包绘制 基因棒棒图 GenVisR（r包）介绍：基因组可视化工具 G3viz（r包）绘制基因棒棒糖图 数据准备...这里制作了四个位点突变新的示例数据： rm(list=ls()) library(ggplot2) library(ggrepel) mut.df 绘制 1、使用geom_rect函数绘制边框 ## 绘图 # 绘制边框 gp <- ggplot() + geom_rect(data = subset(domain.df, Type == "str...set1 <- start.y + mod.start/3 set2 <- set1 + mod.start/3 as.data.frame(cbind(set1,set2)) } 使用上面定义的函数修改数据并绘图
导语 GUIDE ╲ ggplot2是一个神奇的R包，可以可视化各种各样的统计数据。 背景介绍 ggplot2是一个神奇的R包，可以将自己的统计数据绘制成想要的图案。...从今天起小编计划为各位观众老爷们带来一个ggplot2的系列教程。那么首先呢，大家在可视化自己的科研数据时，最最最常用的就是绘制一个带误差或者显著值的柱状图。...R包展示 01 R包载入 tidyverse是一个数据处理的R包的集合，包括ggplot2 (可视化数据) ，dplyr(处理数据)，tidyr(清理数据)，readr(读取数据)，stringr (处理字符串...)等等好多个常用的R包。...由于数据比较复杂不方便自己创建，我们这里使用ggplot2自带的汽车数据集mpg为例绘制叠加柱状图。 如果我们直接绘制原始数据的柱状图，显示的是每种汽车种类及其个数。
本文主要使用函数coord_polar（）用于生成饼图，它只是极坐标中的堆积条形图。...原始饼图 创建数据： df <- data.frame( group = c("Male", "Female", "Child"), value = c(25, 25, 50) ) head...(df) ## group value ## 1 Male 25 ## 2 Female 25 ## 3 Child 50 首先使用柱状图来做可视化 library(ggplot2...更改饼图填充颜色 可以使用以下函数手动更改饼图填充颜色： scale_fill_manual（）*：使用自定义颜色 scale_fill_brewer（）：使用来自 RColorBrewer *包的调色板...scale_fill_grey（）*：使用灰色调色板 # Use custom color palettes pie + scale_fill_manual(values=c("#999999",
学习文档: https://cran.r-project.org/web/packages/NMF/vignettes/heatmaps.pdf Heatmap引擎 NMF包中的热图引擎是由aheatmap...数据和模型 为了演示热图函数的用法，我们这里创建一个随机的NMF输入矩阵，以及一些注释和协变量。...接着，我们使用NMF模型来分解矩阵。 res = nmf(X, 3, nrun = 10) 混合系数矩阵：coefmap NMF结果的混合系数矩阵可以使用coefmap()函数进行绘制。...对于一个简单的NMF模型结果，一致性数据是不能显示的，只能通过最佳拟合进行聚类。...par(opar) 基底矩阵：basismap 基底矩阵可以使用basismap函数进行绘制，默认的行为是添加basis注释通道，每一行显示主导的基底组分，即每一行有最高负载的基底组分。
散点图 R语言之可视化⑧easyGgplot2散点图续 R语言之可视化⑨火山图 R语言之可视化⑩坐标系统 R语言之可视化①①热图绘制heatmap R语言之可视化①②热图绘制2 R语言之可视化①③散点图...之ggplot2中的图例修改 R语言之可视化（20）之geom_label（）和geom_text（） R语言之可视化（21）令人眼前一亮的颜色包 R语言之可视化（22）绘制堆积条形图 R语言之可视化（...23）高亮某一元素 R语言之可视化（24）生成带P值得箱线图 R语言之可视化（25）绘制相关图（ggcorr包） R语言之可视化（26）ggplot2绘制饼图 R语言之可视化（27）ggplot2绘制线图...本文主要表达如何使用ggplot2绘制线图。...基本线图 数据 数据来源于 ToothGrowth 数据集 df <- data.frame(dose=c("D0.5", "D1", "D2"), len=c(4.2,
如：使用 ggplot2 绘制单个和多个省份地图；R 语言绘制十段线地图，给特定省份填色；今天小编将介绍如何比较各个省份及其区县的详细数据，本文参考《R 语言数据可视化之美》[1]。...导入 R 包 安装并加载所需的 R 包： library(rgdal) library(ggplot2) library(dplyr) library(grid) library(RColorBrewer...，以便后续使用。...读者可以使用自己的数据进行替换。数据形式如下： ##字段 NAME99 是各个县的中文名。...使用 ggplot 及facet_wrap()分面函数来完成图形绘制。
低配版条形图 首先，构造一个数据集作为样例，读者可以根据自己的数据进行调整即可。假设 y 是分类变量，x 是连续型变量。...df1 <- data.frame( term = paste0('term', 1:4), p.val = runif(4, 1, 5) ) 样例数据集 之后，使用 geom_col()...绘制条形图，简单调整柱子的宽度以及加上 x，y 轴标题。...在此之前，创建一个新的数据框，根据你的 x 值，手动划分 x 轴尺度范围。...当然这种技巧也可以使用其他图形中。读者如有需求，可以自行探索。
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近VIP群内有朋友询问火山图的绘制方法，那么本节就来详细介绍在R中如何使用「ggplot2绘制火山图」，小编添加了详细的注释希望各位观众老爷能够喜欢。...「有数据分析需求的朋友可联系小编进行咨询」 导入数据 df <- read.delim("data.xls", header = TRUE, sep = "\t") 数据清洗 plot_data % janitor::clean_names() %>% # 使用 janitor 包的 clean_names() 函数将列名转换为小写 mutate(fold_change...(size = 1) geom_point(aes(color = gene_type), alpha = 0.6, shape = 16, size = 1) + # 从 up_genes 数据框中绘制特定形状的散点图...geom_point(data = up_genes, shape = 21, size = 2, fill = "red", colour = "black") + # 从 down_genes 数据框中绘制特定形状的散点图
这次我们将只使用3个库：httr通过GET函数检索数据;tidyverse 和 sf 用于空间分析和数据整理。...边界框 在我们用ggplot2做魔术之前再走几步。我们的目标包括欧洲和中东，因此我们希望确保我们主要占领欧洲。我们通过制作一个边界框来做到这一点。让我们使用 WGS84 坐标定义边界框的参数。...好了，伙计们，我们准备绘制欧洲河流的地图了。...我们首先绘制河流线，并根据定义的宽度根据类和宽度分配特定颜色。 由于我们的目标是将视野缩小到欧洲，因此我们使用coord_sf根据预定义的边界框设置纬度和经度限制。...我们将使用蓝色阴影来绘制我们的河流类。此外，我们将大小限制定义为从 0 到 0.3 的数值范围。我鼓励你玩这个范围，看看你会得到什么。
尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...如果你使用roxygen2[1]，那么你可以利用注释代码块 #' @importFrom ggplot2 （注意，这对数据集mpg不起作用）。...在包函数中使用 aes() 和 vars() 为了使用ggplot2创建图形，你很可能至少要使用一次aes()函数。如果你的图形使用了分面操作，你可能也会使用vars()用来指向绘图数据。...如果你已经像上面的例子一样事先知道了列名，你可以使用来自rlang[2]的代词.data指代你要使用的图层数据。...为了满足你的所有用户，我们建议写一个函数将这个对象转换为一个数据框（如果更加复杂，可以是包含数据框的列表）。
R有几种不同的系统用来产生图形，但ggplot2是最优雅而多变的那一种。ggplot2实现了图形语法，一种描述和构建图形的逻辑系统。通过ggplo2，我们能够快速学习，多处应用。...接下来以三个数据集解释ggplot2的使用。第一个是lattice包中的singer数据集，它包括纽约合唱团歌手的高度和语音变量。第二个是mtcars数据集，它包含32辆汽车的详细信息。...用几何函数指定图的类型 ggplot()函数指定要绘制的数据源和变量，几何函数则指定这些变量如何在视觉上进行表示。目前，有37个几何函数可供使用。以下列出常用的函数。...接下来我们将使用几何函数创建广泛的图表类型。让我们从分组开始吧——在一个图中展示多个分组观察值。 分组 在R中，组通常用分类变量的水平（因子）来定义。...修改ggplot2图形的外观 R的基础绘图中,使用par()函数或特定的画图函数的图形参数来自定义基本函数。遗憾的是，这些对ggplot2图形没有影响，该包提供了特定了函数来改变其图形的外观。
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