遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧的图例最下方式有一个NA的，如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_manual(values=colors, na.translate=FALSE) 将图例的线更改的粗一点...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 需要示例数据和代码 点赞 点击在看 然后在后台留言 20210605 就可以了 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python
目 正文 自定义ggplot2图的图例。这里我们要修改非数据组件，通常通过theme（）命令来完成。 此页面受到ggplot2（？theme）帮助页面的强烈启发。...image.png 修改图例中的分类名字 basic+labs( colour = "name1", shape = "name2" ) ?...image.png 删除图例中的一类 basic + guides(shape=FALSE) ?...#图例中的字体设置 basic + theme(legend.text = element_text(size = 8, colour = "red")) ?...# 设置图例中的标题 basic + theme(legend.title = element_text(face = "bold")) ?
1.初识 ggplot2 包 ggplot2 包提供了一套基于图层语法的绘图系统，它弥补了 R 基础绘图系统里的函数缺乏一致性的缺点，将 R 的绘图功能提升到了一个全新的境界。...ggplot2 中各种数据可视化的基本原则完全一致，它将数学空间映射到图形元素空间。...以上介绍了 ggplot2 包中的映射（mapping）、图形元素（geom）、标度（scale）、分面（facet）和主题（theme）等概念，并展示了它们的基本用法。...接下来我们将探索用 ggplot2 包绘制常用统计图形的方法。 2.分布的特征 在探索数据的过程中，最基本的手段就是观察单个变量的取值情况。对于连续型变量，可以绘制直方图或密度曲线图。...在 R 的应用中，可视化是一个非常活跃的领域，新的包层出不穷。网站 The R Graph Gallery 收集了各种新颖的图形以及相应的示例代码，值得对可视化感兴趣的读者关注。
今天尝试解决使用ggplot2画图时的一个问题，图例不按规矩出牌。 ggplot2的作者们在测试时发现更新版本也出这问题了，正好可以用于简单说明。 本来是一个这样的图形 ? 新版本变成了 ?...而我是画两个相似的图形时出现这问题，数据结构一样，然后画图后图例的顺序变了~ 根据文档，默认使用了某种“秘密魔法”？！...下面是一个例子： dat <- data.frame(x = LETTERS[1:3], y = 1) p ggplot(dat, aes(x, y, fill = x, colour = 1:3...如果我们要改变图例顺序，按下面的操作，将color变成1，然后fill使用默认排序： # And we can reverse the order p + guides( color = guide_colorbar...当然，如果你理解了上面的英文文档，怎么设定怎么排都是可以的。
Date : [[2022-01-06_Thu]] Tags : #R/index/02 #R/R可视化 #R/R数据科学 #其他/答粉丝问题 前言 感觉ggplot 绘图中的图例/legend，完全可以作为一个单独的内容讲很久...2-移除图例标题 theme(legend.title = element_blank())，我们也可以在labs 中，按照aes 定义的对应内容，直接创建空白的名称： ggplot(chic, aes...其实不只是图例，aes 中设定的属性都可以进行排序。...搜了一圈，发现参数：key_glyph 比如：key_glyph = draw_key_rect，就只会画出图例的背景颜色。新问题来了。那么该如何解决tile 图的内部线段呢？...问题来了 在[[89-R可视化21-利用aplot拼图实现类似热图注释柱效果]] 中我提到过，下面这个图： 这样的好处是，注释柱可以堆叠在一起，比较节约空间；但是，不同类型的色块柱的图例却会“缝合”在一起
本教程将解释如何使用 Python 在 Plotly 图形上手动添加图例文本大小和颜色。在本教程结束时，您将能够在强大的 Python 数据可视化包 Plotly 的帮助下创建交互式图形和图表。...情节发展必须包括一个图例，以帮助观众理解信息。但是，并非所有情况都可以通过 Plotly 的默认图例设置来适应。本文将讨论如何在 Python 中手动将图例颜色和字体大小应用于 Plotly 图形。...这些参数控制图上显示的图例的颜色和字体大小。 最后，使用 Plotly 中的 show（） 函数显示绘图。...legend_font_color='green', legend_font_size=14) # display the plot fig.show() 输出 结论 因此，我们学会了如何在 Python 中手动将图例颜色和图例字体大小添加到绘图图形中...在 Plotly 图形中包含故事是数据可视化的重要组成部分。如果在某些情况下默认设置不足，则可能需要手动调整图例颜色和文本大小。
尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...在包函数中使用 aes() 和 vars() 为了使用ggplot2创建图形，你很可能至少要使用一次aes()函数。如果你的图形使用了分面操作，你可能也会使用vars()用来指向绘图数据。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！
常规气泡图的图例 示例数据就直接用内置的鸢尾花的数据集了 library(ggplot2) colnames(iris) ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width...我开始想复杂了，以为需要去图例相关的参数里进行设置，原来直接更改点的形状就好了，给shape参数设置成21就好了 ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width...image.png 这样的话图上的点也都变成空心的了，如果想把图上的点设置成实心的，就再增加一个fill参数就好了 ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width...image.png 这里还可以看到图例是带灰色背景的，如果想要去掉怎么办呢？...image.png 添加圆形的分组边界 用到的是ggforce这个包里的geom_circle()函数 library(ggplot2) library(ggforce) colnames(iris)
/zenodo.org/record/6332981#.YroV0nZBzic https://github.com/Jingning-Zhang/PlasmaProtein/tree/v1.2 今天的推文重复一下论文中的...coord_cartesian(ylim = c(0,0.5)) + scale_fill_manual(values = as.character(eqtls$cls)) im1 image.png 这里新接触到一个R包...latex2exp，用来添加比较复杂的文本公式之类的很方便，需要好好学习一下 第二个小图b im2 ggplot(eqtls, aes(x = 1:49,y=V3, size=sample))...coord_cartesian(ylim = c(0,0.25)) + scale_fill_manual(values = as.character(eqtls$cls)) im2 image.png 贡献的图例...(get_legend(im3)) pm3 image.png 这里新接触到一个知识点是 ggplot2作图的图例可以单独提取出来然后和其他图去拼图 最后是拼图 p <- ggarrange(ggarrange
---- R语言绘图系列： R语言可视化及作图1--基础绘图（par函数，散点图，盒形图，条形图，直方图） R语言可视化及作图2--低级绘图函数 R语言可视化及作图3--图形颜色选取 R语言可视化及作图...4--qplot和ggplot2美学函数 R语言可视化及作图5--ggplot2基本要素和几何对象汇总 R语言可视化及作图6--ggplot2之点图、条形图、盒形图、直方图、线图 * 1....图例绘制 2.1 guide_legend函数（主要参数：color, shape, size） 图例调整函数也属于标度函数的一类，但不可以直接使用加号来连接，必须放在函数中，作为一个参数。...factor(1:5)) pp ggplot(dat,aes(x,y,color=p,size=q,shape=r))+geom_point() #画出散点图，在不对图例进行任何调整的情况下，图形有测也会出现三个图例...在theme函数中，与图例有关的主要参数有： 参数 用法 功能 legend.background 接受函数element_rect() 定义图例背景 legend.margin 接受数值 定义图例的边缘范围
image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色，按照一定的数值来映射大小...image.png 拉大图例与主图的距离 使用theme()函数中的legend.box.margin参数来调节 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes...image.png 将图例放到右上角 通过 legend.justification 参数来实现 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes(fill=x)...image.png 还有另外两个知识点是调节图例的标题和图例的距离以及图例的文本和图例的距离 分别需要用到legend.spacing.y和legend.spacing.x参数 ggplot(data=...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记
当使用ggplot2作图的时候如果多个图拼接到一起，图例互相之间有一样的时候，比如如下的情况（我们用R语言内置的鸢尾花的数据集做三个散点图） ?...) ggarrange(p1,p2,p3,ncol = 3) 因为三个图的图例是一样的，我们完全可以只显示一个图例就够了。...image.png 图例放到顶部，默认的布局是3行3列，如果要改成1行6列呢？ggplot2里应该有对应的参数可以修改吧？...但是目前还不知道如何使用ggplot2自带的函数来操作，查资料的时候发现了一个R包lemon里有一个reposition_legend()函数 参考资料的链接是 https://cran.r-project.org...如果将ggplot2的图例设置为顶部，默认结果如下 p4ggplot(df,aes(x=V1,y=V2))+ geom_point(aes(color=V6))+ theme_bw()+
首先做一幅简单的散点图，使用的数据集是R语言里自带的iris library(ggplot2) ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width))+ geom_point...下面对图例进行操作 首先是更改图例的标题 现在上面的图图例的标题是Species，我现在想把他改为cultivar 第一种方法是直接在原数据集上改，因为这个图例的标题对应的是数据的列名，我把列名改了就可以了...image.png 不想要图例的标题可以直接加theme(legend.title="none") 接下来是更改图例的大小 如果更改点的大小，右侧图例的大小也会跟着改变 比如 ggplot(iris1,...这个时候我想要让右侧图例的小一点 参考 https://stackoverflow.com/questions/15059093/ggplot2-adjust-the-symbol-size-in-legends.../blog/2016/01/creating-plots-in-r-using-ggplot2-part-4-stacked-bar-plots.html iris1$cultivar<-factor(
今天跟大家分享的是ggplot图表中的一类重要元素——线条。...R语言中ggplot函数系统中涉及到线条的地方有很多，最常见的场景就是我们做geom_line()（折线图）、geom_path（）(路径图),以及图表的绘图区（panel）、图表区、网格系统（grid...今天以一个折线图为例，简要说明ggplot函数中关于线条的主要参数及其效果。...我们使用过ggplot内内置数据集验证我们的猜想。...除了折线图（以及路径图，等图层中的线条之外），在theme系统中存在大量的关于线条的属性设置(网格系统、图表边框、轴线、图例系统)，均可以参照以上参数进行设置。
昨天简单介绍了一篇文章及生命游戏在R中的实现： PNAS：模拟微生物群落互作及生命游戏在R中的实现 生命游戏中有不少有趣的图形，今天又玩了一下，顺便做一介绍。代码用昨天的即可实现。...注意，代码中判断下个状态是否有细胞存在这句改了一下，之前理解的有点问题，另外规则也不完全对。...R中的实现： 只需要改变初始输入的矩阵即可。...即图形不会发生变化。如四个细胞围成的正方形。...震荡模式，图形会在几个样式之间来回震荡，如一条线的样式。
今天跟大家分享ggplot图表系统中形状。 在ggplot函数系统中，形状是一类重要的映射属性，如同颜色一样，它可以被赋予给变量，当然也可以直接指定实际的形状类别。...ggplot函数的图层理念中，修改局部图层的元素，需要在局部图层内进行设定，这里需要在geom_point（）函数内部进行形状设定。 R绘图系统中存储着的形状符号多达25种： ?...颜色变量是所有属性中为数不多的既可以使用离散型变量、又可以使用连续性变量进行映射的属性 二、关于制定属性映射时shape、size、colour（fill）的位置问题。...作用于单个图层的映射属性要放在对应图层中，（比如作用于线条的属性要放在geom_line()内，作用于形状的属性要放在geom_point()内）,作用于全局的属性要放在全局系统函数层内【ggplot（...（比如本例中同时作用于折线图和散点图的数据集、x轴y轴变量以及分组变量等） 以上是个人学习ggplot函数过程中所获得的一些体会和心得，希望能够帮助大家在学习R语言可视化过程中少走一些弯路，限于个人能力和水平
---- 条形图 函数barplot()的最简单用法是： barplot(height) 其中的height是一个向量或者一个矩阵。 接下来示例中，我们绘制一项探索类风湿性关节炎新疗法研究的结果。...数据已经包含在随vcd包分发的Arthritis数据框中。...par()函数能够让你对R的默认图形作出大量修改，这里只给出一个示例： par(mar=c(5, 8, 4, 2)) # 增加y边界大小 par(las=2) # 旋转条形的标签...density_default_plot.png 可以比较的核密度图 核密度图可以用于比较组间，使用sm包中的sm.density.compare()函数可向图形叠加两组或更多的核密度图。...# 第一个参数locator(1)表示用鼠标点击放置图例的位置；第二个参数是由标签组成的字符向量，第三个参数值使用向量colfill为cyl.f的每一个水平指定一种颜色。
❝本节来介绍如何自定义给分面图形添加R值与P值，通过两个案例来进行展示❞ 加载R包 library(tidyverse) library(gapminder) library(ggpmisc) library...continent %in% c("Oceania","Americas"),year >=1982) 数据可视化 ❝在这个案例中我们介绍使用「stat_quant_eq」函数自动添加拟合曲线的R值与...P值❞ df %>% ggplot(aes(gdpPercap,lifeExp,color=continent))+ geom_point(size=2.5,aes(color=continent)...R值与P值，但是实际中也许会存函数无法自动添加的情况，那么就需要使用代码自定义去添加，如果图表只有一个那样操作很是轻松，但若是图表采用分面的形式绘制那么就需要自定义函数来添加文本 ❞ 自定义注释函数 annotation_custom2...Inf, data) { layer(data = data, stat = StatIdentity, position = PositionIdentity, geom = ggplot2
作图的时候常出现一个问题，我把windows系统字体Times New Roman指定为图形里的字体，虽然在RStudio图形窗口会显示指定字体，但是在保存为PDF时出现问题，出现字体类别错误，指定字体无法显示...但是在输出图形时出现错误： ? 显示字体类别错误 ? 那么这个问题怎么解决这个问题了？ 需要用到sysfonts和showtext两个包。...pdf("out.pdf", width = 7, height = 5) # 打开图形设备 showtext_begin() library(ggplot2) # 加载包 ggplot(Bar,...showtext包 在R中使用基本字体以外的字体并不是一件简单的事情，特别是PDF图形设备中，而showtext包就可以使我们更轻松的使用其他字体。...注意：showtext包目前并不适用于RStudio的内置图形设备。建议在原始R控制台中运行代码。 如果想在RStudio中运行代码则手动打开图形设备，如x11()和windows()。
最近在使用ggplot2对箱线图叠加点图是发现奇怪的现象，只要我改变点的形状，绘图就出问题了。 下面我通过一个简单的示例展示这个问题。...我们先生成一组简单的数据，并绘制一个正常的叠加图： library(ggplot2) library(dplyr) head(mtcars) ## mpg cyl...来解决点也需要分配到不同的fill组中的问题。...而我们代码的唯一修改就是增加了shape映射以修改点的形状。 我百思不得其解，ggplot完全没有干好它该干的事情嘛。...最后我把问题抛到了stack overflow，很快Jon Spring 进行了解惑： 在这种情况下，我们希望位置抖动“意识到”存在填充美学映射的两个分类。
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