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R中实现生命游戏简单图形

昨天简单介绍了一篇文章及生命游戏在R中的实现： PNAS：模拟微生物群落互作及生命游戏在R中的实现生命游戏中有不少有趣的图形，今天又玩了一下，顺便做一介绍。代码用昨天的即可实现。...注意，代码中判断下个状态是否有细胞存在这句改了一下，之前理解的有点问题，另外规则也不完全对。...R中的实现：只需要改变初始输入的矩阵即可。...即图形不会发生变化。如四个细胞围成的正方形。...震荡模式，图形会在几个样式之间来回震荡，如一条线的样式。

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「R」R 的基本图形绘制

---- 条形图函数barplot()的最简单用法是： barplot(height) 其中的height是一个向量或者一个矩阵。接下来示例中，我们绘制一项探索类风湿性关节炎新疗法研究的结果。...数据已经包含在随vcd包分发的Arthritis数据框中。...在关节研究中，变量Improved记录了对每位接受了安慰剂或药物治疗的病人的治疗结果： > library(vcd) 载入需要的程辑包：grid > library(grid) > counts R的默认图形作出大量修改，这里只给出一个示例： par(mar=c(5, 8, 4, 2)) # 增加y边界大小 par(las=2) # 旋转条形的标签...density_default_plot.png 可以比较的核密度图核密度图可以用于比较组间，使用sm包中的sm.density.compare()函数可向图形叠加两组或更多的核密度图。

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R语言：图形

常用的图形，这里给出案例： barplot 条形图、单向量条形图 > attach(mtcars) The following object is masked from package:ggplot2

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R中的自定义函数function

expression)} printLine <- function () { print("--------------------------------------------"); } #函数的调用...sd']] <- sd(column); #s #直接写个s也可以替代下面的语句 return (s); } summaryEx(data[, 3]) 通过定义函数，实现了summary函数的加强版功能...更多自编函数，参见Erin的自编函数整理，直接调用帮助你的数据分析工作事半功倍哦！

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「R」ggplotify——连接各类R图形

在作图的时候想拼接不同的图形对象，如pheatmap 包的热图、ggplot2 对象以及 base 图形等。...这里找到了Y叔的ggplotify包，以下是对 Vignette 的翻译，以帮助自己理解用法，也希望读者受益。...)) library("lattice") data(mtcars) p5 <- as.grob(densityplot(~mpg|cyl, data=mtcars)) as.grob 函数接收绘制图形的...图形可以由基础图形生成 (p1, p2, p3) 或者 grid (p4)。如果图形产生了图形对象，它可以直接用于其他工具包lattice、meme和UpSetR等的输入。...ggplot2 所有可以转换为grob对象的图形都可以使用as.ggplot函数转换为ggplot对象。

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R相关图形参数

####图形参数 head(cars) cars<-cars[c(1:10),] cars1<-data.frame(speed=2*cars[,1],dist=2.5*cars[,2]) head(cars1...) plot(cars1dist~cars1speed, #y~x main="速度与路程的关系图", #标题 xlab="速度公里/每小时", #x轴标题 ylab="路程（公里）", #y轴标题...=2,cex.lab=1.5, #各种字体的大小 col="blue", #颜色 pch=19,cex=1) #pch代表点的形状，数字表示 abline(lm(cars1dist~cars1speed...cars1),cex=0.6,pos=4,col="green") text(5,40,expression(novogene^2)) text(6,50,expression(gwas[2])) ####图形边距和图形布局...外边框蓝色 box("outer",col="blue") par(mfrow=c(3,2)) #一张图上3行2列 windows() #新建一个绘图窗口，不覆盖内容整理来自：微信公众号R语言中文论坛

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「R」传统图形绘制

R 的传统绘图遵循画家模式。高级绘图函数 + 低级绘图函数才能让图形丰富多样起来。...text() 还可以接受 R 表达式。...图例 legend() 函数用于在图像中添加图例或关键字。第一个例子展示在散点图中添加图例的方法，图例将不同的组名和对应的符号关联起来。前 2 个参数给定对于用户坐标系统，图例左上角的为止。...下一个例子展示条形图添加图例，图例中组名对应不同的填充模式。...创建绘图函数 xy.coords()允许在新建的函数中灵活指定 x 与 y 参数。该函数接收 x 参数与 y 参数并且创建一个标准的包含 x 值、y 值以及坐标轴合理标签的对象。

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R语言_图形初阶

#输出图形到pdf pdf("mygraph.pdf") attach(mtcars) plot(wt,mpg) abline(lm(mpg~wt)) title("regression of mpg...on weight") detach(mtcars) dev.off() #图形参数par设置 opar = par(no.readonly=TRUE) par(lty=2,pch=17) #指定线型...main="main",sub="sub", xlab="xlab",ylab="ylab", xlim = c(0,60),ylim=c(0,70)) par(opar) #图形颜色种类...xlab=,ylab=, col.lab=,cex.lab=) axis(side=,at=,labels=,pos=,lty=,col=,las=,tck=,) #side的方向是下左上右...,cex.lab=1,las=2,col="blue") help(plotmath) #数学文字 #综合1：左右两边两个y轴的图形设置

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「R」R传统图形绘制多图

layout() 将图片内部区域分割为一组行和列，但行高和列宽度可以分别控制，并且每个子图可以占据超过一行或一列的位置。 layout() 用矩阵作为参数来表示上述的思想，矩阵的值就是子图的序号。...不过显然到这里，还感觉差一些东西：默认情况下，所有的行高和列宽尺寸都是相同的，而且内部也是以这种方式分割。怎么实现自定义的行高或列宽？这需要设定 heights 和 widths 2 个选项。...0 可以用来进行占位，给图形留出更多的空间。...我们也可以使用 lcm() 对某个图形进行厘米大小的设定，如上面的空隙大小。...更多的操作查看文档啦~ 这里其实只要知道 layout() 函数，以及通过矩阵设定子图排列的思想使用起来就简单的。更复杂的操作就要学习 grid 了，可能未来的某天我会学习并写写。

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R语言进阶之图形的合并

为了节省版面，我们通常会将多张图片合成一张图，在R语言中我们可以使用par( )或者layout( )函数来轻松实现这个功能。 1....函数par( )的使用在使用函数par( )时, 你需要添加参数mfrow=c(n, m) 去创建一个n行 x m列的画布，画布中的每一格可以放一张图片，此时图片是按照行排列的。...另外，我们可以通过参数widths= 和 heights= 来更精准地控制每张图片的尺寸，其中widths= 代表的是每一列的宽度，heights= 代表的是每一行的高度： # 画布第一行包含一张图片，...为了明白上述绘图原理，我们可以将整个画布理解成一个从左下角坐标点（0，0）到右上角坐标点（1，1）的平面坐标系，函数par( )里的参数fig=代表的就是图片左下角和右上角的坐标。...关于图形的合并就讲到这里，在后续的内容中我会简单和大家介绍一下如何使用“cowplot”包来对ggplot的对象进行合并，敬请期待！

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「R」cowplot（四）图形排列

基本用法 plot_grid()提供了将图形排列进网格以及为它们添加标签的简单接口： require(cowplot) theme_set(theme_cowplot(font_size=12)) #...支持的图形类型函数plot_grid()可以处理几种不同的图形类型，包括ggplot类，gtable以及基本图形等。...（这个图片自动黑掉，啥情况~） recordedplot <- recordPlot() # record the previous plot 定义一个创建图形的函数： plotfunc 的其他图形不适用。精细调节图形显示使用 label_size调节标签大小，默认是14。...嵌套网格你可以通过在一个plot_grid()中嵌套另外一个plot_grid()： bottom_row <- plot_grid(plot.mpg, plot.diamonds, labels =

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R语言_基本图形

= table(cyl) lbls = paste(names(counts),"\n",counts,sep="") pie(counts,labels=lbls) par(opar) #更加直观的扇形图...yfit*diff(h$mids[1:2])*length(x) lines(xfit,yfit1,col="blue",lwd=2) box() par(opar) #核密度图 #估计随机变量概率密度的非参数方法...locator(1),levels(cyl.f),fill=rainbow(3)) #箱线图 #1 boxplot(mpg) #2 boxplot(mpg~cyl,data=mtcars) #3 #箱线图的宽度和样本大小成正比...，凹槽不重叠表示中位数有显著差异 boxplot(mpg~cyl,data=mtcars, varwidth=TRUE, notch=TRUE) #4 #两个因子交叉的箱线图

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「R」grid 图形对象 grobs

学习材料：https://bookdown.org/rdpeng/RProgDA/the-grid-package.html#grobs grobs 是 grid 绘图系统中图形对象的表示，即 graphics...gridExtra 包定义了更多的图形对象。...多个图形对象可以叠加，而且叠加后可以修改原来的图形对象。...我们可以使用 grid 提供的函数来修改 ggplot2 图形，首先我们需要先找到 ggplot 图像中的对象，然后使用 grid.edit() 进行修改。...gTree grob 可以包含多个子 grob（即组装多个子对象），可以用于像箱线图这种复杂的图形中。

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R包：ggalign调整和组合多个图形的R包

介绍这个包扩展了ggplot2，提供了用于对齐和组织多个图的高级工具，特别是那些自动重新排序观察结果的工具，比如树形图。...它提供了对布局调整和情节注释的精细控制，使您能够创建复杂的、出版质量的可视化，同时仍然使用熟悉的ggplot2语法。...create complex, publication-quality visualizations while still using the familiar grammar of ggplot2.案例安装R包...install.packages("ggalign")install.packages("ggalign", repos = c("https://yunuuuu.r-universe.dev"..., "https://cloud.r-project.org"))# install.packages("remotes")remotes::install_github("Yunuuuu/ggalign

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ggplot2分面图形自定义添加回归曲线R值

❝本节来介绍如何自定义给分面图形添加R值与P值，通过两个案例来进行展示❞ 加载R包 library(tidyverse) library(gapminder) library(ggpmisc) library...continent %in% c("Oceania","Americas"),year >=1982) 数据可视化 ❝在这个案例中我们介绍使用「stat_quant_eq」函数自动添加拟合曲线的R值与...legend.key = element_blank(), legend.title = element_blank()) ❝可以看到使用「ggpmisc::stat_poly_eq」函数很轻松的添加上了...R值与P值，但是实际中也许会存函数无法自动添加的情况，那么就需要使用代码自定义去添加，如果图表只有一个那样操作很是轻松，但若是图表采用分面的形式绘制那么就需要自定义函数来添加文本 ❞ 自定义注释函数 annotation_custom2...hjust=0,gp=gpar(col="#DC0000FF", fontsize=10))) grob2 R^

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全网最全的R语言基础图形合集

欢迎大家关注全网生信学习者系列：WX公zhong号：生信学习者Xiao hong书：生信学习者知hu：生信学习者CDSN：生信学习者2直方图直方图是一种对数据分布情况进行可视化的图形，它是二维统计图表，...(size = 9, color = "black", face = "bold"), panel.grid = element_blank())热图热图也是一种对数据分布情况可视化的统计图形...在基因表达或者丰度表达差异研究中，热图既可以展现数据质量间的差异性，也可以用于聚类等。...，展示的是样本间相关系数大小的热图。..."lower", method = "number", order = "AOE", diag = FALSE, tl.pos = "n", cl.pos = "n")折线图折线图是反应数据分布趋势的可视化图形

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R语言图形交互基础一

从今天开始我们开启R语言的交互图形设计征程，今天主要是初识shiny这个交互的R包。首先我们看下其官网（http://shiny.rstudio.com/）： ?...在R语言中shiny的安装就不多讲了其已在CRAN上发布。我们今天主要介绍一下其最主要的两个函数： 1. fluidPage 创建页面，并添加对应的属性。...与此同时在R语言窗口会出现当前的监视端口： ? 当我们要再运行新的程序时需要再从新开启进程或者关闭当前的端口。接下来，我们看下server是如何和ui联合发挥作用的。...logic server <- function(input, output) { output$distPlot 图形区域...hist(rnorm(input$obs))###input$obs就是获取sliderInput中的值。 }) } shinyApp(ui=ui,server=server) ?

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R语言进阶之图形参数

概述 R语言是即使一款功能强大的统计语言，也是一款内容丰富的绘图工具。从原则上讲，你可以用R语言绘制出你能‍‍想到的任何图形。‍‍‍‍ ‍‍‍‍‍‍‍‍...设置x轴和y轴的标签颜色为红色 hist(mtcars$mpg) # 用新设置的绘图参数绘图（mtcars是R中的内置数据集） par(opar) # 恢复最初的绘图参数 ‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍..., col.lab="red") ‍‍ 关于如何在不同绘图函数中设置绘图参数，请参见R语言入门系列。‍‍‍ ‍...下图就是R语言中各个颜色的编号：‍‍ ? ‍‍ ‍...字体 ‍ 在R中，你可以非常方便地去设置字体的尺寸和样式： ‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍ ‍选项 ‍‍‍‍match‍‍描‍‍述‍‍ font 指定使用的字体

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「R」grid图形坐标系统

绘图时，我们需要坐标才能准确地对要绘制的对象进行定位。在 grid 包中，有多种绘图坐标系统，选择一个合适的加以利用可以帮助我们更好地绘制图形。坐标系统不同的单位： native单位：根据数据值。

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OpenCV中的图形绘制

OpenCV在Core模块中支持多种图形绘制与填充，方便开发者在图像对象识别与检测之后通过特定的图形轮廓加以显式表示。常见的几何形状包括线、矩形、圆形、椭圆，此外还支持文字显示。...，Scalar的向量与img的通道数目一直。...参数color 表示绘制使用的颜色，Scalar的向量与img的通道数目一直。...绘制与填充任意闭合区域通过定义好的点，绘制直线，形成闭合区域，可以实现绘制任意形状闭合区域，同时通过OpenCV中泛洪填充API可以实现对任意闭合区域的颜色填充。演示代码如下： ?...完整的代码演示效果如下： ? 其中用的泛洪填充算法，小编打算另外一篇给大家专门扒一下这个算法本身，以及OpenCV中的源代码实现解析。

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