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「R」ggplot2在R包开发中的使用

尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...常规任务最佳实践使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！...[2]rlang: https://rlang.r-lib.org/ [3]ggdendro: https://cran.r-project.org/package=ggdendro [4]ggthemes

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业界使用最多的Python中Dataframe的重塑变形

pivot pivot函数用于从给定的表中创建出新的派生表 pivot有三个参数: 索引列值 def pivot_simple(index, columns, values): """...1 Item2 4 None 3 将上述数据中的bm也包含进来 df = data.pivot(index='item', columns='color') print(df) <==...1 Item2 4 None None pivot_table()是pivot()的泛化，它允许在数据集中聚合具有相同目标的多个值。...c0 c1 c-00 c-01 c-10 r0 r-00 (0, 0) (0, 1) (0, 2) r-01 (1, 0) (...1, 1) (1, 2) ## stack: c0 c1 r0 r-00 c-00 (0, 0) NaN c-01 (0,

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【R语言】R中的因子（factor）

R中的因子用于存储不同类别的数据，可以用来对数据进行分组，例如人的性别有男和女两个类别，根据年龄可以将人分为未成年人和成年人，考试成绩可以分为优，良，中，差。...R 语言创建因子使用 factor() 函数，向量作为输入参数。...levels：指定各水平值, 不指定时由x的不同值来求得。 labels：水平的标签, 不指定时用各水平值的对应字符串。 exclude：排除的字符。 ordered：逻辑值，用于指定水平是否有序。...这个顺序也是有讲究的，一般是按字母顺序来排列。我们也可以按照自己的需要来排列因子的顺序。...关于这个参数后面我们还会给大家举个更实际的，跟临床数据相关的例子。 R中的因子使用还是更广泛的，例如做差异表达分析的时候我们可以根据因子将数据分成两组。

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R语言ggplot2作图如何去掉图例中的NA

遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色第一步是准备进化树文件...(((T1:0.4861354076,T2:0.2834595428):0.942360715,(((T3:0.3184458097,T4:0.9622228269):0.4969661732,T5:...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本需要示例数据和代码点赞点击在看然后在后台留言 20210605 就可以了小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python...做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！

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学以致用：语言模型在重塑教育中的作用

准则 2: 永远不要相信，要验证遵循准则 2(见 7 个指导语言模型工作的原则)，我下一步的行动是: Jon: 听起起来不错，请写一个测试来证明它可行。...2 Bob 20 cook 3 2 Bob 30 clean PersonJobCombos CTE的输出显示了人员和工作的所有可能组合...在我上一份工作中，我写了很多SQL，在我当前的工作中我也写了很多。在上一份工作中，我从未发现过对 cross join 的需求。...作为SQL从业者，我可以反其道而行，了解熟悉的SQL习语在R或Python中的运用。...实际上，我刚刚做到了这一点，而ChatGPT不仅能够编写代码，而且能够运行它——目前仅支持Python（尚不支持R），但似乎不可避免的是LLMs将连接到多个引擎以执行各种分析任务。

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「R」R 中的方差分析ANOVA

R默认类型I（序贯型）方法计算ANOVA效应（类型II和III分别为分层和边界型，详见R实战（第2版）202页）。...R中的ANOVA表的结果将评价： A对y的影响控制A时，B对y的影响控制A和B的主效应时，A与B的交互影响。一般来说，越基础性的效应需要放在表达式前面。...单因素方差分析单因素方法分析中，你感兴趣的是比较分类因子定义的两个或多个组别中的因变量均值。...glht.png par语句增大了顶部边界面积，cld()函数中的level选项设置了使用的显著水平。有相同的字母的组说明均值差异不显著。...fit2 <- aov(weight ~ gesttime*dose, data=litter) summary(fit2) HH包中的ancova()函数可以绘制因变量、协变量和因子之间的关系图。

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R tips: R中的颜色配置方案

数据可视化不可避免的就是要选择一些颜色方案，颜色方案除了手动设置之外，在R中也有自动生成颜色方案的工具。...R中的HCL配色方案 HCL本意是和RGB HSV等一样的颜色空间的术语，由于这里所用的颜色方案在R中是hcl.pals函数，所以就称为HCL配色方案了。...HCL相比较HSV等颜色空间的一个重要优点就是颜色的视觉明度是均一的，在R中也是推荐使用hcl颜色方案，不推荐使用rainbow等颜色方案了。...") # [1] "#1B9E77" "#D95F02" "#7570B3" 不同于hcl的配色方案，RColorBrewer中颜色方案数量是固定的，不会对颜色进行自动插值，比如Dark2配色一共只有...colorRampPalette(dark2_cols)(50)) par(opar) 另外，ggplot2中修改color映射的scale_color_brewer和scale_fill_brewer

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「R」说说r模型中的截距项

y ~ x y ~ 1 + x 很多读者在使用 R 的模型构建时可能会对其中的截距项感到困惑。上述两个模型都描述了简单的线性回归，是等同（完全一致）的。...当我们了解这一点后，我们在实际的操作过程中尽量指明截距项，这样能够更加方便自己和他人理解。 y ~ 0 + x y ~ -1 + x y ~ x - 1 上述3个模型都去除了截距项。...如果是 y ~ 1 那么得到的模型结果恰好是均值。为什么是均值呢？大家不妨想一想。...相关资料： https://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.html#Statistical-models-in-R https://stackoverflow.com.../questions/13366755/what-does-the-r-formula-y1-mean

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重塑银幕声音：腾讯云语音在视频中的应用

过去，方言配音需要大量的人力和时间投入，特别是在多语言和多方言的影视作品中，寻找合适的配音演员并进行专业的录音是一项极其繁琐的工作。...下面我们简单利用腾讯云语音技术来重塑银幕声音，通过实践来认识腾讯云语音如何实现视频智能化配音。...在访问管理页面中，选择“API密钥管理”，如果没有已创建的API密钥，点击“新建密钥”按钮。根据需要，可以在访问管理页面中设置密钥的权限，确保密钥有调用语音合成服务的权限。...系统流程图在实践开始前，我们先对系统流程时序图进行梳理以上就是一个简单的音视频处理时序图，主要包括提取音频文件，语音转文字，文字合成语音，最终集成到原视频中，实现视频原音重塑。...最终我们可以将字幕以及新生成的音频集成到原视频中，生成新的配音视频。

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R语言的综合应用-2

R语言的综合应用-2 题外话：长脚本管理方式 1.分成多个脚本，每个脚本最后保存Rdata，下一个脚本开头清空再加载 #第一个脚本 ... save(pd,exp,gpl,file)="ssss.Rdata...，则{}里的代码被跳过，if(T){...}...，则{}里的代码被运行四、表达矩阵画箱线图宽数据变成长数据（一堆代码） library(ggplot2) p = ggplot(pdat,aes(gene,count))+ geom_boxplot...其中X是数据框或者矩阵名； MARGIN为1表示行，为2表示列 FUN是函数（对X的每一行/列进行FUN这个函数） apply(test, 2, mean) apply(test, 1, sum)...（二）列表的隐式循环——lapply sapply 列表没有行，列的概念六、两个数据框的连接 inner_join(test1,test2,by="name") right_join(test1,test2

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数据迁移中需要考虑的问题(r2第15天)

在生产环境中，做数据迁移需要考虑很多的可能性和场景，尽量排除可能发生的问题。我自己总结了下，大体有如下需要注意的地方。...2）完整的备份策略热备甚至冷备在数据迁移之前进行完整的备份，一定要是全量的。甚至在允许的情况下做冷备都可以。数据的备份越充分，出现问题时就有了可靠的保证。...对于lob的数据类型，在使用imp,impdp的过程中，瓶颈都在lob数据类型上了，哪怕表里的lob数据类型是空的，还是影响很大。...3)网络网络带宽网络是很重要的一个因素，数据迁移的时候肯定会从别的服务器中传输大量的文件,dump等，如果网络太慢，无形中就是潜在的问题。...14）constraint级的数据不一致这种问题存在而且很隐蔽，比如如下的错误。就是not null constraint在源schema中不存在，在导入目标库的时候出问题了。

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R中的sweep函数

函数的用途 base包中的sweep函数是处理统计量的工具，一般可以结合apply()函数来使用。...…… 下面我们结合几个具体的例子来看 #创建一个4行3列的矩阵 M = matrix( 1:12, ncol=3) 1.每一行都减去这一行的均值 #方法一，通过rowMeans函数来计算每一行的均值...sweep(M,1,rowMeans(M)) #方法二，通过apply函数来计算每一行的均值，MARGIN=1，对行做操作 sweep(M,1,apply(M,1,mean)) 2.每一行列都减去这一列的均值...#方法一，通过colMeans函数来计算每一列的均值 sweep(M,2,colMeans(M)) #方法二，通过apply函数来计算每一列的均值，MARGIN=2，对列做操作 sweep(M,2,...apply(M,2,mean)) 3.四行分别加上1，2，3，4 sweep (M, 1, c(1: 4), "+")

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R中的循环绘图

❝本节来介绍在 R中如何使用ggplot2结合for循环绘图并保存，下面通过一个案例来看具体操作 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(data.table) library...library(patchwork) 设置文件路径 file_name <- "loop_data.tsv" 读入数据 dat <- fread(file_name, sep="\t") 获取唯一的城市名称进行循环...cities = unique(dat$city) 创建一个空列表来保存创建的图 city_plots = list() 循环遍历并绘图保存 for(city_ in cities) { city_plots...".pdf"), width =3.04, height =3.10, units = "in", dpi=300) } 上面我们将每一张图都单独输出了，下面来介绍如何将其全部组合起来，分别介绍两种R包的方法...gridExtra&patchwork grid.arrange(grobs=city_plots,ncol=3) patchwork::wrap_plots(city_plots,nrow=2)

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R中的小技巧

1.str() 在很多语言里可以将其他类型转化为字符串，不过在R中会返回数据类型。...但是这样可以： df$`1` df$后tab键提示出来也是会有反引号的。...做线性回归也可以： lm(`2`~`1`,data=df) 4.对数据框的操作新建数据： sales <- expand.grid(country = c('USA', 'UK', 'FR'),...1.5 transform(sales, euro = revenue * usd2eur) 5.cut / table cut可以把数据分成想要的区间： irisSL <- iris$Sepal.Length...# 分成五个bins cut(irisSL, 5) # 也可以按我们想要的范围分割 cut(irisSL, breaks = seq(1,8,1)) 可以用table统计每个范围的数目： table(

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124-R编程18-R的内部机制2

参考： R的内部机制 - 王诗翔 (shixiangwang.github.io)[1] 19 函数进阶 | R语言教程 (pku.edu.cn)[2] 09....的c(1,2,3)是一个表达式，其结果为一个R对象(object)，而x只是一个变量名，并没有固定的类型、固定的存储位置，赋值的结果是将x绑定到值为(1,2,3)的R对象上。...★当我们查找一个符号（变量）时，如果它在当前环境中，R就会在当前环境中搜索并返回该符号指向的对象。如果这个符号在当前环境中没有找到，R就会到它的父环境中搜索。...父环境当我们查找一个符号（变量）时，如果它在当前环境中，R就会在当前环境中搜索并返回该符号指向的对象。如果这个符号在当前环境中没有找到，R就会到它的父环境中搜索。...(e2) 在R 赋值中我提到过，中赋值，最先在那一层父环境中找到变量就在那一层中赋值

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2008R2的sconfig命令

2008R2的sconfig命令比较特殊，图形界面版没有sconfig命令，core命令行版却有微软文档： https://learn.microsoft.com/zh-cn/previous-versions...hh489602(v%3dmsdn.10) 用everything搜索： sconfig.vbs|sconfig.cmd c:\windows\system32 sconfig命令，server2008r2...core版中有，server2008r2 gui版中没有我从core版中提取出来的文件，放到gui版中可以用 %windir%\system32\sconfig.cmd %windir%\system32...\en-US\sconfig.vbs 英文版的vbs位置是%windir%\system32\en-US\sconfig.vbs 中文版的vbs位置是%windir%\system32\zh-CN\sconfig.vbs...从2008R2原版ISO中找到install.wim中对应的core版本分支（用7z就可以），提取这2个文件放到2008R2 gui版的对应位置即可使用 sconfig.cmd、sconfig.vbs

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statsmodels的回归R2的问题

在python中，我们回归一般采用的是statsmodels这个模块，但是回归的时候获得的R2其实有那么点学问，有时候设置错参数可能得到的R2大家会觉得怪怪的。这里就给大家排个雷。...每一组内部，其实就是有没有hasconstant这个参数，以及这个参数设置的问题。数据中，rate列作为y，plf_ttm作为x。大家不用在乎这是什么，只要关注后面的R2的结果就可以了。...我们分别获取了第一组的情况下的三种回归的r2和回归的结果。我们看到两点： 1.r2来看，第二种和第三种是一样的。而第一中明显高于后面两种。这是为什么呢？...我们发现，r2计算的时候分成两种，一种的tss分母是centered，一种是uncentered，而如果constant是包含在模型中，那么就是用centered，如果没有，那么就是uncentered...这也就是为什么我们在第一组中，constant是false的时候，r2这么大。那么第二组中把addconstant去掉之后的结果是怎么样的呢？ ?

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R：ggtext包丰富ggplot2中文本的表现力

ggtext让ggplot2图像也可以使用html、markdown及css语法，丰富了ggplot2文本的表现力。...NULL, padding = margin(4, 4, 4, 4), margin = margin(4, 0, 0, 0), linetype = 1, r..., color = "white", fill = "#5D729D", box.color = "#4A618C", halign = 0.5, linetype = 1, r...(~class)控制的），那么可以将原始的数据的class格式化为一个html的标记，下图就是将strip的字体颜色映射为mpg中的cyl变量，当然了由于class中存在多种cyl信息，因此被拆分成了多个子图...color = "white", fill = "#5D729D", box.color = "#4A618C", halign = 0.5, linetype = 1, r

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R语言之可视化①⑨子ggplot2中的图例修改

目正文自定义ggplot2图的图例。这里我们要修改非数据组件，通常通过theme（）命令来完成。此页面受到ggplot2（？theme）帮助页面的强烈启发。...另外，请访问非常强大的ggplot2文档以获取更多信息。...image.png 修改图例中的分类名字 basic+labs( colour = "name1", shape = "name2" ) ?...image.png 删除图例中的一类 basic + guides(shape=FALSE) ?...# 设置图例中的标题 basic + theme(legend.title = element_text(face = "bold")) ?

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生产系统中只读表的实现思路(r2第43天)

2）可能需要从一些外部系统中拷贝一些数据做比对和参考，不希望这些“临时”表的数据被认为修改。 3）系统的核心表数据不想被人为的误删。对于以上的场景可以有下面的实现思路。...我们可以创建一些连接用户，这些连接用户中只存在同义词，如果只需要有只读权限，只在role中赋予select权限，或者只赋予select权限就可以了。针对第三种场景比较适用，也是比较通用的。...2)通过物化视图，对于一些表的信息，如果是稳定的，不会变化的，而且通过其他的连接用户都无法直接做更改，可以考虑使用物化视图。这对第一种场景是比较适用的。...这对第2中场景是比较适用的比如表TEST，如果需要设置为read only,可以写如下的sql语句。...alter table TEST read only; 4)外部表外部表在数据迁移中，如果大家接触过比较多的迁移项目，可能就会有很真实的感受，总是有一些主键约束的数据，这些数据又很难在数据迁移之前排查出来

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