将DNA序列看作是只包含['A', 'C', 'G', 'T']4个字符的字符串，给一个DNA字符串 ，找到所有长度为10的且出现超过1次的子串。...序列进行整数编码: [‘A’, ‘C’, ‘G’, ‘T’]4个字符分别用[0, 1, 2, 3](二进制形式(00, 01, 10, 11)所表示，故长度 为10的DNA序列可以用20个比特位的整数所表示...1.设置全局整数哈希int g_hash_map[1048576]; 1048576 = 2^20，表示所有的长度为10的 DNA序列。...3.从DNA的第11个字符开始，按顺序遍历各个字符，遇到1个字符即将key右移2位 (去掉最低位)，并且将新的DNA字符s[i]转换为整数后，或运算最高位(第19 、20位)，g_hash_map[key...4.遍历哈希表g_hash_map，若g_hash_map[i] > 1，将i从低到高位转换为10个字符的DNA 序列，push至结果数组。
在NGS的数据分析中，去除PCR重复序列是一个常见的分析步骤，无论是WES/WGS的snp calling，还是chip_seq, ATAC_seq，都需要对原始的bam文件进行过滤，去除其中的PCR重复序列...在samtools中也提供了去除PCR重复的命令markdup, 该命令对输入的bam文件有以下两点要求 必须是经过samtools fixmate命令处理之后的文件 必须是按照比对上染色体坐标位置排序之后的文件...另外，由于fixmate命令要求输入的bam文件为按照read name,即序列名称排序之后的文件，所以在使用markdup命令时，需要以下4步转换过程 # 第一步，按照read name排序bam文件...2. picard MarkDuplicates picard的MarkDuplicates命令称得上是使用的最广泛的去除PCR重复的工具了，要求输入的bam文件为按照比对位置排序之后的文件，用法如下...input.bam # 第二步，运行markdup命令 sambamba markdup positionsort.bam markdup.bam 除了这三种方法之外，还有很多的工具可以去除PCR重复序列
我的博客即将同步至腾讯云开发者社区，邀请大家一同入驻：https://cloud.tencent.com/developer/support-plan?...在研究 DNA 时，识别 DNA 中的重复序列有时会对研究非常有帮助。 编写一个函数来查找 DNA 分子中所有出现超多一次的10个字母长的序列（子串）。...方法返回true和false来判断子串是否出现超多一次，但是字符串保存的空间消耗大。...复习一下位运算中的按位与或非 按位或规则： 1｜1=1 1｜0=1 0｜1=1 0｜0=0 按位与规则： 1&1=1 1&0=0 0&1=0 0&0=0 非运算规则： ~1=0 ~0=1 再复习一下十六进制...class Solution { public List findRepeatedDnaSequences(String s) { //ACGT的SCII码的二进制表示
基因组注释包括基因组结构注释和基因组功能注释 结构注释的核心是基因识别，为了提高基因识别效率需要首先寻找并标记去除 重复的和低复杂性的序列。 什么是重复序列？...重复序列（repetitive sequence）是在基因组中不同位置出现的相同或对称性序列片段，一般不编码多肽。组织形式有两种：串联重复序列和分散重复序列。...分类 大致分三类： 低度重复序列 中度重复序列 高度重复序列 特点 GC含量低，AT含量高，3'和5'端有直接重复序列存在，有利形成环形结构。...常用数据库 GIRI的RepBase：常用的真核生物DNA重复序列数据库 RepeatMasker:常用的重复序列分析工具 ALU数据库：人和灵长类Alu重复片段 LINE-1数据库...： STR数据库：短的串联重复序列数据库，不再提供服务 ---- 1 RepeatMasker工具 这个工具有webserver版本和命令行版本 Using and Understanding
1、R中重复值的处理 unique函数作用：把数据结构中，行相同的数据去除。...<- unique(data) 重复值处理函数：unique，用于清洗数据中的重复值。...“dplyr”包中的distinct() 函数更强大： distinct(df,V1,V2) 根据V1和V2两个条件来进行去重 unique()是对整个数据框进行去重，而distinct()可以针对某些列进行去重...2、R中缺失值的处理 缺失值的产生 ①有些信息暂时无法获取 ②有些信息被遗漏或者错误处理了 缺失值的处理方式 ①数据补齐（例如用平均值填充） ②删除对应缺失值（如果数据量少的时候慎用） ③不处理 na.omit...') 使用R.studio的小伙伴，在下载包很慢的的时候，可以使用R的官网站点，在中国地区会快很多，以解决此问题。
趋势分析（Trend） 常用趋势的数学函数 线性函数 y=ax+b 指数函数 y=a^x 二次函数 y=ax^2+bx+c 曲线拟合方法 nls可以拟合任意表达式的曲线 nls(formula...,start,data) formula 曲线表达式 start 参数的初始点，可以随便设置一个 设置这个参数的目的：（减少递归的次数，加快运算的速度） data 需要拟合的数据 data
时间序列预测（time series forecasting） ARIMA模型（Autoregressive Integrated Moving Average Model） ARIMA模型，将非平稳时间序列转化为平稳时间序列...，然后将因变量仅对它的滞后值以及随机误差项的现值和滞后值进行回归所建立的模型。...install.packages(“forecast”) 拟合曲线的方法 auto.arima(ts) forecast(arimaModel,h) arimaModel ARIMA模型...h 需要预测的时间长度 代码实现： #install.packages('forecast') library(forecast) data <- read.csv("data.csv
R语言中，如何对数据框的数据根据某个条件进行排序呢？如何根据多条件进行排序呢，类似Excel中的排序效果： ? 1....示例数据 R语言中鸢尾花的数据，数据有五列： > names(iris) [1] "Sepal.Length" "Sepal.Width" "Petal.Length" "Petal.Width"...使用R中自带函数order 「第一列升序，然后是第三列升序」 这里的iris[,1]是数据的第一列 r1 = iris[order(iris[,1],iris[3]),] head(r1) 结果： >...使用dplyr的arrange R包dplyr的函数arrange，更简单，更简洁： # 多条件排序：使用dplyr::arrange library(dplyr) data("iris") head(...然后是第三列升序 arrange(iris,iris[,1],iris[,3]) # 第一列升序，然后是第三列降序 arrange(iris,iris[,1],-iris[,3]) 结果： > # 多条件排序
重复，特别是针对一些样本名称的重复问题的处理，是我在进行生信分析时经常遇到的。一种常见的解决策略是先找到重复之处，然后去重。但如果我们想要保留全部的重复ID呢？...一个简单的例子 生成一个非常简单的带重复的序列： r$> data = c("a", "b", "c", "d", "a")...[1] "a" "b" "c" "d" "a" 这里a 重复了，如果我们去重，可能会选择2种办法。...解决的思路是对重复ID添加标记，可以是前缀或者后缀，这样既能视觉上识别，也能够通过编程的手段识别或者后续对前后缀裁剪。后缀才容易操作，更为推荐。...如果我们仅想要标记出第二次及以后出现的ID，这样能保留大部分的数据不做改动，怎么操作呢？ R自带了make.unique()解决这个问题！
一、题目描述 所有 DNA 都由一系列缩写为 'A'，'C'，'G' 和 'T' 的核苷酸组成，例如："ACGAATTCCG"。在研究 DNA 时，识别 DNA 中的重复序列有时会对研究非常有帮助。...编写一个函数来找出所有目标子串，目标子串的长度为 10，且在 DNA 字符串 s 中出现次数超过一次。...L 的滑动窗口。...检查滑动窗口中的序列是否在 HashMap中。 如果是，则找到了重复的序列，将序列假如到HashSet中。 否则，将序列添加到 HashMap中。...在执行的循环中，有N−L+1 个长度为 L 的子字符串，这会导致 O((N−L)L) 时间复杂性。
今天和大家聊的问题叫做 重复的DNA序列 ，我们先来看题面： https://leetcode-cn.com/problems/reverse-words-in-a-string-ii/ All DNA...题意 所有 DNA 都由一系列缩写为 'A'，'C'，'G' 和 'T' 的核苷酸组成，例如："ACGAATTCCG"。在研究 DNA 时，识别 DNA 中的重复序列有时会对研究非常有帮助。...，出现多次的就是结果。...beginIndex) { string tempRes = s.substr(beginIndex, 10); if (++myMap[tempRes] == 2) {//第一次出现两次，避免重复...，你们的支持是我最大的动力 。
RepeatMasker软件用于查找基因组上的重复序列，默认情况下，会将重复序列原有的碱基用N代替，从而达到标记重复序列的目的。...除此之外，也可以采用将重复序列转换为小写或者直接去除的方式，来标记重复序列。 该软件将输入的DNA序列与Dfam和Repbase数据库中已知的重复序列进行比对，从而识别输入序列中的重复序列。...在Sequence中输入或者上传FASTA格式的DNA序列；Search Engine选择比对软件，Speed/Sensitivity选择运行模式，不同模式的主要区别在于运行速度与敏感度的差异，DNA.../configure 需要注意的是，至少需要安装上述四种比对软件中的任意一种。...运行完成后，会生成多个文件，后缀为masked的文件为标记重复序列后的文件，后缀为.out的文件保存了重复序列区间信息。
内置条件 JUnit5的org.junit.jupiter.api.condition包中内置了一些条件注解。...重复测试 @RepeatedTest注解能控制测试方法的重复执行次数，示例： import static org.junit.jupiter.api.Assertions.assertEquals;...currentRepetition} von {totalRepetitions}") void repeatedTestInGerman() { // ... } } 其中name可以用来自定义重复测试的显示名字...Wiederholung 3 von 5 ✔ │ ├─ Wiederholung 4 von 5 ✔ │ └─ Wiederholung 5 von 5 ✔ 小结 本文分别对JUnit5的条件测试...、嵌套测试、重复测试进行了介绍，它们可以使得测试更加灵活和富有层次。
一个需求，实现去除列表中的多个重复对象。 比如 a,b,c 在列表1 出现，bc 在列表2 出现，ad 在列表3 出现，那么仅仅保留1:abc, 2:空, 3:d。...这个列表中的对象可以是数据框，也可以是单个字符，也可以是列表，可以是任何类型的对象。...一个举例场景就是： 我有一个列表对象，这个列表对象里还有若干个列表，每个列表里面还有若干个对象，每个对象是一个存放基因名的向量。 这些不同的列表是不同的实验，而每个对象对应的是一个样本的富集基因。...我希望取出那些独立的不重复的基因集。比如去做后续的PPI网络分析。ps：这个例子只是我随便想的，可能不够严谨。就如同我后面的代码。...思路就是循环列表中的每一个子集中的所有内容，去和之前的所有内容进行比较（%in%）；并且子集本身也是去重的。
这部分是用指数平滑法做的时间序列的R语言实现，建议先看看指数平滑算法。...用R中的forecast包中的forecast.HoltWinters()方法可以来做这个预测。首先安装forecast包。安装方法很简单就不说了。安装完成后加载forecast包。 ?...测试在1-20的延迟期中，是否有意义的非零相关值，我们可以用Ljung-Boxt测试。在R中，用Box.test()的方法。Box.test()方法中的lag参数用来定义我们想要查看的最大延迟期。...还是用R中的HoltWinters()方法，这里我们需要用到alpha和beta两个参数，所以只需要设置gamma=FALSE就行。给女性裙子边缘直径的变化这个时间序列做预测模型过程如下： ?...三个参数的取值范围都是0-1。在R中的实现，还是使用HoltWinters()方法，这一次，它的三个类似参数，我们都需要用到。
题目描述 在一个长度为n的数组里的所有数字都在0到n-1的范围内。 数组中某些数字是重复的，但不知道有几个数字是重复的。也不知道每个数字重复几次。请找出数组中任意一个重复的数字。...例如，如果输入长度为7的数组{2,3,1,0,2,5,3}，那么对应的输出是第一个重复的数字2。 解题思路 最简单的就是用一个数组或者哈希表来存储已经遍历过的数字，但是这样需要开辟额外的空间。...如果题目要求不能开辟额外的空间，那我们可以用如下的方法： 因为数组中的数字都在0~n-1的范围内，所以，如果数组中没有重复的数，那当数组排序后，数字i将出现在下标为i的位置。...如果是，则接着扫描下一个数字；如果不是，则再拿它和m 位置上的数字进行比较，如果它们相等，就找到了一个重复的数字（该数字在下标为i和m的位置都出现了），返回true；如果它和m位置上的数字不相等，就把第...duplication like pointor in C/C++, duplication[0] equal *duplication in C/C++ // 这里要特别注意~返回任意重复的一个
题目描述： 在一个长度为 n 的数组里的所有数字都在 0 到 n-1 的范围内。数组中某些数字是重复的，但不知道有几个数字是重复的，也不知道每个数字重复几次。请找出数组中任意一个重复的数字。...因此不能使用排序的方法，也不能使用额外的标记数组。 对于这种数组元素在 [0, n-1] 范围内的问题，可以将值为 i 的元素调整到第 i 个位置上进行求解。...在调整过程中，如果第 i 位置上已经有一个值为 i 的元素，就可以知道 i 值重复。...以 (2, 3, 1, 0, 2, 5) 为例，遍历到位置 4 时，该位置上的数为 2，但是第 2 个位置上已经有一个 2 的值了，因此可以知道 2 重复： public int duplicate(
SASS 中的条件判断和 LESS 一样 SASS 中也支持条件判断，只不过 SASS 中的条件判断支持得更为彻底SASS 中支持的条件判断如下：@if(条件语句){}@else if(条件语句){}....@else(条件语句){}SASS 中当条件不为 false 或者 null 时就会执行 {} 中的代码，和 LESS 一样 SASS 中的条件语句支持通过 >、>=、的小三角的案例来演示一下 sass 中的条件判断如下：@mixin triangle($dir, $width, $color) { width: 0; height: 0;
之前有写过 找出数组中只出现一次的数，今天再来看下怎么找出数组中重复出现的数。 有一个长度为 n 的数组，所有的数字都在 0~n-1 的范围，现在要求找出数组中任意一个重复的数字。...思路一： 先给数组排序，然后再遍历一遍有序数组，依次比较相邻元素，就很容易能找出数组中重复的值。使用快排排序的话时间复杂度为 O(nlogn) 。...#arr数组中没有重复元素的情况 #数组长度为7，元素范围为0-6 arr = [0,1,2,3,4,5,6] arr[0] == 0 arr[1] == 1 arr[2] == 2 我们通过一个具体的例子来捋一捋思路...，要善于利用数组下标这个隐藏的条件，如果文章对你有帮助，就点个在看哈，感谢支持。...推荐文章： 找出数组中只出现一次的数 我给自己配置的第一份保险 每天微学习, 长按加入一起成长.
经过上一篇 less中的继承 的讲解之后，本章节开展的内容为 less 中的条件判断，less 中可以通过 when 给混合添加执行限定条件，只有条件满足 (为真) 才会执行混合中的代码，首先想要看这个条件判断首先需要有混合才可以...，如下div { width: 100px; height: 100px; background: red;}现在有了混合，我们就可以通过混合来看看条件限定了，通过如上所说通过 when 来进行限定那么如何编写呢...，在混合的小括号后面写 when 然后在编写一个小括号，在该小括号当中编写限定条件即可如下.size(@width, @height) when (@width = 100px) { width: @...我故意给了个 50 所以不会执行，可以通过编译之后的代码查看结果图片when 表达式中可以使用比较运算符 (>，=，条件判断，如上已经介绍过了比较运算符了，...，只要宽度或者高度其中一个满足条件即可执行混合中的代码，(), () 相当于 JS 中的 ||，()and() 相当于 JS 中的 &&图片看完了逻辑运算符紧接着在看内置函数来进行判断，如下.size(
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