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R语言使用二元回归序数数据建模多元GLM

p=10204 ----  用于分析序数数据的最常见模型是 逻辑模型 。本质上,您将结果视为连续潜在变量的分类表现。此结果的预测变量仅以一种方式对其产生影响,因此 每个预测变量获得一个回归系数。...基本思想是数据堆叠起来,使其成为一种重复测量,但是找到一种向软件发出信号的信号,即结果是不同的,从而对预测变量要求不同的截距和斜率。...因此,我们要做的是数据从宽转换为长,将其建模常规二项式,但是我们需要告诉模型每个级别估计不同的截距。为此,我使用具有unstructured工作相关性结构的通用估计方程(GEE)。...下一步是阈值创建虚拟变量。这些变量将用于表示模型中的截距。 请注意,我虚拟变量乘以-1。在序数回归中,这样做使解释更容易。...然而,Wald- χ 2χ2 测试统计数据略高。 ---- 完成此操作后,使用序数数据包当然要容易得多。但是,模型视为二进制可能会有一些好处,但是所有这些都是出于好奇而非必要。

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    Tidyverse|数据列的分分合合,一分合一

    TCGA数据挖掘可做很多分析,前期数据“清洗”费时费力但很需要。 比如基因列为ID的需要转为常见的symbol,基因列为symbol|ID的就需要拆开了!...一 载入数据 R包 使用TCGA下载的数据,仅使用以下几行几列, 作为示例 library(tidyverse) data <- read.csv("separate.csv",header = TRUE...二 合久可分-一列拆列 使用separate函数, “指定”分隔符出现的位置一列分成列 2.1 默认,不指定分隔符 data %>% separate(ID, into = c("Gene",...() %>% #数据转置,样本名 rownames_to_column(var="Sample") %>% #名变为数据中的列 separate(Sample, into = c("Sample...可参考:盘一盘Tidyverse| 筛选列之select,玩转列操作 Tips: 1)数据分列可以先默认试一下,如2.1所示 2)使用R的帮助,一定!

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    C语言大学生考试全面题库

    输入描述: 输入第一钥匙的个数N(1≤N≤5000) 输入第二密码的长度 以下N行为每个钥匙的长度 输出描述描述: 若无法找到破译此密码的钥匙,则输出仅10 。...(知识点:控制语句、函数、指针) 输入描述: 输入数据一个不大于100000000的整形数; 输出描述描述: 输出数据一个不大于100000000的整形数; 样式输入: 987654321 样式输出...N列的二维数组中的字符数据, 按列的 顺序依次放到一个字符串中。...(知识点:数组、指针) 输入描述: 输入一个34列二维字符数组数据 输出描述描述: 输出一个长度12的字符数组; 样式输入: A B C D E F G H I J K L 样式输出:...输入描述: 输入一个33列的二维整形数组; 输出描述描述: 如果鞍点存在,输出其坐标;否则输出-1;如:鞍点位于第一第三列,则输出1 3; 样式输入: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 样式输出

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    浅谈彩色图像、灰度图像、二值图像和索引图像区别

    一、简介 彩色图像:每个像素由R、G、B三个分量表示,每个通道取值范围0~255。数据类型一般8位无符号整形。...例如图像深度24,用R:G:B=8:8:8来表示色彩,则R、G、B各占用8位来表示各自基色分量的强度,每个基色分量的强度等级2^8=256种。图像可容纳2^24=16M种色彩(24位色)。...RGB图像的数据类型一般8位无符号整形,通常用于表示和存放真彩色图像,当然也可以存放灰度图像。...MAP中每一的三个元素分别指定该行对应颜色的红、绿、蓝单色值,MAP中每一对应图像矩阵像素的一个灰度值,如某一像素的灰度值64,则该像素就与MAP中的第64建立了映射关系,该像素在屏幕上的实际颜色由第...索引图像的数据类型一般8位无符号整形(int8),相应索引矩阵MAP的大小256Ⅹ3,因此一般索引图像只能同时显示256种颜色,但通过改变索引矩阵,颜色的类型可以调整。

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    【Linux】基础IO_文件操作

    各个文件对应的结构体连接起来(再组织)。...对于mode来说,这里就简单介绍以下几种(更多的在前文:点击跳转): 打开方式 含义 假如文件不存在 "w"(只写) 为了输出数据,打开一个文本文件 自动创建该文件,并且在写入前会清空原文件 "r"(只读...fputs 以一单位进行写入 所有输出流 fwrite 二进制写入 文件 fprintf 格式化写入 所有输出流 snprintf 格式化写入 所有输出流 对于上面的大多数函数,这里就不做过多讲解...参数flags:参数选项,用一个整形来实现多个选项的传递。以下为flags对应的参数选项,通常用或位运算来表示一个或多个参数。...追加 O_TRUNC 打开文件前清空原文件 参数传递实际上采用的就是位图的方式来实现,一个整形一共32个比特位,每一个比特位都可以用来表示一个参数,用|运算符则可以实现一个整形传递多个参数选项。

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    处理ENCORI预测的miRNA-circRNA结果

    前面给大家详细的介绍过ENCORI这个数据库,相信很多小伙伴也已经使用过这个工具了 ☞RNA相互作用神器——ENCORI ☞starbase(ENCORI)数据库介绍(一) ☞R批量预测...前面我们也给大家讲解过怎么样用代码批量下载miRNA靶基因的结果 ☞R下载合并ENCORI miRNA靶基因数据 用代码下载下来的结果,你会发现跟直接从网页上下载的结果不太一样,似乎多了一列circID...那么接下来小编就来教大家把一对转换成一对一的关系 #读入miRNA靶基因预测結果,跳过前四 a=read.table("ENCORI_hg19_miRNATarget_hsa-miR-25-...然后强制转换成向量 circs=unlist(strsplit(b$circ,",")) #构建miRNA-circRNA一对一的关系,mir都是相同的hsa-miR-25-3p,长度跟circ向量的长度一样 #第一列为...miRNA名字,第二列为circRNA的名字 result=data.frame(mir=rep(unique(b$mir),length(circs)),circ=circs) #去除一下冗余 result_rmdp

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    利用尺度块合成进行图像修复

    于是乎,有提出了一种基于图像内容和纹理约束的联合优化的尺度神经块合成方法,其不仅保留了语义结构,而且产生高频细节,其主要通过深度分类网络匹配和改编具有最相似的中层语义特征相关性的块。...令输入图像X0,预测的输出图像X。Hole区域R,则R(Φ)表示在特征层Φ对应的Hole区域。...令h(·)表示在矩形区域提取子图像或子特征图操作,如:h(X,R)表示在X图像中返回R区域的颜色内容。h(Φ(x); R(Φ))表示返回R(Φ)区域的Φ(x)内容。假设预测函数f(X)。 ?...最后在大型数据集里训练,并得到较好的结果! 效果展示: ? ? 第一的最后一张是本方法的结果。 第二是最后两个方法修补结果的放大图例,可知本方法的效果接近真实图。 ---- ?...第一是输入图像,第二是基于块匹配方法,第三是本方法。 ---- ? 第一列为输入图像;第二列目标遮挡;第三列基于块匹配;第四列为本方法。

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    MySQL数据库,简述MySQL分区表类型

    分区是一个表的数据按照某种方式,比如按照时间上的月份,分成多个较小的,更容易管理的部分,但是逻辑上仍是一个表。...5、COLUMNS分区:5.5版本开始支持,可以直接使用非整形数据进行分区,分区根据类型直接比较而得,不需要转换为整形。...在没有主键和唯一索引的表中可以指定任意列为索引列。...使用数据模函数来进行分区,然后数据轮询放入不同的分区。...假设表有一个自增的主键列id,希望根据时间最近的热点数据集中存放,那么必须将时间戳包含在主键当中才,而这和主键本身的意义相矛盾,这种情况下可以使用这样的分区表达式来实现相同的目的:Hash(id div

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    Linux下进程的调度与切换

    当进程在进行第二次及第N次调度进程的时候,进程被放到CPU上开始运行,曾经保存的硬件上下文进行恢复。   所以进程切换最重要的就是 进程上下文的保存和恢复。   ...我们可以看一下内核中的一些寄存器: 注意: CPU中的寄存器只有一套,而寄存器保存的数据可以有套。虽然寄存器数据放在了共享的CPU设备内,但是 所有的数据都是被进程私有的!...我们看蓝色框内还有一项 bitmap数组,类型int,这个数组用来干嘛呢?只能存储5个整形变量。   ...数组的名字叫做bitmap已经很明显了,就是位图,5个整形元素有 32 * 5 = 160 个比特位,比特位的位置,表示哪一个队列。比特位的内容,表示该队列为不为空。...比如:0000 … 0000 ,如果最左侧0对应queue[100]的位置,那么如果该比特位0表示在该下标映射的优先级下该队列为空,否则不为空。   有人会问:为什么要用位图?

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    PawSQL更新 | 新增9个SQL正确性审核规则

    避免COUNT DISTINCT多个可空列 规则描述 当你使用COUNT(DISTINCT) 进行列的计算时,它的计算结果可能和你预想的不同。...COUNT(DISTINCT col) 计算该列除 NULL 之外的不重复行数,而COUNT(DISTINCT col, col2)则会排除掉任何一列为NULL的。...同表同字段比较 规则描述 同表同字段进行比较一般可以重写更为简洁的表达式,一般都是由于错误导致的不合理的SQL语句。...禁止对非整形常量进行GROUP BY 规则描述 对非整数常量进行分组,其实没有意义;且在PostgreSQL里会语法报错,但是在MySQL里却不会,需特别关注。...禁止对非整形常量进行ORDER BY 规则描述 对非整数常量进行排序,其实没有意义;且在PostgreSQL里会语法报错,但是在MySQL里却不会,需特别关注。

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    主成分(PCA)分析

    本次教程大家带来是,是如何根据基因表达谱数据,通过运用主成分分析的方法,显示样本与样本之间的差异性。...01 R包加载、读入数据 首先我们加载需要用到的R包,ggpubr和ggthemes包用于作图gmodels包用于计算PCA。 ? 读入表达谱数据并显示文件前6,每一列为一个样本,每一一个基因。...该包计算运行所用时间比R内置prcomp函数要快很多。计算完成后查看PCA计算前6,可以看出最终的结算结果一个矩阵,一共有10列10,每一一个样本,每一列为一个主成分(PC)。 ? ?...我们建立一个data.frame(数据框),PC数据和表型数都存入进来。 ? 然后,便是激动人心的绘图时刻了~ 03 基础绘图 ggpubr提供了非常的作图函数,可以方便大家绘制更美观的科研做图。...结语 从这个PCA分析和简简单单散点图的制作,我们可以体会到:在小小的一张图上,就可以浓缩如此的信息,可见作图是一件异常考验功力的工作。

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    一个命令帮你对文本排序

    如果需要降序输出只需要使用-r参数,如: sort -r test1.txt 输出结果如下: ubuntu redhat OpenSuse Kali Gentoo Gentoo Fedora Debian...CentOS Arch 去除重复 我们看到前面有两的内容是重复的,即Gentoo,使用-u参数可以去掉重复的: sort -u test1.txt 输出结果如下: Arch CentOS...按照数字排序 假设有文本内容test2.txt如下,第一列为市值排名,第二列为公司名称,第三列为公司创建时间: 2 google 1998 10 icbc 1984 5 tencent 1998 1...以列为依据排序 假设我们按照公司创建年份排序,如果年份相同,则按照公司名称排序,即分别以第三列,第二列为依据排序: sort -n -k 3 -k 2 test2.txt 输出结果如下: 16 samsung...如果是以第二个字符开始,到最后一个字符结束,则用下面的命令即可: sort -t ' ' -k 2.2 test2.txt 保存排序结果 前面的排序命令仅仅是排序结果打印到控制台,并没有修改源文件,

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    Hive - ORC 文件存储格式详细解析

    stripe:一组形成一个stripe,每次读取文件是以单位的,一般HDFS的块大小,保存了每一列的索引和数据。...数据访问 读取ORC文件是从尾部开始的,第一次读取16KB的大小,尽可能的Postscript和Footer数据都读入内存。...一个column可能保存在一个或多个数据流中,可以数据流划分为以下四种类型: • Byte Stream 字节流保存一系列的字节数据,不对数据进行编码。...• Integer Stream 整形数据流保存一系列整形数据。可以对数据量进行字节长度编码以及delta编码。具体使用哪种编码方式需要根据整形流中的子序列模式来确定。...(1)Integer 对于一个整形字段,会同时使用一个比特流和整形流。比特流用于标识某个值是否null,整形流用于保存该整形字段非空记录的整数值。

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    MySQL实战之深入浅出索引(上)

    树可以有二叉,也可以有叉。叉树就是每个节点右多个儿子,儿子之间的大小保证从左到右递增。二叉树是搜索效率最高的,但实际上大多数数据库存储并不适用二叉树。其原因是,索引不止在内存中,还要写到磁盘上。...也就是说,对于一个100万的表,如果使用二叉树存储,单独访问一可能需要20个10ms的时间,这查询就太慢了。为了让一个查询尽量少的读磁盘,就必须让查询访问尽量少的数据库。...又因为我们前面提到的,InnoDB使用了B+树索引模型,所以数据都是存储在B+树中的。每个索引在InnoDB里面对应一颗B+树。假设,我们有一个主键列为ID的表,表中的字段k,并且k上有索引。...以上面的这个图为例,如果要插入新的ID值700,则只需要在R5的记录后面插入一个新纪录。如果新插入的ID值400,就比较麻烦了,需要逻辑上挪动后面的数据,空出位置。...如果用身份证号做主键,那么每个二级索引的叶子节点占用约20个字节,而如果用整形做主键,则只要4个字节,如果是长整型则是8个字节。

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    R文档沟通|Dashboards入门(2)

    C ```{r} ``` 请注意,第一文本(Coluumn 1)下的一系列破折号是第二级标题的另一种 Markdown 语法形式,即 Column 1 ---------------------...下图显示了上述示例的结果,一共是两列,第一列为 “Chart A”,第二列为 “Chart B” 和 “Chart C”。...1.基于的布局 通过修改 orientation 选项默认以列导向的布局改为以导向的布局,例如: output: flexdashboard::flex_dashboard: orientation...3.页 如果 rmd 文档中有多个一级结构的内容时,这时仪表盘会将每个一节结构分别显示单独页面。...本例中,我们还做了一个小拓展,通过 data-icon 属性图标应用于页面标题中。当然,你可以从该网址 https://fontawesome.com 找到其他可用的图标。

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    data.table包使用应该注意的一些细节

    ,文件也可以读入,建议不加分隔符 fread可以自动检测注释,并且跳过注释   默认skip=0,会跳过不规则的,因此有注释行时,可以走默认的skip参数 转换成矩阵时可以保留某一列为rowname...  as.matrix作用于data.table时会调用as.matrix.data.table,有一个rownames参数可以指定保留名的列 矩阵转换成data.table时可以保留列名   在...as.data.table函数中同样有一个rownames参数,设置T可以名保留下来作为data.table的一列 不建议set和for循环一起使用   虽然set可以在内存上直接改变数值,但在R...  类似于集合运算,data.table中fintersect, fsetdiff, funion,fsetequal函数能对不同数据框的求交集,差集,并集等 可以直接对列按分隔符进行分割   应用...tstrsplit函数可以一列按照分隔符分成列,函数返回的是一个列表,举例:DT[, c("c1", "c2") := tstrsplit(x, "/", fixed=TRUE)][],x列按照/

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    【AI PC端算法优化】一,一步步优化RGB转灰度图算法

    第三个部分为操作的对象名及数据类型,_ps表示操作向量中所有的单精度数据。_pd表示操作向量中所有的双精度数据。_pixx表示操作向量中所有的xx位的有符号整型数据,向量寄存器长度64位。..._epixx表示操作向量中所有的xx位的有符号整型数据,向量寄存器长度128位。_epuxx表示操作向量中所有的xx位的无符号整形数据,向量寄存器长度128位。...注释后面标注的第1到16都是相同的过程,核心原理即是把字节数据读入并和相应的权重相乘。..._mm_storeu_si128把处理的结果写入到目标内存中,注意,这里会写了「4个字节」的内存数据(128 - 12 * 8),但是我们后面又会把他们重新覆盖掉,但是有一点要注意,就是如果是最后一数据...所以指令集优化确实是有用并且值得研究的,后面持续输出,大家带来更多的优化实例和优化技巧。 11.

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    OpenGL(八)--纹理相关APIOpenGL(八)--纹理相关API

    原始图像数据 //存储图像数据所占内存大小 size = 图像的高度 * 图像的宽度 * 每个像素所占字节数 像素所占字节数:一般4Byte,包含RGBA四个通道,每个通道1Byte(8Bit) 2...数据 //参数2:表示参数GL_UNPACK_ALIGNMENT 设置的值 //参数1GL_UNPACK_ALIGNMENT时, 参数二:指内存中每个像素⾏起点的排列请求,允许设置1 (byte排列...)、2(排列为偶数byte的⾏)、4(字word排列)、8(⾏从双字节 边界开始) glPixelStorei(GL_UNPACK_ALIGNMENT, 1); 颜色缓冲区中的内容作为像素图直接使用...表一 像素数据数据类型 ? 表二 4. 纹理坐标 2D纹理坐标左下角原点(0,0),右上角(1,1)! ?...坐标对应关系图示 在笛卡尔坐标系中:X,Y,Z 在OpenGl坐标中表示:S,T,R 一一对应,无其他区别只是命名不同而已。

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    在一个千万级的数据库查寻中,如何提高查询效率?

    应尽可能的避免更新索引数据列,因为索引数据列的顺序就是表记录的物理存储顺序,一旦该列值改变导致整个表记录的顺序的调整,会耗费相当大的资源。...若应用系统需要频繁更新索引数据列,那么需要考虑是否应将该索引建索引。 F. 尽量使用数字型字段,若只含数值信息的字段尽量不要设计字符型,这会降低查询和连接的性能,并会增加存储开销。...尽量避免使用游标,因为游标的效率较差,如果游标操作的数据超过1万,那么就应该考虑改写。 M. 尽量避免向客户端返回大数据量,若数据量过大,应该考虑相应需求是否合理。 N....,在查询经常使用的全部列建立非簇集索引,能最大地覆盖查询;但是索引不可太多,执行UPDATE DELETE INSERT语句需要用于维护这些索引的开销量急剧增加;避免在索引中有太多的索引键;避免使用大型数据类型的列为索引...;保证每个索引键值有少数

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